KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:31:37Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 15/20
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5 CRITICAL 4/20
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 4/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie (Used) oraz iloczyn: liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Wall*ncpus)

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:18:25Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 15/20
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5 CRITICAL 4/20
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 4/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:17:35Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 15/20
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5 CRITICAL 4/20
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 3/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:16:18Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 14/20
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5 CRITICAL 4/20
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 3/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:14:18Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 28/20
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 5/5 CRITICAL 4/20
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 3/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T09:09:19Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 71% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 71h, natomiast zarezerwowano 100h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 71/1000 OK 71/100
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 12/12 CRITICAL 1/12
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 4/12 WARNING 3/12

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_zaalokowanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 71h czasu CPU oraz 71h walltime'u. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:53:25Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10 OK 5/5

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:48:40Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty CRITICAL, WARNING oraz OK w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:47:19Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:43:16Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 5/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-19T08:29:45Z

Justa: /* Narzędzia monitorujące na klastrze Bem */

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:29:12Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:28:55Z

Justa:

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:28:27Z

Justa: /* Narzędzia monitorujące na klastrze Bem */

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''
Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem

2016-07-19T08:27:11Z

Justa: Utworzono nową stronę "==== Narzędzia monitorujące na klastrze Bem ==== Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz..."

==== Narzędzia monitorujące na klastrze Bem ====

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Podręcznik użytkownika KDM

2016-07-19T08:25:04Z

Justa:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania]]
##[[Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-18T08:27:33Z

Justa: /* Narzędzia monitorujące na klastrze Bem */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są przez nie odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez zadania (uruchomione lub historyczne).

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

Za parametr '''liczba_dni_do_sprawdzenia''' należy podać liczbę dni, dla których mają zostać sprawdzone informacje o zadaniu.

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie czasu obliczeniowego ====
Etykieta "resources_used.walltime" wskazuje ilość czasu obliczeniowego wykorzystanego przez zadanie, natomiast etykieta "Resource_List.walltime" wyświetla informacje o liczbie godzin obliczeniowych zarezerwowanych dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykonywało się przez 48 min. i 40 s , natomiast dla zadania zarezerwowanych zostało 20 godzin obliczeniowych.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie parametru walltime umożliwia skrócenie czasu oczekiwania na uruchomienie zadań użytkowników, a także ułatwia administrowanie klastrem (np. można lepiej określić kiedy będzie możliwe wyłączenie danego węzła obliczeniowego, aby przeprowadzić prace serwisowe).}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

==== Narzędzia monitorujące na klastrze Bem ====

Na klastrze Bem dostępne są narzędzia ułatwiające monitorowanie wykorzystania zasobów (pamięć operacyjna oraz czas wykonywania) przez zakończone zadania ('''resused''' i '''resstat''').

Aby uzyskać informacje o wykorzystaniu zasobów przez zakończone zadania można skorzystać z polecenia:

> resused number_of_jobs

gdzie jako parametr należy podać liczbę zadań z zakresu od 1 do 500, np.

> resused 5

Polecenie wyświetli tabelę zawierającą informacje o wykorzystaniu zasobów przez każde z 5-ciu ostatnio zakończonych zadań. Tabela powinna wyglądać podobnie do poniższej:

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- --------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10

Kolejne kolumny powyższej tabeli oznaczają:
* identyfikator zadania (Job Id)
* nazwę zadania (Job Name)
* komunikat dotyczący wykorzystania pamięci przez zadanie (Memory)
* ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej dla zadania w GB (Used/Req [GB])
* komunikat dotyczący wykorzystania walltime'u przez zadanie (Walltime)
* liczbę godzin wykorzystanych i zarezerwowanych dla zadania (Used/Req [h])

Komunikaty "OK", "WARNING" oraz "CRITICAL" w kolumnach Memory i Walltime odpowiadają następującemu wykorzystaniu zasobów przez zadanie:

Wykorzystanie zasobów: Komunikat:
0-30% CRITICAL
31-70% WARNING
71-100% OK

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) wykorzystało 6.86 GB pamięci z zarezerwowanych 7.81 GB (ok. 88%) . Zadanie wykorzystało 70% zarezerwowanego czasu (obliczenia trwały 7h, natomiast zarezerwowano 10h).

Dodanie opcji -c do polecenia '''resused''' wyświetli dodatkowe informacje:

> resused -c 5

Resource usage of the last 5 jobs

Job Id Job Name Memory Used/Req [GB] Walltime Used/Req [h] CPUTime Used/Wall*ncpus [h]
-------- ---------- -------- --------------- ---------- -------------- --------- ---------------------
2000 test_1 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2001 test_2 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2002 test_3 OK 6.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2003 test_4 CRITICAL 0.86/7.81 OK 7/10 OK 5/7
2004 cc1 WARNING 4.00/10.00 WARNING 7/10 OK 5/7

Dwie końcowe kolumny w powyższej tabeli oznaczają:
* komunikat dotyczący wykorzystania czasu CPU przez zadanie (CPUTime)
* liczbę godzin CPU wykorzystanych przez zadanie i wartość liczba_wykorzystanych_godzin_walltime*liczba_zaalokowanych_rdzeni (Used/Wall*ncpus [h])

'''Przykład:''' zadanie o nazwie test_1 (identyfikator 2000) było zlecone na jeden rdzeń (ncpus=1) i wykorzystało 5h czasu CPU oraz 7h walltime'u. Wartość Wall*ncpus jest w tym przypadku równa 7. Procentowe wykorzystanie czasu CPU jest zatem równe 71%.

