KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

CPMD

2014-08-05T12:14:12Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CPMD
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo=[[Plik:cpmd.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.13.2 , 3.17.1}}
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

== Informacje ogólne ==
CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu [[MPI]] i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:
* Praca z pseudopotencjałami ''norm-conserving'' oraz ''ultrasoft'',
* przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
* układy periodyczne i aperiodyczne, ''k-points'',
* symetria punktowa i przestrzenna,
* optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
* dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
* dynamika molekularna typu ''path intagral'',
* ''response functions'',
* stany wzbudzone,
* własności elektronowe.

== CPMD w WCSS ==
CPMD dostępny jest na [[Supernova|Supernovej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej (3.13.2).

;Zalecenia ogólne
* Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych <code>/home</code>. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach '''<code>/scratch</code>'''.
* Prosimy o nie używanie polecenia '''<code>qdel</code>''' do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie '''EXIT''' i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
touch EXIT
* Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach '''/usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/'''. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu <code>sub-cpmd</code> (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

=== Nova ===
wersja: 3.13.2

Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja równoległa (kompilacja z MKL, MVAPICH).

;Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

sub-cpmd plik_wejsciowy.inp [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy.inp</code> - plik z danymi programu
* <code>pamiec_per_cpu_w_MB</code> - pamięć operacyjna per 1 cpu podana w MB (domyślnie 1800 MB).
* <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
* <code>liczba_cpu</code> - liczba procesorów na których ma liczyć się zadanie (domyślnie 4).

Skrypt uruchamia najnowszą wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem <code>.out</code>.

; Uwagi
Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku <code>/lustre/scratch/</code>, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.

Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.

=== CPMD w sieci ===
* [http://www.cpmd.org Strona główna konsorcjum CPMD]
* [http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/go/cpmd-tutor.html Tutorial]

=== Bibliografia ===
* Jorge Kohanoff: ''Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods''. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

'''Zobacz też:'''
*[[Teoretyczne podstawy CPMD - wykład]]
*[[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Molden

2014-08-05T12:04:19Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden 
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0.6}}
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

;Główne zastosowania:
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
* Animacja ścieżki reakcji.
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.

;Uruchomienie programu Molden:

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]
*Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> molden

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;Molden w sieci
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NAMD

2014-07-28T11:18:29Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=[[Plik:namd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}

== NAMD ==

NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:screennmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
* Informacje o wykorzystaniu:
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:screennmd.png

2014-07-28T11:16:51Z

Amielniczek: Zrzut z ekranu potwierdzający rejestrację na stronie aplikacji NAMD.

Zrzut z ekranu potwierdzający rejestrację na stronie aplikacji NAMD.

MPB

2014-07-22T12:25:02Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] MPB
{{aplikacja|nazwa=MPB|logo=[[Plik:Mpb.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.4.2}}
'''MPB''' - program MIT Photonic Bands (MPB) bazujący na algorytmie rozwinięcia fali płaskiej PWE (ang. ''Plane Wave Expansion''), który należy do grupy metod spektralnych z bazową falą płaską. Pakiet MPB jest zestawem programów służących do obliczeń struktury pasmowej i stanu polaryzacji fal elektromagnetycznych w periodycznych strukturach dielektrycznych. W ogólności metoda ta jest przeznaczona do symulacji struktur o periodycznej dystrybucji współczynnika załamania. W przypadku symulacji struktur nie okresowych, algorytm PWE wprowadza do obliczeń sztuczną okresowość.

Program MPB charakteryzuje się następującymi cechami:
* wyznacza z równań Maxwella zdefiniowane częstotliwościowe stany własne dla dowolnych wektorów falowych w dielektrycznej strukturze periodycznej,
* wykorzystuje w pełni wektorowe, trójwymiarowe obliczenia,
* wykorzystuje iteracyjne metody analizy zagadnień własnych,
* nie wprowadza uproszczeń do równań rządzących propagacją,
* opiera się na języku skryptowym Scheme,
* wynikiem obliczeń jest struktura pasmowa badanego kryształu i stany polaryzacji fali EM,
* jest kompatybilny z większością systemów Unixowych,
* wspiera pracę wielowątkową na superkomputerach przy użyciu interfejsu MPI.

=== Licencja ===
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].

