KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Użytkownik:Mm

2021-11-04T13:16:09Z

Mm:

ANSYS CFD

2021-11-04T13:13:01Z

Mm: /* Dokumentacja */ Naprawa martwego linku

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS CFD
{{aplikacja|nazwa=ANSYS CFD|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=18.2 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}
'''ANSYS CFD''' - oprogramowanie firmy ANSYS przeznaczone do obliczeniowej mechaniki płynów, na które składa się solver [[ANSYS Fluent|Fluent]], solver [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]] i środowisko ''Workbench 2''.

== Licencja ==
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' (7 sztuk) i 10 licencji HPC. Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań''' działających równocześnie, każde na maksymalnie 4 rdzenie z możliwością dodania do 10 rdzeni z puli HPC.

== Korzystanie w WCSS ==
Pakiet programów ANSYS CFD jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna i badawcza).
Sposób ustawienia środowiska i uruchamiania wybranych modułów CFD opisany jest na stronach:
* [[ANSYS Fluent]]
* [[ANSYS CFX]]
* [[ANSYS ICEM CFD]]

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Instalacja na własnym komputerze ==
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta/CFX/ICEM CFD (wersja badawcza) na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami.

Jeśli ta możliwość zostanie potwierdzona należy:

* Pobrać ze wskazanego miejsca i zainstalować pakiet ANSYS na wybraną architekturę;
* Nawiązać połączenie '''VPN WCSS''' zgodnie z [[Korzystanie z VPN|instrukcją]];
* Podczas instalacji podać w oknie konfiguracji licencji:
** ANSYS Licensing Interconnect port number - '''2325'''
** ANSYS FLEXlm port number - '''1055'''
** serwer licencji - '''ansys.licencja.icm.edu.pl'''

Połączenie z VPN WCSS powinno być każdorazowo nawiązywane przed i pozostawać aktywne podczas korzystania z aplikacji.

== Dokumentacja ==
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+CFD Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]
* [https://kdm.icm.edu.pl/Licencje_krajowe/ansys/ Informacje o licencji krajowej]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Korzystanie z modułów

