KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Bem overview

2020-05-19T12:31:49Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Bem overview
{{server
|nazwa=Bem
|zdjęcie=bem.jpg
|admini=prace-support @ wcss.pl
}}
'''Bem''' - computing cluster installed at [http://www.wcss.pl/english/ WCSS] (Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe, WCNS - Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing). The cluster is a part of PRACE Tier-1.

Part of the cluster is accessible through PRACE as Tier-1 machine. The following description refers to this part.

Cluster hardware components:
* service nodes,
* 720 computational nodes,
* computational network - Infiniband FDR,
* management network - gigabit ethernet.

Computational resources:
* 17280 CPU cores,
* ~ 47 TB RAM (~2.6 and ~ 5.3 GB/core),
* ~ 1.1 PB scratch storage ([[Lustre]]),

===Summary===
{|style="vertical-align: top;"
|align="right"|cluster : ||'''Bem''' || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|access node for PRACE users: ||'''prace-bem.wcss.pl''' (from public Internet) '''prace-bem-int.wcss.pl''' (from PRACE internal network)|| || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|disk space home/ :||NFS ~12 TB || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|scratch/ :||Lustre ~1.1 PB|| || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|operating system :||ScientificLinux 6.7|| || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|peak performance :||'''860 TFLOPS''' || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|nodes :|| '''computing nodes'''
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|CPU : ||Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz ("Haswell")
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|number of CPUs :
|2x twelve-core
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|RAM :
|64 GB (128 GB)
|-
|}

< [[Bem User Guide]] < Bem overview
[[Category:User Guide]]

Dyskusja użytkownika:Konrad.bednarek

2020-02-28T08:22:47Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Konrad.bednarek

2020-02-28T08:22:47Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Dyskusja użytkownika:Dotdurda

2020-02-28T08:19:00Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Dotdurda

2020-02-28T08:19:00Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Dyskusja użytkownika:Mm

2019-11-12T08:41:36Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Mm

2019-11-12T08:41:36Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Użytkownik:Teresa Sas

2019-09-04T06:40:20Z

Ask:

Pracownik WCSS.

Dyskusja użytkownika:Teresa Sas

2019-09-04T06:39:57Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Teresa Sas

2019-09-04T06:39:57Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Dyskusja użytkownika:Mateuszj

2018-09-03T10:18:37Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Mateuszj

2018-09-03T10:18:37Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Dyskusja użytkownika:Pbelzak

2018-09-03T10:18:16Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Pbelzak

2018-09-03T10:18:16Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

WCSS

Dyskusja użytkownika:Adamprz

2018-09-03T10:17:48Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Adamprz

2018-09-03T10:17:48Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Pion Prorektora ds. Współpracy z Gospodarką i Informatyzacji
Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe
Administrator Linux

Dyskusja użytkownika:T.zagozdzon

2017-11-24T08:39:35Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:T.zagozdzon

2017-11-24T08:39:35Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

autobiografia

Dyskusja użytkownika:Muchrons

2017-11-21T08:32:32Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Muchrons

2017-11-21T08:32:31Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Przekierowanie wyświetlania

2017-09-04T10:38:36Z

Ask: redir

#REDIRECT [[Logowanie]]

Bem User Guide

2017-05-16T14:03:26Z

Ask:

{{prace-user-guide}}

'''Bem User Guide'''
* [[Bem overview]]
* [[Logging in]]
* [[Modules]]
* [[Running Jobs on Bem]]
* [[Compilation]]
* [[Software]]
* [[Helpdesk]]

'''All DECI users are asked to acknowledge the usage of WCSS resources in publications: ''"We acknowledge that the results of this research have been achieved using the DECI resource Bem based in Poland at WCSS with support from the PRACE aisbl."'''''

[[Kategoria:User Guide]]

Bem User Guide

2017-05-16T14:02:55Z

Ask:

{{prace-user-guide}}

'''Bem User Guide'''
* [[Bem overview]]
* [[Logging in]]
* [[Modules]]
* [[Running Jobs on Bem]]
* [[Compilation]]
* [[Software]]
* [[Helpdesk]]

All DECI users are asked to acknowledge the usage of WCSS resources in publications: ''"We acknowledge that the results of this research have been achieved using the DECI resource Bem based in Poland at WCSS with support from the PRACE aisbl."''

[[Kategoria:User Guide]]

Bem User Guide

2017-05-16T14:00:37Z

Ask:

{{prace-user-guide}}

'''Bem User Guide'''
* [[Bem overview]]
* [[Logging in]]
* [[Modules]]
* [[Running Jobs on Bem]]
* [[Compilation]]
* [[Software]]
* [[Helpdesk]]

'''Acknowledgment''': "We acknowledge that the results of this research have been achieved using the DECI resource Bem based in Poland at WCSS with support from the PRACE aisbl."

[[Kategoria:User Guide]]

Running Jobs on Bem

2017-05-15T14:05:07Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem

The [[Bem overview|Bem Cluster]] uses PBS Pro to schedule jobs. Writing a submission script is typically the most convenient way to submit your job to the batch system. Example submission scripts (with explanations) are provided below for a few job types.

== Queues ==
To submit a job you do not need to provide the queue name, the system will submit your job to the proper queue '''based of the walltime''' parameter
qsub -l walltime

To see all the queues please run:
qstat -q

To check the parameters of the queue run:
qstat -Qf queue_name

You may submit your job to a dedicated queue '''prace''', but in current configuration the jobs in this queue still compete with other jobs for resources.

If you need dedicated resources, in case the cluster is heavy loaded, please [[Helpdesk|contact us]]. We will configure the prace queue with different parameters or priority for your project.

== Qsub ==
To run a simple '''interactive job''' with default resources (1CPU, 2000MB RAM) use the <code>-I</code> option and the <code>-l walltime=6:00:00</code> parameter (to set a walltme limit):
qsub -I -l walltime=6:00:00

Resources are requested by using <code>-l</code> option. The resources are assigned to chunks, and you may request different resources to every chunk. To request interactive job with 2 chunks with 2 CPUs and 300MB of memory plus 3 chunks with 1 CPU and 100MB of memory execute:
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=2:ncpus=2:mem=300mb+3:ncpus=1:mem=100mb

Qsub manual pages describes a lot of other interesting options (such as job dependencies, mail events etc). To see manual type:
man qsub

== Job submission scripts ==

If you are using the same software many times you probably want to use some scripting.
Qsub allows you to run your application from a script with all options defined inside. The example script "test.sh" defines PBS options, loads prace module and executes some commands:
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $dir
pwd
date
To submit a job you just type:
qsub test.sh
It submits your <code>test.sh</code> script as a 24 h job (<code>-l walltime=24:00:00</code>) with <code>job-name test-job</code> (<code>-N</code> parameter) requesting 1CPU and 100MB RAM in one chunk (<code>-l</code> option). PBS server will notice you on job beginning (<code>-m b</code>) and end (<code>-m e</code>).