W celu sprawdzenia statystyki wykorzystania zasobów przez 10, 100 oraz 1000 ostatnio zakończonych zadań można skorzystać z komendy:

> resstat

Polecenie wyświetla tabelę podobną do poniższej:
Total usage by the last:

Memory used/req [GB] [%] Walltime used/req [h] [%]
--------- ---------------------- ----- ----------------------- -----
10 jobs 111/117 95 4036/5040 80
100 jobs 1118/1172 95 25030/50400 50
1000 jobs 8937/9850 89 209631/498418 42
Tabela ta zawiera następujące informacje:
* sumaryczną ilość pamięci wykorzystanej i zaalokowanej przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań w GB (Memory used/req [GB])
* sumaryczną liczbę godzin wykorzystanych i zaalokowanych przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań (Walltime used/req [GB])
* procentowe wykorzystanie pamięci i walltime'u przez 10, 100 i 1000 ostatnio zakończonych zadań

'''Przykład:''' 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika wykorzystało łącznie 111 GB pamięci z zarezerwowanych 117 GB, co stanowi 95%. Te same zadania wykorzystały łącznie 4036h czasu obliczeniowego z zaalokowanych 5040h (80%).

'''Uwaga'''

Po zalogowaniu na klaster Bem wyświetlane są dwie tabele. Pierwsza z nich prezentuje informację o wykorzystaniu pamięci oraz walltime'u przez 10 ostatnio zakończonych zadań użytkownika (wynik działania komendy '''resused 10'''), natomiast druga przedstawia statystyki wykorzystania tych zasobów przez ostatnich 10, 100 oraz 1000 zadań (wynik działania komendy '''resstat''').

Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T13:59:14Z

Justa:

Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T13:29:37Z

Justa: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania Aby efektywnie wykorzystywać ..."

Podręcznik użytkownika KDM

2016-07-11T13:29:08Z

Justa:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T13:28:28Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Monitorowanie wykorzystania zasobów przez zadania

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

Za parametr '''liczba_dni_do_sprawdzenia''' należy podać liczbę dni, dla których mają zostać sprawdzone informacje o zadaniu.

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie czasu obliczeniowego ====
Etykieta "resources_used.walltime" wskazuje ilość czasu obliczeniowego wykorzystanego przez zadanie, natomiast etykieta "Resource_List.walltime" wyświetla informacje o liczbie godzin obliczeniowych zarezerwowanych dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało 48 min. i 40 s czasu obliczeniowego pamięci, natomiast dla zadania zarezerowanych zostało 20 godzin obliczeniowych.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie parametru walltime umożliwia skrócenie czasu oczekiwania na uruchomienie zadania użytkownika, a także ułatwia administrowanie klastrem (np. można lepiej określić kiedy będzie możliwe wyłączenie danego węzła obliczeniowego, aby przeprowadzić prace serwisowe).}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T13:11:39Z

Justa: /* Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Monitorowanie wykorzystania zasobów przez zadania

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

Za parametr '''liczba_dni_do_sprawdzenia''' należy podać liczbę dni, dla których mają zostać sprawdzone informacje o zadaniu.

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T12:53:06Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Monitorowanie wykorzystania zasobów przez zadania

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania

2016-07-11T12:45:54Z

Justa: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania Aby efektywnie wykorzystywa..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Podręcznik użytkownika KDM

2016-07-11T12:44:54Z

Justa:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Monitorowanie efektywności wykorzystania zasobów przez zadania]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

2016-07-11T12:44:15Z

Justa:

Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

2016-07-11T12:43:22Z

Justa: /* Wykorzystanie procesora: jaka jest skalowalność mojego programu? */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: Jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

2016-07-11T12:38:34Z

Justa: /* Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.

Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

2016-07-11T12:25:10Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.

System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.
Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
> qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+
-e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

2016-07-11T12:21:04Z

Justa: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie Aby efektywnie wykorzys..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie

Aby efektywnie wykorzystywać zasoby obliczeniowe WCSS należy sprawdzać czy pamięć RAM alokowana dla zadania jest przez nie wykorzystywana, a zadania zlecone na wiele rdzeni (lub węzłów) rzeczywiście wykonują się równolegle.
Użytkownicy (w szczególności nowi) powinni monitorować swoje zadania, by upewnić się, że pamięć i procesory zarezerwowane dla zadania są odpowiednio wykorzystywane.
System kolejkowy PBSPro oferuje narzędzia, dzięki którym można monitorować wykorzystanie zasobów przez uruchomione lub już zakończone zadania.

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: uruchomione zadania ====
W pierwszej kolejności należy użyć komendy
> qstat -u $USER
Polecenie to zwróci listę wszystkich zadań użytkownika znajdujących się w kolejce. Lista powinna wyglądać podobnie do poniższej:
1000.achille user_1 short168 test_1 130814 1 2 2000mb 54:00 R 22:47
2000.achille user_1 short168 test_2 37796 1 12 43gb 104:00 R 22:47
3000.achille user_1 short168 test_3 97915 1 8 23gb 54:00 R 22:47
4000.achille user_1 short168 test_4 37437 1 1 4000mb 54:00 R 22:48

Liczba znajdująca się w pierwszej kolumnie każdego wiersza jest identyfikatorem przypisanym do zadania przez system kolejkowy PBS.
Aby uzyskać więcej informacji na temat konkretnego zadania należy skorzystać z polecenia:
> qstat -f identyfikator_zadania

Na przykład, aby wyświetlić szczegółowe informacje na temat pierwszego zadania z powyższej listy, należy użyć komendy:
> qstat -f 1000

Polecenie to zwraca wiele informacji, z których najistotniejsze (w kontekście wykorzystania zarobów przez zadanie) można uzyskać wyszukując w strumieniu danych odpowiednie linie, np.:
> qstat -f identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

Dane uzyskane za pomocą powyższej komendy przedstawiają informacje na temat wykorzystania przez zadanie: procesora (etykieta cpupercent), czasu CPU (etykieta cput), pamięci RAM (etykieta mem), czasu obliczeniowego (etykieta walltime), np.:
> qstat -f 1000 | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

resources_used.cpupercent= 95
resources_used.cput =00:46:18
resources_used.mem =59792kb
resources_used.ncpus = 2
resources_used.vmem =59792kb
resources_used.walltime= 00:48:40