2020-03-13T09:49:48Z

Mm: /* Moduły */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów

=== Moduły ===
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}

'''Polecenie''':
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
<pre>----------------------------------------------------------------------------------------------- /usr/local/Modules ------------------------------------------------------------------------------------------------
abaqus/2017 mercurial/3.7.1-gcc4.9.2 plgrid/apps/r/3.2.3-intel15.0
abaqus/6.14-2(default) mkl/10.3 plgrid/apps/r/3.5.3-intel15.0
abinit/7.10.4-intel13.1 mkl/13.1 plgrid/apps/raspa/2.0-gcc6.2.0
abinit/8.0.7-intel15.0 mkl/15.0(default) plgrid/apps/siesta/3.2-intel16.0
abinit/8.10.2-intel16.0.3 mode/7.12.1731(default) plgrid/apps/siesta/4.0.2-intel16.0
abinit/8.2.2-intel15.0 mode/7.5.387 plgrid/apps/siesta/4.0-intel16.0
abinit/8.4.4-intel16.0(default) mode/7.7.758 plgrid/apps/turbomole/5.10
abinit/8.8.3-intel16.0 molcas/7.9-gcc4.7.4(default) plgrid/apps/turbomole/6.3
adf/2014.01 molcas/8.0-gcc4.7.4 plgrid/apps/turbomole/6.6
adf/2014.10 molden/5.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/turbomole/7.0
adf/2016.108 molden/5.7-gcc6.2.0(default) plgrid/apps/turbomole/7.1.1
adf/2017.105 molpro/2010.1.80-intel16.0 plgrid/apps/turbomole/7.3
adf/2017.110.r61742.0.718 molpro/2012.1.12-intel13.1(default) plgrid/apps/xaim/1.0
adf/2018.104 molpro/2012.1.57-intel13.1 plgrid/apps/xcrysden/1.5.60
adf/2019.102(default) mopac/2016 plgrid/libs/blacs/1.1
allinea-forge/6.1.2 mpc/1.0.3-gcc4.9.2 plgrid/libs/blacs/1.1-intel15.0
amber/14-intel15.0(default) mpc/1.1.0-gcc7.4.0(default) plgrid/libs/boost/1.59.0-gcc4.9.2
amber/tools18-gcc4.9.2 mpfr/3.1.3-gcc4.9.2 plgrid/libs/boost/1.62.0-gcc6.2.0
ansys/18.2 mpfr/4.0.2-gcc7.4.0(default) plgrid/libs/boost/1.68.0-gcc6.2.0
ansys/19.0 mrbayes/3.2.5-gcc5.1.0(default) plgrid/libs/fftw/2.1.5-intel15.0
argtable2/13-gcc4.9.2 mrbayes/3.2.6-gcc6.2.0 plgrid/libs/fftw/3.3.4-gcc4.7.4
aster/12.6.0-gcc4.9.2 mvapich2/2.1-gcc6.1.0 plgrid/libs/fftw/3.3.4-gcc4.9.2
atk/2.18.0-gcc4.9.2 mvapich2/2.1-intel15.0 plgrid/libs/fftw/3.3.4-intel15.0
atk-spi2/2.19.2-gcc4.9.2 namd/2.11-intel15.0 plgrid/libs/fftw/3.3.8-gcc7.4.0
autoconf/2.69 namd/2.13-intel16.0(default) plgrid/libs/fftw2/2.1.5
autodock/4.2.6(default) namd/2.7-intel15.0 plgrid/libs/fftw3/3.3.4
autodock_vina/1.1.2(default) namd/2.9-intel15.0 plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.4-intel15.0
avogadro/1.1.1 nbo/6.0 plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.4-intel_mpi_15.0
bagel/2018.07.04-git nbo/6.0.18a plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.8-gcc7.4.0
beagle/2.1.2-gcc5.1.0(default) nbo/6.0.18a-g16b01 plgrid/libs/gmp/6.0.0-gcc4.9.2
beagle/3.0.2-gcc6.2.0 nbo/6.0-g09d01 plgrid/libs/gmp/6.1.2-gcc7.4.0
beast/2.5.1-with_JRE(default) nbo/6.0-g09e01 plgrid/libs/gsl/2.2.1-gcc6.2.0
binutils/2.25(default) nbo/6.0-orca4 plgrid/libs/lapack/3.6.0
binutils/2.28.1 nbo/current plgrid/libs/lapack/3.6.0-gcc4.9.2
bison/3.0.4 ncarg/6.3.0-intel15.0(default) plgrid/libs/lapack/3.6.0-intel15.0
blacs/1.1 nciplot/3.0-intel15.0 plgrid/libs/mkl/10.3
blacs/1.1-intel15.0 nco/4.4.8-intel15.0(default) plgrid/libs/mkl/13.1
blas/3.6.0 nco/4.5.2-intel15.0 plgrid/libs/mkl/15.0
blas/3.6.0-intel15.0 nco/4.6.0-beta05-intel15.0 plgrid/libs/mpfr/3.1.3-gcc4.9.2
boost/1.59.0-gcc4.9.2 netcdf/4.3.2-intel13.1 plgrid/libs/mpfr/4.0.2-gcc7.4.0
boost/1.62.0-gcc6.2.0 netcdf/4.3.3.1 plgrid/libs/netcdf/4.3.2-intel13.1
boost/1.68.0-gcc6.2.0(default) netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2 plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1
cairo/1.14.2 netcdf/4.3.3.1-intel13.1 plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2
cairo/1.14.6-gcc4.9.2(default) netcdf/4.3.3.1-intel15.0 plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel13.1
cairomm/1.12.0-gcc4.9.2 netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0
castep/17.2-parallel netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1 plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg
castep/17.2-serial netcdf/4.4.1.1-gcc6.2.0 plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1
castep/18.1-parallel netcdf/4.4.1-intel16.0 plgrid/libs/netcdf/4.4.1.1-gcc6.2.0
castep/18.1-serial netcdf/4.4.1-pgi16.5 plgrid/libs/netcdf/4.4.1-intel16.0
castep/19.11-parallel netcdf/4.6.2-gcc7.4.0(default) plgrid/libs/netcdf/4.4.1-pgi16.5
castep/19.11-serial netcdf-fortran/4.2-intel13.1 plgrid/libs/netcdf/4.6.2-gcc7.4.0
cfour/1.0-gcc5.1.0(default) netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2 plgrid/libs/openblas/0.2.14-gcc4.9.2
cfour/1.0-gcc7.4.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1 plgrid/libs/openblas/0.2.14-gcc5.1.0
cfour/2.1-gcc7.4.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0 plgrid/libs/openblas/0.2.15-gcc5.2.0
cfx/16.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg plgrid/libs/openblas/0.2.20-gcc7.4.0
cfx/16.2 netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1 plgrid/libs/opencv/3.0.0
cfx/17.2 netcdf-fortran/4.4.4-gcc6.2.0 plgrid/libs/petsc/3.6.3
cfx/18.2(default) netcdf-fortran/4.4.4-gcc7.4.0(default) plgrid/libs/petsc/3.6.3-intel15.0
cfx/19.0 netcdf-fortran/4.4.4-intel16.0 plgrid/libs/petsc/3.7.2-intel16.0
cfx/19.5 netcdf-fortran/4.4.4-pgi16.5 plgrid/libs/pixman/0.34.0-gcc4.9.2
cgal/4.6.2-gcc4.9.2 netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2 plgrid/libs/scalapack/2.0.2
clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2 netcdf-python/1.4.2-gcc7.4.0(default) plgrid/libs/scalapack/2.0.2-gcc4.9.2
clustalw/2.1-intel15.0 newton-x/2.0-gcc6.2.0 plgrid/libs/scalapack/2.0.2-intel15.0
cmake/3.10.2 nlopt/2.4.2-intel15.0 plgrid/tools/avogadro/1.1.1
cmake/3.13.4-gcc7.4.0(default) nwchem/6.5.26243-intel15.0 plgrid/tools/blas/3.6.0
cmake/3.2.1 nwchem/6.5-intel15.0(default) plgrid/tools/blas/3.6.0-intel15.0
cp2k/2.6.1-gcc4.9.2 nwchem/6.8-intel15.0 plgrid/tools/cmake/3.10.2
cpmd/3.15.3-intel15.0(default) octave/4.4.1-gcc7.4.0(default) plgrid/tools/cmake/3.13.4-gcc7.4.0
cpmd/4.1-gcc4.9.2 openbabel/2.3.2-gcc4.9.2 plgrid/tools/cmake/3.2.1
crystal09/2.0.1-intel13.1(default) openbabel/2.4.1 plgrid/tools/gcc/4.7.4
crystal09/2.0.1-intel15.0 openblas/0.2.14-gcc4.9.2 plgrid/tools/gcc/4.9.2
cuda/8.0 openblas/0.2.14-gcc5.1.0 plgrid/tools/gcc/5.1.0
cuda/9.1(default) openblas/0.2.15-gcc5.2.0 plgrid/tools/gcc/5.2.0
cuda-software/namd-2.13-intel16.0.3 openblas/0.2.20-gcc7.4.0(default) plgrid/tools/gcc/5.4.0
cuda-software/openblas-0.2.20-pgi18.10 opencv/3.0.0 plgrid/tools/gcc/6.1.0
cuda-software/openmpi-3.1.3-gcc7.4.0 openfoam/2.1.1-gcc4.7.4 plgrid/tools/gcc/6.2.0
cuda-software/openmpi-3.1.3-pgi18.10 openfoam/v1612+-gcc5.2.0 plgrid/tools/gcc/7.3.0
cuda-software/pgi-18.10 openmolcas/2018.08.29-git-gcc6.2.0 plgrid/tools/gcc/7.4.0
dalton/2015-intel13.1 openmpi/1.10.0-gcc5.2.0 plgrid/tools/geos/3.4.2-gcc4.9.2
dalton/2015-intel13.1-MXDIST openmpi/1.10.0-intel15.0 plgrid/tools/geos/3.4.2-intel15.0
dalton/2015-intel13.1-rspvec openmpi/1.10.1-intel15.0 plgrid/tools/gnuplot/5.0.5
darshan/3.1.5 openmpi/1.10.3-gcc6.1.0 plgrid/tools/intel/12.1
dbus/1.10.6-gcc4.9.2 openmpi/1.10.3-intel16.0 plgrid/tools/intel/13.1
dirac/16.0-gcc4.9.2 openmpi/1.10.3-pgi16.5 plgrid/tools/intel/15.0
dirac/17.0-gcc4.9.2-serial openmpi/1.8.4-gcc4.7.4 plgrid/tools/intel/16.0
dirac/18.0-gcc7.4.0(default) openmpi/1.8.4-gcc4.9.2 plgrid/tools/intel/16.0.3.210
dirac/18.0-intel2018 openmpi/1.8.4-gcc5.1.0 plgrid/tools/irods/4.0.3
elk/3.3.17-intel15.0 openmpi/1.8.4-intel13.1 plgrid/tools/java7/1.7.0_79
elk/4.0.15-intel16.0 openmpi/1.8.4-intel15.0 plgrid/tools/java8/1.8.0_65
elk/6.2.8-intel16.0 openmpi/1.8.5-gcc4.9.2 plgrid/tools/make/4.1
elpa/2013.11.008-gcc4.9.2 openmpi/1.8.8-gcc-x86 plgrid/tools/mercurial/3.7.1
elpa/2015.02.002-gcc4.9.2 openmpi/2.0.1-gcc6.2.0 plgrid/tools/mercurial/3.7.1-gcc4.9.2
elpa/2015.02.002-gcc5.1.0 openmpi/2.0.1-intel16.0 plgrid/tools/ncarg/6.3.0-intel15.0
espresso/5.4.0-intel16.0 openmpi/2.0.1-intel16.0-i8 plgrid/tools/nco/4.4.8-intel15.0
espresso/5.4.0-yambo-intel16.0 openmpi/2.1.0-gcc6.2.0 plgrid/tools/nco/4.5.2-intel15.0
espresso/6.2.1 openmpi/2.1.0-intel16.0 plgrid/tools/nco/4.6.0-beta05-intel15.0
espresso/6.3(default) openmpi/2.1.2-gcc6.2.0 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.2-intel13.1
fds-smv/6.3.2-intel15.0 openmpi/2.1.3-gcc7.3.0 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2
fds-smv/6.5.1-intel15.0 openmpi/3.1.3-gcc7.4.0(default) plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1
fds-smv/6.5.3 openmpi/3.1.3-intel16.0.3 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0
fds-smv/6.5.3_v2-intel16.0.3.210 openmx/3.8.1-intel16.0 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg
fdtd/8.20.1731 openmx/3.8.4 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1
fftw/2.1.5-intel15.0 orca/2.9.1-intel13.1 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-gcc6.2.0
fftw/3.3.4-gcc4.7.4 orca/3.0.3-intel13.1(default) plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-gcc7.4.0
fftw/3.3.4-gcc4.9.2 orca/4.0.0-intel16.0 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-intel16.0
fftw/3.3.4-intel15.0 orca/4.0.1-intel16.0 plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-pgi16.5
fftw/3.3.8-gcc7.4.0 orca/4.1.1-openmpi-3.1.3 plgrid/tools/netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2
fftw2/2.1.5 pango/1.39.0-gcc4.9.2 plgrid/tools/netcdf-python/1.4.2-gcc7.4.0
fftw3/3.3.4 parmetis/4.0.3-intel15.0 plgrid/tools/openbabel/2.3.2-gcc4.9.2
fftw-mpi/3.3.4-intel15.0 pdb2pqr/2.0.0 plgrid/tools/openbabel/2.4.1
fftw-mpi/3.3.4-intel_mpi_15.0 peacemaker/2.5-gcc6.2.0 plgrid/tools/openmpi/1.10.0-gcc5.2.0
fftw-mpi/3.3.8-gcc7.4.0(default) petsc/3.6.3 plgrid/tools/openmpi/1.10.0-intel15.0
fftw-mvapich2/3.3.4-intel15.0 petsc/3.6.3-intel15.0 plgrid/tools/openmpi/1.10.1-intel15.0
flex/2.5.39(default) petsc/3.7.2-intel16.0 plgrid/tools/openmpi/1.10.3-gcc6.1.0
flexpde/6.3.9 pgi/15.3 plgrid/tools/openmpi/1.10.3-intel16.0
flexpde/6.4.0 pgi/16.5 plgrid/tools/openmpi/1.10.3-pgi16.5
flexpde/6.50 photoscan/1.2.6 plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc4.7.4
fluent/16.0 photoscan/1.4.3 plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc4.9.2