After the end of the job it's output will be saved in a file "<code>test-job.o$JOBID</code>". <code>$JOBID</code> is the job number printed by qsub after successful job submission. File "<code>test-job.e$JOBID</code>" will contain <code>STDERR</code>. If your application's <code>STDOUT</code> will exceed 30MB please redirect it to a file in your home directory using standard bash redirection:
app_exec_command > output_filename

We usually write scripts that prepare some environment and then run qsub. The simple sub-test script to change job execution directory to the one the job was submitted from:
#!/bin/bash

C=$PWD

cat << EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $C
pwd
EOF

== Checking status of jobs ==

To see all your waiting and running jobs type:
qstat -u $USER

== Scratch directory ==

Directories for temporary files generated by computational programs are in the file system <code>/lustre/scratch</code> on Bem. The Lustre file system is available from all Bem cluster computing nodes and the archive node archiwum.wcss.pl. System plików Lustre jest dostępny ze wszystkich węzłów obliczeniowych klastra oraz na węźle do archiwizacji archiwum.wcss.pl. Directory backups in temporary space are not executed.
 User have access to the directories of your tasks <code>/lustre/scratch/tmp/pbs.JobID</code> and your personal directory <code>/lustre/scratch/$USER</code>
* '''/lustre/scratch/tmp/pbs.JobID''' Directories are created at the start of a task and deleted at the end of the task. Environment variable: $TMPDIR User have the right to write to your directories only in temporary space.
* '''/lustre/scratch/$USER''' Personal directories on <code>/lustre/scratch</code> are created after the user has made a reasoned request, which requires the administrator to review. Requests for such a directory can be sent to: '''kdm @ wcss.pl''' The contents of these directories are not deleted at the end of the computational task. User should control the occupancy of these directories so that redundant files do not take up unnecessary space.
 This directories would be available only on worker nodes, so if you want to access its contents, please do it in an interactive job.

< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem
[[Kategoria:User Guide]]

Running Jobs on Bem

2017-05-15T13:55:50Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem

The [[Bem overview|Bem Cluster]] uses PBS Pro to schedule jobs. Writing a submission script is typically the most convenient way to submit your job to the batch system. Example submission scripts (with explanations) are provided below for a few job types.

== Queues ==
You do not need to provide the queue name, the system will submit your job to the proper queue based of the walltime parameter
qsub -l walltime

To see all the queues please run:
qstat -q

To check the parameters of the queue run:
> qstat -Qf queue-name

You may submit your job to a dedicated queue '''prace''', but the jobs in the queue still compete with other jobs for resources.

If you need dedicated resources, in case the cluster is heavy loaded, please [[Helpdesk|contact us]]. We will configure the prace queue with different parameters or priority for your project.

== Qsub ==
To run a simple '''interactive job''' with default resources (1CPU, 2000MB RAM) use the <code>-I</code> option and the <code>-l walltime=6:00:00</code> parameter (to set a walltme limit):
qsub -I -l walltime=6:00:00

Resources are requested by using <code>-l</code> option. The resources are assigned to chunks, and you may request different resources to every chunk. To request interactive job with 2 chunks with 2 CPUs and 300MB of memory plus 3 chunks with 1 CPU and 100MB of memory execute:
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=2:ncpus=2:mem=300mb+3:ncpus=1:mem=100mb

Qsub manual pages describes a lot of other interesting options (such as job dependencies, mail events etc). To see manual type:
man qsub

== Job submission scripts ==

If you are using the same software many times you probably want to use some scripting.
Qsub allows you to run your application from a script with all options defined inside. The example script "test.sh" defines PBS options, loads prace module and executes some commands:
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $dir
pwd
date
To submit a job you just type:
qsub test.sh
It submits your <code>test.sh</code> script as a 24 h job (<code>-l walltime=24:00:00</code>) with <code>job-name test-job</code> (<code>-N</code> parameter) requesting 1CPU and 100MB RAM in one chunk (<code>-l</code> option). PBS server will notice you on job beginning (<code>-m b</code>) and end (<code>-m e</code>).

After the end of the job it's output will be saved in a file "<code>test-job.o$JOBID</code>". <code>$JOBID</code> is the job number printed by qsub after successful job submission. File "<code>test-job.e$JOBID</code>" will contain <code>STDERR</code>. If your application's <code>STDOUT</code> will exceed 30MB please redirect it to a file in your home directory using standard bash redirection:
app_exec_command > output_filename

We usually write scripts that prepare some environment and then run qsub. The simple sub-test script to change job execution directory to the one the job was submitted from:
#!/bin/bash

C=$PWD

cat << EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $C
pwd
EOF

== Checking status of jobs ==

To see all your waiting and running jobs type:
qstat -u $USER

== Scratch directory ==

Directories for temporary files generated by computational programs are in the file system <code>/lustre/scratch</code> on Bem. The Lustre file system is available from all Bem cluster computing nodes and the archive node archiwum.wcss.pl. System plików Lustre jest dostępny ze wszystkich węzłów obliczeniowych klastra oraz na węźle do archiwizacji archiwum.wcss.pl. Directory backups in temporary space are not executed.
 User have access to the directories of your tasks <code>/lustre/scratch/tmp/pbs.JobID</code> and your personal directory <code>/lustre/scratch/$USER</code>
* '''/lustre/scratch/tmp/pbs.JobID''' Directories are created at the start of a task and deleted at the end of the task. Environment variable: $TMPDIR User have the right to write to your directories only in temporary space.
* '''/lustre/scratch/$USER''' Personal directories on <code>/lustre/scratch</code> are created after the user has made a reasoned request, which requires the administrator to review. Requests for such a directory can be sent to: '''kdm @ wcss.pl''' The contents of these directories are not deleted at the end of the computational task. User should control the occupancy of these directories so that redundant files do not take up unnecessary space.
 This directories would be available only on worker nodes, so if you want to access its contents, please do it in an interactive job.

< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem
[[Kategoria:User Guide]]

Running Jobs on Bem

2017-05-15T13:27:39Z

Ask:

Bem User Guide

2017-05-15T13:04:02Z

Ask:

{{prace-user-guide}}

'''Bem User Guide'''
* [[Bem overview]]
* [[Logging in]]
* [[Modules]]
* [[Running Jobs on Bem]]
* [[Compilation]]
* [[Software]]
* [[Helpdesk]]

[[Kategoria:User Guide]]

Software

2017-05-15T13:03:28Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Software 

'''Scientific software''' installed and available to users on [[Supernova overview|Supernova]]. Some of the applications may require additional steps from users before they are allowed to use the software, like registration or acquiring a user license. Some applications have limited licenses (e.g. tokens for N concurrent jobs, for M concurrent users).

{|class="wikitable"
! Software !! Short description !! License issues !! Loading environment
|-
| Abaqus FEA
| SIMULIA Abaqus FEA (formerly ABAQUS) is a suite of software applications for finite element analysis and computer-aided engineering. WCSS has 25 license tokens shared by modules: Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct.
| limited number of tokens (~25)
| module load abaqus
|-
| ABINIT
| An open-source suite of programs for materials science (GNU GPL). ABINIT implements density functional theory, using a plane wave basis set and pseudopotentials, to compute the electronic density and derived properties of materials ranging from molecules to surfaces to solids.
| -
| module load abinit
|-
| Accelrys MS, DS
| Materials Studio is a suite of modeling and simulation programs for material science. Discovery Studio is a suite of modeling and simulation programs for life sciences.
| limited number of tokens (~30)
|
|-
| ADF
| ADF is a program for first-principles electronic structure calculations that make use of density functional theory (DFT). WCSS license includes Natural Bond Orbital (NBO).
| limited number of licenses (64 cores)
| module load adf
|-
| Amber
| Amber is a molecular dynamics software package that simulates force fields for molecular dynamics of biomolecules.
| site license
| module load amber
|-
| ANSYS Mechanical
| The software offers a solution for structural linear or nonlinear and dynamics analysis, provides a set of elements behavior, material models and equation solvers for a wide range of engineering problems.
| limited number of tokens (1)
| module load ansys_mechanical
|-
| ANSYS CFX
| The software is a general purpose fluid dynamics program with parallelized solver.
| limited number of tokens (3x4)
| module load cfx
|-
| ANSYS Fluent
| The software contains the broad physical modeling capabilities needed to model flow, turbulence, heat transfer, and reactions.
| limited number of tokens (3x4)
| module load fluent
|-
| APBS
| Software for evaluating the electrostatic properties of nanoscale biomolecular systems.
| -
| module load apbs
|-
| AutoDock
| A suite of automated docking tools designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure.
| -
| module load autodock
|-
| AutoDock Vina
| A program for drug discovery, molecular docking and virtual screening, offering multi-core capability, high performance and enhanced accuracy.
| -
| module load autodock_vina
|-
| Cfour
| A package for performing high-level quantum chemical calculations on atoms and molecules, equipped with high-level ''ab initio'' methods for the calculation of atomic and molecular properties.
| site license
| module load cfour
|-
| CP2K
| CP2K is a program to perform atomistic and molecular simulations of solid state, liquid, molecular, and biological systems. It provides a general framework for different methods such as e.g., density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves approach (GPW) and classical pair and many-body potentials.
| -
| module load cp2k
|-
| CPMD
| The CPMD code is a parallelized plane wave / pseudopotential implementation of Density Functional Theory, particularly designed for ''ab initio'' molecular dynamics.
| site license
| module load cpmd
|-
| CRYSTAL09
| A general-purpose program for the ''ab initio'' study of crystalline solids.
| site license
| module load crystal09
|-
| Dalton
| The Dalton2.0 and Dalton2011 are available. Dalton2011 consists of two molecular electronic structure programs, DALTON and LSDALTON. Together, the two programs provide a functionality for the calculations of molecular properties at the HF, DFT, MCSCF, and CC levels of theory. Many of these properties are ONLY available in the Dalton2011 suite.
| site license
| module load dalton/2.0 module load dalton/2011
|-
| FDS-SMV
| Fire Dynamics Simulator (FDS) is a computational fluid dynamics (CFD) model of fire-driven fluid flow. The software solves numerically a form of the Navier-Stokes equations appropriate for low-speed, thermally-driven flow, with an emphasis on smoke and heat transport from fires. Smokeview (SMV) is a visualization program that is used to display the output of FDS and CFAST simulations.
| -
| module load fds-smv
|-
| GAMESS
| GAMESS is a program for ''ab initio'' molecular quantum chemistry. GAMESS can compute SCF wavefunctions ranging from RHF, ROHF, UHF, GVB, and MCSCF.
| site license
| module load gamess
|-
| Gaussian
| Gaussian is the electronic structure program, used by chemists, chemical engineers, biochemists, physicists and other scientists worldwide. Starting from the fundamental laws of quantum mechanics, Gaussian 09 predicts the energies, molecular structures, vibrational frequencies and molecular properties of molecules and reactions in a wide variety of chemical environments. Gaussian 09’s models can be applied to both stable species and compounds which are difficult or impossible to observe experimentally (e.g., short-lived intermediates and transition structures).
| site license
| module load gaussian
|-
| Gromacs
| GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles. It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but is also used for research on non-biological systems, e.g. polymers.
| -
| module load gromacs
|-
| Lumerical FDTD, MODE
| Lumerical FDTD is a high performance FDTD-method Maxwell solver for the design, analysis and optimization of nanophotonic devices, processes and materials. Lumerical MODE is a versatile waveguide mode solver and propagation simulators for the design, analysis and optimization of waveguide devices, components and subsystems
| limited number of licenses (MODE: 12, FDTD: 12)
| module load fdtd 
module load mode
|-
| Mathematica
|
| limited number of tokens (only for WUT)
| module load mathematica
|-
| Matlab
| MATLAB is a programming environment for algorithm development, data analysis, visualization, and numerical computation.
| limited number of tokens
| module load matlab
|-
| Meep
| Meep is a free finite-difference time-domain (FDTD) simulation software package developed at MIT to model electromagnetic systems.
| -
| module load meep
|-
| MOLCAS
| is an ''ab initio'' computational chemistry software with focus placed on methods for calculating general electronic structures in molecular systems in both ground and excited states.
| site license
| module avail molcas
|-
| Molden
| Molden is a package for displaying Molecular Density from the ''ab initio'' packages GAMESS-UK, GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the Molden Format.
| site license
| module load molden
|-
| Molpro
| Molpro is a complete system of ''ab initio'' programs for molecular electronic structure calculations.
| site license
| module load molpro
|-
| MOPAC
| MOPAC (Molecular Orbital PACkage) is a semiempirical quantum chemistry program based on Dewar and Thiel's NDDO approximation.
| license limited to 1 CPU (all available cores)
| module load mopac
|-
| MPB
| MIT Photonic Bands package is a free program for computing the band structures (dispersion relations) and electromagnetic modes of periodic dielectric structures.
| -
| module load mpb
|-
| NAMD
| NAMD is a parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
| -
| module load namd
|-
| NWChem
| NWChem is a set of computational chemistry tools and can handle: Biomolecules, nanostructures, and solid-state; From quantum to classical, and all combinations, Gaussian basis functions or plane-waves; Scaling from one to thousands of processors; Properties and relativity.
| -
| module load nwchem
|-
| OpenFOAM
| OpenFOAM (Open Field Operation and Manipulation) is a package for CFD simulations.
| -
| module load openfoam
|-
| Orca
| Orca is an ''ab initio'', Density Functional and Semiempirical program package.
| -
| module load orca
|-
| R
| R is a free software environment for statistical computing and graphics.
| -
| module load r
|-
| Rosetta
| Rosetta is a software suite for predicting and designing protein structures, protein folding mechanisms, and protein-protein interactions.
| site license
| module load rosetta
|-
| Siesta
| SIESTA is both a method and its computer program implementation, to perform efficient electronic structure calculations and ''ab initio'' molecular dynamics simulations of molecules and solids.
| site license (user personal license required)
| module load siesta module load transiesta
|-
| TURBOMOLE
| TURBOMOLE is a package for ''ab initio'' electronic structure calculations.
| -
| module load turbomole
|-
| VASP
|
| users must bring own license
| module load vasp (5.4.1-intel15.0 default)
|-
| VMD
| VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting.
|
| module load vmd
|-
| WIEN2k
| WIEN2k allows to perform electronic structure calculations of solids using density functional theory (DFT). It is based on the full-potential (linearized) augmented plane-wave ((L)APW) + local orbitals (lo) method, one among the most accurate schemes for band structure calculations.
| users must bring own license
| module load wien2k
|-
|}

