KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Logowanie

2012-03-09T12:48:53Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie

Na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] użytkownicy KDM mogą logować się używając klienta SSH.

Secure Shell (SSH) jest programem służącym do logowania się w sieci na innym komputerze, w celu wykonywania poleceń na zdalnej maszynie. Zapewnia sprawdzanie tożsamości i bezpieczną komunikację przez niezabezpieczone kanały sieci.

Programy takie jak Telnet, rlogin, FTP i inne tego typu, nie szyfrują haseł na czas transferu przez Internet. Stanowi to poważną lukę w bezpieczeństwie. SSH koduje cały ruch (włączając w to hasła) eliminując w ten sposób zagrożenia typu podsłuchiwanie, przejmowanie połączenia i inne ataki na poziomie sieci.

Obecnie dostępnych jest wiele darmowych klientów SSH działających na większości systemów. Jednym z nich jest [http://www.openssh.org OpenSSH] dla systemów klasy UNIX (dostępne są także wersje na inne systemy) i [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTY] pod Windows. Opis konfiguracji Putty w rozdziale "'''[[Konfiguracja Putty | Konfiguracja Putty ]]'''".

==== Przykład: Logowanie====

> ssh user1@tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

lub

> ssh -l user1 tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Logowanie

2012-03-09T12:48:14Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie

Na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] użytkownicy KDM mogą logować się używając klienta SSH.

Secure Shell (SSH) jest programem służącym do logowania się w sieci na innym komputerze, w celu wykonywania poleceń na zdalnej maszynie. Zapewnia sprawdzanie tożsamości i bezpieczną komunikację przez niezabezpieczone kanały sieci.

Programy takie jak Telnet, rlogin, FTP i inne tego typu, nie szyfrują haseł na czas transferu przez Internet. Stanowi to poważną lukę w bezpieczeństwie. SSH koduje cały ruch (włączając w to hasła) eliminując w ten sposób zagrożenia typu podsłuchiwanie, przejmowanie połączenia i inne ataki na poziomie sieci.

Obecnie dostępnych jest wiele darmowych klientów SSH działających na większości systemów. Jednym z nich jest [http://www.openssh.org OpenSSH] dla systemów klasy UNIX (dostępne są także wersje na inne systemy) i [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTY] pod Windows. Opis konfiguracji Putty w rozdziale "'''[[Konfiguracja Putty | Konfiguracja Putty]]'''".

==== Przykład: Logowanie====

> ssh user1@tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

lub

> ssh -l user1 tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Logowanie

2012-03-09T12:47:27Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie

Na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] użytkownicy KDM mogą logować się używając klienta SSH.

Secure Shell (SSH) jest programem służącym do logowania się w sieci na innym komputerze, w celu wykonywania poleceń na zdalnej maszynie. Zapewnia sprawdzanie tożsamości i bezpieczną komunikację przez niezabezpieczone kanały sieci.

Programy takie jak Telnet, rlogin, FTP i inne tego typu, nie szyfrują haseł na czas transferu przez Internet. Stanowi to poważną lukę w bezpieczeństwie. SSH koduje cały ruch (włączając w to hasła) eliminując w ten sposób zagrożenia typu podsłuchiwanie, przejmowanie połączenia i inne ataki na poziomie sieci.

Obecnie dostępnych jest wiele darmowych klientów SSH działających na większości systemów. Jednym z nich jest [http://www.openssh.org OpenSSH] dla systemów klasy UNIX (dostępne są także wersje na inne systemy) i [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTY] pod Windows. '''[[Konfiguracja Putty | Konfiguracja Putty]]'''

==== Przykład: Logowanie====

> ssh user1@tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

lub

> ssh -l user1 tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Logowanie

2012-03-09T12:47:12Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie

Na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] użytkownicy KDM mogą logować się używając klienta SSH.

Secure Shell (SSH) jest programem służącym do logowania się w sieci na innym komputerze, w celu wykonywania poleceń na zdalnej maszynie. Zapewnia sprawdzanie tożsamości i bezpieczną komunikację przez niezabezpieczone kanały sieci.

Programy takie jak Telnet, rlogin, FTP i inne tego typu, nie szyfrują haseł na czas transferu przez Internet. Stanowi to poważną lukę w bezpieczeństwie. SSH koduje cały ruch (włączając w to hasła) eliminując w ten sposób zagrożenia typu podsłuchiwanie, przejmowanie połączenia i inne ataki na poziomie sieci.

Obecnie dostępnych jest wiele darmowych klientów SSH działających na większości systemów. Jednym z nich jest [http://www.openssh.org OpenSSH] dla systemów klasy UNIX (dostępne są także wersje na inne systemy) i [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTY] pod Windows. '''[[Konfiguracja Putty | konfiguracja Putty]]'''

==== Przykład: Logowanie====

> ssh user1@tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

lub

> ssh -l user1 tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Logowanie

2012-03-09T12:46:45Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie

Na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] użytkownicy KDM mogą logować się używając klienta SSH.

Secure Shell (SSH) jest programem służącym do logowania się w sieci na innym komputerze, w celu wykonywania poleceń na zdalnej maszynie. Zapewnia sprawdzanie tożsamości i bezpieczną komunikację przez niezabezpieczone kanały sieci.

Programy takie jak Telnet, rlogin, FTP i inne tego typu, nie szyfrują haseł na czas transferu przez Internet. Stanowi to poważną lukę w bezpieczeństwie. SSH koduje cały ruch (włączając w to hasła) eliminując w ten sposób zagrożenia typu podsłuchiwanie, przejmowanie połączenia i inne ataki na poziomie sieci.

Obecnie dostępnych jest wiele darmowych klientów SSH działających na większości systemów. Jednym z nich jest [http://www.openssh.org OpenSSH] dla systemów klasy UNIX (dostępne są także wersje na inne systemy) i [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTY] pod Windows. ''[[Konfiguracja Putty | konfiguracja Putty]]''

==== Przykład: Logowanie====

> ssh user1@tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

lub

> ssh -l user1 tezro.wcss.wroc.pl 
user1@tezro.wcss.wroc.pl's password:''<tu wpisać hasło>''

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2012-01-13T13:45:42Z

Radek: /* Obliczenia zdalne */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:

{|
|-valign="top"
|
* MS Adsorption Locator
* MS Amorphous Cell
* MS Blends
* MS CASTEP Interface
* MS CASTEP Parallel
* MS COMPASS Parallel
* MS Conformers
* MS Discover Parallel
* MS DMol3 Interface
* MS DMol3-Solid State Parallel
* MS Equilibria
* MS Forcite Plus
|
* MS Gaussian Interface
* MS GULP Interface
* MS GULP Parallel
* MS Mesocite
* MS MesoDyn
* MS MesoDyn Interface
* MS Motif
* MS Morphology
* MS NMR CASTEP Parallel
* MS ONETEP
* MS ONETEP Interface
* MS Polymorph Predictor
|
* MS Polymorph Predictor Interface
* MS QMERA
* MS QMERA Interface
* MS QSAR Plus
* MS Reflex Plus
* MS Reflex QPA
* MS Sorption
* MS Synthia
* MS VAMP
* MS VAMP Interface
* MS Visualizer
* MS X-Cell
|}

=== Dodatkowe pola siłowe ===
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

=== Obliczenia zdalne ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Nova]]. Na obydwu maszynach działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

[[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfiguracje klienta?''']]

[[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

lub

adres: '''leo.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę [[Leo]], jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze [[Nova]].