fluent/16.2 pixman/0.34.0-gcc4.9.2 plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc5.1.0
fluent/17.2 plgrid/apps/abinit/7.10.4-intel13.1 plgrid/tools/openmpi/1.8.4-intel13.1
fluent/18.2(default) plgrid/apps/abinit/8.0.7-intel15.0 plgrid/tools/openmpi/1.8.4-intel15.0
fluent/19.0 plgrid/apps/abinit/8.10.2-intel16.0.3 plgrid/tools/openmpi/1.8.5-gcc4.9.2
fluent/19.5 plgrid/apps/abinit/8.2.2-intel15.0 plgrid/tools/openmpi/1.8.8-gcc-x86
fontconfig/2.11.94-gcc4.9.2 plgrid/apps/abinit/8.4.4-intel16.0 plgrid/tools/openmpi/2.0.1-gcc6.2.0
for_user/kgawar plgrid/apps/abinit/8.8.3-intel16.0 plgrid/tools/openmpi/2.0.1-intel16.0
freetype/2.6.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/adf/2014.01 plgrid/tools/openmpi/2.0.1-intel16.0-i8
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0(default) plgrid/apps/adf/2014.10 plgrid/tools/openmpi/2.1.0-gcc6.2.0
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm plgrid/apps/adf/2016.108 plgrid/tools/openmpi/2.1.0-intel16.0
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_debug plgrid/apps/adf/2017.105 plgrid/tools/openmpi/2.1.2-gcc6.2.0
gamess/2017.04.20-R01-intel16.0 plgrid/apps/adf/2017.110.r61742.0.718 plgrid/tools/openmpi/2.1.3-gcc7.3.0
gaussian/g03.E.01 plgrid/apps/adf/2018.104 plgrid/tools/openmpi/3.1.3-gcc7.4.0
gaussian/g09.B.01 plgrid/apps/adf/2019.102 plgrid/tools/openmpi/3.1.3-intel16.0.3
gaussian/g09.D.01 plgrid/apps/amber/14-intel15.0 plgrid/tools/pgi/15.3
gaussian/g09.D.01-justa plgrid/apps/amber/tools18-gcc4.9.2 plgrid/tools/pgi/16.5
gaussian/g09.E.01 plgrid/apps/ansys/18.2 plgrid/tools/prcc/15.0
gaussian/g16.A.03 plgrid/apps/ansys/19.0 plgrid/tools/prcpp/15.0
gaussian/g16.B.01 plgrid/apps/aster/12.6.0-gcc4.9.2 plgrid/tools/prftn/15.0
gaussian/g16.C.01(default) plgrid/apps/autodock/4.2.6 plgrid/tools/pymol/1.7.6
gcc/4.7.4 plgrid/apps/autodock_vina/1.1.2 plgrid/tools/python/2.7.13-gcc6.2.0
gcc/4.9.2 plgrid/apps/cfour/1.0-gcc5.1.0 plgrid/tools/python/2.7.15-gcc7.4.0
gcc/5.1.0 plgrid/apps/cfour/1.0-gcc7.4.0 plgrid/tools/python/2.7.15-intel16.0.3
gcc/5.2.0 plgrid/apps/cfour/2.1-gcc7.4.0 plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2
gcc/5.4.0 plgrid/apps/cfx/16.0 plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-iSpec
gcc/6.1.0 plgrid/apps/cfx/16.2 plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-meteo
gcc/6.2.0 plgrid/apps/cfx/17.2 plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-pyyaml
gcc/7.3.0 plgrid/apps/cfx/18.2 plgrid/tools/python/3.4.4-gcc5.2.0
gcc/7.4.0(default) plgrid/apps/cfx/19.0 plgrid/tools/python/3.6.2-gcc6.2.0
gdal/1.11.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/cfx/19.5 plgrid/tools/python/3.6.8-gcc7.3.0
gdal/1.11.2-intel15.0(default) plgrid/apps/clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2 plgrid/tools/slepc/3.7.2-intel16.0
gdal/2.3.1-gcc7.3.0 plgrid/apps/clustalw/2.1-intel15.0 plgrid/tools/sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2
gdk-pixbuf/2.33.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/cp2k/2.6.1-gcc4.9.2 plgrid/tools/sqlite/3.7.17
geos/3.4.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/cpmd/3.15.3-intel15.0 plgrid/tools/svn/1.9.3
geos/3.4.2-intel15.0(default) plgrid/apps/cpmd/4.1-gcc4.9.2 plgrid/tools/swig/3.0.10-gcc4.9.2
gettext/0.19.7 plgrid/apps/crystal09/2.0.1-intel13.1 plgrid/tools/szip/2.1.1-gcc7.4.0
git/2.7.1 plgrid/apps/crystal09/2.0.1-intel15.0 plgrid/tools/szip/2.1-gcc4.9.2
glib/2.46.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/dalton/2015-intel13.1 plgrid/tools/szip/2.1-gcc6.2.0
glibc/2.14.1 plgrid/apps/dirac/16.0-gcc4.9.2 plgrid/tools/szip/2.1-intel13.1
gmp/6.0.0-gcc4.9.2 plgrid/apps/dirac/17.0-gcc4.9.2-serial plgrid/tools/szip/2.1-intel15.0
gmp/6.1.2-gcc7.4.0(default) plgrid/apps/dirac/18.0-gcc7.4.0 plgrid/tools/szip/2.1-intel16.0
gnuplot/5.0.5 plgrid/apps/dirac/18.0-intel2018 plgrid/tools/szip/2.1-pgi15.3
grace/5.99 plgrid/apps/elk/3.3.17-intel15.0 plgrid/tools/szip/2.1-pgi16.5
grass/6.4.5-intel15.0 plgrid/apps/elk/4.0.15-intel16.0 plumed/2.4.beta-gcc7.4.0(default)
gromacs/2016.3-intel16.0.3.210 plgrid/apps/elk/6.2.8-intel16.0 povray/3.7.0-gcc4.9.2
gromacs/2016.4.plumed-gcc7.4.0 plgrid/apps/elpa/2013.11.008-gcc4.9.2 prace/1.0
gromacs/2018.4-intel16.0.3.210 plgrid/apps/elpa/2015.02.002-gcc4.9.2 prcc/15.0
gromacs/4.6.7-intel15.0 plgrid/apps/elpa/2015.02.002-gcc5.1.0 prcpp/15.0
gromacs/5.0.4-intel15.0(default) plgrid/apps/espresso/5.4.0-intel16.0 prftn/15.0
gromacs/5.1.1-intel15.0 plgrid/apps/espresso/5.4.0-yambo-intel16.0 proj/4.9.1-gcc4.9.2
gsl/2.2.1-gcc6.2.0 plgrid/apps/espresso/6.2.1 proj/4.9.1-intel15.0(default)
gtk/3.18.7-gcc4.9.2 plgrid/apps/espresso/6.3 proj/4.9.3-intel16.0.3.210
harfbuzz/1.1.3-gcc4.9.2 plgrid/apps/fds/6.3.2 psi4/0.3-intel15.0
hashcat/hashcat-1.4 plgrid/apps/fds/6.5.1 pymol/1.7.6
hdf/4.2.11-gcc4.9.2 plgrid/apps/fds/6.5.3 python/2.7.13-gcc6.2.0
hdf/4.2.11-intel13.1 plgrid/apps/fluent/16.0 python/2.7.15-gcc7.4.0(default)
hdf/4.2.11-intel15.0(default) plgrid/apps/fluent/16.2 python/2.7.15-intel16.0.3
hdf/4.2.12-gcc6.2.0 plgrid/apps/fluent/17.2 python/2.7.8-gcc4.9.2
hdf/4.2.12-intel16.0 plgrid/apps/fluent/18.2 python/2.7.8-gcc4.9.2-iSpec
hdf/4.2.12-pgi16.5 plgrid/apps/fluent/19.0 python/2.7.8-gcc4.9.2-meteo
hdf5/1.10.4-gcc7.4.0(default) plgrid/apps/fluent/19.5 python/2.7.8-gcc4.9.2-pyyaml
hdf5/1.8.11-intel13.1 plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0 python/3.4.4-gcc5.2.0
hdf5/1.8.14 plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm python/3.6.2-gcc6.2.0
hdf5/1.8.14-gcc4.9.2 plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_debug python/3.6.8-gcc7.3.0
hdf5/1.8.14-intel13.1 plgrid/apps/gamess/2017.04.20-R01-intel16.0 qd/2.3.17-gcc4.9.2
hdf5/1.8.14-intel15.0 plgrid/apps/gaussian/g03.E.01 qd/2.3.17-intel15.0
hdf5/1.8.14-intel15.0dbg plgrid/apps/gaussian/g09.B.01 r/3.1.3-gcc4.9.2
hdf5/1.8.16-intel15.0 plgrid/apps/gaussian/g09.D.01 r/3.1.3-intel15.0
hdf5/1.8.17-intel16.0 plgrid/apps/gaussian/g09.E.01(default) r/3.2.3-intel15.0(default)
hdf5/1.8.17-pgi16.5 plgrid/apps/gaussian/g16.A.03 r/3.5.3-intel15.0
hdf5/1.8.18-gcc6.2.0 plgrid/apps/grace/5.99 rasdaman/9.0.5-intel15.0(default)
hydra/3.1.4(default) plgrid/apps/grass/6.4.5-intel15.0 raspa/2.0-gcc6.2.0
hypre/2.10.1-intel15.0 plgrid/apps/gromacs/2016.3-intel16.0.3.210 scalapack/2.0.2
impi/5.0.2.044(default) plgrid/apps/gromacs/2016.4.plumed-gcc7.4.0 scalapack/2.0.2-gcc4.9.2
intel/12.1 plgrid/apps/gromacs/2018.4-intel16.0.3.210 scalapack/2.0.2-intel15.0
intel/13.1 plgrid/apps/gromacs/4.6.7-intel15.0 siesta/3.2-intel16.0
intel/15.0(default) plgrid/apps/gromacs/5.0.4-intel15.0 siesta/4.0.2-intel16.0
intel/16.0 plgrid/apps/gromacs/5.1.1-intel15.0 siesta/4.0-intel16.0(default)
intel/16.0.3.210 plgrid/apps/hypre/2.10.1-intel15.0 slepc/3.7.2-intel16.0
ispec/20161118 plgrid/apps/ispec/20161118 spark/1.5.0
jags/3.4.0-intel15.0(default) plgrid/apps/lammps/20141209-intel15.0 spark/1.5.2
jags/4.0.1-intel15.0 plgrid/apps/lammps/20160514-intel15.0 spark/1.6.1
jasper/1.900.1-gcc4.9.2 plgrid/apps/lammps/20170331-intel16.0 spark/2.0.0
jasper/1.900.1-intel15.0(default) plgrid/apps/lammps/20180316-intel16.0 sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2
jasper/1.900.1-intel16.0 plgrid/apps/lammps/20190807-intel16.0 SPRKKR/7.7.3
jasper/1.900.1-pgi16.5 plgrid/apps/matlab/R2014b sqlite/3.7.17
jdk7/1.7.0_79(default) plgrid/apps/matlab/R2015a svn/1.9.3
jdk8/1.8.0_121 plgrid/apps/matlab/R2015b swig/3.0.10-gcc4.9.2
jdk8/1.8.0_172 plgrid/apps/matlab/R2016a szip/2.1.1-gcc7.4.0(default)
jdk8/1.8.0_65(default) plgrid/apps/matlab/R2017b szip/2.1-gcc4.9.2
kim-api/1.7.3-intel16.0 plgrid/apps/molden/5.2-gcc4.9.2 szip/2.1-gcc6.2.0
lammps/20141209-intel15.0(default) plgrid/apps/molden/5.7-gcc6.2.0 szip/2.1-intel13.1
lammps/20160514-intel15.0 plgrid/apps/molpro/2010.1.80-intel16.0 szip/2.1-intel15.0
lammps/20170331-intel16.0 plgrid/apps/molpro/2012.1.12-intel13.1 szip/2.1-intel16.0
lammps/20180316-intel16.0 plgrid/apps/molpro/2012.1.57-intel13.1 szip/2.1-pgi15.3
lammps/20190807-intel16.0 plgrid/apps/mopac/2016 szip/2.1-pgi16.5
lapack/3.6.0 plgrid/apps/mpc/1.0.3-gcc4.9.2 texinfo/6.5-gcc7.4.0
lapack/3.6.0-gcc4.9.2 plgrid/apps/mpc/1.1.0-gcc7.4.0 topmod09-intel15.0
lapack/3.6.0-intel15.0 plgrid/apps/namd/2.11-intel15.0 turbomole/5.10
libepoxy/1.3.1-gcc4.9.2 plgrid/apps/namd/2.13-intel16.0 turbomole/6.3
libint/1.1.4-gcc4.9.2 plgrid/apps/namd/2.7-intel15.0 turbomole/6.6(default)
libint/1.1.4-intel15.0 plgrid/apps/namd/2.9-intel15.0 turbomole/7.0
libint/2.0.3-gcc4.9.2 plgrid/apps/nciplot/3.0-intel15.0 turbomole/7.1.1
libint/2.0.3-intel15.0(default) plgrid/apps/nlopt/2.4.2-intel15.0 turbomole/7.3
libint/2.0.3-intel16.0 plgrid/apps/nwchem/6.5.26243-intel15.0 udunits/2.2.19-gcc4.9.2
libsigc++/2.6.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/nwchem/6.5-intel15.0 udunits/2.2.19-intel13.1
libxc/2.2.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/nwchem/6.8-intel15.0 udunits/2.2.19-intel15.0(default)
libxc/2.2.2-intel15.0(default) plgrid/apps/openfoam/2.1.1-gcc4.7.4 udunits/2.2.19-intel16.0
libxc/3.0.0-intel16.0.3.210 plgrid/apps/openfoam/v1612+-gcc5.2.0 udunits/2.2.19-pgi15.3
llvm/3.3.0-gcc4.9.2 plgrid/apps/openmx/3.8.1-intel16.0 udunits/2.2.19-pgi16.5
llvm/3.6.1-gcc4.9.2(default) plgrid/apps/openmx/3.8.4 udunits/2.2.20-gcc6.2.0
m4/1.4.18 plgrid/apps/orca/2.9.1-intel13.1 vasp/5.4.1-24Jun15-intel16.0
make/4.1 plgrid/apps/orca/3.0.3-intel13.1 vasp/5.4.1-intel15.0
mathematica/10.0 plgrid/apps/orca/4.0.0-intel16.0 vasp/5.4.4-gcc4.9.2
mathematica/10.1(default) plgrid/apps/orca/4.0.1-intel16.0 vasp/5.4.4-intel16.0(default)
matlab/R2013a_pwr plgrid/apps/orca/4.1.1-openmpi-3.1.3 vasp/5.4.4-optics
matlab/R2014b plgrid/apps/parmetis/4.0.3-intel15.0 vasp/5.4.4-vtst
matlab/R2014b_pwr plgrid/apps/peacemaker/2.5-gcc6.2.0 vmd/1.9.3-gcc6.2.0
matlab/R2015a plgrid/apps/povray/3.7.0-gcc4.9.2 xaim/1.0
matlab/R2015b(default) plgrid/apps/psi4/0.3-intel15.0 xband/6.3
matlab/R2016a plgrid/apps/qd/2.3.17-gcc4.9.2 xcrysden/1.5.60
matlab/R2017b plgrid/apps/qd/2.3.17-intel15.0 xTB/6.1
matlab/R2017b_pwr plgrid/apps/r/3.1.3-gcc4.9.2 xTB/6.2
mercurial/3.7.1 plgrid/apps/r/3.1.3-intel15.0