< [[Bem User Guide]] < Software 

[[Category:User Guide]]

Running Jobs on Bem

2017-05-15T12:52:26Z

Ask: /* Scratch directory */

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Supernova

The [[Bem overview|Bem Cluster]] uses PBS Pro to schedule jobs. Writing a submission script is typically the most convenient way to submit your job to the batch system. Example submission scripts (with explanations) are provided below for a few job types.

== Qsub ==
To run a simple '''interactive job''' with default resources (1CPU, 2000MB RAM) use the <code>-I</code> option and the <code>-l walltime=6:00:00</code> parameter (to set a walltme limit):
qsub -I -l walltime=6:00:00

Resources are requested by using <code>-l</code> option. The resources are assigned to chunks, and you may request different resources to every chunk. To request interactive job with 2 chunks with 2 CPUs and 300MB of memory plus 3 chunks with 1 CPU and 100MB of memory execute:
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=2:ncpus=2:mem=300mb+3:ncpus=1:mem=100mb

Qsub manual pages describes a lot of other interesting options (such as job dependencies, mail events etc). To see manual type:
man qsub

== Job submission scripts ==

If you are using the same software many times you probably want to use some scripting.
Qsub allows you to run your application from a script with all options defined inside. The example script "test.sh" defines PBS options, loads prace module and executes some commands:
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $dir
pwd
date
To submit a job you just type:
qsub test.sh
It submits your <code>test.sh</code> script as a 24 h job (<code>-l walltime=24:00:00</code>) with <code>job-name test-job</code> (<code>-N</code> parameter) requesting 1CPU and 100MB RAM in one chunk (<code>-l</code> option). PBS server will notice you on job beginning (<code>-m b</code>) and end (<code>-m e</code>).

After the end of the job it's output will be saved in a file "<code>test-job.o$JOBID</code>". <code>$JOBID</code> is the job number printed by qsub after successful job submission. File "<code>test-job.e$JOBID</code>" will contain <code>STDERR</code>. If your application's <code>STDOUT</code> will exceed 30MB please redirect it to a file in your home directory using standard bash redirection:
app_exec_command > output_filename

We usually write scripts that prepare some environment and then run qsub. The simple sub-test script to change job execution directory to the one the job was submitted from:
#!/bin/bash

C=$PWD

cat << EOF | qsub
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB
#PBS -m be
#PBS -N test-job

module load prace
cd $C
pwd
EOF

== Checking status of jobs ==

To see all your waiting and running jobs type:
qstat -u $USER

== Scratch directory ==

If your application is <code>I/O</code> intensive you may ask (please write to the prace-support@wcss.pl) for setting up your scratch directory for storing and accessing the data during computation:
/lustre/scratch/$USER
This directory would be available only on worker nodes, so if you want to access its contents, please do it in an interactive job.

< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem
[[Kategoria:User Guide]]

Bem User Guide

2017-05-15T12:40:19Z

Ask:

{{prace-user-guide}}

'''Bem User Guide'''
* [[Bem overview]]
* [[Logging in]]
* [[Modules]]
* [[Running Jobs on Bem]]
* [[Compilation]]
* [[Helpdesk]]

[[Kategoria:User Guide]]

Logging in

2017-05-15T11:04:58Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Logging in

If you don't have local WCSS account or grid certificate please contact your home site support. If you don't have home site contact [[Helpdesk|us directly]].

You may choose the way you log in to the system from the possibilities described below.