Aby sprawdzić jakie zasoby zostały zaalokowane dla zadania należy użyć polecenia:
>qstat -f 1000 | grep -e Resource_List | grep -e :mem -e walltime

Resource_List.select = 1:ncpus=2:mem=2000MB
Resource_List.walltime = 20:00:00

==== Monitorowanie wykorzystania zasobów: zadania historyczne ====
Aby uzyskać informację na temat wykorzystania zasobów przez zadanie zakończone w ciągu ostatnich 48-godzin należy użyć komendy:
> qstat -fx identyfikator_zadania | grep -e resources_used | grep -e .cpupercent -e .cput -e ncpus -e .mem -e .walltime -e npcpus

W przypadku zadań zakończonych wcześniej niż w ciągu ostatnich 48h można skorzystać z polecenia:
> tracejob -n liczba_dni_do_sprawdzenia identyfikator_zadania | egrep -o -e resources_used.cput=[0-9]+ -e resources_used.ncpus=[0-9]+ -e resources_used.mem=[0-9]+[a-z]+ -e resources_used.walltime=[0-9]+

==== Wykorzystanie pamięci ====
Etykieta '''resources_used.mem''' wskazuje maksymalną ilość pamięci RAM (w kilobajtach) wykorzystaną przez zadanie obliczeniowe, natomiast etykieta '''Resource_List.select''' wyświetla informacje o pamięci zaalokowanej dla zadania.

'''Przykład:''' zadanie 1000.achilles wykorzystało maksymalnie ok. 58 MB pamięci, podczas gdy ilość pamięci zarezerwowanej dla zadania wynosi 2000 MB. W tym przypadku pamięć zarezerwowana dla zadania została przeszacowana kilkudziesięciokrotnie.
{{uwaga2|Właściwe oszacowanie pamięci RAM jest szczególnie ważne w przypadku zadań, które nie zajmują całych węzłów obliczeniowych klastra Bem. Im więcej pamięci alokują zadania liczone na poszczególnych rdzeniach, tym mniej (różnych) zadań może być uruchomionych jednocześnie na danym węźle obliczeniowym.}}

==== Wykorzystanie procesora: jaka jest skalowalność mojego programu? ====
Skalowalność aplikacji można oszacować eksperymentalnie. Jeśli to możliwe należy w taki sposób dobrać zestaw danych wejściowych, aby zadanie na jednym procesorze liczyło się co najmniej kilkadziesiąt minut, ale nie dłużej niż 10 godzin. Następnie zadanie to należy uruchomić na 2,4 oraz 8 procesorach i sprawdzać czas wykonania i stopień przyspieszenia obliczeń.

Informacje na temat wykorzystania procesora przez zadanie można uzyskać z etykiet '''resources_used.cpupercent''', '''resources_used.cput''', '''resources_used.walltime'''.

W przypadku zadań idealnie zrównoleglonych, czas CPU powinien być równy iloczynowi czasu obliczeniowego oraz liczby procesorów wykorzystywanych przez zadanie, tj.:
'''cput = ncpus x walltime'''

W rzeczywistości wartość '''cput''' jest zawsze mniejsza od iloczynu liczby procesorów i walltime'u - w przypadku wydajnie wykonujących się zadań nie powinna być jednak dużo mniejsza.

'''Przykład:''' wartość cput dla zadania 1000.achilles jest ok. dwukrotnie mniejsza od iloczynu ncpus x walltime. Oznacza to, że zadanie to nie wykonuje się równolegle - tylko jeden procesor jest wykorzystywany do obliczeń, drugi jest marnowany przez zadanie.
W celu uniknięcia tego typu marnotrawienia zasobów obliczeniowych zachęcamy użytkowników do sprawdzania efektywności zadań zleconych na wiele procesorów (węzłów) obliczeniowych.

Efektywność wykonywania zadania na wielu rdzeniach (węzłach) można ocenić w następujący sposób:
* Stopień przyspieszenia obliczeń na n-rdzeniach: (cput/walltime), np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: 46/48=0.95
* Wydajność wykorzystania rdzeni obliczeniowych: (cput/walltime)/ncpus*100%, np. dla zadania 1000.achilles otrzymujemy: (46/48)/2*100%=48%

'''Przykład:'''
* Walltime zadania zleconego na 1 węzeł obliczeniowy jest równy 13 dni.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 4 węzły obliczeniowe jest równy 11 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,3x . Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 64%.
* Walltime tego samego zadania zleconego na 8 węzłów obliczeniowych jest równy 8 dni. Przyspieszenie obliczeń: 1,5x. Wydajność wykorzystania węzłów obliczeniowych: 19%.

{{uwaga2| Gdyby użytkownik miał do do dyspozycji 8 węzłów obliczeniowych, a do policzenia 8 podobnych zadań to:
* zlecając każde zadanie na 1 węzeł obliczeniowy mógłby uzyskać wyniki dla wszystkich ośmiu zadań po 13 dniach.
* zlecając każde zadanie na 8 węzłów obliczeniowych wyniki dla wszystkich zadań mógłby uzyskać dopiero po 64 dniach!}}

Podręcznik użytkownika KDM

2016-07-11T11:47:05Z

Justa: /* Szczegółowy spis treści */

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Jak uzyskać informacje na temat wykorzystania zasobów przez zadanie]]?
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

ADF

2016-04-20T08:16:05Z

Justa: /* Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja='''2014.10''', 2014.01 }}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego
[[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Można również zalogować się na maszynę ui.wcss.pl korzystając z klienta ssh
> ssh -X login@ui.wcss.pl
Innym sposobem jest uruchomienie aplikacji graficznych w [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadaniu interaktywnym]]
> qsub -I -X -l walltime=6:00:00
> module load adf
> adfview
Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jak i po zalogowaniu się z użyciem klienta ssh jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* '''na klastrze Bem obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Matlab