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

;Polecenia dostępne na klastrze Nova

'''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji

2012-01-13T13:44:39Z

Radek: /* Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji */

==Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji==

Run the '''Accelrys Licensing Wizard''' by selecting '' Accelrys | Licensing | Configure Materials Studio Licensing'' from Windows ''Start'' menu.

Click on '''For more options, start the License Administrator'''
[[Plik: MS_config_lic_1.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

'''Configuration summary'''
[[Plik: MS_config_lic_2.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

'''License serwer and port specification'''
[[Plik: MS_config_lic_3.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji

2012-01-13T13:43:41Z

Radek:

==Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji==

Run the '''Accelrys Licensing Wizard''' by selecting '' Accelrys | Licensing | Configure Materials Studio Licensing'' from Windows ''Start'' menu.

Click on '''For more options, start the License Administrator'''
[[Plik: MS_config_lic_1.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

'''Configuration summary'''
[[Plik: MS_config_lic_2.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

'''License serwer an port specification'''
[[Plik: MS_config_lic_3.jpg | 650px | center | Tools -> Server Console]]

Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji

2012-01-13T13:40:26Z

Radek: Utworzył nową stronę „==Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji== Click on '''For more options, start the License Administrator''' [[Plik: MS_config_lic_1.jpg | 650px | cent...”

Plik:MS config lic 3.jpg

2012-01-13T13:34:11Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 3

Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 3

Plik:MS config lic 2.jpg

2012-01-13T13:33:52Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 2

Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 2

Plik:MS config lic 1.jpg

2012-01-13T13:33:23Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 1

Konfiguracja klienta MS5.5 - serwer licencji, part 1

Materials Studio

2012-01-13T13:15:24Z

Radek: /* Obliczenia zdalne */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:

{|
|-valign="top"
|
* MS Adsorption Locator
* MS Amorphous Cell
* MS Blends
* MS CASTEP Interface
* MS CASTEP Parallel
* MS COMPASS Parallel
* MS Conformers
* MS Discover Parallel
* MS DMol3 Interface
* MS DMol3-Solid State Parallel
* MS Equilibria
* MS Forcite Plus
|
* MS Gaussian Interface
* MS GULP Interface
* MS GULP Parallel
* MS Mesocite
* MS MesoDyn
* MS MesoDyn Interface
* MS Motif
* MS Morphology
* MS NMR CASTEP Parallel
* MS ONETEP
* MS ONETEP Interface
* MS Polymorph Predictor
|
* MS Polymorph Predictor Interface
* MS QMERA
* MS QMERA Interface
* MS QSAR Plus
* MS Reflex Plus
* MS Reflex QPA
* MS Sorption
* MS Synthia
* MS VAMP
* MS VAMP Interface
* MS Visualizer
* MS X-Cell
|}

=== Dodatkowe pola siłowe ===
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

=== Obliczenia zdalne ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Nova]]. Na obydwu maszynach działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

[[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfiguracje klienta?''']]

[[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak sprawdzić prawidłowo skonfigurowac serwer licencji?''']]

lub

adres: '''leo.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę [[Leo]], jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze [[Nova]].

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

;Polecenia dostępne na klastrze Nova

'''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Materials Studio

2012-01-13T13:15:14Z

Radek: /* Obliczenia zdalne */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:

{|
|-valign="top"
|
* MS Adsorption Locator
* MS Amorphous Cell
* MS Blends
* MS CASTEP Interface
* MS CASTEP Parallel
* MS COMPASS Parallel
* MS Conformers
* MS Discover Parallel
* MS DMol3 Interface
* MS DMol3-Solid State Parallel
* MS Equilibria
* MS Forcite Plus
|
* MS Gaussian Interface
* MS GULP Interface
* MS GULP Parallel
* MS Mesocite
* MS MesoDyn
* MS MesoDyn Interface
* MS Motif
* MS Morphology
* MS NMR CASTEP Parallel
* MS ONETEP
* MS ONETEP Interface
* MS Polymorph Predictor
|
* MS Polymorph Predictor Interface
* MS QMERA
* MS QMERA Interface
* MS QSAR Plus
* MS Reflex Plus
* MS Reflex QPA
* MS Sorption
* MS Synthia
* MS VAMP
* MS VAMP Interface
* MS Visualizer
* MS X-Cell
|}

=== Dodatkowe pola siłowe ===
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

=== Obliczenia zdalne ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Nova]]. Na obydwu maszynach działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

[[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfiguracje klienta?''']]
[[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak sprawdzić prawidłowo skonfigurowac serwer licencji?''']]

lub

adres: '''leo.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę [[Leo]], jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze [[Nova]].

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

;Polecenia dostępne na klastrze Nova

'''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Konfiguracja klienta Materials Studio

2012-01-13T13:09:39Z

Radek:

Konfiguracja klienta Materials Studio

2012-01-13T12:56:38Z

Radek:

Konfiguracja klienta Materials Studio

2012-01-13T12:56:10Z

Radek:

Konfiguracja klienta Materials Studio

2012-01-13T12:52:02Z

Radek:

Plik:MS config 5.jpg

2012-01-13T12:47:46Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5, part 5

Konfiguracja klienta MS5.5, part 5

Plik:MS config 4.jpg

2012-01-13T12:47:24Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5, part 4

Konfiguracja klienta MS5.5, part 4

Plik:MS config 3.jpg

2012-01-13T12:47:04Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5, part 3

Konfiguracja klienta MS5.5, part 3

Plik:MS config 2.jpg

2012-01-13T12:46:10Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5, part 2

Konfiguracja klienta MS5.5, part 2

Plik:MS config 1.jpg

2012-01-13T12:45:37Z

Radek: Konfiguracja klienta MS5.5, part 1

Konfiguracja klienta MS5.5, part 1

Konfiguracja klienta Materials Studio

2012-01-13T12:44:48Z

Radek: Utworzył nową stronę „==Konfiuracja klienta MS5.5==”

==Konfiuracja klienta MS5.5==

Materials Studio

2012-01-13T12:44:00Z

Radek: /* Obliczenia zdalne */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:

{|
|-valign="top"
|
* MS Adsorption Locator
* MS Amorphous Cell
* MS Blends
* MS CASTEP Interface
* MS CASTEP Parallel
* MS COMPASS Parallel
* MS Conformers
* MS Discover Parallel
* MS DMol3 Interface
* MS DMol3-Solid State Parallel
* MS Equilibria
* MS Forcite Plus
|
* MS Gaussian Interface
* MS GULP Interface
* MS GULP Parallel
* MS Mesocite
* MS MesoDyn
* MS MesoDyn Interface
* MS Motif
* MS Morphology
* MS NMR CASTEP Parallel
* MS ONETEP
* MS ONETEP Interface
* MS Polymorph Predictor
|
* MS Polymorph Predictor Interface
* MS QMERA
* MS QMERA Interface
* MS QSAR Plus
* MS Reflex Plus
* MS Reflex QPA
* MS Sorption
* MS Synthia
* MS VAMP
* MS VAMP Interface
* MS Visualizer
* MS X-Cell
|}

=== Dodatkowe pola siłowe ===
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

=== Obliczenia zdalne ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Nova]]. Na obydwu maszynach działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

[[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfiguracje klienta?''']]

lub

adres: '''leo.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę [[Leo]], jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze [[Nova]].