=== MPB w WCSS ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load mpb/1.4.2 (dla wersji domyślnej - najnowszej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:
> mpb <plik wejściowy>

=== MPB w sieci ===
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/MIT_Photonic_Bands Strona domowa MPB]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Rosetta

2014-07-22T12:22:03Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.2.1}}
=== Rosetta ===

Program Rosetta służy do modelowania struktóry białek.
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek,enzymów de novo,łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.

=== Licencja ===

Program Rosetta jest dostepny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkownikóœ za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load rosetta/3.2.1 (dla wersji domyślnej - najnowszej)

=== Rosetta w sieci ===
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]

Rosetta

2014-07-22T12:21:24Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.2.1}}
== Rosetta ==

Program Rosetta służy do modelowania struktóry białek.
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek,enzymów de novo,łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.

== Licencja ==

Program Rosetta jest dostepny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkownikóœ za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load rosetta/3.2.1 (dla wersji domyślnej - najnowszej)

== Rosetta w sieci ==
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]

Xaim

2014-07-22T12:16:40Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Xaim
{{aplikacja|nazwa=Xaim|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.0 }}
=== Xaim ===

Xaim- [http://pl.wikipedia.org/wiki/Interfejs_graficzny GUI] dla aplikacji bazujących na Kwantowej teorii atomów w cząsteczkach, takich jak :
*Xaim-EXTREME
*Xaim-FLOPO

Program jako input wykorzystuje pliki o rozszerzeniu .wfn zawierającege dane na temat geometrii cząsteczki.

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load xaim (dla wersji domyślnej - najnowszej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:
> xaim <plik_wejsciowy>

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Rosetta

2014-07-22T08:20:07Z

Amielniczek: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Rosetta {{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=Plik:rosetta.png|nofra..."

Mathematica

2014-07-22T07:36:31Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=[[Plik:mathematica.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja=8.0.1|wersja21=8}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
*Supernova - Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].
*Klaster kampusowy - dwie licencje dla uczelni Wrocławia [http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=9]
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

;Praca interaktywna
Logowanie do systemu i uruchamianie programu w trybie graficznym:

1.Łączenie się ze zdalnym graficznym pulpitem za pomocą NoMachine
[http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]
2. Uruchomienia interaktywnego shella w kolejce z przekierowaniem wyświetlania
qsub -I -X -l software=Mathematica_8
3. Ustawienie środowiska programu
module load mathematica
4. Uruchomienie Mathematica w trybie graficznym
Mathematica

;Zadania wsadowe
Do zlecania zadań obliczeniowych należy skorzystać z polecenia:
/usr/local/bin/sub-mathematica plik.txt [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Matlab

2014-07-22T07:33:19Z

Amielniczek:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Matlab
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona dla użytkowników WCSS, do celów badawczych.''' Pracownicy i doktoranci PWr mogą korzystać z licencji badawczej Politechniki. Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na PWr powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''' lub Działem Informatyzacji PWr. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{aplikacja|nazwa=Matlab|logo=[[Grafika:Matlab1.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=R2013a|wersja2=R2012a|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja21=R2013a}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
Aktualnie dostępna wersja to '''R2013a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communications System Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Spreadsheet Link EX''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Global Optimization Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''DSP System Toolbox''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
** '''Simulink Fixed-Point''' (1)
* '''HDL Coder''', dawniej '''Simulink HDL Coder''' (1)
* '''Matlab Coder''' (1)
* '''Matlab Compiler''' (1)
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)
* '''Parallel Computing Toolbox''' (5)
* '''Distributed Computing Engine''' (32)

Licencje zdezaktualizowane:
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie na klastrze Supernova ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Supernova]] (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-WERSJA).

=== Praca interaktywna na klastrze ===
*Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy połączyć się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]

*Następnie w celu pracy interaktywnej z aplikacją należy uruchomić zadanie interaktywne w kolejce, z opcją <code>-X</code>, np.:

> '''qsub -I -X -q short6h'''

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.