2016-03-21T14:26:09Z

Justa: /* Praca interaktywna na klastrze */

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Matlab
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona dla użytkowników WCSS, do celów badawczych.''' Pracownicy i doktoranci PWr mogą korzystać z licencji badawczej Politechniki. Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na PWr powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''' lub Działem Informatyzacji PWr. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{aplikacja|nazwa=Matlab|logo=[[Grafika:Matlab1.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''R2015a'''|wersja2=R2014b|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja21=R2013a}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
Aktualnie dostępna wersja to '''R2013a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communications System Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Spreadsheet Link EX''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Global Optimization Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''DSP System Toolbox''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
** '''Simulink Fixed-Point''' (1)
* '''HDL Coder''', dawniej '''Simulink HDL Coder''' (1)
* '''Matlab Coder''' (1)
* '''Matlab Compiler''' (1)
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)
* '''Parallel Computing Toolbox''' (5)
* '''Distributed Computing Engine''' (32)

Licencje zdezaktualizowane:
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie na klastrze Bem ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Bem]] (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab/WERSJA).

=== Praca interaktywna na klastrze ===
*Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy połączyć się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]

*Następnie w celu pracy interaktywnej z aplikacją należy uruchomić zadanie interaktywne w kolejce, z opcją <code>-X</code>, np.:

> '''qsub -I -X -l walltime=6:00:00'''

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB_TOP/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.

> '''module load matlab'''

Powyższe polecenie wczyta domyślną wersję. Można też wybrać konkretną wersję modułu wydając polecenie:

> '''module load matlab/R2015a'''
> '''module load matlab/R2014b'''

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

Do uruchamiania programu służy polecenie:

> '''matlab'''

=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejki PBS na klastrze Bem należy [[kopiowanie|przesłać na klaster]] pliki wejściowe zadania (lub przygotować je na klastrze pracując interaktywnie, jak opisane powyżej), [[logowanie|zalogować się na klaster]] i następnie posłużyć poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać z gotowego skryptu sub-matlab (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-matlab
Usage: /usr/local/bin/sub-matlab input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-matlab test.inp -q main -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uruchamianie na infrastrukturze PLATON-U3 ==
Chcąc pracować interaktywnie z MATLAB-em można skorzystać z infrastruktury PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]). Należy w tym celu zarejestrować się w portalu usługi jako użytkownik w WCSS (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć w portalu odpowiednią rezerwację na maszynę wirtualną z zainstalowanym MATLAB-em (szczegółowe instrukcje na stronie usługi).

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]].

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER menkar.wcss.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@menkar.wcss.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@menkar.wcss.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@menkar.wcss.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@menkar.wcss.pl'''

== Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova ==
WCSS umożliwia zlecanie zdalnie zadań obliczeniowych na klaster Supernova. Jest to możliwe na dwa sposoby:
# korzystając ze środowiska MATLAB-a dostępnego na infrastrukturze [[Klaster kampusowy|PLATON-U3]],
# korzystając ze środowiska MATLAB-a zainstalowanego na własnym komputerze.

W obydwu przypadkach, aby zlecić zadanie zdalne korzystając z interfejsu Matlaba należy wcześniej odpowiednio go skonfigurować:
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/matlab_wcss.zip zip]] i rozpakować w lokalizacji przeszukiwanej przez Matlaba (listę tych miejsc można znaleźć klikając przycisk '''Set Path''' w polu '''Environment'''),
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Supernova.zip zip]] i rozpakować w dowolnej lokalizacji (plik '''Supernova.settings''', który jest w archiwum będzie potrzebny w następnym kroku),
* w polu '''Environment''' kliknąć na przycisk '''Parallel''' i wybrać pozycję '''Manage Cluster Profiles''',
* w oknie które się pojawi kliknąć na przycisk '''Add''' i wybrać pozycję '''Import''',
* wskazać lokalizację pliku '''Supernova.settings''' wypakowanego z archiwum,
* zaznaczyć pozycję '''Supernova''' na liście '''Cluster Profile''' i kliknąć przycisk '''Edit''',
* w części SubmitFunctions należy zmienić 3. parametr funkcji ('''/home/tyciu'''), tak aby wskazywał lokalizację '''własnego katalogu domowego''' na klastrze,
* po kliknięciu przycisku '''Done''' można już korzystać ze zdalnego zlecania zadań.

=== Uruchamianie zdalne z infrastruktury PLATON-U3 ===
Chcąc korzystać z MATLAB-a na Supernovej poprzez infrastrukturę PLATON-U3, należy zarejestrować się jako użytkownik PLATON-U3 w WCSS i założyć odpowiednią rezerwację. Po uzyskaniu dostępu do aplikacji należy ją skonfigurować (jak opisane powyżej) i zweryfikować, czy aplikacja działa poprawnie.

==== Weryfikacja poprawności konfiguracji ====
W celu przeprowadzenia weryfikacji trzeba wykonać kilka, wymienionych poniżej, kroków:
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Set Path</code> sprawdzić listę ścieżek. Ścieżka rozpoczynająca się od <code>\\wcss-sts</code> znajduje się na dysku Z.
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane ze zleceniami.
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code> wybrać profil <code>Supernova</code>.
# W profilu <code>Supernova</code> wybrać zakładkę <code>Validation Results</code>, a następnie przeprowadzić weryfikację poprawności działania za pomocą przycisku <code>Validate</code>.

==== Tworzenie nowego skryptu ====
Nowy skrypt Matlaba tworzy się za pomocą przycisku <code>New Script</code>:
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane z obliczeniami.
# W menu, w zakładce <code>HOME</code> użyć przycisku <code>New Script</code>.
# Po podaniu programowi poleceń w postaci skryptu, należy ów skrypt zapisać w katalogu wybranym w podpunkcie 1.
# W celu uruchomienia skryptu należy kliknąć na niego (powinien być widoczny w polu <code>Current Folder</code>) prawym przyciskiem myszy (PPM), a następnie użyć polecenia <code>Run</code>.