----------------------------------------------------------------------------- /usr/local/easybuild/python-2.7.15-gcc7.4.0/modules/all -----------------------------------------------------------------------------
ABINIT/8.10.3-intel-2018b h5py/2.8.0-foss-2018b-Python-3.6.6 ncurses/6.1-GCCcore-8.2.0
ABINIT/8.6.3-intel-2018a h5py/2.9.0-intel-2019a ncurses/6.1-GCCcore-8.3.0
ALAMODE/1.1.0-intel-2017b HDF5/1.10.1-foss-2018a ncview/2.1.7-intel-2018b
Anaconda2/5.3.0 HDF5/1.10.1-intel-2017b netCDF/4.4.1-intel-2016b
Anaconda3/5.3.0 HDF5/1.10.1-intel-2018a netCDF/4.6.0-foss-2018a
Armadillo/8.400.0-foss-2018a HDF5/1.10.1-iomkl-2018a netCDF/4.6.0-intel-2018a
arpack-ng/3.5.0-foss-2018a HDF5/1.10.2-foss-2018b netCDF/4.6.0-iomkl-2018a
AtomPAW/4.1.0.5-intel-2018b HDF5/1.10.2-intel-2018b netCDF/4.6.1-intel-2018b
Autoconf/2.69 HDF5/1.10.2-iomkl-2018b netCDF/4.6.2-gompi-2019a
Autoconf/2.69-foss-2016b HDF5/1.10.5-gompi-2019a netCDF/4.6.2-iimpi-2019a
Autoconf/2.69-GCC-5.4.0-2.26 HDF5/1.10.5-gompi-2019b netCDF-Fortran/4.4.4-intel-2016b
Autoconf/2.69-GCCcore-6.3.0 HDF5/1.10.5-iimpi-2019a netCDF-Fortran/4.4.4-intel-2018a
Autoconf/2.69-GCCcore-6.4.0 HDF5/1.8.17-intel-2016b netCDF-Fortran/4.4.4-intel-2018b
Autoconf/2.69-GCCcore-7.3.0 help2man/1.47.4 netCDF-Fortran/4.4.5-gompi-2019a
Autoconf/2.69-GCCcore-8.2.0 help2man/1.47.4-GCCcore-5.4.0 netCDF-Fortran/4.4.5-iimpi-2019a
Autoconf/2.69-GCCcore-8.3.0 help2man/1.47.4-GCCcore-6.3.0 nettle/3.4.1-GCCcore-8.2.0
Autoconf/2.69-intel-2016b help2man/1.47.4-GCCcore-6.4.0 nettle/3.4-foss-2018a
Automake/1.15 help2man/1.47.4-GCCcore-7.3.0 nettle/3.4-intel-2018b
Automake/1.15.1-GCCcore-6.4.0 help2man/1.47.7-GCCcore-8.2.0 nettle/3.4-iomkl-2018a
Automake/1.15-foss-2016b help2man/1.47.8-GCCcore-8.3.0 nettle/3.5.1-GCCcore-8.3.0
Automake/1.15-GCC-5.4.0-2.26 HPCG/3.1-foss-2018b Ninja/1.8.2-foss-2018b
Automake/1.15-GCCcore-6.3.0 hwloc/1.11.10-GCCcore-7.3.0 Ninja/1.8.2-fosscuda-2018b
Automake/1.15-intel-2016b hwloc/1.11.11-GCCcore-8.2.0 Ninja/1.9.0-foss-2018b
Automake/1.16.1-GCCcore-7.3.0 hwloc/1.11.12-GCCcore-8.3.0 Ninja/1.9.0-GCCcore-8.2.0
Automake/1.16.1-GCCcore-8.2.0 hwloc/1.11.3-GCC-5.4.0-2.26 Ninja/1.9.0-GCCcore-8.3.0
Automake/1.16.1-GCCcore-8.3.0 hwloc/1.11.7-GCCcore-6.4.0 NLopt/2.4.2-GCCcore-7.3.0
Autotools/20150215 hwloc/1.11.8-GCCcore-6.4.0 NLopt/2.4.2-iomkl-2018a
Autotools/20150215-foss-2016b hypothesis/4.23.4-GCCcore-8.2.0 NLopt/2.6.1-GCCcore-8.2.0
Autotools/20150215-GCC-5.4.0-2.26 hypothesis/4.5.0-foss-2018b-Python-3.6.6 NLopt/2.6.1-GCCcore-8.3.0
Autotools/20150215-GCCcore-6.3.0 hypothesis/4.5.0-fosscuda-2018b-Python-3.6.6 numactl/2.0.11-GCC-5.4.0-2.26
Autotools/20150215-intel-2016b icc/2015.3.187-GNU-4.9.3-2.25 numactl/2.0.11-GCCcore-6.4.0
Autotools/20170619-GCCcore-6.4.0 icc/2016.3.210-GCC-5.4.0-2.26 numactl/2.0.11-GCCcore-7.3.0
Autotools/20180311-GCCcore-7.3.0 icc/2017.1.132-GCC-6.3.0-2.27 numactl/2.0.12-GCCcore-8.2.0
Autotools/20180311-GCCcore-8.2.0 icc/2017.4.196-GCC-6.4.0-2.28 numactl/2.0.12-GCCcore-8.3.0
Autotools/20180311-GCCcore-8.3.0 icc/2018.1.163-GCC-6.4.0-2.28 numpy/1.9.2-intel-2016b-Python-2.7.12
Bazel/0.11.1-GCCcore-6.4.0 icc/2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30 numpy/1.9.2-intel-2017b-Python-2.7.14
Bazel/0.11.1-GCCcore-8.2.0 icc/2019.1.144-GCC-8.2.0-2.31.1 OpenBLAS/0.2.18-GCC-5.4.0-2.26-LAPACK-3.6.1
Bazel/0.12.0-GCCcore-6.4.0 iccifort/2015.3.187-GNU-4.9.3-2.25 OpenBLAS/0.2.20-GCC-6.4.0-2.28
Bazel/0.20.0-GCCcore-7.3.0 iccifort/2016.3.210-GCC-5.4.0-2.26 OpenBLAS/0.3.1-GCC-7.3.0-2.30
Bazel/0.20.0-GCCcore-8.2.0 iccifort/2017.1.132-GCC-6.3.0-2.27 OpenBLAS/0.3.5-GCC-8.2.0-2.31.1
binutils/2.25(default) iccifort/2017.4.196-GCC-6.4.0-2.28 OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
binutils/2.25-GCC-4.9.3-binutils-2.25 iccifort/2018.1.163-GCC-6.4.0-2.28 OpenMPI/1.10.3-GCC-5.4.0-2.26
binutils/2.25-GCCcore-4.9.3 iccifort/2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30 OpenMPI/2.1.2-GCC-6.4.0-2.28
binutils/2.26 iccifort/2019.1.144-GCC-8.2.0-2.31.1 OpenMPI/2.1.2-iccifort-2018.1.163-GCC-6.4.0-2.28
binutils/2.26-GCCcore-5.4.0 ICU/61.1-GCCcore-6.4.0 OpenMPI/3.1.1-GCC-7.3.0-2.30
binutils/2.27 ICU/61.1-GCCcore-7.3.0 OpenMPI/3.1.1-gcccuda-2018b
binutils/2.27-GCCcore-6.3.0 ICU/64.2-GCCcore-8.3.0 OpenMPI/3.1.1-iccifort-2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30
binutils/2.28 ifort/2015.3.187-GNU-4.9.3-2.25 OpenMPI/3.1.3-GCC-8.2.0-2.31.1
binutils/2.28-GCCcore-6.4.0 ifort/2016.3.210-GCC-5.4.0-2.26 OpenMPI/3.1.4-GCC-8.3.0
binutils/2.30 ifort/2017.1.132-GCC-6.3.0-2.27 OpenSSL/1.1.1b-GCCcore-8.2.0
binutils/2.30-GCCcore-7.3.0 ifort/2017.4.196-GCC-6.4.0-2.28 OpenSSL/1.1.1d-GCCcore-8.3.0
binutils/2.31.1 ifort/2018.1.163-GCC-6.4.0-2.28 pandas/0.21.0-intel-2017b-Python-3.6.3
binutils/2.31.1-GCCcore-8.2.0 ifort/2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30 PCRE/8.41-GCCcore-6.4.0
binutils/2.32 ifort/2019.1.144-GCC-8.2.0-2.31.1 PCRE/8.41-GCCcore-7.3.0
binutils/2.32-GCCcore-8.3.0 iimpi/2016b PCRE/8.43-GCCcore-8.2.0
Bison/3.0.4 iimpi/2017a PCRE/8.43-GCCcore-8.3.0
Bison/3.0.4-GCC-4.9.3-binutils-2.25 iimpi/2017b Perl/5.26.0-GCCcore-6.4.0
Bison/3.0.4-GCCcore-4.9.3 iimpi/2018a Perl/5.26.1-GCCcore-6.4.0
Bison/3.0.4-GCCcore-5.4.0 iimpi/2018b Perl/5.28.0-GCCcore-7.3.0
Bison/3.0.4-GCCcore-6.3.0 iimpi/2019a Perl/5.28.1-GCCcore-8.2.0
Bison/3.0.4-GCCcore-6.4.0 iimpi/7.3.5-GNU-4.9.3-2.25 Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0
Bison/3.0.4-GCCcore-7.3.0 ImageMagick/7.0.9-5-GCCcore-8.3.0 phono3py/1.12.5.35-intel-2017b-Python-2.7.14
Bison/3.0.4-intel-2016b imkl/11.2.3.187-iimpi-7.3.5-GNU-4.9.3-2.25 phono3py/1.16.0-intel-2018a-Python-2.7.14
Bison/3.0.5 imkl/11.3.3.210-iimpi-2016b phonopy/2.1.2-intel-2018a-Python-2.7.14
Bison/3.0.5-GCCcore-6.4.0 imkl/2017.3.196-iimpi-2017b phonopy/2.2.0-intel-2019a-Python-3.7.2
Bison/3.0.5-GCCcore-7.3.0 imkl/2018.1.163-iimpi-2018a Pillow/6.0.0-GCCcore-8.2.0
Bison/3.0.5-GCCcore-8.2.0 imkl/2018.1.163-iompi-2018a pixman/0.34.0-GCCcore-6.4.0
Bison/3.3.2 imkl/2018.3.222-iimpi-2018b pixman/0.34.0-GCCcore-7.3.0
Bison/3.3.2-GCCcore-8.3.0 imkl/2018.3.222-iompi-2018b pixman/0.38.0-GCCcore-8.2.0
Boost/1.54.0-intel-2015b-Python-2.7.10 imkl/2019.1.144-iimpi-2019a pixman/0.38.4-GCCcore-8.3.0
Boost/1.63.0-intel-2017b-Python-2.7.14 impi/2017.1.132-iccifort-2017.1.132-GCC-6.3.0-2.27 pkgconfig/1.2.2-intel-2017b-Python-2.7.14
Boost/1.66.0-foss-2018a impi/2017.3.196-iccifort-2017.4.196-GCC-6.4.0-2.28 pkgconfig/1.3.1-foss-2018b-Python-3.6.6
bwidget/1.9.13-GCCcore-8.2.0 impi/2018.1.163-iccifort-2018.1.163-GCC-6.4.0-2.28 pkgconfig/1.3.1-intel-2018a-Python-2.7.14