> '''module load matlab'''

Powyższe polecenie wczyta najnowszą wersję. Można też wybrać starszą wersję wydając polecenie:

> '''module load matlab/R2012a'''

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

Do uruchamiania programu służy polecenie:

> '''matlab'''

=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejki PBS na klastrze Supernova należy [[kopiowanie|przesłać na klaster]] pliki wejściowe zadania (lub przygotować je na klastrze pracując interaktywnie, jak opisane powyżej), [[logowanie|zalogować się na klaster]] i następnie posłużyć poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać z gotowego skryptu:

> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp>

Więcej o składni polecenia <code>qsub</code> w artykule: [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uruchamianie na infrastrukturze PLATON-U3 ==
Chcąc pracować interaktywnie z MATLAB-em można skorzystać z infrastruktury PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]). Należy w tym celu zarejestrować się w portalu usługi jako użytkownik w WCSS (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć w portalu odpowiednią rezerwację na maszynę wirtualną z zainstalowanym MATLAB-em (szczegółowe instrukcje na stronie usługi).

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]].

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER menkar.wcss.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@menkar.wcss.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@menkar.wcss.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@menkar.wcss.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@menkar.wcss.pl'''

== Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova ==
WCSS umożliwia zlecanie zdalnie zadań obliczeniowych na klaster Supernova. Jest to możliwe na dwa sposoby:
# korzystając ze środowiska MATLAB-a dostępnego na infrastrukturze [[Klaster kampusowy|PLATON-U3]],
# korzystając ze środowiska MATLAB-a zainstalowanego na własnym komputerze.

W obydwu przypadkach, aby zlecić zadanie zdalne korzystając z interfejsu Matlaba należy wcześniej odpowiednio go skonfigurować:
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/matlab_wcss.zip zip]] i rozpakować w lokalizacji przeszukiwanej przez Matlaba (listę tych miejsc można znaleźć klikając przycisk '''Set Path''' w polu '''Environment'''),
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Supernova.zip zip]] i rozpakować w dowolnej lokalizacji (plik '''Supernova.settings''', który jest w archiwum będzie potrzebny w następnym kroku),
* w polu '''Environment''' kliknąć na przycisk '''Parallel''' i wybrać pozycję '''Manage Cluster Profiles''',
* w oknie które się pojawi kliknąć na przycisk '''Add''' i wybrać pozycję '''Import''',
* wskazać lokalizację pliku '''Supernova.settings''' wypakowanego z archiwum,
* zaznaczyć pozycję '''Supernova''' na liście '''Cluster Profile''' i kliknąć przycisk '''Edit''',
* w części SubmitFunctions należy zmienić 3. parametr funkcji ('''/home/tyciu'''), tak aby wskazywał lokalizację '''własnego katalogu domowego''' na klastrze,
* po kliknięciu przycisku '''Done''' można już korzystać ze zdalnego zlecania zadań.

=== Uruchamianie zdalne z infrastruktury PLATON-U3 ===
Chcąc korzystać z MATLAB-a na Supernovej poprzez infrastrukturę PLATON-U3, należy zarejestrować się jako użytkownik PLATON-U3 w WCSS i założyć odpowiednią rezerwację. Po uzyskaniu dostępu do aplikacji należy ją skonfigurować (jak opisane powyżej) i zweryfikować, czy aplikacja działa poprawnie.

==== Weryfikacja poprawności konfiguracji ====
W celu przeprowadzenia weryfikacji trzeba wykonać kilka, wymienionych poniżej, kroków:
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Set Path</code> sprawdzić listę ścieżek. Ścieżka rozpoczynająca się od <code>\\wcss-sts</code> znajduje się na dysku Z.
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane ze zleceniami.
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code> wybrać profil <code>Supernova</code>.
# W profilu <code>Supernova</code> wybrać zakładkę <code>Validation Results</code>, a następnie przeprowadzić weryfikację poprawności działania za pomocą przycisku <code>Validate</code>.

==== Tworzenie nowego skryptu ====
Nowy skrypt Matlaba tworzy się za pomocą przycisku <code>New Script</code>:
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane z obliczeniami.
# W menu, w zakładce <code>HOME</code> użyć przycisku <code>New Script</code>.
# Po podaniu programowi poleceń w postaci skryptu, należy ów skrypt zapisać w katalogu wybranym w podpunkcie 1.
# W celu uruchomienia skryptu należy kliknąć na niego (powinien być widoczny w polu <code>Current Folder</code>) prawym przyciskiem myszy (PPM), a następnie użyć polecenia <code>Run</code>.