==== Testowanie poprawności zlecania zadań ====
W celu przetestowania poprawności działania własnych skryptów do zlecania zadań należy:
# Otworzyć nowy skrypt przyciskiem <code>New Script</code>.
# Wkleić poniższy kod (*).
# Zapisać skrypt pod dowolną nazwą w wybranym katalogu znajdującym się w ścieżkach Matlaba.
# Zlecić zadanie za pomocą <code>PPM > Run</code>.
(*)
'''c = parcluster('Supernova');'''
'''job1 = createJob(c);'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''submit(job1);'''
'''wait(job1);'''
'''results = fetchOutputs(job1);'''
'''results{1:5};'''

Kod zleca wygenerowanie 5 macierzy 3 na 3 zawierających losowe liczby zmiennoprzecinkowe o wartościach zawierających się między 0 a 1 - każda macierz generowana jest w osobnym tasku.
Polecenie <code>'parcluster'</code> służy do wyboru profilu z listy znajdującej się w <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code>.
Polecenie <code>'createJob'</code> tworzy zadanie, a polecenie <code>'createTask'</code> - podzadanie. Polecenie <code>'submit'</code> zleca zadanie do systemu kolejkowego (PBS) na klastrze zdefiniowanym w profilu,
a polecenie <code>'wait'</code> wymusza oczekiwanie na zakończenie zadania przed kontynuowaniem postępowania zawartego w skrypcie.

W celu sprawdzenia wyników należy w oknie <code>Command Window</code> wprowadzić kolejno następujące komendy:

'''c = parcluster('Supernova')'''
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished')'''

Wyświetli się lista zakończonych zadań na profilu <code>Supernova</code>. Należy wybrać zadanie, którego wyniki chcemy przejrzeć (np. 5.) i postępować według poniższych kroków:

'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished', 'ID', 5)'''
'''results = fetchOutputs(finished_jobs)'''
'''results{1:numel(results)}'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Lista niewspieranych aplikacji

2016-03-21T14:07:51Z

Justa:

[[APBS]] '''⋅''' [[AutoDock Vina]] '''⋅''' [[CAMFR]] '''⋅''' [[Cerius2]] '''⋅''' [[Charmm]] '''⋅''' [[CRYSCOR]] '''⋅''' [[FreeFEM]] '''⋅''' [[Hmmer]] '''⋅''' [[Insight II]] '''⋅''' [[LAMMPS]] '''⋅''' [[Meep]] '''⋅''' [[MPB]] '''⋅''' [[MRCC]] '''⋅''' [[MSC]] [ {{lista msc}} ] '''⋅''' [[OpenBabel]] '''⋅''' [[ProtoMol]] '''⋅'''[[Tripos Sybyl]] '''⋅'''[[Xaim]]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Szablon:Lista aplikacji

2016-03-21T14:06:14Z

Justa:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[AutoDock]]'''⋅''' [[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

AutoDock

2016-03-21T14:02:08Z

Justa: /* Korzystanie w WCSS */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < AutoDock
{{aplikacja|nazwa=AutoDock|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.6}}
'''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.

== Liencja ==
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS==
* AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
*Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

''' Środowisko i praca interaktywna '''

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load autodock (dla wersji domyślnej)
> module load autodock/4.2.6

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>autodock4</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

''' Wstawianie zadań do kolejki '''

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-autodock-4.2.6
Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

== Dokumentacja ==
* [http://autodock.scripps.edu Strona domowa pakietu AutoDock]

'''Zobacz też:'''
* [[Oprogramowanie KDM]]
* System kolejkowy [[PBS]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

AutoDock

2016-03-21T14:01:52Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < AutoDock
{{aplikacja|nazwa=AutoDock|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.6}}
'''AutoDock''' - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.

== Liencja ==
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS==
* AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
*Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

''' Środowisko i praca interaktywna '''

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load autodock (dla wersji domyślnej)
> module load autodock/4.2.6

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>autodock4</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

''' Wstawianie zadań do kolejki '''

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-autodock-4.2.6
Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

== Dokumentacja ==
* [http://autodock.scripps.edu Strona domowa pakietu AutoDock]

'''Zobacz też:'''
* [[Oprogramowanie KDM]]
* System kolejkowy [[PBS]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-15T08:40:06Z

Justa: /* Obliczenia wsadowe */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Bem]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]
'''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-15T08:27:08Z

Justa: /* Obliczenia wsadowe */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Bem]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]

'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-15T08:26:20Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Bem]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]

'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Biovia

2016-03-15T08:25:00Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Biovia
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Biovia|serwery=[[Bem]] [[Klaster kampusowy]] Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]] [[Discovery Studio]] |kontakt=}}
'''Biovia''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: [[Insight II]], [[Cerius2]], [[Catalyst]] po wycofaniu z użytku komputera [[Tezro]] nie są już dostępne w WCSS. [[Quanta]] została wycofana ze sprzedaży.

== Licencja krajowa ==
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1516

WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS '''zespoły badawcze''' (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.

=== Zajęcia dydaktyczne ===
Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do '''zajęć dydaktycznych''' - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''. (Ankieta jest aktualizowana)

=== Serwer licencji ===
Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:
* serwer: '''licenses2.icm.edu.pl'''
* port: '''1715'''

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@licenses2.icm.edu.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
[[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze [[Supernova]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]].

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:

# Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję [[Korzystanie z VPN|jak korzystać z VPN]]);
# Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
# Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:
* [[Materials Studio]]
* [[Discovery Studio]]

== Dokumentacja ==
* '''Webinaria''' - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ds31-overview-request.php DS 3.1]).
* '''Trainings''' - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.

