KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

SCIGRESS

2013-07-19T12:08:15Z

Miki: /* Instalacja klienta dla systemu Linux */ zmieniono link do pliku license.lic

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

== Licencja ==
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="4"
|align="center"|'''moduł'''
|align="center"| Local SCF
|align="center"| ZINDO
|align="center"| Fast Dock
|align="center"| Mechanics
|align="center"| CONFLEX
|align="center"| MO-G
|align="center"| Dynamics
|align="center"| MD-ME
|align="center"| DGauss
|align="center"| EHT
|align="center"| Phase
|align="center"| MO-S
|align="center"| Tabulator
|---
|align="center"|'''procesy '''
|align="center"| 8
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|}

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora: 
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator: 
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').

==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]).

[[Plik:licencemanager.png|300px]]

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

[[Plik:csf.png|500px]]

W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.

[[Plik:newsite.png|300px]]

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]]. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].

[[Plik:licencje.png|200px]]

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

== Dokumentacja ==
* [http://www.fujitsu.com/global/services/solutions/tc/hpc/app/scigress/ Strona domowa pakietu]

SCIGRESS

2013-07-19T12:07:25Z

Miki: /* Instalacja klienta dla systemu Windows */ zmieniono link do pliku license.lic

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

== Licencja ==
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="4"
|align="center"|'''moduł'''
|align="center"| Local SCF
|align="center"| ZINDO
|align="center"| Fast Dock
|align="center"| Mechanics
|align="center"| CONFLEX
|align="center"| MO-G
|align="center"| Dynamics
|align="center"| MD-ME
|align="center"| DGauss
|align="center"| EHT
|align="center"| Phase
|align="center"| MO-S
|align="center"| Tabulator
|---
|align="center"|'''procesy '''
|align="center"| 8
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|}

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora: 
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator: 
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([[:Plik:license.lic|license.lic]]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').

==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]).

[[Plik:licencemanager.png|300px]]

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

[[Plik:csf.png|500px]]

W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.

[[Plik:newsite.png|300px]]

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]]. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].

[[Plik:licencje.png|200px]]

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

== Dokumentacja ==
* [http://www.fujitsu.com/global/services/solutions/tc/hpc/app/scigress/ Strona domowa pakietu]

SCIGRESS

2013-07-19T12:03:37Z

Miki: /* Instalacja klienta dla systemu Windows */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

== Licencja ==
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="4"
|align="center"|'''moduł'''
|align="center"| Local SCF
|align="center"| ZINDO
|align="center"| Fast Dock
|align="center"| Mechanics
|align="center"| CONFLEX
|align="center"| MO-G
|align="center"| Dynamics
|align="center"| MD-ME
|align="center"| DGauss
|align="center"| EHT
|align="center"| Phase
|align="center"| MO-S
|align="center"| Tabulator
|---
|align="center"|'''procesy '''
|align="center"| 8
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|}

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora: 
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator: 
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([[:Plik:license.lic|license.lic]]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').

==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji ([[:Plik:license.lic|license.lic]]).

[[Plik:licencemanager.png|300px]]

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

[[Plik:csf.png|500px]]

W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.

[[Plik:newsite.png|300px]]

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]]. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].

[[Plik:licencje.png|200px]]

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

== Dokumentacja ==
* [http://www.fujitsu.com/global/services/solutions/tc/hpc/app/scigress/ Strona domowa pakietu]

Szablon:Lista niewspieranych aplikacji

2013-07-19T11:58:52Z

Miki: Usunięto SCIGRESS z listy (Dodano pakiet do listy oprogramowania naukowego.).

[[CAMFR]] '''⋅''' [[Cerius2]] '''⋅''' [[Charmm]] '''⋅''' [[FreeFEM]] '''⋅''' [[Hmmer]] '''⋅''' [[Insight II]] '''⋅''' [[LAMMPS]] '''⋅''' [[MSC]] [ {{lista msc}} ] '''⋅''' [[OpenBabel]] '''⋅''' [[ProtoMol]] '''⋅'''[[Tripos Sybyl]]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

SCIGRESS

2013-07-19T11:57:31Z

Miki:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

== Licencja ==
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="4"
|align="center"|'''moduł'''
|align="center"| Local SCF
|align="center"| ZINDO
|align="center"| Fast Dock
|align="center"| Mechanics
|align="center"| CONFLEX
|align="center"| MO-G
|align="center"| Dynamics
|align="center"| MD-ME
|align="center"| DGauss
|align="center"| EHT
|align="center"| Phase
|align="center"| MO-S
|align="center"| Tabulator
|---
|align="center"|'''procesy '''
|align="center"| 8
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|}

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora: 
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator: 
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([[:Plik:license.lic|license.lic]]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').

==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager).

[[Plik:licencemanager.png|300px]]

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

[[Plik:csf.png|500px]]

W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.

[[Plik:newsite.png|300px]]

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]]. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].

[[Plik:licencje.png|200px]]

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

== Dokumentacja ==
* [http://www.fujitsu.com/global/services/solutions/tc/hpc/app/scigress/ Strona domowa pakietu]

SCIGRESS

2013-07-19T11:50:27Z

Miki: Zmodyfikowano instrukcję na adekwatną dla licencjonowanej wersji SCIGRESS.

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

== Licencja ==
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
{| border="1" cellspacing="0" cellpadding="4"
|align="center"|'''moduł'''
|align="center"| Local SCF
|align="center"| ZINDO
|align="center"| Fast Dock
|align="center"| Mechanics
|align="center"| CONFLEX
|align="center"| MO-G
|align="center"| Dynamics
|align="center"| MD-ME
|align="center"| DGauss
|align="center"| EHT
|align="center"| Phase
|align="center"| MO-S
|align="center"| Tabulator
|---
|align="center"|'''procesy '''
|align="center"| 8
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|align="center"| 1
|}

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora: 
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator: 
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([[:Plik:license.lic|license.lic]]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').

==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager).

[[Plik:licencemanager.png|300px]]

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

[[Plik:csf.png|500px]]

W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.

[[Plik:newsite.png|300px]]

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]]. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].

[[Plik:licencje.png|200px]]

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

Plik:licencje.png

2013-07-19T11:45:43Z

Miki: SCIGRESS - widok dostępnych licencji obliczeniowych

SCIGRESS - widok dostępnych licencji obliczeniowych

Plik:newsite.png

2013-07-19T11:44:01Z

Miki: SCIGRESS dodawanie serwera obliczeniowego

SCIGRESS dodawanie serwera obliczeniowego

Plik:csf.png

2013-07-19T11:42:58Z

Miki: SCIGRES widok przykładowego obiektu

SCIGRES widok przykładowego obiektu

Plik:license.lic

2013-07-19T11:36:42Z

Miki: Miki przesłano nową wersję pliku „Plik:license.lic“: plik licencji do SCIGRESS

Pliki wskazujący na serwer tymczasowej licencji dla SCIGRESS-a w WCSS.

Plik:licencemanager.png

2013-07-19T11:35:44Z

Miki: okno managera licencji

okno managera licencji

Plik:Scigress logo.jpg

2013-07-19T10:33:09Z

Miki:

Szablon:Lista aplikacji

2013-07-19T10:18:04Z

Miki: Dodano link do strony SCIGRESS

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[Accelrys]] [ [[MS]], [[DS]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS CFD]] [ [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]] ] '''⋅''' [[ANSYS Mechanical]] '''⋅''' [[APBS]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[AutoDock Vina]] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[CRYSCOR]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Meep]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[MPB]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SCIGRESS]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] '''⋅''' [[Xaim]]<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>