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

;Polecenia dostępne na klastrze Nova

'''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Kompilacja aplikacji na klastrze

2011-09-13T15:21:15Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]

Użytkownik może kompilować swoje oprogramowanie zgodnie z regułami pracy na klastrze. Niedopuszczalna jest kompilacja na węźle dostępowym (supernova) lub po zalogowaniu przez SSH na dowolny z węzłów obliczeniowych.

Kompilację programu należy traktować jako jedno z zadań i wstawiać do jednej z kolejek systemu [[PBS]]. Najprościej jest zgłosić żądanie o dostęp do zasobów w trybie interaktywnym, wówczas system kolejkowy przydziela powłokę (''shell'') umożliwiając interaktywną pracę na węzłach obliczeniowych.

W tym celu należy wykonać polecenie (kolejki i wymagania są przykładowe):
* zadanie interaktywne w kolejce domyślnej <code>normal</code>, z domyślnymi zasobami - <code>1 rdzeń i 2 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=gcc '''
* zadanie interaktywne w kolejce <code>short6h</code>, z zasobami - <code>1 rdzeń i 1 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=icc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''

'''Uwaga:''' Zadania kompilacji powinny być oznaczone parametrem <code>-l software=nazwa_kompilatora</code>.

'''Przykład zastosowania:'''
'''$ qsub -I -l software=gcc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''
'''$ source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash'''
'''$ module load gcc/4.6.0'''
''' gcc/4.6.0 load complete.'''
'''$ gcc hello_world.c -o hello_world'''

Po przyznaniu zasobów i otrzymaniu powłoki należy przygotować swoje środowisko pracy do kompilacji korzystając z [[Korzystanie z modułów | modułów]].

'''Zobacz też:'''
* [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
* [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
* [[Korzystanie z modułów]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Kompilacja aplikacji na klastrze

2011-09-13T15:20:50Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]

Użytkownik może kompilować swoje oprogramowanie zgodnie z regułami pracy na klastrze. Niedopuszczalna jest kompilacja na węźle dostępowym (supernova) lub po zalogowaniu przez SSH na dowolny z węzłów obliczeniowych.

Kompilację programu należy traktować jako jedno z zadań i wstawiać do jednej z kolejek systemu [[PBS]]. Najprościej jest zgłosić żądanie o dostęp do zasobów w trybie interaktywnym, wówczas system kolejkowy przydziela powłokę (''shell'') umożliwiając interaktywną pracę na węzłach obliczeniowych.

W tym celu należy wykonać polecenie (kolejki i wymagania są przykładowe):
* zadanie interaktywne w kolejce domyślnej <code>normal</code>, z domyślnymi zasobami - <code>1 rdzeń i 2 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=gcc '''
* zadanie interaktywne w kolejce <code>short6h</code>, z zasobami - <code>1 rdzeń i 1 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=icc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''

'''Uwaga:''' Zadania kompilacji powinny być oznaczone parametrem <code>-l software=nazwa_kompilatora</code>.

'''Przykład zastosowania:'''
'''$qsub -I -l software=gcc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''
'''$source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash'''
'''$ module load gcc/4.6.0'''
''' gcc/4.6.0 load complete.'''
'''$gcc hello_world.c -o hello_world'''

Po przyznaniu zasobów i otrzymaniu powłoki należy przygotować swoje środowisko pracy do kompilacji korzystając z [[Korzystanie z modułów | modułów]].

'''Zobacz też:'''
* [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
* [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
* [[Korzystanie z modułów]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Kompilacja aplikacji na klastrze

2011-09-13T15:19:53Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]

Użytkownik może kompilować swoje oprogramowanie zgodnie z regułami pracy na klastrze. Niedopuszczalna jest kompilacja na węźle dostępowym (supernova) lub po zalogowaniu przez SSH na dowolny z węzłów obliczeniowych.

Kompilację programu należy traktować jako jedno z zadań i wstawiać do jednej z kolejek systemu [[PBS]]. Najprościej jest zgłosić żądanie o dostęp do zasobów w trybie interaktywnym, wówczas system kolejkowy przydziela powłokę (''shell'') umożliwiając interaktywną pracę na węzłach obliczeniowych.

W tym celu należy wykonać polecenie (kolejki i wymagania są przykładowe):
* zadanie interaktywne w kolejce domyślnej <code>normal</code>, z domyślnymi zasobami - <code>1 rdzeń i 2 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=gcc '''
* zadanie interaktywne w kolejce <code>short6h</code>, z zasobami - <code>1 rdzeń i 1 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=icc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''

'''Uwaga:''' Zadania kompilacji powinny być oznaczone parametrem <code>-l software=nazwa_kompilatora</code>.

'''$qsub -I -l software=gcc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''
'''$source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash'''
'''$ module load gcc/4.6.0'''
''' gcc/4.6.0 load complete.'''
'''$gcc hello_world.c -o hello_world'''

Po przyznaniu zasobów i otrzymaniu powłoki należy przygotować swoje środowisko pracy do kompilacji korzystając z [[Korzystanie z modułów | modułów]].

'''Zobacz też:'''
* [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
* [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
* [[Korzystanie z modułów]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Kompilacja aplikacji na klastrze

2011-09-13T15:18:39Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]

Użytkownik może kompilować swoje oprogramowanie zgodnie z regułami pracy na klastrze. Niedopuszczalna jest kompilacja na węźle dostępowym (supernova) lub po zalogowaniu przez SSH na dowolny z węzłów obliczeniowych.

Kompilację programu należy traktować jako jedno z zadań i wstawiać do jednej z kolejek systemu [[PBS]]. Najprościej jest zgłosić żądanie o dostęp do zasobów w trybie interaktywnym, wówczas system kolejkowy przydziela powłokę (''shell'') umożliwiając interaktywną pracę na węzłach obliczeniowych.

W tym celu należy wykonać polecenie (kolejki i wymagania są przykładowe):
* zadanie interaktywne w kolejce domyślnej <code>normal</code>, z domyślnymi zasobami - <code>1 rdzeń i 2 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=gcc '''
* zadanie interaktywne w kolejce <code>short6h</code>, z zasobami - <code>1 rdzeń i 1 GB pamięci RAM</code>:
'''qsub -I -l software=icc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''

'''Uwaga:''' Zadania kompilacji powinny być oznaczone parametrem <code>-l software=nazwa_kompilatora</code>.

'''$qsub -I -l software=icc -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb -q short6h '''
'''$source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash'''
'''$ module load gcc/4.6.0'''
''' gcc/4.6.0 load complete.'''
'''$gcc hello_world.c -o hello_world'''

Po przyznaniu zasobów i otrzymaniu powłoki należy przygotować swoje środowisko pracy do kompilacji korzystając z [[Korzystanie z modułów | modułów]].

'''Zobacz też:'''
* [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
* [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
* [[Korzystanie z modułów]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Korzystanie z modułów

2011-09-13T13:16:31Z

Radek: /* Moduły */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Korzystanie z modułów]]

=== Moduły ===
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika.Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.A.02'''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

=== Wywołanie modułów ===
W katalogu /usr/local/Modules/3.2.7/init/ znajdują się skrypty wywołujące moduły zależne od rodzaju powłok. Na klastrze [[Nova | Supernova]] domyślną powłoką jest bash, więc
. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
uruchamia środowisko, w którym można korzystać z modułów.