* [http://www.accelrys.com/ Strona główna Biovia]
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415 Informacje o licencji krajowej]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{Biovia}}
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-14T12:33:04Z

Justa: /* Obliczenia wsadowe */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Bem]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]

'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-14T12:19:58Z

Justa: /* Obliczenia zdalne przez Gateway */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Bem]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
supernova> sub-CASTEP [-n liczba_rdzeni] [-m pamiec_w_MB_na_rdzen] [-q kolejka] nazwa [nazwa 1] [nazwa 2]

;Polecenia dostępne na klastrze Supernova

'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2016-03-14T12:18:11Z

Justa: /* Obliczenia zdalne przez Gateway */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Supernova]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''bem.wcss.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

==== Status zadań ====
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
* podać w formularzu stare i nowe hasło.

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
supernova> sub-CASTEP [-n liczba_rdzeni] [-m pamiec_w_MB_na_rdzen] [-q kolejka] nazwa [nazwa 1] [nazwa 2]

;Polecenia dostępne na klastrze Supernova

'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''DFTBpara''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input

gdzie:
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]

{{biovia}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szkolenia

2016-03-02T09:46:30Z

Justa: /* Minione */

__NOTOC__

{{szkolenia}}

----

==Minione==

=== 2016 ===
* [http://comsol.com/c/3eep Acoustics Workshop COMSOL Multiphysics 5.2, Kraków, February 17th, 2016]

=== 2015 ===
* [[Cząsteczka w otoczeniu chemicznym]] - Wrocław, 25-27 lutego 2015

=== 2014 ===
* [[Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop]]
* [[CPMD dla niewtajemniczonych]]

=== 2013 ===
* [[Kurs Python dla początkujących]] - 2013/2014, Wrocław
* [[ MOLCAS-szkolenie_lato_2013 | MOLCAS ]] - 22-26 lipca 2013, Wrocław
* Gaussian [http://www.wcss.wroc.pl/en/?c=static_kdm&sid=174]

=== 2012 ===
* [http://r20.rs6.net/tn.jsp?e=0017MC5GfZYp8MBUcruwb-4zlgn9KJubrkaCFVeqcUcyYcREnFvlRgpENeQCQF1UJdW7jomZfIXPUTTq8VVJ7EasSU9NKF9-LAaUbSz-MOvtmNah-oJsHo6LeGnRrGs37OnAa1mKPSKP23-xHHgRKjaXkqJ7Uav-KdzzjxCBB2iPMHZxmscWwfTV_s2MHKPwIUTsBB9gYliDV13optik6mYW0X_1w1EwVJJmL8wzF039D_EeNgQg9qFM1tWUwEEraJzMxpzFzUvuvmd78gFd8IbzE2NUkyRVg9HLJLHKq1rqzgPhlVUCXiRiobRjDTa1Q4RlKBwi5KBfZ_RbOT2mKpgRE8xFMEVjJPPUIwwdKQgBxkdGA2ZvwuNXW9O7Js-DGTdPjpeYRR30fSkRp_NKHOt5PMqm83QhDZIuU10SN4QfbM= Lumerical: CMOS Image Sensors 2: Electrical Simulation with DEVICE]
* [http://www.scm.com/News/ADFWorkshopsOctober2012.html ADF 2012 hands-on workshops in Germany, October 2012]
* [[Obliczenia MES z wykorzystaniem ANSYS|ANSYS, Modelowanie zjawisk elektromagnetycznych, Warszawa, 5 października 2012]]
* [http://r20.rs6.net/tn.jsp?e=0014g4FTTI6j3fWZPISuPP1fcqjTJVi-g_R1X2zKrsx9gtAp3SbkU6iiCRmxZeSsil9h-xtvLtW2O9-K-vtw90SMHzoPty3E8W62htKrBsuRA60UdqtgFSPD7D1f0KxIUB4V0dzyMjacgrF6RaIvD5CI7gn1G6K9oiUqUFXWYZR46e72ASTJ6c16I3szL3_SRF1a_Tsp2movaW7SYW9umhK8_JkVnk0AKBb-MZ1o1IByJ725uPRv6fJF8SivHDlkEUU1cvqwcbFzG85cyxifiTadzXoiX7BJgocfu1C4I05sJfVGhajRP6ZDUfnUvPullQojyafYlzPjEc= Bandstructure Calculations in FDTD Solutions]
* [http://marketing.certara.com/acton/ct/2595/s-0092-1209/Bct/l-sf-cl-70150000000fkcfAAA-0945/l-sf-cl-70150000000fkcfAAA-0945:c7a/ct0_0/1 Muse, TriposScore and Surflex Platform of Technologies] 11 i 25 września 2012
* [http://www.cse.scitech.ac.uk/events/MSSC2012/ CRYSTAL workshop w Londynie, 17-21 września]
* [[Prof. James C. Powers we Wrocławiu]]
* [http://www.lumerical.com/support/courses/fdtd_advanced_workshop.html Two Day Advanced FDTD Solutions Training]
* [[Schrödinger Workshops in Poland 2012]]
* [http://wielkiewyzwania.pl/wp-content/uploads/2012/03/POWIEW_Workshop_Enabling_Science_on_P775.pdf Enabling Scientific Computing on IBM P775]
* [[Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS 2012-03]] - 12 marca 2012, bud. D-2, p. 101/8
* [[Szkoła zimowa PRACE 2012]] - 6-11 lutego 2012, Bolonia
* [[Kurs Python dla początkujących 2011]] - listopad 2011 - luty 2012
* [[Szkolenie Tripos, ICM, 18-19 stycznia 2012]]
* [[7th MOLCAS Workshop]] - 16-20 stycznia 2012
* [[Kurs Fortranu 2011/2012]] - 19 października 2011