==== Testowanie poprawności zlecania zadań ====
W celu przetestowania poprawności działania własnych skryptów do zlecania zadań należy:
# Otworzyć nowy skrypt przyciskiem <code>New Script</code>.
# Wkleić poniższy kod (*).
# Zapisać skrypt pod dowolną nazwą w wybranym katalogu znajdującym się w ścieżkach Matlaba.
# Zlecić zadanie za pomocą <code>PPM > Run</code>.
(*)
'''c = parcluster('Supernova');'''
'''job1 = createJob(c);'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''submit(job1);'''
'''wait(job1);'''
'''results = fetchOutputs(job1);'''
'''results{1:5};'''

Kod zleca wygenerowanie 5 macierzy 3 na 3 zawierających losowe liczby zmiennoprzecinkowe o wartościach zawierających się między 0 a 1 - każda macierz generowana jest w osobnym tasku.
Polecenie <code>'parcluster'</code> służy do wyboru profilu z listy znajdującej się w <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code>.
Polecenie <code>'createJob'</code> tworzy zadanie, a polecenie <code>'createTask'</code> - podzadanie. Polecenie <code>'submit'</code> zleca zadanie do systemu kolejkowego (PBS) na klastrze zdefiniowanym w profilu,
a polecenie <code>'wait'</code> wymusza oczekiwanie na zakończenie zadania przed kontynuowaniem postępowania zawartego w skrypcie.

W celu sprawdzenia wyników należy w oknie <code>Command Window</code> wprowadzić kolejno następujące komendy:

'''c = parcluster('Supernova')'''
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished')'''

Wyświetli się lista zakończonych zadań na profilu <code>Supernova</code>. Należy wybrać zadanie, którego wyniki chcemy przejrzeć (np. 5.) i postępować według poniższych kroków:

'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished', 'ID', 5)'''
'''results = fetchOutputs(finished_jobs)'''
'''results{1:numel(results)}'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Molden

2014-07-22T07:28:55Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden 
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

;Główne zastosowania:
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
* Animacja ścieżki reakcji.
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.

;Uruchomienie programu Molden:

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]
*Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> molden

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;Molden w sieci
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

VMD

2014-07-22T07:18:10Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}
== VMD ==

''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie VMD ==

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]
*Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_po przez wytypowanievmd.html Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

VMD

2014-07-22T07:16:23Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}
== VMD ==

''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie VMD ==

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]

* Program należy uruchomić za pomocą komendy w terminalu :
vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_po przez wytypowanievmd.html Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

VMD

2014-07-22T07:14:47Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}
== VMD ==

''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie VMD ==

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]

* Program należy uruchomić po przez wytypowanie w terminalu komendy :
vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Jak korzystać z NoMachine

2014-07-18T08:32:45Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Jak korzystać z NoMachine
== Połączenie z graficznym zdalnym pulpitem za pomocą klienta NoMachine ==
W celu skonfigurowania połączenia z wyświetlaniem zdalnego pulpitu, należy:
* Pobrać i zainstalować na swoim komputerze lub urządzeniu z Systemem Android oprogramowanie [https://www.nomachine.com/download NoMachine]
* Po pobraniu należy uruchomić instalator
* Zaakceptować licencję i kliknąć przycisk Next i poczekać do końca instalacji
* Uruchomić NoMachine z Menu Programy/Aplikacje

[[Plik:NoMachine-welcome.png]]
* Na ekranie powitalnym kliknąć przycisk "Continue"
* Na ekranie "Create New Connection" kliknąć przycisk "Continue"
* Na ekranie "New Conection":"Protocol" pozostawić domyślną opcję protokołu NX i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-protocol.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Host" w polu tekstowym Host wpisać: ui.wcss.pl a w polu port pozostawić wartość: 4000, pozostawić zaznaczenie w opcji "Use UDP communication for multimedia data" i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-host-name.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Authentication" pozostawić metodę "Password" i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-authentication.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Proxy" pozostawić domyślną opcję "Don't use proxy"i kliknąć przycisk "Continue"
[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-proxy.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Save as" w polu Name wpisać nazwę dla swego połączenia i zaznaczyć opcję "Create a link on the desktop oraz kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-save-as.png]]

Praca z NoMachine pierwsze kroki
* Prawidłowo zainstalowany program uruchamiamy klikając ikonę NoMachine na pulpicie lub wybierając z menu Programy/Aplikacje
* Na ekranie "Recent Connections" zaznaczamy ikonę połączenia, które chcemy nawiązać i klikamy przycisk "Connect"