== From public network ==
If you log in through public internet you must use the Bem public address '''prace-bem.wcss.pl'''.
=== SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account (with use of SSH key or a password)
; Commands to log in
ssh username@prace-bem.wcss.pl

== From PRACE network ==
If you log in through one of the PRACE Door Nodes or other PRACE partner system (connected to PRACE network) you may use the Bem internal address '''prace-bem-int.wcss.pl'''. This gives you a connection via 10 GB link.
=== SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
; Commands to log in
ssh username@prace-bem-int.wcss.pl

=== GSI-SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
* grid certificate on PRACE Door Node
* DN of the certificate registered on the machine (it is done by a site administrator)
; Commands to log in
grid-proxy-init
gsissh username@prace-bem-int.wcss.pl -p2222

< [[Bem User Guide]] < Logging in
[[Kategoria:User Guide]]

Logging in

2017-05-15T10:12:20Z

Ask:

{{Prace-user-guide}}
< [[Bem User Guide]] < Logging in

If you don't have local WCSS account or grid certificate please contact your home site support. If you don't have home site contact [[Helpdesk|us directly]].

You may choose the way you log in to the system from the possibilities described below.

== From PRACE network ==
If you log in through one of the PRACE Door Nodes or other PRACE partner system (connected to PRACE network) you may use the Bem internal address '''prace-bem-int.wcss.pl'''. This gives you a connection via 10 GB link.
=== SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
; Commands to log in
ssh username@prace-bem-int.wcss.pl

=== GSI-SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
* grid certificate on PRACE Door Node
* DN of the certificate registered on the machine (it is done by a site administrator)
; Commands to log in
grid-proxy-init
gsissh username@prace-bem-int.wcss.pl -p2222

== From public network ==
If you log in through public internet you must use the Bem public address '''prace-bem.wcss.pl'''.
=== SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
; Commands to log in
ssh username@prace-bem.wcss.pl

=== GSI-SSH ===
; Prerequisites
* local WCSS account
* grid certificate on the machine
* DN of the certificate registered on the machine (it is done by a site administrator)
* globus-toolkit or at least gsissh client on the machine
; Commands to log in
grid-proxy-init
gsissh username@prace-bem.wcss.pl -p2222

< [[Bem User Guide]] < Logging in
[[Kategoria:User Guide]]

Supernova overview

2017-05-09T08:10:09Z

Ask:

{{uwaga|This page is obsolete, the machine has been decommissioned, please go to [[Bem User Guide]]}}
< [[Supernova User Guide]] < Supernova overview
{{server
|nazwa=Supernova
|zdjęcie=Nova 2011 01.jpg
|admini=prace-support @ wcss.pl
}}
'''Supernova''' - computing cluster installed at [http://www.wcss.pl/english/ WCSS] (Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe, WCNS - Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing). The cluster is a part of PRACE Tier-1 infrastructure and EGI grid infrastructure (via national PL-Grid initiative).

Part of the cluster is accessible through PRACE as Tier-1 machine. The following description refers to this part.

Cluster hardware components:
* access node,
* service nodes,
* 404 computational nodes (wn329 - wn732),
* computational network - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
* management network - gigabit ethernet.

Computational resources:
* 4848 CPU cores,
* >9,5 TB RAM (2GB/core),
* ~247 TB storage (40 TB NFS + 207 TB [[Lustre]]),
* node to node communication: throughput 20 Gbps, latency < 5 us.

===Summary===
{|style="vertical-align: top;"
|align="right"|cluster : ||'''Supernova''' || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|access node for PRACE users: ||'''prace.wcss.pl''' (from public Internet) '''prace-int.wcss.pl''' (from PRACE internal network)|| || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|disk space home/ (backup) :||NFS 40TB || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|scratch/ (no backup) :||Lustre || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|operating system :||ScientificLinux || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|peak performance :||'''30 TFLOPS''' || || ||
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|nodes :||'''access node'''|| '''computing nodes'''
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|CPU : ||Intel Xeon X3220 2.4 GHz ("Kentsfield", 65 nm) || Intel Xeon X5650 2.67 GHz ("Westmere-EP", 32 nm)
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|number of CPUs :
|1x quad-core
|2x six-core
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|cache L2 :
|4MB
|12MB
|-style="vertical-align: top;"
|align="right"|RAM :
|8GB
|24GB
|-
|}

< [[Supernova User Guide]] < Supernova overview
[[Category:User Guide]]

Dyskusja użytkownika:Jaroslaw.zaklika

2017-03-16T09:24:29Z

Ask:

'''Witaj w ''KdmWiki''!''' Mamy nadzieję, że włączysz się aktywnie w tworzenie KdmWiki.
Zacznij od zapoznania się ze [[KdmWiki:Tworzenie_haseł|stronami pomocy]]. Jeszcze raz witamy i życzymy przyjemnej pracy! [[Użytkownik:Ask|Ask]] ([[Dyskusja użytkownika:Ask|dyskusja]]) 10:16, 16 mar 2017 (CET)
: Nadałam Ci uprawnienia administrtora. Ostrożnie z usuwaniem :-). [[Użytkownik:Ask|Ask]] ([[Dyskusja użytkownika:Ask|dyskusja]]) 10:24, 16 mar 2017 (CET)

Dyskusja użytkownika:Jaroslaw.zaklika

2017-03-16T09:16:42Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Jaroslaw.zaklika

2017-03-16T09:16:42Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

ANSYS Fluent

2017-02-23T12:03:38Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS Fluent
{{aplikacja|nazwa=ANSYS Fluent|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=16.2 |serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2 }}
'''ANSYS Fluent''' - oprogramowanie do obliczeniowej mechaniki płynów. Od 2010 r. solver Fluent jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS CFX|CFX]] i środowisko ''Workbench 2''.

Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.

== Licencja ==
Fluent jest częścią pakietu [[ANSYS|Ansys Academic Multiphysics Campus Solution]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ANSYS Fluent jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).

=== Bem ===
Fluent jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Bem]]. Aby ustawić środowisko aplikacji należy załadować moduł poleceniem (wersja domyślna):
$ module load fluent


==== Uruchamianie aplikacji ====
Fluent może działać w trybie interaktywnym lub wsadowym. Zalecane jest, aby trybu interaktywnego używać do zdefiniowania modelu, krótkich testów oraz postprocessingu, natomiast obliczenia przeprowadzać wsadowo. Tryb wsadowy wymaga przygotowania pliku z danymi modelu i poleceniami programu, co można wykonać z poziomu GUI.