'''Polecenie''':
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules/versions ------
3.2.7
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------
cpmd/3.13.2 gaussian/g09.A.02 module-cvs mvapich2/intel/1.0.3
cpmd/current gaussian/g09.B.01 module-info mvapich2/intel/1.5
dalton/2.0 gcc/4.5.1 modules mvapich2/intel/current
dalton/current gromacs/4.0.7-d molpro/2006.1 namd/2.7b1
dot gromacs/4.0.7-s molpro/2009.1 null
fluent/12.1 gromacs/4.5.1-d molpro/current nwchem/5.1
fluent/current gromacs/4.5.1-s mpich2 nwchem/current
gamess/2007.R6 gromacs/current mvapich pgi/11.5
gamess/2009.R1 intel/10.1 mvapich2/current/1.0.3 pgi/current
gamess/2010.10.01-R1 intel/11.1 mvapich2/current/1.5 turbomole/6.0.2
gamess/current intel/current mvapich2/current/current turbomole/6.0.3
gaussian/current matlab/R2010b_pwr mvapich2/gcc/1.0.3 turbomole/current
gaussian/g03.D.01 mkl/10.0.1.014 mvapich2/gcc/1.5 use.own
gaussian/g03.E.01 mkl/10.1.1.019 mvapich2/gcc/current
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/11.1
intel/11.1 load complete.
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) dot 2) intel/11.1
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/11.1
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły

Podręcznik użytkownika KDM

2011-09-07T12:38:06Z

Radek:

Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Leo|Leo - SGI Altix]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Tezro|Tezro - SGI Tezro]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Konfiguracja kolejek PBS]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Podręcznik użytkownika KDM

2011-09-07T12:37:13Z

Radek: /* Szczegółowy spis treści */

Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[Snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Leo|Leo - SGI Altix]]
## [[Supernova|Klaster Supernova]]
## [[Tezro|Tezro - SGI Tezro]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Konfiguracja kolejek PBS]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Jak korzystać z kolejek PBS

2011-09-06T14:14:16Z

Radek: /* Wstawianie zadań do kolejki */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]]

'''Portable Batch System''' (PBS) - system kolejkowania dostępny w kilku wersjach: [[PBSPro]] (wersja płatna), [[OpenPBS]], [[Torque/PBS]]. W WCSS wykorzystywana jest wersja [[PBSPro]] ([[Leo]], [[Supernova]]) i [[OpenPBS]] ([[Tezro]]).

PBS tworzy dla użytkownika pojedynczy i spójny interfejs do wszystkich zasobów którymi zarządza, niezależnie od tego, jak bardzo te zasoby są rozproszone. Pozwala to użytkownikom skupić się na pracy naukowej poprzez wyeliminowanie potrzeby samodzielnego dbania o efektywne wykorzystanie zasobów.

== Operacje na zadaniach ==
=== Wstawianie zadań do kolejki===
Aby wstawić zadanie do kolejki należy oszacować zapotrzebowanie zadania na zasoby (liczbę procesorów, czas, ilość pamięci, itd.), a następnie użyć polecenia '''<code>qsub</code>'''.

Można zrobić to na dwa sposoby: z wykorzystaniem tylko polecenia <code>qsub</code> lub z wykorzystaniem skryptu.

; Polecenie qsub
Jest to najprostszy sposób, w którym wystarczy wykonać polecenie:
$ '''echo 'polecenie-do-wykonania-i-jego-opcje >&plik_wynikow' |qsub [opcje dla qsub]'''
Przykład:
$ '''echo g98 nazwa.inp |qsub -N nazwa-zadania'''

; Z wykorzystaniem skryptu
Należy utworzyć skrypt, który uruchamia zadanie. Skrypt taki może, obok uruchomienia zadania, zadbać również o utworzenie plików tymczasowych, wyczyszczenie przestrzeni <code>/scratch</code>, itp.

Przykład skryptu:
<pre>
'''#!/bin/sh'''
# przejdź do katalogu z danymi zadania (bardzo ważne!):
'''cd jobdir1'''
# uruchom program:
'''./ścieżka/program [opcje] >&plik_wynikow '''
</pre>

Następnie należy wstawić zadanie poleceniem <code>qsub</code>:

$ '''qsub [opcje dla qsub] nazwa-skryptu'''

Przykład:

$ '''qsub -N nazwa ./skrypt1'''

System wstawi zadanie do kolejki spełniającej podane przez użytkownika wymagania lub, jeśli nie podano wymagań, do kolejki domyślnej (zwykle o najniższym priorytecie). Użytkownik otrzyma w terminalu informację o identyfikatorze zadania:

1677.leo.wcss.wroc.pl

Jeśli kolejka wymaga autoryzacji, to zadanie wpuszczone zostanie tylko wtedy, jeśli dany użytkownik ma do danej kolejki dostęp.

'''Zadania w kolejkach interaktywnych'''

Z funkcjonalności kolejek interaktywnych można skorzystać, kiedy chcemy zdalnie uruchomić aplikację z interfejsem graficznym [[GUI]] lub [[Kompilacja aplikacji na klastrze | kompilacji oprogramowania ]].
Należy przekierować wyświetlanie obrazu na serwer X-ów na swoim komputerze zgodnie ze wskazówkami z działu podręcznika "[[Przekierowanie wyświetlania]]". Następnie wg. schematu:

$qsub -v DISPLAY -I -l select=1 # rezerwacja zasobów
$prepare_x_job # skrypt przekierowuje wyświetlanie obrazów na serwer X-ów na supernova.wcss.pl
$molden & # start aplikacji korzystającej z [[GUI]] w tle, np. molden

;Deklaracja wymagań

Wymagania zadania specyfikuje się za pomocą parametru <code>-l</code> (małe L) polecenia <code>qsub</code>. Zasoby, które można alokować:
* ncpus - liczba rdzeni (domyślnie 1)
* mpiprocs - liczba procesów MPI (domyślnie 1)
* mem - ilość pamięci (domyślnie 2000 MB)
* software - nazwa uruchomionego oprogramowania
{{uwaga2 | Zasób '''software''' należy deklarować przy pracy wsadowej, w skryptach sub-*}}

Jednostką alokacji wymagań jest tzw. <code>chunk</code>, określający "podzbiór" zasobów klastra. Użytkownik specyfikuje ile i jakich zasobów potrzebuje w danej jednostce (chunku), a dodatkowo, jeżeli zadanie jest zrównoleglone przez MPI - ile potrzebuje jednostek danego typu.

Przykłady specyfikacji wymagań:

* Zadanie liczące się na 1 węźle, potrzebujące 4 rdzeni oraz 7500 MB RAM
-l select=1:ncpus=4:mem=7500MB

W powyższym przykładzie alokowany jest 1 chunk z 4 rdzeniami i łącznie 7500MB pamięci RAM. Pojedynczy chunk może być zaalokowany tylko na 1 węźle, więc zadanie z takimi wymaganiami będzie oczekiwać na wolny 1 węzeł z 4 rdzeniami.

* Zadanie MPI potrzebujące 24 rdzeni po 1800 MB na rdzeń (w sumie ok. 43 GB) [wiele małych chunków]
-l select=24:ncpus=1:mem=1800MB

W powyższym przykładzie alokowane są 24 chunki, każdy z 1 rdzeniem i 1800MB RAM. W tym przypadku system kolejkowy będzie starał się tak rozmieścić chunki, aby zadanie wykonywało się jak najszybciej - możliwie wiele na jednym węźle, ale też starając się minimalizować czas oczekiwania na zasoby, a tym samym na uruchomienie. Przy powyższej definicji zasobów może się zdarzyć, że każdy chunk trafi na inny węzeł. Jeżeli taka sytuacja jest niepożądana można wymusić koncentrację zasobów zwiększając rozmiar jednostki alokacji (liczbę rdzeni i pamięci per chunk):

* Zadanie MPI potrzebujące 24 rdzeni po 1800 MB na rdzeń (w sumie ok. 43 GB) [z koncentracją zasobów]
-l select=2:ncpus=12:mpiprocs=12:mem=21500MB

W powyższym przykładzie alokowane są 2 chunki, każdy po 12 rdzeni i 21500MB RAM. W praktyce spowoduje to, że zadanie będzie oczekiwać na wolne 2 węzły z 12 rdzeniami.