[[Plik:NoMachine-recent-connections.png]]
* Na ekranie "Connection to ui.wcss.pl w polach Name i Password wpisujemy swój Login i hasło na węźle dostępowym Supernova i zaznaczamy opcję "Save this password in the connection file" oraz klikamy przycisk "OK"

* Na ekranie możemy utworzyć wirtualny pulpit klikając na pole "New Desktop"

[[Plik:NoMachine-select-virtual-desktop.png]]

* W następnym ekranie zaznaczamy ikonę "Create new virual desktop" i klikamy przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connecting-to-the-server.png]]

* W następnym ekranie dowiadujemy się, że menu NoMachine możemy uzyskać przemieszczając mysz w prawy górny róg okna wirtualnego pulpitu lub naciskając kombinację klawiszy CTRL+ALT+O i czterokrotnie naciskamy klawisz "OK"

[[Plik:NoMachine-acces-display-and-screen-resolution-wizzard.png]]

[[Plik:NoMachine-change-hardware-settings-wizzard.png]]

[[Plik:NoMachine-Menu-panel-wizzard.png]]

* Zwiększenie rozdzielczości wirtualnego pulpitu możemy uzyskać wchodząc w "Applications Menu":"Settings":"Display" wirtualnej maszyny. Minimalna zalecana rozdzielczość to 1024x768 a w zależności od ekranu można użyć większej.

[[Plik:window-change-display.png]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Jak korzystać z NoMachine

2014-07-18T07:49:21Z

Amielniczek: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Jak korzystać z NoMachine = Połączenie z graficznym zdalnym pulpitem za pomocą klienta NoMachine == W celu skonfi..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Jak korzystać z NoMachine
= Połączenie z graficznym zdalnym pulpitem za pomocą klienta NoMachine ==
W celu skonfigurowania połączenia z wyświetlaniem zdalnego pulpitu, należy:
* Pobrać i zainstalować na swoim komputerze lub urządzeniu z Systemem Android oprogramowanie [https://www.nomachine.com/download NoMachine]
* Po pobraniu należy uruchomić instalator
* Zaakceptować licencję i kliknąć przycisk Next i poczekać do końca instalacji
* Uruchomić NoMachine z Menu Programy/Aplikacje

[[Plik:NoMachine-welcome.png]]
* Na ekranie powitalnym kliknąć przycisk "Continue"
* Na ekranie "Create New Connection" kliknąć przycisk "Continue"
* Na ekranie "New Conection":"Protocol" pozostawić domyślną opcję protokołu NX i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-protocol.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Host" w polu tekstowym Host wpisać: ui.wcss.pl a w polu port pozostawić wartość: 4000, pozostawić zaznaczenie w opcji "Use UDP communication for multimedia data" i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-host-name.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Authentication" pozostawić metodę "Password" i kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-authentication.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Proxy" pozostawić domyślną opcję "Don't use proxy"i kliknąć przycisk "Continue"
[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-proxy.png]]
* Na ekranie "New Connection":"Save as" w polu Name wpisać nazwę dla swego połączenia i zaznaczyć opcję "Create a link on the desktop oraz kliknąć przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connection-wizzard-save-as.png]]

Praca z NoMachine pierwsze kroki
* Prawidłowo zainstalowany program uruchamiamy klikając ikonę NoMachine na pulpicie lub wybierając z menu Programy/Aplikacje
* Na ekranie "Recent Connections" zaznaczamy ikonę połączenia, które chcemy nawiązać i klikamy przycisk "Connect"

[[Plik:NoMachine-recent-connections.png]]
* Na ekranie "Connection to ui.wcss.pl w polach Name i Password wpisujemy swój Login i hasło na węźle dostępowym Supernova i zaznaczamy opcję "Save this password in the connection file" oraz klikamy przycisk "OK"

* Na ekranie możemy utworzyć wirtualny pulpit klikając na pole "New Desktop"

[[Plik:NoMachine-select-virtual-desktop.png]]

* W następnym ekranie zaznaczamy ikonę "Create new virual desktop" i klikamy przycisk "Continue"

[[Plik:NoMachine-connecting-to-the-server.png]]

* W następnym ekranie dowiadujemy się, że menu NoMachine możemy uzyskać przemieszczając mysz w prawy górny róg okna wirtualnego pulpitu lub naciskając kombinację klawiszy CTRL+ALT+O i czterokrotnie naciskamy klawisz "OK"

[[Plik:NoMachine-acces-display-and-screen-resolution-wizzard.png]]

[[Plik:NoMachine-change-hardware-settings-wizzard.png]]

[[Plik:NoMachine-Menu-panel-wizzard.png]]

* Zwiększenie rozdzielczości wirtualnego pulpitu możemy uzyskać wchodząc w "Applications Menu":"Settings":"Display" wirtualnej maszyny. Minimalna zalecana rozdzielczość to 1024x768 a w zależności od ekranu można użyć większej.