=== 2011 ===
* [http://r20.rs6.net/tn.jsp?e=0014g4FTTI6j3c24Y7ab7fgC_XHPoqLu5eT0zK9lWqFPU5mPJ8VUDLxvlGpQebF9I-ne4Nhx3-kx1CpyHkt-RIPBNPg4FMhd2zCTYL0djsr2NsW_gEBXhuRqpBaqXWgaWfyKycQgW9tnRv-AcAwea3vAMVVeYMB3R3dJs0ekhJw1ykzKl9XOCgnsrBWVowVj0ThmJT8RIWe2tSuIlEf1RVeOzY8bnezHEN00qJ_YKBNtpUb1slEr_sFi3A9Cr7Y6UYwaFR4_5LqC_M9bTR41zOASJExCTKZ4PWlIrPYXd0ToSRrEDzz6O3HhTkrst6O4XtMa69kguKeiBo= Silicon Photonics: Incorporating Statistical Variations to Estimate PIC Yield]
* [http://r20.rs6.net/tn.jsp?e=0014g4FTTI6j3fWZPISuPP1fcqjTJVi-g_R1X2zKrsx9gtAp3SbkU6iiCRmxZeSsil9h-xtvLtW2O9-K-vtw90SMHzoPty3E8W62htKrBsuRA60UdqtgFSPD7D1f0KxIUB4V0dzyMjacgrF6RaIvD5CI7gn1G6K9oiUqUFXWYZR46e72ASTJ6c16I3szL3_SRF1a_Tsp2movaW7SYW9umhK8_JkVnk0AKBb-MZ1o1IByJ725uPRv6fJF8SivHDlkEUU1cvqwcbFzG85cyxifiTadzXoiX7BJgocfu1C4I05sJfVGhajRP6ZDUfnUvPullQojyafYlzPjEc= Bandstructure Calculations in FDTD Solutions]
* [https://tripos.webex.com/mw0306ld/mywebex/default.do;jsessionid=y29gTGpZcy5nmlnD2mlhCQRHsLTBYv8J1kL5crBx1G2Dp3xGsp14!-1097950291?nomenu=true&siteurl=tripos&service=6&rnd=0.4692572534607633&main_url=https%3A%2F%2Ftripos.webex.com%2Fec0605ld%2Feventcenter%2Fevent%2FeventAction.do%3FtheAction%3Ddetail%26confViewID%3D890997284%26siteurl%3Dtripos%26%26%26 Tripos: Identify and Address Safety Issues Earlier in the Drug Discovery Process] - 14 grudnia 2011, on-line
* [http://www.mathworks.com/company/events/webinars/wbnr60986.html?utm_source=50-59+dolnoslaskie&utm_campaign=7db630aede-webinarium+live&utm_medium=email Optymalizacja wydajności kodu w środowisku MATLAB] - 6 grudnia 2011, on-line
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/index.html?mkt_tok=3RkMMJWWfF9wsRoksq7IZKXonjHpfsX87ugkWqOg38431UFwdcjKPmjr1YIHSsp0dvycMRAVFZl5nQ1bGeWZbplT Introducing Materials Studio 6.0] - 6 grudnia 2011, on-line
* [https://webex.rsvp1.com/s1a8f868TNDd Pharsight and Tripos Webinar Invitation: ADMET Modeling - Application of the topoHERG Model], 16 listopada 2011, on-line
* [[MATLAB TOUR 2011 - Kraków, 16 listopada|MATLAB TOUR 2011]] - 16 listopada 2011, Kraków
* [[Spotkanie użytkowników oprogramowania ANSYS - CONFERENCE SymKom 2011 - 3/4 listopada 2011 Warszawa|Spotkanie użytkowników oprogramowania ANSYS - CONFERENCE SymKom 2011]] - 3/4 listopada 2011, Warszawa
* [http://www.budsoft.com.pl/spotkania Spotkanie Użytkowników Abaqus 2011] - 27-28 października, Poznań
* [https://webex.rsvp1.com/s1b0285CWEJo Introduction to the Tripos Chemistry Extensions for KNIME 2.4] - 26 października 2011, on-line
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Computational_materials_engineering_with_MedeA:_Simulation_of_nanoparticle_properties Computational materials engineering with MedeA: Simulation of nanoparticle properties] - 19-20 października 2011, ICM, Warszawa
* [http://www.e-irg.eu/e-irg-events/e-irg-workshop-poznan-12-13-october.html e-IRG workshop] - 12-13 października 2011
* [[Szkoła letnia PRACE 2011]] - 29 sierpnia - 1 września 2011, Finlandia
* [[Accelrys - Molecular Modelling/Simulation - Training in Poland]] - od 21 lipca do 4 sierpnia
* [[Szkolenie QTAIM]] - 12 lipca, Wrocław, PWr
* [[Warsztaty - ABINIT| Warsztaty - ABINIT]] - semestr letni 2011, Wrocław
* [[Warsztaty - PLATON-U3| Warsztaty - PLATON-U3]] - 28 czerwca 2011, Wrocław
* [[VII Spotkanie Polskich Użytkowników Oprogramowania Accelrys]] - 21-22 czerwca 2011, Warszawa
* [[Wykłady prof. George’a C. Schatza]] - 6-8 czerwca 2011, PWr
* [[Szkolenie nt. bazy CHEMICAL ABSTRACTS na platformie SciFinder]] - 2 czerwca
* [[Python]] - kurs programowania, 2010/2011
* [[Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS 2011-02|Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS]] - luty 2011

=== 2010 ===
* [[Warsztaty archiwizacji PLATON | Warsztaty archiwizacji PLATON U4]] - 2 grudnia 2010
* [[Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS 2010-11]] - 22 listopada 2010
* [[Szkolenie SIESTA]] - 28-29 października 2010
* [[Obliczenia wibracyjnie rozdzielczych widm elektronowych w Gaussianie 09]] - 22 września 2010
* [[Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS]] - 30 marca 2010
* [[Kurs Fortranu]] - od 3 marca 2010
* [[Szkolenie COMSOL]] - 24 lutego 2010
* [[Seminarium Materials modeling Accelrys]] - 17 lutego 2010

=== 2009 ===
* [[Narzędzia Linux | Narzędzia programistyczne w systemie Linux]]
* [[Zastosowania dynamiki molekularnej na przykładach dostępnego oprogramowania - przykłady]]
* [[Szkolenie Cpp|Szkolenie C++]] - 8,15,22,29 maja 2009, 5 czerwca WCSS
* [[Szkolenie NBO]] - 10 marca 2009, WCSS
* [[Szkolenie z OpenMP]] - 27 marca 2009, WCSS

