https://kdm.wcss.pl/w/api.php?action=feedcontributions&user=Pbelzak&feedformat=atomKdmWiki - Wkład użytkownika [pl]2024-03-29T09:50:15ZWkład użytkownikaMediaWiki 1.35.2https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Strona_g%C5%82%C3%B3wna&diff=6241Strona główna2024-02-23T08:40:41Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>= '''STRONA ARCHIWALNA''' =<br />
{{uwaga|Instrukcje użytkownika KDM zostały przeniesione na stronę https://man.e-science.pl}}<br />
<br />
{|border="1" width="100%" align="center" cellpadding="8" style="border: 1px solid #cccccc; border-collapse: collapse;"<br />
| align="center" bgcolor="#b8d0f4" |<center>''Dum Deus calculat, mundus fit.'' <small>[https://pl.wikiquote.org/wiki/Gottfried_Wilhelm_Leibniz Gottfried Wilhelm Leibniz]</small></center> <br />
|}<br />
{| border="0" cellspacing="0" align="center" valign="top" __NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
|<br />
{| style="margin-right:2px; margin-left:2px;" align="center" cellspacing="0" cellpadding="5" class="plainlinks"<br />
|align="center"|Serwis przeznaczony jest dla Użytkowników [[KDM|Komputerów Dużej Mocy]] we [[WCSS|Wrocławskim Centrum Sieciowo-Superkomputerowym]].<br />
|}<br />
|} <!--<br />
{|cellspacing="3" |style="border: 1px solid gray; padding-left:1em; padding-right: 0.1em; vertical-align: top; width: 100%; background-color: #fffff1" cellspacing="3" align="center"|<br />
{{Serwery}}<br />
|} --><br />
{| cellspacing="3" valign="top" align="left" <br />
|valign="top" align="left" width="50%"|<br />
{| class="wikitable" width="100%"<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Wnioski o konto <br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Poradniki<br />
|-<br />
|{{Wnioski}} <br />
|valign="top"|{{Poradniki}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Nowości <br />
|-<br />
|colspan="2"|<br />
;Nowe aplikacje na klastrze Bem<br />
:{{Nowości}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Przegląd zasobów <br />
|-<br />
|colspan="2"| <br />
;Maszyny obliczeniowe<br />
:{{lista serwerów}}<br />
;Oprogramowanie naukowe<br />
:{{lista aplikacji}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Kontakt <br />
|-<br />
|colspan="2"|<br />
Zgłaszanie problemów: '''kdm @ wcss.pl'''<br />
*[[Kontakt|E-mail lub telefon]] do administratorów KDM lub kierownika działu.<br />
*[[Lista dyskusyjna|Lista dyskusyjna]] użytkowników KDM <br />
|}<br />
|valign="top" align="left" width="50%"|<br />
{|class="wikitable" width="100%"<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"|[[Szkolenia]]<br />
|-<br />
|{{Szkolenia}}<br />
|-<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"|Wydarzenia <br />
|-<br />
|{{Wydarzenia}}<br />
Zobacz też: [[W prasie|o nas w prasie]]<br />
|}<br />
|}</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Strona_g%C5%82%C3%B3wna&diff=6240Strona główna2024-02-23T08:39:37Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>{{uwaga|Instrukcje użytkownika KDM zostały przeniesione na stronę https://man.e-science.pl}}<br />
<br />
{|border="1" width="100%" align="center" cellpadding="8" style="border: 1px solid #cccccc; border-collapse: collapse;"<br />
| align="center" bgcolor="#b8d0f4" |<center>''Dum Deus calculat, mundus fit.'' <small>[https://pl.wikiquote.org/wiki/Gottfried_Wilhelm_Leibniz Gottfried Wilhelm Leibniz]</small></center> <br />
|}<br />
{| border="0" cellspacing="0" align="center" valign="top" __NOTOC__ __NOEDITSECTION__<br />
|<br />
{| style="margin-right:2px; margin-left:2px;" align="center" cellspacing="0" cellpadding="5" class="plainlinks"<br />
|align="center"|Serwis przeznaczony jest dla Użytkowników [[KDM|Komputerów Dużej Mocy]] we [[WCSS|Wrocławskim Centrum Sieciowo-Superkomputerowym]].<br />
|}<br />
|} <!--<br />
{|cellspacing="3" |style="border: 1px solid gray; padding-left:1em; padding-right: 0.1em; vertical-align: top; width: 100%; background-color: #fffff1" cellspacing="3" align="center"|<br />
{{Serwery}}<br />
|} --><br />
{| cellspacing="3" valign="top" align="left" <br />
|valign="top" align="left" width="50%"|<br />
{| class="wikitable" width="100%"<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Wnioski o konto <br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Poradniki<br />
|-<br />
|{{Wnioski}} <br />
|valign="top"|{{Poradniki}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Nowości <br />
|-<br />
|colspan="2"|<br />
;Nowe aplikacje na klastrze Bem<br />
:{{Nowości}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Przegląd zasobów <br />
|-<br />
|colspan="2"| <br />
;Maszyny obliczeniowe<br />
:{{lista serwerów}}<br />
;Oprogramowanie naukowe<br />
:{{lista aplikacji}}<br />
|-<br />
!colspan="2" style="font-size: 132%; font-weight: normal;"| Kontakt <br />
|-<br />
|colspan="2"|<br />
Zgłaszanie problemów: '''kdm @ wcss.pl'''<br />
*[[Kontakt|E-mail lub telefon]] do administratorów KDM lub kierownika działu.<br />
*[[Lista dyskusyjna|Lista dyskusyjna]] użytkowników KDM <br />