W przypadku chunka więcej niż jednoprocesorowego, podczas korzystania z MPI ważne jest aby dodać parametr '''<code>mpiprocs</code>''' - spowoduje to zamieszczenie odpowiedniej liczby wpisów w pliku $PBS_NODEFILE, zawierającym listę hostów, na których zadanie będzie się wykonywać.

{{uwaga2|Jeśli użytkownik zadeklaruje zbyt dużo zasobów (przeceni wymagania zadania), to zadanie może niepotrzebnie długo oczekiwać na wolne zasoby i uruchomienie, dodatkowo będzie blokować nadmiarowe zasoby innym zadaniom.}}
{{uwaga2|Jeśli użytkownik zadeklaruje za mało zasobów (nie doceni wymagań zadania), to system "zabije" zadanie z powodu przekroczenia limitów zasobów.}}

=== Sprawdzanie stanu zadania ===
Stan zadania i kolejki można sprawdzić poleceniem '''<code>qstat</code>'''. Zobacz też: [[konfiguracja kolejek PBS]].

$ '''qstat'''

=== Kasowanie zadań ===
Aby skasować wstawione do systemu zadanie należy użyć polecenia '''<code>qdel</code>''':

$ '''qdel identyfikator_zadania'''

Zadanie zostanie usunięte bez względu na jego status.

=== Ustalanie zależności zadań ===
PBS pozwala na ustalanie zależności między zadaniami wstawianymi do kolejki, z określaniem np. kolejności ich uruchamiania. W najprostszym przypadku, jeśli chcemy aby wstawione zadania uruchamiały się kolejno po sobie, należy zlecić pierwsze zadanie w typowy sposób:

$ echo 'polecenie_i_jego_opcje >&plik_wynikow' | qsub [opcje dla qsub]

PBS zwróci wtedy identyfikator zadania (JobID), np.:

1144.tezro

Wstawiając następne zadanie trzeba podać, kiedy ma się ono zacząć, np. dopiero po zakończeniu poprzedniego zadania:

$ echo 'polecenie_i_jego_opcje >&plik_wynikow' | qsub -W depend=afterany:1144.tezro [pozostałe opcje dla qsub]

gdzie numer <code>1144.tezro</code> to identyfikator poprzednio wstawionego zadania. Każde kolejne zadanie wstawiane do kolejki można w analogiczny sposób uzależniać od poprzednio wstawionego zadania, podając w <code>afterany:JobID</code> identyfikator tego poprzedniego. Utworzy się wtedy łańcuch zależnych zadań, uruchamianych po kolei.

PBS posiada szereg typów zależności. Użyty w przykładzie typ '''<code>afterany</code>''' oznacza, że zadanie uruchomi się dopiero po zakończeniu wskazanego poprzedniego zadania, niezależnie czy zakończy się ono poprawnie czy z błędem. Więcej informacji na ten temat można uzyskać w manualu polecenia '''<code>qsub</code>''', w sekcji z opisem opcji '''<code>-W</code>'''.

== Najczęściej używane polecenia ==

Poniższa tabela zawiera krótki opis najczęściej używanych poleceń systemu PBS.

;Tabela. Polecenia PBS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''Polecenie'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|'''opis'''
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań w kolejkach
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -n'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań w kolejkach z podaniem na jakim węźle liczy się każde zadanie
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -q'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista kolejek
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -Q'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|ustalone limity kolejek
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -a'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista wszystkich zadań
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -au userid'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań użytkownika userid
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -r'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista uruchomionych zadań (status running)
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -f jobid'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|obszerna informacja o zadaniu o identyfikatorze jobid
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -Qf queue'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|obszerna informacja o kolejce queue
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -B'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|krótka informacja o stanie serwera PBS
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw zadanie do systemu (jeżeli nie ma parametrów, używa domyślnych ustawień)
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub jobscript'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw skrypt jobscript do systemu kolejkowania
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub -I'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|uruchom zadanie interaktywnie
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub -q queue'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw zadanie do konkretnej kolejki queue
|-
|style="border-right:1px solid #737889;"|'''qdel jobid'''
|usuwa zadanie, niezależnie od jego stanu w kolejce
|-
|}

== Przestrzeń tymczasowa ==
Na klastrze [[Supernova]] przestrzeń na pliki tymczasowe generowane przez oprogramowanie znajduje się we współdzielonym systemie plików Lustre. Przestrzeń ta przeznaczona jest wyłącznie do przechowywania plików tymczasowych generowanych przez zadania obliczeniowe. Każdy użytkownik ma na każdym węźle katalog <code>/lustre/scratch/$USER</code> i tylko tam ma prawo do zapisu.

Generowanie i przechowywanie plików tymczasowych w katalogach domowych jest zabronione.

'''Zobacz też:''' [[PBSPro]], [[konfiguracja kolejek PBS]]

{{systemy kolejkowe}}

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Jak korzystać z kolejek PBS

2011-09-06T14:11:49Z

Radek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]]

'''Portable Batch System''' (PBS) - system kolejkowania dostępny w kilku wersjach: [[PBSPro]] (wersja płatna), [[OpenPBS]], [[Torque/PBS]]. W WCSS wykorzystywana jest wersja [[PBSPro]] ([[Leo]], [[Supernova]]) i [[OpenPBS]] ([[Tezro]]).

PBS tworzy dla użytkownika pojedynczy i spójny interfejs do wszystkich zasobów którymi zarządza, niezależnie od tego, jak bardzo te zasoby są rozproszone. Pozwala to użytkownikom skupić się na pracy naukowej poprzez wyeliminowanie potrzeby samodzielnego dbania o efektywne wykorzystanie zasobów.

== Operacje na zadaniach ==
=== Wstawianie zadań do kolejki===
Aby wstawić zadanie do kolejki należy oszacować zapotrzebowanie zadania na zasoby (liczbę procesorów, czas, ilość pamięci, itd.), a następnie użyć polecenia '''<code>qsub</code>'''.

Można zrobić to na dwa sposoby: z wykorzystaniem tylko polecenia <code>qsub</code> lub z wykorzystaniem skryptu.

; Polecenie qsub
Jest to najprostszy sposób, w którym wystarczy wykonać polecenie:
$ '''echo 'polecenie-do-wykonania-i-jego-opcje >&plik_wynikow' |qsub [opcje dla qsub]'''
Przykład:
$ '''echo g98 nazwa.inp |qsub -N nazwa-zadania'''

; Z wykorzystaniem skryptu
Należy utworzyć skrypt, który uruchamia zadanie. Skrypt taki może, obok uruchomienia zadania, zadbać również o utworzenie plików tymczasowych, wyczyszczenie przestrzeni <code>/scratch</code>, itp.