===== Interfejs graficzny =====
Aby skorzystać z GUI Fluenta na klastrze Supernova należy:
# Zalogować się na serwer z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowanie wyświetlania]]
#: <pre> > ssh -X login@bem.wcss.pl</pre>
# Uruchomić zadanie interaktywne w systemie kolejkowania (najlepiej w kolejce short6h, która ma wysoki priorytet, więc zadanie uruchomi się możliwie najszybciej)
#: <pre> > qsub -X -I -l software=Fluent </pre>
# Ustawić środowisko
#: <pre> > module load fluent/15.0</pre>
# Uruchomić aplikację lub środowisko Workbench
#: <pre> > fluent</pre>
#:Jako argumenty polecenia można podać z jaką dokładnością mają być przeprowadzane obliczenia (domyślnie pojedyncza precyzja, możliwe jest ustawienie podwójnej precyzji - <code>dp</code>) oraz wymiar przestrzenny modelu (<code>2d, 3d</code>).
#:
#:Przykład: Uruchomienie Fluenta z podwójną precyzją i modelem w 3D:
#: <pre>> fluent 3ddp</pre>

===== Interfejs tekstowy =====
Aby skorzystać z interfejsu tekstowego w trybie konwersacyjnym należy uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:
> module load fluent
> fluent -g

Można wówczas wybrać precyzję obliczeń i wymiar przestrzenny modelu, lub podać te parametry od razu przy wywołaniu polecenia.

Przykład: Uruchomienie konsoli Fluenta z pojedynczą precyzją i modelem w 2D:
> module load fluent/15.0
> fluent -g 2d

Z konsoli wychodzi się poleceniem <code>exit</code>.

===== Uruchamianie zadań w kolejce =====
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki na klastrze Supernova można korzystać z gotowych skryptów:
sub-fluent-15.0 arch plik_wejsciowy [kolejka] [liczba_rdzeni] [pamiec_per_rdzen_w_MB]
sub-fluent-14.5 arch plik_wejsciowy [kolejka] [liczba_rdzeni] [pamiec_per_rdzen_w_MB]
sub-fluent-13.0 arch plik_wejsciowy [kolejka] [liczba_rdzeni] [pamiec_per_rdzen_w_MB]

Gdzie:
* <code>arch</code>: 2d 3d 2ddp 3ddp,
* <code>plik_wejsciowy</code> - plik wejściowy z poleceniami dla Fluenta,
* <code>kolejka</code> - opcjonalnie, nazwa kolejki w systemie kolejkowym, domyślnie stosowana jest kolejka <code>normal</code>,
* <code>liczba_rdzeni</code> - opcjonalnie, liczba rdzeni, na których ma się liczyć zadanie. Jeśli nie jest podana, wtedy domyślnie ma wartość 1,
* <code>pamiec_per_rdzen_w_MB</code> - opcjonalnie, ile pamięci operacyjnej ma zostać zarezerwowane dla pojedynczego rdzenia.

Zadania są uruchamiane przez skrypt bez grafiki. Zadania równoległe działają z wykorzystaniem sieci Infiniband.

===== Środowisko Workbench =====
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z przekierowaniem wyświetlania, uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:
> module load fluent
> runwb2

=== Klaster kampusowy ===
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu usługi].

Następnie można założyć rezerwację na wersję dydaktyczną programu (v.13) lub badawczą (v.14.5).

== Instalacja na własnym komputerze ==
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami.

== Dokumentacja ==
Dokumentacja Fluenta jest dostępna po wykonaniu polecenia na Supernovej:
> module load fluent
> fluent -help

* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+Fluent Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ANSYS CFD

2017-02-23T08:40:16Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS CFD
{{aplikacja|nazwa=ANSYS CFD|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=16.2.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}
'''ANSYS CFD''' - oprogramowanie firmy ANSYS przeznaczone do obliczeniowej mechaniki płynów, na które składa się solver [[ANSYS Fluent|Fluent]], solver [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]] i środowisko ''Workbench 2''.

== Licencja ==
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' (7 sztuk) i 10 licencji HPC. Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań''' działających równocześnie, każde na maksymalnie 4 rdzenie z możliwością dodania do 10 rdzeni z puli HPC.

Pakiet v.13.0 na licencji '''edukacyjnej''' udostępniany jest także na infrastrukturze PLATON U3 ([[klaster kampusowy]]). Dostępnych jest '''25''' licencji.

== Korzystanie w WCSS ==
Pakiet programów ANSYS CFD jest zainstalowany na klastrach [[Bem]] i [[Supernova]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna i badawcza).
Sposób ustawienia środowiska i uruchamiania wybranych modułów CFD opisany jest na stronach:
* [[ANSYS Fluent]]
* [[ANSYS CFX]]
* [[ANSYS ICEM CFD]]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Instalacja na własnym komputerze ==
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta/CFX/ICEM CFD (wersja badawcza) na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami.

Jeśli ta możliwość zostanie potwierdzona należy:

* Pobrać ze wskazanego miejsca i zainstalować pakiet ANSYS na wybraną architekturę;
* Nawiązać połączenie '''VPN WCSS''' zgodnie z [[Korzystanie z VPN|instrukcją]];
* Podczas instalacji podać w oknie konfiguracji licencji:
** ANSYS Licensing Interconnect port number - '''1734'''
** ANSYS FLEXlm port number - '''1723'''
** serwer licencji - '''licenses2.icm.edu.pl'''

Połączenie z VPN WCSS powinno być każdorazowo nawiązywane przed i pozostawać aktywne podczas korzystania z aplikacji.

== Dokumentacja ==
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+CFD Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/ANSYS Informacje o licencji krajowej]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Abaqus

2017-02-02T10:20:24Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABAQUS

{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017|wersja2=6.14-2|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=6.14-AP|serwer3=Do pobrania|wersja31=6.14-AP |kontakt=kdm@wcss.pl}}

'''ABAQUS''' (Abaqus Unified FEA) - pakiet komercyjny dostarczany przez Dassault Systemes, służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.

W styczniu 2015 została zainstalowana wersja '''6.14-AP'''. Od tego dnia starsze wersje nie są dostępne, dotyczy to także dokumentacji.

Od lutego 2017 dostępna jest również wersja '''2017'''.