|}<br />
|valign="top" align="left" width="50%"|<br />
{|class="wikitable" width="100%"<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"|[[Szkolenia]]<br />
|-<br />
|{{Szkolenia}}<br />
|-<br />
!style="font-size: 132%; font-weight: normal;"|Wydarzenia <br />
|-<br />
|{{Wydarzenia}}<br />
Zobacz też: [[W prasie|o nas w prasie]]<br />
|}<br />
|}</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Bem&diff=6235Bem2022-03-16T11:20:30Z<p>Pbelzak: /* Zalecenia */ zmiana polecenia quota aby wskazywała na ~</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Bem</small><br />
<!--{{note|Przerwa serwisowa klastra: 17 sierpnia - 21 sierpnia 2015}}--><br />
{{serwer<br />
|nazwa=Bem<br />
|zdjęcie=bem.jpg<br />
|admini=kdm@wcss.pl<br />
}}<br />
'''Bem''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]] w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon (mikroarchitektura Haswell).<br />
<br />
=== Parametry klastra ===<br />
<br />
* węzeł dostępowy dla użytkowników lokalnych KDM WCSS: '''bem.wcss.pl''',<br />
* węzeł dostępowy dla użytkowników PL-Grid: '''ui.wcss.pl''',<br />
* 688 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych z 64 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),<br />
* 32 węzły obliczeniowe 24-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),<br />
* 182 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),<br />
* 10 węzłów obliczeniowych 28-rdzeniowych z 512 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),<br />
* 22 656 rdzeni obliczeniowych,<br />
* 74,6 TB pamięci RAM,<br />
* przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 50 TB NFS,<br />
* przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,<br />
* sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),<br />
* sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,<br />
* system operacyjny: Linux CentOS 6,<br />
* moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.<br />
<br />
Pamięć operacyjna dostępna dla zadań obliczeniowych jest mniejsza niż pamięć zainstalowana fizycznie i wynosi:<br />
* dla węzłów z zainstalowanymi 64 GB pamięci fiz. - 60000 MB,<br />
* dla węzłów z zainstalowanymi 128 GB pamięci fiz. - 125000 MB,<br />
* dla węzłów z zainstalowanymi 512 GB pamięci fiz. - 500000 MB.<br />
<br />
=== Oprogramowanie ===<br />
;Aplikacje<br />
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[ADF]], [[Amber]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[Cfour]], [[Comsol]], [[CP2K]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[DIRAC]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[LAMMPS]], [[Lumerical]] [&nbsp;[[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]]&nbsp;], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molcas]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TensorFlow]], [[TURBOMOLE]] i [[Oprogramowanie_naukowe|inne]] oraz aplikacje własne użytkowników.<br />
<br />
;Kompilatory<br />
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]] i [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|inne]].<br />
<br />
;Biblioteki i narzędzia<br />
* OpenMPI,<br />
* HDF, HDF5,<br />
* NetCDF,<br />
* Python + SciPy + NumPy,<br />
* [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|pozostałe]].<br />
<br />
;System kolejkowania <br />
[[PBSPro]].<br />
<br />
===Zalecenia===<br />
<br />
Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:<br />
quota -s -f ~<br />
<br />
Podręcznik systemowy dla polecenia quota:<br />
man quota<br />
<br />
===Zobacz też===<br />
*[[Maszyny obliczeniowe]]<br />
<br />
{{maszyny obliczeniowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Materials_Studio&diff=6225Materials Studio2021-10-15T12:23:44Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio</small><br />
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}<br />
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}<br />
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).<br />
<br />
=== Informacja o wykorzystaniu ===<br />
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). <br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Uruchamianie aplikacji ==<br />
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze. <br />
<br />
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.<br />
<br />
Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].<br />
<br />
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.<br />
<br />
Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.<br />
<br />
Po zainstalowaniu oprogramowania należy:<br />
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],<br />
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.<br />
<br />
=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===<br />
WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze [[Bem]]. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać '''Tools''', następnie '''Server console'''. W oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:<br />
<br />