Przykład skryptu:
<pre>
'''#!/bin/sh'''
# przejdź do katalogu z danymi zadania (bardzo ważne!):
'''cd jobdir1'''
# uruchom program:
'''./ścieżka/program [opcje] >&plik_wynikow '''
</pre>

Następnie należy wstawić zadanie poleceniem <code>qsub</code>:

$ '''qsub [opcje dla qsub] nazwa-skryptu'''

Przykład:

$ '''qsub -N nazwa ./skrypt1'''

System wstawi zadanie do kolejki spełniającej podane przez użytkownika wymagania lub, jeśli nie podano wymagań, do kolejki domyślnej (zwykle o najniższym priorytecie). Użytkownik otrzyma w terminalu informację o identyfikatorze zadania:

1677.leo.wcss.wroc.pl

Jeśli kolejka wymaga autoryzacji, to zadanie wpuszczone zostanie tylko wtedy, jeśli dany użytkownik ma do danej kolejki dostęp.

'''Zadania w kolejkach interaktywnych'''

Z funkcjonalności kolejek interaktywnych można skorzystać, kiedy chcemy zdalnie uruchomić aplikację z interfejsem graficznym [[GUI]] lub [[Kompilacja aplikacji na klastrze | kompilacji oprogramowania ]].
Należy przekierować wyświetlanie obrazu na serwer X-ów na swoim komputerze zgodnie ze wskazówkami z działu podręcznika "[[Przekierowanie wyświetlania]]". Następnie wg. schematu:

$qsub -v DISPLAY -I -l select=1 # rezerwacja zasobów
$prepare_x_job # skrypt przekierowuje wyświetlanie obrazów na serwer X-ów na supernova.wcss.pl
$molden & # start aplikacji korzystającej z [[GUI]] w tle, np. molden

;Deklaracja wymagań

Wymagania zadania specyfikuje się za pomocą parametru <code>-l</code> (małe L) polecenia <code>qsub</code>. Zasoby, które można alokować:
* ncpus - liczba rdzeni (domyślnie 1)
* mpiprocs - liczba procesów MPI (domyślnie 1)
* mem - ilość pamięci (domyślnie 2000 MB)
* software - nazwa uruchomionego oprogramowania

Jednostką alokacji wymagań jest tzw. <code>chunk</code>, określający "podzbiór" zasobów klastra. Użytkownik specyfikuje ile i jakich zasobów potrzebuje w danej jednostce (chunku), a dodatkowo, jeżeli zadanie jest zrównoleglone przez MPI - ile potrzebuje jednostek danego typu.

Przykłady specyfikacji wymagań:

* Zadanie liczące się na 1 węźle, potrzebujące 4 rdzeni oraz 7500 MB RAM
-l select=1:ncpus=4:mem=7500MB

W powyższym przykładzie alokowany jest 1 chunk z 4 rdzeniami i łącznie 7500MB pamięci RAM. Pojedynczy chunk może być zaalokowany tylko na 1 węźle, więc zadanie z takimi wymaganiami będzie oczekiwać na wolny 1 węzeł z 4 rdzeniami.

* Zadanie MPI potrzebujące 24 rdzeni po 1800 MB na rdzeń (w sumie ok. 43 GB) [wiele małych chunków]
-l select=24:ncpus=1:mem=1800MB

W powyższym przykładzie alokowane są 24 chunki, każdy z 1 rdzeniem i 1800MB RAM. W tym przypadku system kolejkowy będzie starał się tak rozmieścić chunki, aby zadanie wykonywało się jak najszybciej - możliwie wiele na jednym węźle, ale też starając się minimalizować czas oczekiwania na zasoby, a tym samym na uruchomienie. Przy powyższej definicji zasobów może się zdarzyć, że każdy chunk trafi na inny węzeł. Jeżeli taka sytuacja jest niepożądana można wymusić koncentrację zasobów zwiększając rozmiar jednostki alokacji (liczbę rdzeni i pamięci per chunk):

* Zadanie MPI potrzebujące 24 rdzeni po 1800 MB na rdzeń (w sumie ok. 43 GB) [z koncentracją zasobów]
-l select=2:ncpus=12:mpiprocs=12:mem=21500MB

W powyższym przykładzie alokowane są 2 chunki, każdy po 12 rdzeni i 21500MB RAM. W praktyce spowoduje to, że zadanie będzie oczekiwać na wolne 2 węzły z 12 rdzeniami.

W przypadku chunka więcej niż jednoprocesorowego, podczas korzystania z MPI ważne jest aby dodać parametr '''<code>mpiprocs</code>''' - spowoduje to zamieszczenie odpowiedniej liczby wpisów w pliku $PBS_NODEFILE, zawierającym listę hostów, na których zadanie będzie się wykonywać.

{{uwaga2|Jeśli użytkownik zadeklaruje zbyt dużo zasobów (przeceni wymagania zadania), to zadanie może niepotrzebnie długo oczekiwać na wolne zasoby i uruchomienie, dodatkowo będzie blokować nadmiarowe zasoby innym zadaniom.}}
{{uwaga2|Jeśli użytkownik zadeklaruje za mało zasobów (nie doceni wymagań zadania), to system "zabije" zadanie z powodu przekroczenia limitów zasobów.}}

=== Sprawdzanie stanu zadania ===
Stan zadania i kolejki można sprawdzić poleceniem '''<code>qstat</code>'''. Zobacz też: [[konfiguracja kolejek PBS]].

$ '''qstat'''

=== Kasowanie zadań ===
Aby skasować wstawione do systemu zadanie należy użyć polecenia '''<code>qdel</code>''':

$ '''qdel identyfikator_zadania'''

Zadanie zostanie usunięte bez względu na jego status.

=== Ustalanie zależności zadań ===
PBS pozwala na ustalanie zależności między zadaniami wstawianymi do kolejki, z określaniem np. kolejności ich uruchamiania. W najprostszym przypadku, jeśli chcemy aby wstawione zadania uruchamiały się kolejno po sobie, należy zlecić pierwsze zadanie w typowy sposób:

$ echo 'polecenie_i_jego_opcje >&plik_wynikow' | qsub [opcje dla qsub]

PBS zwróci wtedy identyfikator zadania (JobID), np.:

1144.tezro

Wstawiając następne zadanie trzeba podać, kiedy ma się ono zacząć, np. dopiero po zakończeniu poprzedniego zadania:

$ echo 'polecenie_i_jego_opcje >&plik_wynikow' | qsub -W depend=afterany:1144.tezro [pozostałe opcje dla qsub]

gdzie numer <code>1144.tezro</code> to identyfikator poprzednio wstawionego zadania. Każde kolejne zadanie wstawiane do kolejki można w analogiczny sposób uzależniać od poprzednio wstawionego zadania, podając w <code>afterany:JobID</code> identyfikator tego poprzedniego. Utworzy się wtedy łańcuch zależnych zadań, uruchamianych po kolei.

PBS posiada szereg typów zależności. Użyty w przykładzie typ '''<code>afterany</code>''' oznacza, że zadanie uruchomi się dopiero po zakończeniu wskazanego poprzedniego zadania, niezależnie czy zakończy się ono poprawnie czy z błędem. Więcej informacji na ten temat można uzyskać w manualu polecenia '''<code>qsub</code>''', w sekcji z opisem opcji '''<code>-W</code>'''.

== Najczęściej używane polecenia ==

Poniższa tabela zawiera krótki opis najczęściej używanych poleceń systemu PBS.