byacc/20160606-foss-2016b impi/2018.3.222-iccifort-2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30 pkgconfig/1.3.1-intel-2018a-Python-3.6.4
byacc/20170709-GCCcore-6.4.0 impi/2018.4.274-iccifort-2019.1.144-GCC-8.2.0-2.31.1 pkgconfig/1.5.1-GCCcore-8.2.0-python
bzip2/1.0.6-foss-2016b impi/5.0.3.048-iccifort-2015.3.187-GNU-4.9.3-2.25 pkg-config/0.29.2-GCCcore-6.4.0
bzip2/1.0.6-GCCcore-6.3.0 impi/5.1.3.181-iccifort-2016.3.210-GCC-5.4.0-2.26 pkg-config/0.29.2-GCCcore-7.3.0
bzip2/1.0.6-GCCcore-6.4.0 intel/2015b pkg-config/0.29.2-GCCcore-8.2.0
bzip2/1.0.6-GCCcore-7.3.0 intel/2016b pkg-config/0.29.2-GCCcore-8.3.0
bzip2/1.0.6-GCCcore-8.2.0 intel/2017b PLUMED/2.4.0-intel-2018a
bzip2/1.0.6-intel-2015b intel/2018a pocl/1.2-GCC-7.3.0-2.30
bzip2/1.0.6-intel-2016b intel/2018b PROJ/5.0.0-foss-2018a
bzip2/1.0.8-GCCcore-8.3.0 intel/2019a PROJ/5.0.0-intel-2018b
cairo/1.14.12-GCCcore-6.4.0 intltool/0.51.0-GCCcore-6.4.0-Perl-5.26.0 PROJ/5.0.0-iomkl-2018a
cairo/1.14.12-GCCcore-7.3.0 intltool/0.51.0-GCCcore-6.4.0-Perl-5.26.1 PROJ/6.0.0-GCCcore-8.2.0
cairo/1.16.0-GCCcore-8.2.0 intltool/0.51.0-GCCcore-7.3.0-Perl-5.28.0 protobuf/3.6.1.2-GCCcore-8.2.0
cairo/1.16.0-GCCcore-8.3.0 intltool/0.51.0-GCCcore-8.2.0 protobuf/3.6.1-GCCcore-7.3.0
Clang/6.0.1-GCC-7.3.0-2.30 intltool/0.51.0-GCCcore-8.3.0 psutil/5.6.3-GCCcore-8.2.0
ClusterShell/1.7.3 iomkl/2018a Python/2.7.10-intel-2015b
CMake/3.10.2-GCCcore-6.4.0 iomkl/2018b Python/2.7.12-foss-2016b
CMake/3.11.4-GCCcore-7.3.0 iompi/2018a Python/2.7.12-intel-2016b
CMake/3.12.1-GCCcore-7.3.0 iompi/2018b Python/2.7.14-foss-2018a
CMake/3.13.3-GCCcore-8.2.0 JasPer/2.0.10-intel-2016b Python/2.7.14-GCCcore-6.4.0-bare
CMake/3.15.3-GCCcore-8.3.0 JasPer/2.0.14-GCCcore-6.4.0 Python/2.7.14-intel-2017b
CMake/3.4.1-intel-2015b JasPer/2.0.14-GCCcore-7.3.0 Python/2.7.14-intel-2018a
CMake/3.5.2-intel-2016b JasPer/2.0.14-GCCcore-8.2.0 Python/2.7.14-iomkl-2018a
CMake/3.7.1-intel-2016b JasPer/2.0.14-GCCcore-8.3.0 Python/2.7.15-foss-2018b
CMake/3.9.1-GCCcore-6.4.0 Java/11.0.2(11) Python/2.7.15-fosscuda-2018b
CMake/3.9.5-GCCcore-6.4.0 Java/1.8.0_162 Python/2.7.15-GCCcore-7.3.0-bare
CP2K/6.1-intel-2018a Java/1.8.0_202(1.8) Python/2.7.15-GCCcore-8.2.0
CUDA/9.2.88-GCC-7.3.0-2.30 Keras/2.2.4-intel-2018a-Python-3.6.4 Python/2.7.15-intel-2018a
cuDNN/7.1.4.18-fosscuda-2018b LAME/3.100-GCCcore-8.2.0 Python/2.7.15-intel-2018b
cURL/7.49.1-intel-2016b libdrm/2.4.91-GCCcore-6.4.0 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
cURL/7.58.0-GCCcore-6.4.0 libdrm/2.4.92-GCCcore-7.3.0 Python/3.6.3-intel-2017b
cURL/7.60.0-GCCcore-7.3.0 libdrm/2.4.97-GCCcore-8.2.0 Python/3.6.4-foss-2018a
cURL/7.63.0-GCCcore-8.2.0 libdrm/2.4.99-GCCcore-8.3.0 Python/3.6.4-intel-2018a
cURL/7.66.0-GCCcore-8.3.0 libffi/3.2.1-foss-2016b Python/3.6.4-intel-2019a
Doxygen/1.8.11-intel-2016b libffi/3.2.1-GCCcore-6.3.0 Python/3.6.4-iomkl-2018a
Doxygen/1.8.13-GCCcore-6.4.0 libffi/3.2.1-GCCcore-6.4.0 Python/3.6.6-foss-2018b
Doxygen/1.8.14-GCCcore-6.4.0 libffi/3.2.1-GCCcore-7.3.0 Python/3.6.6-fosscuda-2018b
Doxygen/1.8.14-GCCcore-7.3.0 libffi/3.2.1-GCCcore-8.2.0 Python/3.6.6-intel-2018b
Doxygen/1.8.15-GCCcore-8.2.0 libffi/3.2.1-GCCcore-8.3.0 Python/3.7.2-GCCcore-8.2.0
EasyBuild/3.8.1 libffi/3.2.1-intel-2016b Python/3.7.4-GCCcore-8.3.0
EasyBuild/3.9.0 libgeotiff/1.4.2-intel-2018b PyYAML/3.12
EasyBuild/3.9.1 libgeotiff/1.5.1-GCCcore-8.2.0 PyYAML/3.12-intel-2017b-Python-2.7.14
EasyBuild/3.9.4 libGLU/9.0.0-GCCcore-8.2.0 PyYAML/3.12-intel-2018a-Python-2.7.14
EasyBuild/4.0.0 libGLU/9.0.0-intel-2018b PyYAML/3.12-intel-2018a-Python-3.6.4
EasyBuild/4.1.0 libGLU/9.0.0-iomkl-2018a PyYAML/3.13-foss-2018b-Python-3.6.6
EasyBuild/4.1.1 libGLU/9.0.1-GCCcore-8.3.0 PyYAML/3.13-fosscuda-2018b-Python-3.6.6
Eigen/3.2.7-intel-2015b libidn/1.35-GCCcore-7.3.0 PyYAML/5.1-GCCcore-8.2.0
Eigen/3.3.7 Libint/1.1.6-intel-2018a QuantumESPRESSO/6.4.1-intel-2019a
ELPA/2018.11.001-intel-2019a libjpeg-turbo/1.5.3-GCCcore-6.4.0 R/3.5.1-intel-2018b
expat/2.2.4-GCCcore-6.4.0 libjpeg-turbo/2.0.0-GCCcore-7.3.0 R/3.6.2-foss-2019b
expat/2.2.5-GCCcore-6.4.0 libjpeg-turbo/2.0.2-GCCcore-8.2.0 Rosetta/3.10-foss-2016b
expat/2.2.5-GCCcore-7.3.0 libjpeg-turbo/2.0.3-GCCcore-8.3.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2016b-OpenBLAS-0.2.18-LAPACK-3.6.1
expat/2.2.6-GCCcore-8.2.0 libmatheval/1.1.11-GCCcore-6.4.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2018a-OpenBLAS-0.2.20
expat/2.2.7-GCCcore-8.3.0 libpciaccess/0.14-GCCcore-6.4.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2018b-OpenBLAS-0.3.1
FFmpeg/4.1.3-GCCcore-8.2.0 libpciaccess/0.14-GCCcore-7.3.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2019a-OpenBLAS-0.3.5
FFTW/3.3.4-gompi-2016b libpciaccess/0.14-GCCcore-8.2.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2019b
FFTW/3.3.7-gompi-2018a libpciaccess/0.14-GCCcore-8.3.0 ScaLAPACK/2.0.2-gompic-2018b-OpenBLAS-0.3.1
FFTW/3.3.7-intel-2018a libpng/1.6.32-GCCcore-6.4.0 scikit-learn/0.20.3-intel-2019a
FFTW/3.3.7-iomkl-2018a libpng/1.6.34-GCCcore-6.4.0 SciPy-bundle/2019.03-foss-2019a
FFTW/3.3.8-gompi-2018b libpng/1.6.34-GCCcore-7.3.0 SciPy-bundle/2019.03-intel-2019a
FFTW/3.3.8-gompi-2019a libpng/1.6.36-GCCcore-8.2.0 SCons/2.5.0-foss-2016b-Python-2.7.12
FFTW/3.3.8-gompi-2019b libpng/1.6.37-GCCcore-8.3.0 Singularity/2.4.2-GCC-5.4.0-2.26
FFTW/3.3.8-gompic-2018b libreadline/6.3-foss-2016b spglib/1.9.9-intel-2017b
FFTW/3.3.8-intel-2018b libreadline/6.3-intel-2015b SQLite/3.13.0-foss-2016b
flex/2.5.39(default) libreadline/6.3-intel-2016b SQLite/3.13.0-intel-2016b
flex/2.5.39-GCC-4.9.3-binutils-2.25 libreadline/6.3-intel-2018a SQLite/3.17.0-GCCcore-6.3.0
flex/2.5.39-GCCcore-4.9.3 libreadline/6.3-intel-2019a SQLite/3.20.1-GCCcore-6.4.0
flex/2.6.0 libreadline/7.0-GCCcore-6.3.0 SQLite/3.21.0-GCCcore-6.4.0
flex/2.6.0-GCCcore-5.4.0 libreadline/7.0-GCCcore-6.4.0 SQLite/3.24.0-GCCcore-7.3.0
flex/2.6.0-intel-2016b libreadline/7.0-GCCcore-7.3.0 SQLite/3.24.0-intel-2018a
flex/2.6.3 libreadline/7.0-GCCcore-8.2.0 SQLite/3.27.2-GCCcore-8.2.0
flex/2.6.3-GCCcore-5.4.0 libreadline/8.0-GCCcore-8.2.0 SQLite/3.27.2-intel-2019a
flex/2.6.3-GCCcore-6.3.0 libreadline/8.0-GCCcore-8.3.0 SQLite/3.29.0-GCCcore-8.3.0
flex/2.6.4 libsndfile/1.0.28-GCCcore-6.4.0 SQLite/3.8.10.2-intel-2015b
flex/2.6.4-GCCcore-6.4.0 libsndfile/1.0.28-GCCcore-7.3.0 SWIG/3.0.12-foss-2018a-Python-2.7.14
flex/2.6.4-GCCcore-7.3.0 libsndfile/1.0.28-GCCcore-8.2.0 SWIG/3.0.12-GCCcore-8.2.0-Python-3.7.2
flex/2.6.4-GCCcore-8.2.0 libsndfile/1.0.28-GCCcore-8.3.0 SWIG/3.0.12-intel-2018b-Python-3.6.6
flex/2.6.4-GCCcore-8.3.0 LibTIFF/4.0.10-GCCcore-8.2.0 SWIG/3.0.12-iomkl-2018a-Python-3.6.4