adres: '''bem.wcss.pl'''<br />
port: '''18888'''<br />
połączenie: HTTPS<br />
<br />
Zobacz też szczegółowe instrukcje:<br />
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]<br />
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]<br />
<br />
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.<br />
<br />
Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z [[Kontakt|administratorami]] prosząc o założenie konta w Gatewayu.<br />
<br />
==== Status zadań ====<br />
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[https://bem.wcss.pl:18888|WWW]].<br />
<br />
==== Zmiana hasła w Gateway'u ====<br />
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:<br />
* wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888<br />
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,<br />
* podać w formularzu stare i nowe hasło.<br />
<br />
=== Obliczenia wsadowe ===<br />
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS). <br />
<br />
;Gotowe skrypty<br />
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-castep-8.0<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-i "additional parameters ..."<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]<br />
'''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh<br />
'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh<br />
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh<br />
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh<br />
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh<br />
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh <br />
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh <br />
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh <br />
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh <br />
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <br />
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh<br />
<br />
<br />
;Przykład <br />
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):<br />
<br />
> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input<br />
<br />
gdzie:<br />
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,<br />
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)<br />
<br />
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]<br />
<br />
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===<br />
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Bem]] przez gateway bem.wcss.pl.<br />
<br />
Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.<br />
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]<br />
<br />
<br />
{{biovia}}<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Biovia&diff=6224Biovia2021-10-15T12:22:25Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Biovia</small>{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Biovia|serwery=[[Bem]]<br />[[Klaster kampusowy]]<br/> Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]]<br/>[[Discovery Studio]] |kontakt=}}<br />
'''Biovia''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows. <br />
<br />
Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]). <br />
<br />
Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: [[Insight II]], [[Cerius2]], [[Catalyst]] po wycofaniu z użytku komputera [[Tezro]] nie są już dostępne w WCSS. [[Quanta]] została wycofana ze sprzedaży.<br />
<br />
== Licencja krajowa ==<br />
Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS.<br />
<br />
=== Zasady korzystania ===<br />
Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:<br />
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1516<br />
<br />
WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie. <br />
<br />
Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS '''zespoły badawcze''' (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.<br />
<br />
=== Zajęcia dydaktyczne ===<br />
Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do '''zajęć dydaktycznych''' - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.<br />
<br />
=== Obowiązkowa ankieta ===<br />
Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''. (Ankieta jest aktualizowana)<br />
<br />
=== Serwer licencji ===<br />
Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:<br />
* serwer: '''twoj-serwer-licencji.pl'''<br />
* port: '''1715'''<br />
<br />
Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.<br />
<br />
Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:<br />
<br />
export LM_LICENSE_FILE=1715@twoj-serwer-licencji.pl<br />
module load lmutil/11.10.1<br />
lmutil lmstat -a | less<br />
<br />
=== Informacja o wykorzystaniu ===<br />
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:<br />
<br />
:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''<br />
<br />
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
[[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze [[Bem]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]].<br />
<br />
Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:<br />
<br />
# Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję [[Korzystanie z VPN|jak korzystać z VPN]]);<br />
# Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;<br />
# Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.<br />
<br />
Więcej na stronach pakietów: <br />
* [[Materials Studio]]<br />
* [[Discovery Studio]]<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* '''Webinaria''' - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ds31-overview-request.php DS 3.1]).<br />
* '''Trainings''' - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień). <br />
** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html<br />
** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html<br />
* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto. <br />
<br />
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna Biovia]<br />
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415 Informacje o licencji krajowej]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{Biovia}}<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:arch.png&diff=6223Plik:arch.png2021-10-15T10:12:29Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div></div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=6222Korzystanie z VPN2021-09-03T07:53:45Z<p>Pbelzak: /* Instalacja klienta Windows */</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small> <br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkowania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danej usługi).<br />
<br />
Użytkownik musi zainstalować i skonfigurować na swoim komputerze program do obsługi VPN. Przed skorzystaniem z usług WCSS należy uruchomić połączenie VPN, następnie uruchomić właściwą usługę. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z usługi.<br />
__TOC__<br />
== Instalacja klienta Windows==<br />
Aby skorzystać z VPN należy najpierw zainstalować program:<br />
* wejść na stronę [https://vpn.kdm.wcss.pl vpn.kdm.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Bem,<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg|750px]]<br />
* pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego,<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg|750px]]<br />
* uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji,<br />
* podać adres usługi (Portal) - '''vpn.kdm.wcss.pl''',<br />
*:oraz kliknąć przycisk '''Connect'''.<br /> [[Plik:vpn configuration4.jpg|250px]]<br />
*Ukaże się ekran Sign In. Należy wprowadzić Username i Password jak na klastrze Bem, <br/> [[Plik:vpn signin2.jpg|350px]]<br />
*Po przeładowaniu systemu aplikacja pamięta ustawienia, wystarczy ją uruchomić, kliknąć przycisk '''Connect''' i chwilę poczekać.<br />
<br />
== Zakończenie połączenia ==<br />
W celu zakończenia połączenia z usługa VPN należy:<br />
* uruchomić GlobalProtect, <br />
* wybrać opcję '''Disconnect'''.<br />
<br />
== Linux == <br />
W celu używania VPN na systemie Linux należy zainstalować pakiet vpnc. <br><br />
Dokładna konfiguracja jest zależna od dystrybucji, niemniej jednak plik konfiguracyjny powinien zawierać:<br />
<br />
Interface name tun0<br />
IPSec gateway vpn.kdm.wcss.pl<br />
IPSec ID kdm<br />
IPSec secret kdm<br />
Xauth username username<br />
#Xauth password <password><br />
DPD idle timeout (our side) 0<br />
Local Port 0<br />
<br />
przeważnie jest to plik vpnc.conf lub default.conf w katalogu /etc/vpnc<br><br />
Program vpnc ustawia domyślną trasę poprzez tunel VPN. Jeśli użytkownik nie chce aby cały jego ruch przechodził przez tunel VPN należy trasy ustawić ręcznie lub poprzez skrypt do vpnc.<br><br />
Lista aktualnych tras znajduję się pod adresem: http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt<br><br />
Lokalizacja skryptu dla dystrybucji:<br />
* Debian - /etc/vpnc/vpnc-script-post-connect-action<br />
* Gentoo - /etc/vpnc/scripts.d/vpnc-postup.sh<br />
<br />
<pre><br />
#!/bin/sh<br />
ROUTES=$(curl -s http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt |egrep -o '([[:digit:]]{1,3}\.){3}[[:digit:]]{1,3}(/[[:digit:]]{1,2})?')<br />
DEFAULT_GW=$(ip route get 156.17.19.242 | grep -o -P '(?<=via )(\d{1,3}\.){3}\d{1,3}')<br />
if [ -n "$ROUTES" ]; then<br />
ip r replace default via $DEFAULT_GW<br />
for net in $ROUTES; do<br />
ip r add $net dev tun0<br />
done<br />
fi<br />
</pre><br />
Skrypt musi być wykonywalny (chmod +x)<br><br />
Aby uruchomić/rozłączyć tunel VPN należy:<br><br />
* Debian - w konsoli wpisać polecenia '''vpnc-connect''' / '''vpnc-disconnect'''<br />
* Gentoo - dedykowany initscript vpnc<br />
<!-- Comment --><br />
== Linux Ubuntu w trybie graficznym ==<br />
<br />
Aby skorzystać z połączenia VPN z siecią KDM należy zainstalować pakiet Cisco VPN poleceniem w terminalu:<br />
<br />
''sudo apt-get install network-manager-vpnc''<br />
<br />
Potem należy kliknąć aplet '''Połączeń sieciowych''' lewym klawiszem myszy i wybrać z niego połączenia VPN => Skonfiguruj VPN<br />
<br />