;Tabela. Polecenia PBS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''Polecenie'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|'''opis'''
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań w kolejkach
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -n'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań w kolejkach z podaniem na jakim węźle liczy się każde zadanie
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -q'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista kolejek
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -Q'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|ustalone limity kolejek
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -a'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista wszystkich zadań
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -au userid'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista zadań użytkownika userid
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -r'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|lista uruchomionych zadań (status running)
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -f jobid'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|obszerna informacja o zadaniu o identyfikatorze jobid
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -Qf queue'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|obszerna informacja o kolejce queue
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qstat -B'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|krótka informacja o stanie serwera PBS
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw zadanie do systemu (jeżeli nie ma parametrów, używa domyślnych ustawień)
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub jobscript'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw skrypt jobscript do systemu kolejkowania
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub -I'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|uruchom zadanie interaktywnie
|-
|style="border-bottom:1px solid #737889; border-right:1px solid #737889;" |'''qsub -q queue'''
|style="border-bottom:1px solid #737889;"|wstaw zadanie do konkretnej kolejki queue
|-
|style="border-right:1px solid #737889;"|'''qdel jobid'''
|usuwa zadanie, niezależnie od jego stanu w kolejce
|-
|}

== Przestrzeń tymczasowa ==
Na klastrze [[Supernova]] przestrzeń na pliki tymczasowe generowane przez oprogramowanie znajduje się we współdzielonym systemie plików Lustre. Przestrzeń ta przeznaczona jest wyłącznie do przechowywania plików tymczasowych generowanych przez zadania obliczeniowe. Każdy użytkownik ma na każdym węźle katalog <code>/lustre/scratch/$USER</code> i tylko tam ma prawo do zapisu.

Generowanie i przechowywanie plików tymczasowych w katalogach domowych jest zabronione.

'''Zobacz też:''' [[PBSPro]], [[konfiguracja kolejek PBS]]

{{systemy kolejkowe}}

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Przekierowanie wyświetlania

2011-09-06T10:54:41Z

Radek: /* System MS Windows */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Przekierowanie wyświetlania

Przed zdalnym uruchomieniem na [[Maszyny obliczeniowe|serwerze KDM]] oprogramowania graficznego należy przekierować wyświetlanie (ang. ''Display'') z tego serwera na lokalną stację użytkownika. Procedura uzależniona jest w pewnym stopniu od systemu operacyjnego na stacji lokalnej użytkownika.

===System klasy UNIX z X-Window===
Na stację działającą pod systemem klasy UNIX z uruchomionym X-Window przekierowanie wyświetlania można uzyskać przez włączenie podczas logowania na zdalny serwer opcji -X protokołu SSH (w nowszych wersjach SSH należy stosować opcję -Y), który odpowiada wówczas za wymianę obrazu i danych między hostami (lokalnym a zdalnym).
> ssh -X username@hostname

Można zamiast tego wykonać następujący zestaw poleceń (przykład dla serwera Tezro):
* na swoim, lokalnym komputerze wydać polecenie:
> xhost +tezro.wcss.wroc.pl

:Polecenie to pozwala serwerowi Tezro korzystać z serwera X-ów lokalnego komputera, na którym je wykonano.
* zalogować się na zdalnym komputerze, z którego ma być przekierowane wyświetlanie (w tym przypadku na serwer Tezro) i wykonać polecenie:

dla tcsh,csh:
> setenv DISPLAY nazwa_hosta_użytkownika:0

dla ksh, bash:
> export DISPLAY=nazwa_hosta_użytkownika:0.0

Dzięki takiemu ustawieniu zdalny host wie, dokąd ma wysyłać polecenia wyświetlania.

===System MS Windows ===
Trzeba w tym przypadku zainstalować unixowe środowisko graficzne, np:

*Xming

*Cygwin

'''Xming''' oraz klient ssh (np. Putty) - Instrukcja w rozdziale [[Konfiguracja Putty | konfiguracja Putty]].
:Strona domowa pakietu: http://www.straightrunning.com/XmingNotes/, darmowy serwer X-ów

'''Cygwin'''
:Strona domowa pakietu: http://www.cygwin.com/, pakiet w pełni darmowy. Cygwin to środowisko UNIX-owe pod Windows. Składa się z dwóch części: DLL (cygwin1.dll), które działa jako warstwa emulacji UNIX-a dostarczając API do najistotniejszych funkcjonalności systemu UNIX oraz zestawu dostosowanych narzędzi UNIX-owych, dzięki którym ma się wrażenie pracy z UNIX-em.

:Cygwin DLL działa ze wszystkimi wersjami systmu Windows na ix86, począwszy od Windows 95, za wyjątkiem Windows CE. Instalacja środowiska przebiega automatycznie, wystarczy wejść na stronę domową pakietu i kliknąć ikonę "Install Cygwin now". Niestety standardowa wersja zajmuje ok. 900 MB, dlatego też użytkownicy z dostępem do sieci przez modem, powinni raczej postarać się o wersję na płycie CD.

:Po instalacji na pulpicie znajduje się ikona Cygwina, po kliknięciu w nią uruchamia się okno poleceń. Wystarczy wydać komendę startx, żeby uruchomić środowisko graficzne. Następnie z poziomu shella można zalogować się na dowolny serwer UNIXowy, przekierowując wyświetlanie jednym z dwóch sposobów jak dla systemu UNIX (punkt 1), np:

Cygwin_shell> ssh -X username@hostname

* XWin32
:Strona domowa pakietu: http://www.starnet.com/products/, komercyjny, dostępna darmowa wersja demo.

{{uwaga2|Ponieważ część aplikacji korzysta z bibliotek OpenGL, mogą wystąpić problemy z wyświetlaniem w przypadku, gdy użytkownik nie ma ich zainstalowanych na swoim komputerze. Należy wówczas przy uruchamianiu aplikacji wymusić korzystanie z protokołu X11. Informacje dotyczące tego zagadnienia, w odniesieniu do poszczególnych programów, znajdują się w artykułach opisujących poszczególne pakiety [[oprogramowanie naukowe|oprogramowania naukowego]] w KDM.}}

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Korzystanie z modułów

2011-09-06T10:53:18Z

Radek: /* Moduły */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Korzystanie z modułów]]

=== Moduły ===
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.A.02'''

=== Wywołanie modułów ===
W katalogu /usr/local/Modules/3.2.7/init/ znajdują się skrypty wywołujące moduły zależne od rodzaju powłok. Na klastrze [[Nova | Supernova]] domyślną powłoką jest bash, więc
. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
uruchamia środowisko, w którym można korzystać z modułów.

'''Polecenie''':
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules/versions ------
3.2.7
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------
cpmd/3.13.2 gaussian/g09.A.02 module-cvs mvapich2/intel/1.0.3
cpmd/current gaussian/g09.B.01 module-info mvapich2/intel/1.5
dalton/2.0 gcc/4.5.1 modules mvapich2/intel/current
dalton/current gromacs/4.0.7-d molpro/2006.1 namd/2.7b1
dot gromacs/4.0.7-s molpro/2009.1 null
fluent/12.1 gromacs/4.5.1-d molpro/current nwchem/5.1
fluent/current gromacs/4.5.1-s mpich2 nwchem/current
gamess/2007.R6 gromacs/current mvapich pgi/11.5
gamess/2009.R1 intel/10.1 mvapich2/current/1.0.3 pgi/current
gamess/2010.10.01-R1 intel/11.1 mvapich2/current/1.5 turbomole/6.0.2
gamess/current intel/current mvapich2/current/current turbomole/6.0.3
gaussian/current matlab/R2010b_pwr mvapich2/gcc/1.0.3 turbomole/current
gaussian/g03.D.01 mkl/10.0.1.014 mvapich2/gcc/1.5 use.own
gaussian/g03.E.01 mkl/10.1.1.019 mvapich2/gcc/current
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/11.1
intel/11.1 load complete.
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) dot 2) intel/11.1
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/11.1
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły

Korzystanie z modułów

2011-09-06T10:52:44Z

Radek: /* Moduły */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Korzystanie z modułów]]

=== Moduły ===
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.A.02'''

=== Wywołanie modułów ===
W katalogu /usr/local/Modules/3.2.7/init/ znajdują się skrypty wywołujące moduły zależne od rodzaju powłok. Na klastrze [[Nova | Supernova]] domyślną powłoką jest bash, więc
. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
uruchamia środowisko, w którym można korzystać z modułów.