[[Plik:window-change-display.png]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

VMD

2014-07-15T12:37:41Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}
== VMD ==

''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie na klastrze ==

* Należy przekierować wyświetlanie wg. [[Przekierowanie wyświetlania | instrukcji ]]
* Załadować moduł poleceniem :
module load vmd
* Uruchomić program poleceniem :
vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:Screenvmd.png

2014-07-15T12:29:48Z

Amielniczek: Zrzut ekranu, potwierdzający rejestracje na stronie domowej VMD.

Zrzut ekranu, potwierdzający rejestracje na stronie domowej VMD.

WIEN2k

2014-07-15T11:38:59Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < WIEN2k
{{aplikacja|nazwa=WIEN2k|logo=[[Plik:WIEN2k_logo.gif|124px‎]]|serwer=[[Supernova]]| wersja = 12.1, 13.1, 13.1_NMATMAX30000 |kontakt=}}
== WIEN2k ==

Program przeznaczony do obliczeń struktury elektronowej ciała stałego. WIEN2k jest implementacją teorii funkcjonału gęstości bazującą na metodzie FP-(L)APW+lo (''the full-potential (linearized) augmented plane wave and local-orbitals''). Program rozwija grupa prof. K. Schwarza i prof. P. Blahy z Institute of Materials Chemistry, Vienna University of Technology.

== Licencja ==

Oprogramowanie udostępniane jest po rejestracji na stronie pakietu i opłaceniu licencji. WCSS nie udostępnia użytkownikom KDM licencji - każdy zespół chcący korzystać z tego pakietu musi opłacić własną licencję (dla instytucji akademickiej) i po przedstawieniu WCSS potwierdzenia uzyska dostęp do programu na zasobach obliczeniowych.

== Informacje o wykorzystaniu ==
Użytkownicy są zobowiązani do przestrzegania w tym zakresie warunków uzyskanej licencji.

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Wstawianie zadań ==

* Użycie WIEN2K wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load wien2k/13.1 (wersja 13.1)

* Wstawianie zadań WIEN2K do systemu kolejkowania można wykonać za pomocą skryptów:
sub-wien2k sub-wien2k13.1_NMATMAX30000
sub-wien2k13.1

sub-wien2k nazwa_projektu [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-wezel] [kolejka]

== Dokumentacja ==
* [http://www.wien2k.at/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

WIEN2k

2014-07-15T11:36:16Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < WIEN2k
{{aplikacja|nazwa=WIEN2k|logo=[[Plik:WIEN2k_logo.gif|124px‎]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=11.1 (14.06.2011) |kontakt=}}
== WIEN2k ==

Program przeznaczony do obliczeń struktury elektronowej ciała stałego. WIEN2k jest implementacją teorii funkcjonału gęstości bazującą na metodzie FP-(L)APW+lo (''the full-potential (linearized) augmented plane wave and local-orbitals''). Program rozwija grupa prof. K. Schwarza i prof. P. Blahy z Institute of Materials Chemistry, Vienna University of Technology.

== Licencja ==

Oprogramowanie udostępniane jest po rejestracji na stronie pakietu i opłaceniu licencji. WCSS nie udostępnia użytkownikom KDM licencji - każdy zespół chcący korzystać z tego pakietu musi opłacić własną licencję (dla instytucji akademickiej) i po przedstawieniu WCSS potwierdzenia uzyska dostęp do programu na zasobach obliczeniowych.

== Informacje o wykorzystaniu ==
Użytkownicy są zobowiązani do przestrzegania w tym zakresie warunków uzyskanej licencji.