fontconfig/2.12.4-GCCcore-6.4.0 LibTIFF/4.0.10-GCCcore-8.3.0 Szip/2.1.1-GCCcore-6.4.0
fontconfig/2.12.6-GCCcore-6.4.0 LibTIFF/4.0.9-GCCcore-6.4.0 Szip/2.1.1-GCCcore-7.3.0
fontconfig/2.13.0-GCCcore-7.3.0 LibTIFF/4.0.9-intel-2018b Szip/2.1.1-GCCcore-8.2.0
fontconfig/2.13.1-GCCcore-8.2.0 libtool/2.4.6 Szip/2.1.1-GCCcore-8.3.0
fontconfig/2.13.1-GCCcore-8.3.0 libtool/2.4.6-foss-2016b Szip/2.1-intel-2016b
foss/2016b libtool/2.4.6-GCC-5.4.0-2.26 Tcl/8.6.4-intel-2015b
foss/2018a libtool/2.4.6-GCCcore-6.3.0 Tcl/8.6.5-foss-2016b
foss/2018b libtool/2.4.6-GCCcore-6.4.0 Tcl/8.6.5-intel-2016b
foss/2019a libtool/2.4.6-GCCcore-7.3.0 Tcl/8.6.5-intel-2018a
foss/2019b libtool/2.4.6-GCCcore-8.2.0 Tcl/8.6.5-intel-2019a
fosscuda/2018b libtool/2.4.6-GCCcore-8.3.0 Tcl/8.6.6-GCCcore-6.3.0
freetype/2.10.1-GCCcore-8.3.0 libtool/2.4.6-intel-2016b Tcl/8.6.7-GCCcore-6.4.0
freetype/2.8-GCCcore-6.4.0 libunistring/0.9.7-GCCcore-6.4.0 Tcl/8.6.8-GCCcore-6.4.0
freetype/2.9.1-GCCcore-7.3.0 libunwind/1.3.1-GCCcore-8.2.0 Tcl/8.6.8-GCCcore-7.3.0
freetype/2.9.1-GCCcore-8.2.0 libunwind/1.3.1-GCCcore-8.3.0 Tcl/8.6.8-GCCcore-8.2.0
freetype/2.9-GCCcore-6.4.0 libxc/3.0.1-intel-2018a Tcl/8.6.9-GCCcore-8.2.0
FriBidi/1.0.5-GCCcore-8.2.0 libxc/3.0.1-intel-2018b Tcl/8.6.9-GCCcore-8.3.0
gc/7.6.0-GCCcore-6.4.0 libxc/4.2.3-intel-2018a tcsh/6.20.00-GCCcore-5.4.0
GCC/4.9.2 libxc/4.3.4-iccifort-2019.1.144-GCC-8.2.0-2.31.1 TensorFlow/1.13.1-foss-2018b-Python-3.6.6
GCC/4.9.3-binutils-2.25 libxml2/2.9.4-GCCcore-6.4.0 TensorFlow/1.8.0-foss-2018a-Python-3.6.4
GCC/5.4.0-2.26 libxml2/2.9.7-GCCcore-6.4.0 TensorFlow/1.8.0-intel-2018a-Python-3.6.4
GCC/6.4.0-2.28 libxml2/2.9.8-GCCcore-7.3.0 Theano/1.0.2-intel-2018a-Python-3.6.4
GCC/7.3.0-2.30 libxml2/2.9.8-GCCcore-8.2.0 Theano/1.0.2-intel-2019a-Python-3.6.4
GCC/8.2.0-2.31.1 libxml2/2.9.9-GCCcore-8.3.0 Tk/8.6.4-intel-2015b-no-X11
GCC/8.3.0 libxslt/1.1.32-GCCcore-6.4.0 Tk/8.6.5-foss-2016b
GCCcore/4.9.3 libxslt/1.1.33-GCCcore-8.2.0 Tk/8.6.5-intel-2016b
GCCcore/5.4.0 libxsmm/1.8.3-intel-2018a Tk/8.6.7-intel-2017b
GCCcore/6.3.0 libyaml/0.1.7 Tk/8.6.8-GCCcore-6.4.0
GCCcore/6.4.0 libyaml/0.1.7-GCCcore-6.4.0 Tk/8.6.8-GCCcore-7.3.0
GCCcore/7.3.0 libyaml/0.2.1-GCCcore-7.3.0 Tk/8.6.8-iomkl-2018a
GCCcore/8.2.0 libyaml/0.2.2-GCCcore-8.2.0 Tk/8.6.9-GCCcore-8.2.0
GCCcore/8.3.0 LittleCMS/2.9-GCCcore-8.3.0 Tk/8.6.9-GCCcore-8.3.0
gcccuda/2018b LLVM/5.0.1-GCCcore-6.4.0 Tkinter/2.7.14-intel-2017b-Python-2.7.14
GDAL/2.2.3-foss-2018a-Python-2.7.14 LLVM/6.0.0-GCCcore-7.3.0 Tkinter/2.7.14-intel-2018a-Python-2.7.14
GDAL/2.2.3-intel-2018b-Python-3.6.6 LLVM/7.0.1-GCCcore-8.2.0 Tkinter/3.7.2-GCCcore-8.2.0
GDAL/2.2.3-iomkl-2018a-Python-3.6.4 LLVM/9.0.0-GCCcore-8.3.0 Togl/2.0-GCCcore-8.3.0
GDAL/3.0.0-foss-2019a-Python-3.7.2 lxml/4.2.0-intel-2018a-Python-2.7.14 UDUNITS/2.2.26-GCCcore-8.3.0
GEOS/3.6.2-foss-2018a-Python-2.7.14 lxml/4.3.3-GCCcore-8.2.0 UDUNITS/2.2.26-intel-2018b
GEOS/3.6.2-intel-2018b-Python-3.6.6 M4/1.4.17 util-linux/2.31.1-GCCcore-6.4.0
GEOS/3.6.2-iomkl-2018a-Python-3.6.4 M4/1.4.17-foss-2016b util-linux/2.32-GCCcore-7.3.0
GEOS/3.7.2-foss-2019a-Python-3.7.2 M4/1.4.17-GCC-4.9.3-binutils-2.25 util-linux/2.33-GCCcore-8.2.0
gettext/0.19.8.1 M4/1.4.17-GCC-5.4.0-2.26 util-linux/2.34-GCCcore-8.3.0
gettext/0.19.8.1-GCCcore-6.4.0 M4/1.4.17-GCCcore-4.9.3 Wannier90/2.0.1.1-intel-2018b-abinit
gettext/0.19.8.1-GCCcore-6.4.0-libxml2-2.9.7 M4/1.4.17-GCCcore-5.4.0 Wannier90/2.1.0-intel-2017b
gettext/0.19.8.1-GCCcore-7.3.0 M4/1.4.17-intel-2016b wget/1.20.1-GCCcore-7.3.0
gettext/0.19.8.1-GCCcore-8.2.0 M4/1.4.18 wheel/0.30.0-intel-2018a-Python-3.6.4
gettext/0.20.1-GCCcore-8.3.0 M4/1.4.18-GCCcore-5.4.0 wheel/0.30.0-intel-2019a-Python-3.6.4
gflags/2.2.2-GCCcore-8.2.0 M4/1.4.18-GCCcore-6.3.0 wheel/0.31.0-foss-2018a-Python-3.6.4
Ghostscript/9.22-GCCcore-6.4.0-cairo-1.14.12 M4/1.4.18-GCCcore-6.4.0 wheel/0.31.1-foss-2018b-Python-3.6.6
Ghostscript/9.50-GCCcore-8.3.0 M4/1.4.18-GCCcore-7.3.0 WRF/3.8.0-intel-2016b-dmpar
GLib/2.54.3-GCCcore-6.4.0 M4/1.4.18-GCCcore-8.2.0 X11/20180131-GCCcore-6.4.0
GLib/2.54.3-GCCcore-7.3.0 M4/1.4.18-GCCcore-8.3.0 X11/20180604-GCCcore-7.3.0
GLib/2.60.1-GCCcore-8.2.0 magma/2.5.0-fosscuda-2018b X11/20190311-GCCcore-8.2.0
GLib/2.62.0-GCCcore-8.3.0 Mako/1.0.7-intel-2018b-Python-2.7.15 X11/20190717-GCCcore-8.3.0
glog/0.4.0-GCCcore-8.2.0 Mako/1.0.7-iomkl-2018a-Python-2.7.14 x264/20190413-GCCcore-8.2.0
GMP/6.1.1-foss-2016b Mako/1.0.8-GCCcore-8.2.0 x265/3.0-GCCcore-8.2.0
GMP/6.1.1-intel-2016b Mako/1.1.0-GCCcore-8.3.0 XML-Parser/2.44_01-GCCcore-6.4.0-Perl-5.26.0
GMP/6.1.2-GCCcore-6.3.0 matplotlib/2.1.0-intel-2017b-Python-2.7.14 XML-Parser/2.44_01-GCCcore-6.4.0-Perl-5.26.1
GMP/6.1.2-GCCcore-6.4.0 matplotlib/2.1.1-intel-2017b-Python-2.7.14 XML-Parser/2.44_01-GCCcore-7.3.0-Perl-5.28.0
GMP/6.1.2-GCCcore-7.3.0 matplotlib/2.1.2-intel-2018a-Python-2.7.14 xorg-macros/1.19.1-GCCcore-6.4.0
GMP/6.1.2-GCCcore-8.2.0 matplotlib/3.0.3-intel-2019a-Python-3.7.2 xorg-macros/1.19.2-GCCcore-7.3.0
GMP/6.1.2-GCCcore-8.3.0 Mesa/17.3.6-iomkl-2018a xorg-macros/1.19.2-GCCcore-8.2.0
GMT/5.4.3-foss-2018a Mesa/18.1.1-intel-2018b xorg-macros/1.19.2-GCCcore-8.3.0
GNU/4.9.3-2.25 Mesa/19.0.1-GCCcore-8.2.0 XZ/5.2.3-GCCcore-6.4.0
gompi/2016b Mesa/19.1.7-GCCcore-8.3.0 XZ/5.2.3-GCCcore-8.2.0
gompi/2018a Meson/0.50.0-GCCcore-8.2.0-Python-3.7.2 XZ/5.2.4-GCCcore-7.3.0
gompi/2018b Meson/0.51.2-GCCcore-8.3.0-Python-3.7.4 XZ/5.2.4-GCCcore-8.2.0
gompi/2019a mkl-dnn/0.13-intel-2018a XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
gompi/2019b MPFR/4.0.2-GCCcore-8.2.0 Yasm/1.3.0-GCCcore-8.2.0
gompic/2018b NASM/2.13.03-GCCcore-6.4.0 zlib/1.2.11
gperf/3.1-GCCcore-6.4.0 NASM/2.13.03-GCCcore-7.3.0 zlib/1.2.11-GCCcore-6.3.0
gperf/3.1-GCCcore-7.3.0 NASM/2.14.02-GCCcore-8.2.0 zlib/1.2.11-GCCcore-6.4.0
gperf/3.1-GCCcore-8.2.0 NASM/2.14.02-GCCcore-8.3.0 zlib/1.2.11-GCCcore-7.3.0
gperf/3.1-GCCcore-8.3.0 ncurses/5.9-intel-2015b zlib/1.2.11-GCCcore-8.2.0
GROMACS/2016.4-intel-2017b ncurses/6.0 zlib/1.2.11-GCCcore-8.3.0
GROMACS/2019-foss-2018b ncurses/6.0-foss-2016b zlib/1.2.8
GSL/2.4-GCCcore-6.4.0 ncurses/6.0-GCCcore-5.4.0 zlib/1.2.8-GCC-4.9.3-binutils-2.25
GSL/2.5-iccifort-2018.3.222-GCC-7.3.0-2.30 ncurses/6.0-GCCcore-6.3.0 zlib/1.2.8-GCCcore-4.9.3
GSL/2.6-GCC-8.3.0 ncurses/6.0-GCCcore-6.4.0 zlib/1.2.8-GCCcore-5.4.0
Guile/1.8.8-GCCcore-6.4.0 ncurses/6.0-GCCcore-8.2.0 zlib/1.2.8-intel-2015b
h5py/2.7.1-intel-2017b-Python-2.7.14 ncurses/6.0-intel-2016b zlib/1.2.8-intel-2016b
h5py/2.7.1-intel-2018a-Python-2.7.14 ncurses/6.1-GCCcore-6.4.0 zlib/1.2.8-intel-2018a
h5py/2.7.1-intel-2018a-Python-3.6.4 ncurses/6.1-GCCcore-7.3.0 zlib/1.2.8-intel-2019a
</pre>

* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/12.1
binutils/2.25 load complete.
intel/12.1 load complete.
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
$ module rm binutils
binutils/2.25 unload complete
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/12.1
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

SPRKKR

2020-01-31T13:23:13Z

Mm:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SPRKKR
{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja='''7.7.3'''}}
'''SPRKKR''' (''A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code
for Calculating Solid State Properties '')

== Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym ==

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z '''kkrgen7.7.3'''.

== Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu ==

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu '''sub-kkrscf-7.7.3''' oraz '''sub-kkrgen-7.7.3''' bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:

sub-kkrscf-7.7.3

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

== XBAND ==

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]] lub z klienta PuTTy z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]].

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3''').

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== SPRKKR w sieci ==
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

SPRKKR

2020-01-31T13:22:41Z

Mm:

SPRKKR

2020-01-31T13:22:29Z

Mm:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SPRKKR
{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja=7.7.3}}
'''SPRKKR''' (''A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code
for Calculating Solid State Properties '')

== Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym ==

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z '''kkrgen7.7.3'''.

== Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu ==

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu '''sub-kkrscf-7.7.3''' oraz '''sub-kkrgen-7.7.3''' bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:

sub-kkrscf-7.7.3

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

== XBAND ==

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]] lub z klienta PuTTy z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]].

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3''').

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== SPRKKR w sieci ==
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

SPRKKR

2020-01-31T13:20:58Z

Mm:

SPRKKR

2020-01-31T13:19:54Z

Mm:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SPRKKR
{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja=7.7.3}}
'''SPRKKR''' (''A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code
for Calculating Solid State Properties '')

== Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym ==

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z '''kkrgen7.7.3'''.

== Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu ==

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu '''sub-kkrscf-7.7.3''' oraz '''sub-kkrgen-7.7.3''' bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:

sub-kkrscf-7.7.3

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

== XBAND ==

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]] lub z klienta PuTTy z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]].

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3).

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== SPRKKR w sieci ==
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

SPRKKR

2020-01-31T12:59:54Z

Mm: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SPRKKR {{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=Bem|wersja=7.7.3}} '..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SPRKKR
{{aplikacja|nazwa=SPRKKR|serwer=[[Bem]]|wersja=7.7.3}}
'''SPRKKR''' (''Munich SPRKKR band structure program package '')

==Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym==

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z '''kkrgen7.7.3'''.

==Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu==

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu '''sub-kkrscf-7.7.3''' oraz '''sub-kkrgen-7.7.3''' bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:
sub-kkrscf-7.7.3

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

==XBAND==

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]] lub z klienta PuTTy z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]].

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3).

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;SPRKKR w sieci
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Rosetta

2020-01-31T10:50:11Z

Mm:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=3.10}}
=== Rosetta ===

Program Rosetta służy do modelowania struktury białek.
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek, enzymów de novo, łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.

=== Licencja ===

Program Rosetta jest dostępny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkowników za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load Rosetta/3.10-foss-2016b (dla wersji domyślnej - najnowszej)

=== Rosetta w sieci ===
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

LAMMPS

2020-01-17T08:39:54Z

Mm: /* Praca w trybie interaktywnym */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20190807|wersja2=LAMMPS 20170331|wersja3=LAMMPS 20160514|wersja4='''LAMMPS 20141209'''}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

'''sub-lammps-20141209'''

'''sub-lammps-20160514'''

'''sub-lammps-20170331'''

'''sub-lammps-20190807'''

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
> module avail lammps
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

Sposób użycia programu oraz listę zainstalowanych pakietów można uzyskać za pomocą polecenia:
> lmp_wcss -h

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Quantum ESPRESSO

2020-01-14T09:07:32Z

Mm:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < BAGEL
{{aplikacja|nazwa=Quantum ESPRESSO|logo=[[Plik:logo_qe.jpg|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.4.0|wersja2=6.2.1|wersja3='''6.3'''|wersja4=6.4.1|}}
'''QE''' (''Quantum ESPRESSO'') - zintegrowany pakiet Open Source do obliczeń struktury elektronowej i modelowania materiałów w nanoskali. Opiera się na teorii funkcjonału gęstości, falach płaskich i pseudopotencjach.

Na klastrze [[Bem]] dostępne są różne wersje QE.

Po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]], np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=Quantum_ESPRESSO_6.4.1

należy załadować jeden z wybranych modułów w powłoce:
> module load espresso/5.4.0-intel16.0
> module load espresso/5.4.0-yambo-intel16.0
> module load espresso/6.2.1
> module load espresso/6.3
> module load QuantumESPRESSO/6.4.1-intel-2019a

Po załadowaniu modułu należy wywołać jeden wielu z programów wykonywalnych (poniższe są dostępne w wersji 6.4.1):

PWscf (pw.x)
PHonon (ph.x, dynmat.x)
PWneb (neb.x)
PWCOND (pwcond.x)
CP (cp.x)
TurboTDDFT (turbo_lanczos.x, turbo_spectrum.x, turbo_davidson.x, turbo_eels.x)
XSpectra (xspectra.x)
atomic (ld1.x)
hp.x

Postprocessings :

pp.x
dos.x
bands.x
projwfc.x
molecularpdos.x
cppp.x
pw_export.x
ppacf.x

bezpośrednio po nazwie programu:

pw.x < file.in

lub w sposób zrównoleglony np.:

mpirun -np x pw.x -i file.in

gdzie:

x - liczba zrównoleglanych procesów

file.in - plik inputowy

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;QE w sieci
*[https://www.quantum-espresso.org/ Strona domowa pakietu QE]
*[https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual Dokumentacja on-line]
*[https://gitlab.com/QEF/q-e Kod programu QE]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2019-12-06T10:46:28Z

Mm: dodanie wersji LAMMPS 20190807

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20190807|wersja2=LAMMPS 20170331|wersja3=LAMMPS 20160514|wersja4='''LAMMPS 20141209'''}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

'''sub-lammps-20141209'''

'''sub-lammps-20160514'''

'''sub-lammps-20170331'''

'''sub-lammps-20190807'''

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
> module avail lammps
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Quantum ESPRESSO

2019-11-27T09:17:31Z

Mm:

ADF

2019-11-12T14:09:50Z

Mm: /* Uruchamianie GUI ADF-a */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]] Scientific Computing & Modelling|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.

module load adf/wybrana_wersja
adfview

'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ADF

2019-11-12T14:08:40Z

Mm: /* Uruchamianie GUI ADF-a */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]] Scientific Computing & Modelling|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program adfview.

module load adf/wybrana_wersja
adfview

'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ANSYS CFX

2019-11-12T13:34:26Z

Mm: dodanie wersji 19.5

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS CFX
{{aplikacja|nazwa=ANSYS CFX|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]]|wersja=19.5 |wersja2=19.0 |wersja3=18.2 |serwer2=[[Supernova]] |wersja21=16.2 |wersja22=15.0 |wersja23=14.5 |wersja24=13.0| serwer3=[[Klaster kampusowy]] |wersja32=13.0 |wersja31=14.5 |serwer4=Do pobrania |wersja41=16.2}}
'''ANSYS CFX''' - solver CFX jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS Fluent|Fluent]] i środowisko ''Workbench 2''.

Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.

== Licencja ==
CFX jest częścią pakietu [[ANSYS CFD]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.

== Korzystanie w WCSS ==
CFX jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).

=== Bem ===
CFX zainstalowany jest w wersji sekwencyjnej i równoległej w katalogu: <code>/usr/local/ansys_inc/WERSJA/CFX/ </code>

Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki należy korzystać z gotowych skryptów:
sub-cfx-18.2
Uzycie: /usr/local/bin/sub-cfx-18.2 [opcje] plik.def
gdzie opcje to:
-n liczba_rdzeni (domyslnie 1)
-m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyslnie 1800)
-o ilosc_pamieci_dla_pierwszego_rdzenia (brak domyslnej wartosci, uzywane tylko gdy liczba rdzeni > 1)
-i plik_cont.res
-q kolejka (domyslnie main)
-w walltime (domyslnie 504 h)

Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]], uruchomić [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie zadania interaktywnego|zadanie interaktywne]] i wydać polecenie:
> module load cfx/18.2
> runwb2
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== Klaster kampusowy ===
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu]. Następnie można założyć rezerwację pakietu w wersji dydaktycznej (ANSYS v.13.0) lub badawczej (ANSYS v.14.5).

== Instalacja na własnym komputerze ==
Istnieje możliwość zainstalowania CFX (wersja badawcza) na swoim komputerze. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami ([[kontakt]]).

== Dokumentacja ==
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+CFX Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ANSYS Fluent

2019-11-12T13:17:34Z

Mm: dodanie wersji 19.5

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS Fluent
{{aplikacja|nazwa=ANSYS Fluent|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=19.5, 19.0, 18.2 |serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2 }}
'''ANSYS Fluent''' - oprogramowanie do obliczeniowej mechaniki płynów. Od 2010 r. solver Fluent jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS CFX|CFX]] i środowisko ''Workbench 2''.

Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.

== Licencja ==
Fluent jest częścią pakietu [[ANSYS|Ansys Academic Multiphysics Campus Solution]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ANSYS Fluent jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).

=== Bem ===
Fluent jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Bem]]. Aby ustawić środowisko aplikacji należy załadować moduł poleceniem:
$ module load fluent/19.0


==== Uruchamianie aplikacji ====
Fluent może działać w trybie interaktywnym lub wsadowym. Zalecane jest, aby trybu interaktywnego używać do zdefiniowania modelu, krótkich testów oraz postprocessingu, natomiast obliczenia przeprowadzać wsadowo. Tryb wsadowy wymaga przygotowania pliku z danymi modelu i poleceniami programu, co można wykonać z poziomu GUI.

===== Interfejs graficzny =====
Aby skorzystać z GUI Fluenta na klastrze Supernova należy:
# Zalogować się na serwer z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowanie wyświetlania]]
#: <pre> > ssh -X login@bem.wcss.pl</pre>
# Uruchomić zadanie interaktywne w systemie kolejkowania (najlepiej w kolejce short6h, która ma wysoki priorytet, więc zadanie uruchomi się możliwie najszybciej)
#: <pre> > qsub -X -I -l software=Fluent </pre>
# Ustawić środowisko
#: <pre> > module load fluent/19.0</pre>
# Uruchomić aplikację lub środowisko Workbench
#: <pre> > fluent</pre>
#:Jako argumenty polecenia można podać z jaką dokładnością mają być przeprowadzane obliczenia (domyślnie pojedyncza precyzja, możliwe jest ustawienie podwójnej precyzji - <code>dp</code>) oraz wymiar przestrzenny modelu (<code>2d, 3d</code>).
#:
#:Przykład: Uruchomienie Fluenta z podwójną precyzją i modelem w 3D:
#: <pre>> fluent 3ddp</pre>

===== Interfejs tekstowy =====
Aby skorzystać z interfejsu tekstowego w trybie konwersacyjnym należy uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:
> module load fluent/19.0
> fluent -g

Można wówczas wybrać precyzję obliczeń i wymiar przestrzenny modelu, lub podać te parametry od razu przy wywołaniu polecenia.

Przykład: Uruchomienie konsoli Fluenta z pojedynczą precyzją i modelem w 2D:
> module load fluent/19.0
> fluent -g 2d

Z konsoli wychodzi się poleceniem <code>exit</code>.

===== Uruchamianie zadań w kolejce =====
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki na klastrze BEM można korzystać z gotowych skryptów:
<pre>sub-fluent-19.0
Usage: /usr/local/bin/sub-fluent-19.0 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-a arch (default - 2d, possible values: 2d 3d 2ddp 3ddp)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)</pre>

Zadania są uruchamiane przez skrypt bez grafiki. Zadania równoległe działają z wykorzystaniem sieci Infiniband.

===== Środowisko Workbench =====
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z przekierowaniem wyświetlania, uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:
> module load fluent/18.2
> runwb2

=== Klaster kampusowy ===
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu usługi].

Następnie można założyć rezerwację na wersję dydaktyczną programu (v.13) lub badawczą (v.14.5).

== Instalacja na własnym komputerze ==
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami.

== Dokumentacja ==
Dokumentacja Fluenta jest dostępna po wykonaniu polecenia na BEM:
> module load fluent/18.2
> fluent -help

* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+Fluent Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]