== Informacje ogólne ==
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.

Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:

*'''ABAQUS/Standard'''
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.
*'''ABAQUS/Explicit'''
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.
*'''ABAQUS/CAE'''
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.
:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.
[[Plik:Image001.gif|right|380px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]
Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.

== Licencja ==
Licencje zakupione przez WCSS są dostępne '''wyłącznie do badań'''.
*Do nauki można otrzymać wersję Abaqus Student Edition
http://www.budsoft.com.pl/abaqusFEA/abaqus-dla-studentow
*Do obliczeń komercyjnych należy zakupić odpowiednią licencję z własnych środków.

WCSS posiada '''35''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSa w WCSS.

Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:

* 7 zadań jednoprocesorowych: 7*5 tokenów = 35 tokenów, 7 CPU
* 3 zadania 7-procesorowe: 3*(5+6) = 33 tokeny, 21 CPU

Innym ograniczeniem jest liczba licencji CAE, w 2015 roku jest to '''4'''.

Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:

> abaqus licensing -ru

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== Umowa Użytkownika Akademickiego ===
Użytkownik licencji Abaqus podpisuje Umowę Użytkownika Akademickiego (będącą załącznikiem A do Umowy Licencyjnej). Tekst oryginalny w języku angielskim, dostępne jest polskie tłumaczenie.

== Korzystanie w WCSS ==
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]]. Zaleca się, aby obliczenia długotrwałe uruchamiać na Bemie.

Najlepszym sposobem na korzystanie z interfejsu graficznego programu ABAQUS jest zalogowanie się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego klient [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]].

=== Bem ===
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja 6.14-2 oraz 2017. Instalacja umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads) oraz uruchomienie interfejsu graficznego CAE.

===== Środowisko i praca interaktywna =====
Interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne:
> qsub -X -I -l walltime=4:00:00
> module load abaqus
> abaqus cae

Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:
> abaqus help

===== Uruchamianie zadań w kolejce =====
Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać korzystając z dostępnego skryptu sub-abaqus-6.14

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-abaqus
Usage: /usr/local/bin/sub-abaqus input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-j job_name

Na przykład

> sub-abaqus test.inp -q main -p 2 -m 4000 -w 2 -j job_name

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach, wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

===== Środowisko i praca interaktywna =====
Na klastrze Bem interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne.

Do uruchomiania aplikacji w zadaniu interaktywnym służą następujące polecenia:
> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -N Abaqus_6.14-2
> module load abaqus
> abaqus cae

Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:
> abaqus help

Jak uzyskać informacje o kolejkach dostępnych na klastrze Bem opisano w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].

=== Klaster kampusowy ===
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu].

== Korzystanie na własnym komputerze ==
Zarejestrowany użytkownik WCSS może zainstalować oprogramowanie Abaqus na własnym komputerze i zdalnie korzystać z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]]. Pliki instalacyjne można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]]

=== Dostęp do serwera licencji ===
Podczas instalacji jako adres serwera licencji należy podać:

'''27000@menkar.wcss.pl'''

Gdyby zachodziła konieczność zmiany tej informacji już po instalacji programu, to można to zrobić edytując plik '''abaqus_v6.env''', który należy wyszukać w katalogu instalacji (dokładna lokalizacja może być różna dla różnych wersji). Adres serwera licencji podany jest tam jako wartość parametru '''abaquslm_license_file''', np.

'''abaquslm_license_file="27000@menkar.wcss.pl"'''

== Dokumentacja ==
* [http://www.3ds.com Strona domowa Dassault Systemes]
* [http://www.3ds.com/products/simulia/portfolio/abaqus/overview/ Opis produktu na stronie producenta]
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]

=== Publikacje wprowadzające do MES ===
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Lista serwerów

2016-08-08T05:47:48Z

Ask: - supernova

'''[[Bem]]''' ⋅ '''[[Klaster kampusowy]]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Dyskusja użytkownika:Magda

2016-08-08T05:40:44Z

Ask: Witaj!

Użytkownik:Magda

2016-08-08T05:40:43Z

Ask: Tworznie strony użytkownika dla nowego użytkownika.

Galeria zdjęć (Nova)

2016-05-06T13:31:08Z

Ask: /* Supernova 2010/2011 */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < [[Galeria zdjęć KDM]]

Galeria klastra [[Nova]].

== Supernova 2010/2011 ==
Nowe węzły klastra [[Nova]] (nazwane SuperNova) dodane na przełomie 2010/2011 roku (serwerownia 101/7, bud. D-2).
<gallery>
Plik:Nova_2011_01.jpg
Plik:Nova_2011_03.jpg
Plik:Nova_2011_06.jpg
Plik:Nova_2011_02.jpg
Plik:Nova_2011_05.jpg
Plik:Nova_2011_07.jpg
Plik:Nova_2011_04.jpg
</gallery>

== Nova 2009 ==
Klaster [[Nova]] rozbudowany w 2009 roku (8 szaf).
<gallery>
Grafika:Nova 2009 001.jpg
Grafika:Nova 2009 003.jpg
Grafika:Nova 2009 004.jpg
Grafika:Nova 2009 005.jpg
Grafika:Nova 2009 006.jpg
Grafika:Nova 2009 007.jpg
Grafika:Nova 2009 008.jpg
Grafika:Nova 2009 009.jpg
</gallery>

== Nova 2008 ==
Klaster [[Nova]] rozbudowany w 2008 roku (6 szaf).
<gallery>
Grafika:Nova2008 01.jpg
Grafika:Nova2008 02.jpg
Grafika:Nova2008 04.jpg
Grafika:Nova2008 05.jpg
Grafika:Nova2008 06.jpg
Grafika:Nova2008 07.jpg
Grafika:Nova2008 09.jpg
Grafika:Nova2008 11.jpg
Grafika:Nova2008 12.jpg
Grafika:Nova2008 13.jpg
Grafika:Nova2008 14.jpg
Grafika:Nova2008 10.jpg
Grafika:Nova2008 15.jpg
</gallery>

== Nova 2007 ==
Klaster [[Nova]] w początkowej konfiguracji (2 szafy), zainstalowany w 2007 r.
<gallery>
Grafika:Egee06.jpg
Grafika:Egee05.jpg
Grafika:Egee07.jpg
Grafika:Egee.jpg
Grafika:Egee04.jpg
Grafika:Egee03.jpg
Grafika:Egee01.jpg
Grafika:Egee02.jpg
</gallery>