=== 2008 ===
* [[Szkolenie ADF 2]] - 29 września 2008
* [[Szkolenie MS GULP]] - 28 sierpnia 2008
* [[Warsztaty z pakietu Molcas]] cz. 2
* [[Selected topics in molecular modeling]], prof. Peter Pulay - 21 maja, godz. 12:00, Wydz. Chemii UWr, Aud. I, maj-czerwiec 2008
* [[Teoretyczne podstawy CPMD - wykład]] - marzec-czerwiec 2008
* [[Szkolenie MS Reflex Tools]] - 30 maja 2008
* [[Szkolenie Molcas]] - 20 maja, godz. 15:15, sala nr. 50 budynek A2
* [[Symulacje dynamiki molekularnej dla układów biologicznych]] - 25 kwietnia 2008
* [[Szkolenie Python|Python cz. 1]]
* [[Linux - podstawy]] - luty/marzec 2008
* [[Szkolenie Oniom]] - 5 lutego 2008, godz 11, Wrocław
* [[Szkolenie Accelrys]] - 16 stycznia 2008, godz. 10-12, p. 101/7, bud. D-2, Wrocław

=== 2007 ===
* [[Szkolenie Turbomole/EGEE]] - szkolenie Turbomole: 15 maja, EGEE: 16 maja 2007
* [[Szkolenie Altix|Szkolenie z platformy SGI Altix]] - WCSS, Wrocław 5-16 marca 2007
* [[Szkolenie CPMD|Szkolenie z pakietu CPMD]] - WCSS, Wrocław 22-23 lutego 2007

=== 2006 ===
* [[Szkolenie Tripos|Szkolenie z pakietu Sybyl]] - ICM, Warszawa, 12-13 grudnia 2006
* [[Szkolenie administratorów Clusterix]] - Wrocław, 30 czerwca 2006
* [[Szkolenie użytkowników Clusterix]] - Poznań, 13 czerwca 2006
* [[Seminarium Molpro|Szkolenie z pakietu Molpro]] - WCSS, Wrocław 23 maja 2006
* [[Szkolenie ADF|Szkolenie z pakietu ADF]] - WCSS, Wrocław 10 kwietnia 2006

[[Kategoria:Szkolenia| ]]

Szablon:Szkolenia

2016-03-02T09:45:56Z

Justa:

;Nadchodzące

* [[Szkolenie dla początkujących użytkowników WCSS]] - zapisy


[ [[Szkolenia|Przeprowadzone szkolenia]] ]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Szablon:Lista niewspieranych aplikacji

2016-03-01T14:22:03Z

Justa:

[[APBS]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[AutoDock Vina]] '''⋅''' [[CAMFR]] '''⋅''' [[Cerius2]] '''⋅''' [[Charmm]] '''⋅''' [[CRYSCOR]] '''⋅''' [[FreeFEM]] '''⋅''' [[Hmmer]] '''⋅''' [[Insight II]] '''⋅''' [[LAMMPS]] '''⋅''' [[Meep]] '''⋅''' [[MPB]] '''⋅''' [[MRCC]] '''⋅''' [[MSC]] [ {{lista msc}} ] '''⋅''' [[OpenBabel]] '''⋅''' [[ProtoMol]] '''⋅'''[[Tripos Sybyl]] '''⋅'''[[Xaim]]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Szablon:Lista aplikacji

2016-03-01T14:21:28Z

Justa:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Meep

2016-03-01T14:17:17Z

Justa:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]

'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'') - darmowe oprogramowanie do przeprowadzania symulacji elektromagnetycznych metodą różnic skończonych w dziedzinie czasu (FDTD). Stosowany do analizy zjawisk związanych z propagacją fal elektromagnetycznych np. w optyce, elektronice czy telekomunikacji.

=== Licencja ===
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].

=== Korzystanie w WCSS ===

MEEP 1.1.1 w wersji równoległej. Znajduje się w katalogu <code> /usr/local/meep-1.1.1/</code>

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== Wstawianie zadań do systemu kolejkowego ===

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego został stworzony skrypt <code>sub-meep</code>, sposób użycia:

sub-meep "definicje" "plik(i)_ctl" wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

np:
sub-meep "compute-mode?=true" "holey-wvg-cavity.ctl" 4000 parallel 4

;Zobacz też
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep Strona domowa pakietu]
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep_manual Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Bem

2016-03-01T14:15:48Z

Justa: /* Oprogramowanie */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Bem

{{serwer
|nazwa=Bem
|zdjęcie=bem.jpg
|admini=kdm@wcss.pl
}}
'''Bem''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]] w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon E5-2670v3 (mikroarchitektura Haswell).

=== Parametry klastra ===

* węzeł dostępowy: '''bem.wcss.pl''',
* 720 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych,
* 192 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe,
* 22 656 rdzeni obliczeniowych,
* 76,5 TB pamięci RAM (64, 128 lub 512 GB/węzeł),
* przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 11 TB NFS /home,
* przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
* sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),
* sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,
* system operacyjny: ScientificLinux 6.6,
* moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.

=== Oprogramowanie ===
;Aplikacje
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[ADF]], [[Amber]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[Cfour]], [[Comsol]], [[CP2K]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[LAMMPS]], [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molcas]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]] i [[Oprogramowanie_naukowe|inne]] oraz aplikacje własne użytkowników.

;Kompilatory
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]] i [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|inne]].

;Biblioteki i narzędzia
* OpenMPI,
* HDF, HDF5,
* NetCDF,
* Python + SciPy + NumPy,
* [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|pozostałe]].

;System kolejkowania
[[PBSPro]].

===Zobacz też===
*[[Maszyny obliczeniowe]]

{{maszyny obliczeniowe}}

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]