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Wstawianie zadań ==

* Użycie WIEN2K wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load wien2k/13.1 (wersja 13.1)

* Wstawianie zadań WIEN2K do systemu kolejkowania można wykonać za pomocą skryptów:
sub-wien2k sub-wien2k13.1_NMATMAX30000
sub-wien2k13.1

sub-wien2k nazwa_projektu [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-wezel] [kolejka]

== Dokumentacja ==
* [http://www.wien2k.at/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

WIEN2k

2014-07-15T11:34:41Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < WIEN2k
{{aplikacja|nazwa=WIEN2k|logo=[[Plik:WIEN2k_logo.gif|124px‎]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=11.1 (14.06.2011) |kontakt=}}
== WIEN2k ==

Program przeznaczony do obliczeń struktury elektronowej ciała stałego. WIEN2k jest implementacją teorii funkcjonału gęstości bazującą na metodzie FP-(L)APW+lo (''the full-potential (linearized) augmented plane wave and local-orbitals''). Program rozwija grupa prof. K. Schwarza i prof. P. Blahy z Institute of Materials Chemistry, Vienna University of Technology.

== Licencja ==

Oprogramowanie udostępniane jest po rejestracji na stronie pakietu i opłaceniu licencji. WCSS nie udostępnia użytkownikom KDM licencji - każdy zespół chcący korzystać z tego pakietu musi opłacić własną licencję (dla instytucji akademickiej) i po przedstawieniu WCSS potwierdzenia uzyska dostęp do programu na zasobach obliczeniowych.

== Informacje o wykorzystaniu ==
Użytkownicy są zobowiązani do przestrzegania w tym zakresie warunków uzyskanej licencji.

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Wstawianie zadań ==

* Użycie WIEN2K wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load wien2k

* Wstawianie zadań WIEN2K do systemu kolejkowania można wykonać za pomocą skryptów:
sub-wien2k sub-wien2k13.1_NMATMAX30000
sub-wien2k13.1

sub-wien2k nazwa_projektu [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-wezel] [kolejka]

== Dokumentacja ==
* [http://www.wien2k.at/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

WIEN2k

2014-07-15T11:24:58Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < WIEN2k
{{aplikacja|nazwa=WIEN2k|logo=[[Plik:WIEN2k_logo.gif|124px‎]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=11.1 (14.06.2011) |kontakt=}}
== WIEN2k ==

Program przeznaczony do obliczeń struktury elektronowej ciała stałego. WIEN2k jest implementacją teorii funkcjonału gęstości bazującą na metodzie FP-(L)APW+lo (''the full-potential (linearized) augmented plane wave and local-orbitals''). Program rozwija grupa prof. K. Schwarza i prof. P. Blahy z Institute of Materials Chemistry, Vienna University of Technology.

== Licencja ==
Oprogramowanie udostępniane jest po rejestracji na stronie pakietu i opłaceniu licencji. WCSS nie udostępnia użytkownikom KDM licencji - każdy zespół chcący korzystać z tego pakietu musi opłacić własną licencję (dla instytucji akademickiej) i po przedstawieniu WCSS potwierdzenia uzyska dostęp do programu na zasobach obliczeniowych.

== Informacje o wykorzystaniu ==
Użytkownicy są zobowiązani do przestrzegania w tym zakresie warunków uzyskanej licencji.

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.wien2k.at/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Xaim

2014-07-15T11:20:09Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Xaim
{{aplikacja|nazwa=Xaim|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.0 }}
=== Xaim ===

Xaim- [http://pl.wikipedia.org/wiki/Interfejs_graficzny GUI] dla aplikacji bazujących na Kwantowej teorii atomów w cząsteczkach, takich jak :
*Xaim-EXTREME
*Xaim-FLOPO

Program jako input wykorzystuje pliki o rozszerzeniu .wfn zawierającege dane na temat geometrii cząsteczki.

=== Uruchamianie na klastrze ===
Należy przekierować wyświetlanie wg. [[Przekierowanie wyświetlania | instrukcji ]], a po zalogowaniu, uruchomić program poleceniem '''Xaim'''.

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NAMD

2014-07-15T08:29:18Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}

== NAMD ==

NAMD(''NAnoscale Molecular Dynamics'') kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulację dużych biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie naszego systemu.

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.

== Dokumentacja ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NBO

2014-07-15T08:07:53Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NBO
{{aplikacja|nazwa=NBO|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.0}}
=== NBO ===

Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktóry Lewisa.