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Galerie]]

Galeria zdjęć (Bem)

2016-05-06T13:29:57Z

Ask: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Galeria zdjęć KDM Galeria klastra Bem. <gallery> Plik:bem.jpg|Bem, 2015 </galle..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < [[Galeria zdjęć KDM]]

Galeria klastra [[Bem]].
<gallery>
Plik:bem.jpg|Bem, 2015
</gallery>

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Galerie]]

Galeria zdjęć KDM

2016-05-06T13:28:42Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Galeria zdjęć KDM

=== Maszyny obliczeniowe KDM WCSS ===
<gallery>
Plik:bem.jpg|[[Bem]] ([[Galeria zdjęć (Bem)|galeria]])
Plik:Klaster kampusowy 01.jpg| [[Klaster kampusowy]]
</gallery>

===Wycofane===
<gallery>
Grafika:Nova 2011 01.jpg|[[Supernova]] ([[Galeria zdjęć (Nova)|galeria]])
Grafika:Alpha.jpg|[[Alpha]] ([[Galeria zdjęć (Alpha)|galeria]])
Grafika:Net-grom1.jpg‎|[[Grom]] ([[Galeria zdjęć (Grom)|galeria]])
Grafika:Gromada.jpg|[[Gromada]] ([[Galeria zdjęć (Gromada)|galeria]])
Grafika:Leo.jpg|[[Leo]] ([[Galeria zdjęć (Leo)|galeria]])
Grafika:Letycja.jpg|[[Letycja]] ([[Galeria zdjęć (Letycja)|galeria]])
Grafika:Panda.jpg|[[Panda]] ([[Galeria zdjęć (Panda)|galeria]])
Grafika:Tezro.jpg|[[Tezro]] ([[Galeria zdjęć (Tezro)|galeria]])
Grafika:Uklad01.jpg|[[Układ]] I ([[Galeria zdjęć (Układ)|galeria]])
Grafika:Uklad02.jpg|[[Układ]] II ([[Galeria zdjęć (Układ)|galeria]])
</gallery>

'''Zobacz też:''' [[Historia KDM WCSS (galeria)]].

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Galerie]]

Galeria zdjęć KDM

2016-05-06T13:28:15Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Galeria zdjęć KDM

=== Maszyny obliczeniowe KDM WCSS ===
<gallery>
Plik:Bem.jpg|[[Bem]] ([[Galeria zdjęć (Bem)|galeria]])
Plik:Klaster kampusowy 01.jpg| [[Klaster kampusowy]]
</gallery>

===Wycofane===
<gallery>
Grafika:Nova 2011 01.jpg|[[Supernova]] ([[Galeria zdjęć (Nova)|galeria]])
Grafika:Alpha.jpg|[[Alpha]] ([[Galeria zdjęć (Alpha)|galeria]])
Grafika:Net-grom1.jpg‎|[[Grom]] ([[Galeria zdjęć (Grom)|galeria]])
Grafika:Gromada.jpg|[[Gromada]] ([[Galeria zdjęć (Gromada)|galeria]])
Grafika:Leo.jpg|[[Leo]] ([[Galeria zdjęć (Leo)|galeria]])
Grafika:Letycja.jpg|[[Letycja]] ([[Galeria zdjęć (Letycja)|galeria]])
Grafika:Panda.jpg|[[Panda]] ([[Galeria zdjęć (Panda)|galeria]])
Grafika:Tezro.jpg|[[Tezro]] ([[Galeria zdjęć (Tezro)|galeria]])
Grafika:Uklad01.jpg|[[Układ]] I ([[Galeria zdjęć (Układ)|galeria]])
Grafika:Uklad02.jpg|[[Układ]] II ([[Galeria zdjęć (Układ)|galeria]])
</gallery>

'''Zobacz też:''' [[Historia KDM WCSS (galeria)]].

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Galerie]]

Serwery wycofane z eksploatacji

2016-05-06T13:16:45Z

Ask:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Serwery wycofane z eksploatacji

Serwery KDM wycofane z eksploatacji:

* [[Alpha]] (Compaq AlphaServer ES40)
* [[Grom]] (SGI Origin 2400)
* [[Gromada]] (klaster Itanium2)
* [[Leo]] (SGI Altix 3700 Bx2)
* [[Letycja]] (SGI Onyx)
* [[Panda]] (SGI Octane)
* [[Supernova]] (klaster Intel Core micro Architecture, EM64T, Linux), do 2015 r.
* [[Tezro]] (SGI Tezro)
* [[Układ]] (klaster PC)

'''Zobacz też:''' [[Historia KDM WCSS (galeria)]]

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Wycofane serwery]]

Oprogramowanie naukowe/en

2016-05-06T13:14:02Z

Ask:

[[Plik:pl.jpg|right|link={{#titleparts: {{PAGENAME}} | 1 }}]]
< [[Podręcznik użytkownika KDM/en|HPC User Guide]] < [[Oprogramowanie KDM/en|Software]] < Scientific Packages

Besides computing resources WCSS offers a set of scientific applications. Applications may be used on our resources or, in some cases, installed by a user on his own computer.

;Scientific software list:
:{{Lista aplikacji}}

[[Kategoria:HPC User Guide]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Oprogramowanie naukowe

2016-05-06T13:13:26Z

Ask:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < Oprogramowanie naukowe

[[WCSS]] udostępnia na [[KDM|Komputerach Dużej Mocy]] szereg programów do obliczeń naukowych. Oprogramowanie może być wykorzystywane na maszynach obliczeniowych po uzyskaniu [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grantu obliczeniowego]]. W przypadku części programów istnieje możliwość zainstalowania ich na stacjach użytkowników, ze wskazaniem serwera licencji działającego w KDM. W tym celu należy zgłosić się do [[Kontakt|administratorów KDM]].

;Lista oprogramowania:
:{{Lista aplikacji}}

;Lista niewspieranego oprogramowania
:''(Użytkowników zainteresowanych korzystaniem z poniższego oprogramowania prosimy o [[kontakt]], w celu ustalenia możliwości jego instalacji lub zakupu.)''
:{{Lista niewspieranych aplikacji}}

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]