'''Polecenie''':
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules/versions ------
3.2.7
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------
cpmd/3.13.2 gaussian/g09.A.02 module-cvs mvapich2/intel/1.0.3
cpmd/current gaussian/g09.B.01 module-info mvapich2/intel/1.5
dalton/2.0 gcc/4.5.1 modules mvapich2/intel/current
dalton/current gromacs/4.0.7-d molpro/2006.1 namd/2.7b1
dot gromacs/4.0.7-s molpro/2009.1 null
fluent/12.1 gromacs/4.5.1-d molpro/current nwchem/5.1
fluent/current gromacs/4.5.1-s mpich2 nwchem/current
gamess/2007.R6 gromacs/current mvapich pgi/11.5
gamess/2009.R1 intel/10.1 mvapich2/current/1.0.3 pgi/current
gamess/2010.10.01-R1 intel/11.1 mvapich2/current/1.5 turbomole/6.0.2
gamess/current intel/current mvapich2/current/current turbomole/6.0.3
gaussian/current matlab/R2010b_pwr mvapich2/gcc/1.0.3 turbomole/current
gaussian/g03.D.01 mkl/10.0.1.014 mvapich2/gcc/1.5 use.own
gaussian/g03.E.01 mkl/10.1.1.019 mvapich2/gcc/current
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/11.1
intel/11.1 load complete.
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) dot 2) intel/11.1
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/11.1
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły

Korzystanie z modułów

2011-09-06T10:50:28Z

Radek: /* Moduły */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Korzystanie z modułów]]

=== Moduły ===
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są związane z aplikacjami działającymi na klastrze. Każda wersja zainstalowanej na klastrze aplikacji lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np

skrypt npisany w [http://en.wikipedia.org/wiki/Tcl TCL-u] służący do konfiguracji środowiska aplikacyjnego.
Najczęście podmienia wpisy w zmienej '''PATH''' i ścieżki do bibliotek współdzielonych w zmiennej '''LD_LIBRARY_PATH''' oraz zmienne środowiskowe specyficzne dla aplikacji (ustawia ścieżkę do scratch-a, do katalogu domowego aplikacji itd.). Każda wersja zainstalowanej na klastrze aplikacji posiada własny moduł.

=== Wywołanie modułów ===
W katalogu /usr/local/Modules/3.2.7/init/ znajdują się skrypty wywołujące moduły zależne od rodzaju powłok. Na klastrze [[Nova | Supernova]] domyślną powłoką jest bash, więc
. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
uruchamia środowisko, w którym można korzystać z modułów.

'''Polecenie''':
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules/versions ------
3.2.7
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------
cpmd/3.13.2 gaussian/g09.A.02 module-cvs mvapich2/intel/1.0.3
cpmd/current gaussian/g09.B.01 module-info mvapich2/intel/1.5
dalton/2.0 gcc/4.5.1 modules mvapich2/intel/current
dalton/current gromacs/4.0.7-d molpro/2006.1 namd/2.7b1
dot gromacs/4.0.7-s molpro/2009.1 null
fluent/12.1 gromacs/4.5.1-d molpro/current nwchem/5.1
fluent/current gromacs/4.5.1-s mpich2 nwchem/current
gamess/2007.R6 gromacs/current mvapich pgi/11.5
gamess/2009.R1 intel/10.1 mvapich2/current/1.0.3 pgi/current
gamess/2010.10.01-R1 intel/11.1 mvapich2/current/1.5 turbomole/6.0.2
gamess/current intel/current mvapich2/current/current turbomole/6.0.3
gaussian/current matlab/R2010b_pwr mvapich2/gcc/1.0.3 turbomole/current
gaussian/g03.D.01 mkl/10.0.1.014 mvapich2/gcc/1.5 use.own
gaussian/g03.E.01 mkl/10.1.1.019 mvapich2/gcc/current
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/11.1
intel/11.1 load complete.
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) dot 2) intel/11.1
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/11.1
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:39:23Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Logging''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według wskazówek zamieszczonych poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding''' i otwieramy połączenie przyciskiem '''Open'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:35:45Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:34:43Z

Radek:

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według wskazówek zamieszczonych poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:34:26Z

Radek:

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

;'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

;;'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według wskazówek zamieszczonych poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:34:09Z

Radek:

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

;'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

;'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według wskazówek zamieszczonych poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:33:42Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według wskazówek zamieszczonych poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:32:51Z

Radek:

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to '''praca zdalna''' oraz '''przekierowania wyświetlania''' na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:32:04Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to praca zdalna oraz przekierowania wyświetlania na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce '''Connection/SSH/X11''' klikamy na opcję '''Enable X11 forwarding'''.

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:29:51Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to praca zdalna oraz przekierowania wyświetlania na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy zaznaczyć '''SSH'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]
W zakładce

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:28:10Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to praca zdalna oraz przekierowania wyświetlania na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Następnie wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy wskazać na '''ssh'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Poniżej wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy wskazać na '''ssh'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:27:24Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to praca zdalna oraz przekierowania wyświetlania na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Poniżej wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy wskazać na '''ssh'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Poniżej wybieramy rodzaj protokołu łączenia ('''Connection type'''), należy wskazać na '''ssh'''.

[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]

Konfiguracja Putty

2011-09-06T10:08:16Z

Radek: /* Konfiguracja Putty */

===Konfiguracja Putty===

'''Putty''' - klient ssh działający w systemach z rodziny Windows. Poprzez graficzny interfejs użytkownik ma dostęp do całej funkcjonalności protokołu ssh. Dwa główne zastosowania w kontekście korzystania z zasobów KDM w WCSS to praca zdalna oraz przekierowania wyświetlania na swój serwer X-ów.

'''Praca zdalna''' - należy skonfigurować Putty jak poniżej.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
W zakładce '''Session''' należy kliknąć na '''Loggin''' i w polu '''Host Name''' podać adres '''supernova.wcss.pl'''.
Poniżej wybieramy rodzaj protokołu łączenia, domyślnie '''ssh'''.

'''Przekierowanie wyświetlania''' - aplikacje graficzne uruchomione na zasobach KDM wymagają przekierowania wyświetlania na serwer X-ów zainstalowany na komputerze użytkownika. Windows nie ma zainstalowanego serwera wyświetlania. Opensource`owy serwer X-ów, np. X-ming, należy [http://sourceforge.net/projects/xming/ pobrać np. z tej strony], następnie zainstalować i uruchomić. Drugi krok to konfiguracja klienta ssh, np. '''Putty''', według zamieszczonych poniżej ilustracji.

[[Plik: Putty_login_template.jpg | 100% | center | Okno konfiguracji połączenia w Putty]]
[[Plik: Putty_2_template.jpg‎ | 100% | center | Okno konfiguracji przekierowania wyświetlania grafiki na serwer X-ów użytkownika]]