Program przeprowadza determinację:
* Naturalnego orbitala atomowego (NAOs)
* Naturalnego orbitala hybrydowego (NHOs)
* Naturalnego orbitala wiążącego (NBOs)
* Naturalnie zlokalizowanego orbitala molekularnego (NLMOs)

=== Wstawianie zadań ===

* użycie NBO wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load nbo/6.0

* użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09.
module load nbo/6.0-g09
g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log

* użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów:
sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Siesta

2014-07-14T11:26:35Z

Amielniczek: /* Licencja */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Siesta
{{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0-rc2}}
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)'''

Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.

Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji
pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).

Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który
skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie
przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.

Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov

=== Licencja ===
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/academic-licence.html]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/computer-center-licence.html ]licencję indywidualną. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika.

W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do [[kontakt|administratorów]], pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.

=== Korzystanie w WCSS ===
Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[Supernova]].

/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2
Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel
pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow

=== Dokumentacja ===
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu]

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Molden

2014-07-14T09:07:49Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden 
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

;Główne zastosowanie:
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
* Animacja ścieżki reakcji.
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.

;Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]
# wstawić graficzne zadanie interaktywne
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre>
# załadować moduł molden
#:<pre>$ module load molden</pre>
# uruchomić program poleceniem molden
#:<pre>$ molden</pre>

;Molden w sieci
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

CP2K

2014-07-11T09:59:30Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K
{{aplikacja|nazwa=CP2K|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.5.1|wersja2=2.4|wersja3=2.3}}
===Informacje ogólne===

CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztwórów, molekuł i systemów biologicznych.

CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.:
* QM/MM
* Hartree-Fock
* Rachunek zaburzeń Mrllera-Plesseta i metoda MP2
* Teoria funkcjonału gęstości (DFT)
Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method).

CP2K jest łatwo dostępny, objęty licencją GPL. Może być efektywnie przetwarzany równolegle.

=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===

Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (dla wersji 2.4, dla wersji 2.5.1 jest to skrypt sub-cp2k_2.5, natomiast dla wersji 2.3 sub-cp2k_2.3)

/usr/local/bin/sub-cp2k plik.inp [parametry]

Skrypt przyjmuje następujące parametry (z których tylko pierwszy jest wymagany):
* nazwę pliku wejściowego
* '''-n''' N (gdzie N to liczba wnioskowanych węzłów)
* '''-c''' C (gdzie C to liczba wnioskowanych rdzeni per węzeł)
* '''-m''' M (gdzie M to ilość pamięci w MB)
* '''-q''' Q (gdzie Q to nazwa kolejki)

=== Input===

Wygląd oraz opis pliku inputowego programu CP2K wraz z dozwolonymi parametrami dostępny jest na stronie : http://manual.cp2k.org/trunk/

=== CP2K w sieci ===
* [http://www.cp2k.org/ Strona domowa CP2K]
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/cp2k Grupa google ]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

CP2K

2014-07-11T09:55:10Z

Amielniczek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K
{{aplikacja|nazwa=CP2K|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.5.1|wersja2=2.4|wersja3=2.3}}
===Informacje ogólne===

CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztwórów, molekuł i systemów biologicznych.

CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.:
* QM/MM
* Hartree-Fock
* Rachunek zaburzeń Mrllera-Plesseta i metoda MP2
* Teoria funkcjonału gęstości (DFT)
Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method).

=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===

Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (dla wersji 2.4, dla wersji 2.5.1 jest to skrypt sub-cp2k_2.5, natomiast dla wersji 2.3 sub-cp2k_2.3)

/usr/local/bin/sub-cp2k plik.inp [parametry]

Skrypt przyjmuje następujące parametry (z których tylko pierwszy jest wymagany):
* nazwę pliku wejściowego
* '''-n''' N (gdzie N to liczba wnioskowanych węzłów)
* '''-c''' C (gdzie C to liczba wnioskowanych rdzeni per węzeł)
* '''-m''' M (gdzie M to ilość pamięci w MB)
* '''-q''' Q (gdzie Q to nazwa kolejki)

=== Input===

Wygląd oraz opis pliku inputowego programu CP2K wraz z dozwolonymi parametrami dostępny jest na stronie : http://manual.cp2k.org/trunk/

=== CP2K w sieci ===
* [http://www.cp2k.org/ Strona domowa CP2K]
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/cp2k Grupa google ]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]