[[Plik:network-connections-ubuntu-icon-cable-connected.png.png]] Ikona '''"Połączeń sieciowych"''' w przypadku kablowego połączenia. <br />
<br />
W oknie, które się pojawi '''"Połączenia sieciowe"''' zakładka VPN nacisnąć klawisz '''"Dodaj"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-network-connections.png]]<br />
<br />
W następnym oknie należy wybrać Typ połączenia '''"Zgodny z Cisco VPN (vpnc)"''' i nacisnąć klawisz '''"Utwórz"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-type-connection-vpnc.png]]<br />
<br />
Pojawi się okno konfiguracyjne połączenia<br />
<br />
[[Plik:vpn-wcss-connection-settings-window.png]]<br />
<br />
W najwyższym polu okna wpisać nazwę połączenia np. '''"Połączenie VPN z siecią WCSS"'''<br />
<br />
W zakładce VPN - ogólne należy wpisać:<br />
<br />
1. Brama:<br />
<br />
'''vpn.kdm.wcss.pl'''<br />
<br />
2. Nazwa użytkownika:<br />
<br />
'''imie.nazwisko'''<br />
<br />
3. Po prawej stronie pola '''"Hasło użytkownika"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
4. Wpisujemy w pole '''"Hasło użytkownika"''' hasło takie jak do poczty<br />
<br />
5. W polu nazwa grupy wpisujemy wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
6. Po prawej stronie pola '''"Hasło grupy"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
7. Wpisujemy w pole '''"Hasło grupy"''' wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
8. Klikamy klawisz '''"Zapisz"'''<br />
<br />
9. Zamykamy okno '''"Połączenia sieciowe"'''<br />
<br />
10. W prawym górnym rogu pulpitu klikamy aplet '''"Połączenia sieciowe"''' lewym klawiszem myszy. <br />
<br />
11. Z rozwiniętego menu wybieramy: '''Połączenia VPN => Połączenie VPN z siecią WCSS'''<br />
<br />
12. Połączenie z VPN WCSS powinno zostać ustanowione<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=6221Korzystanie z VPN2021-09-03T07:53:33Z<p>Pbelzak: /* Instalacja klienta Windows */</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small> <br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkowania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danej usługi).<br />
<br />
Użytkownik musi zainstalować i skonfigurować na swoim komputerze program do obsługi VPN. Przed skorzystaniem z usług WCSS należy uruchomić połączenie VPN, następnie uruchomić właściwą usługę. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z usługi.<br />
__TOC__<br />
== Instalacja klienta Windows==<br />
Aby skorzystać z VPN należy najpierw zainstalować program:<br />
* wejść na stronę [https://vpn.kdm.wcss.pl vpn.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Bem,<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg|750px]]<br />
* pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego,<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg|750px]]<br />
* uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji,<br />
* podać adres usługi (Portal) - '''vpn.kdm.wcss.pl''',<br />
*:oraz kliknąć przycisk '''Connect'''.<br /> [[Plik:vpn configuration4.jpg|250px]]<br />
*Ukaże się ekran Sign In. Należy wprowadzić Username i Password jak na klastrze Bem, <br/> [[Plik:vpn signin2.jpg|350px]]<br />
*Po przeładowaniu systemu aplikacja pamięta ustawienia, wystarczy ją uruchomić, kliknąć przycisk '''Connect''' i chwilę poczekać.<br />
<br />
== Zakończenie połączenia ==<br />
W celu zakończenia połączenia z usługa VPN należy:<br />
* uruchomić GlobalProtect, <br />
* wybrać opcję '''Disconnect'''.<br />
<br />
== Linux == <br />
W celu używania VPN na systemie Linux należy zainstalować pakiet vpnc. <br><br />
Dokładna konfiguracja jest zależna od dystrybucji, niemniej jednak plik konfiguracyjny powinien zawierać:<br />
<br />
Interface name tun0<br />
IPSec gateway vpn.kdm.wcss.pl<br />
IPSec ID kdm<br />
IPSec secret kdm<br />
Xauth username username<br />
#Xauth password <password><br />
DPD idle timeout (our side) 0<br />
Local Port 0<br />
<br />
przeważnie jest to plik vpnc.conf lub default.conf w katalogu /etc/vpnc<br><br />
Program vpnc ustawia domyślną trasę poprzez tunel VPN. Jeśli użytkownik nie chce aby cały jego ruch przechodził przez tunel VPN należy trasy ustawić ręcznie lub poprzez skrypt do vpnc.<br><br />
Lista aktualnych tras znajduję się pod adresem: http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt<br><br />
Lokalizacja skryptu dla dystrybucji:<br />
* Debian - /etc/vpnc/vpnc-script-post-connect-action<br />
* Gentoo - /etc/vpnc/scripts.d/vpnc-postup.sh<br />
<br />
<pre><br />
#!/bin/sh<br />
ROUTES=$(curl -s http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt |egrep -o '([[:digit:]]{1,3}\.){3}[[:digit:]]{1,3}(/[[:digit:]]{1,2})?')<br />
DEFAULT_GW=$(ip route get 156.17.19.242 | grep -o -P '(?<=via )(\d{1,3}\.){3}\d{1,3}')<br />
if [ -n "$ROUTES" ]; then<br />
ip r replace default via $DEFAULT_GW<br />
for net in $ROUTES; do<br />
ip r add $net dev tun0<br />
done<br />
fi<br />
</pre><br />
Skrypt musi być wykonywalny (chmod +x)<br><br />
Aby uruchomić/rozłączyć tunel VPN należy:<br><br />
* Debian - w konsoli wpisać polecenia '''vpnc-connect''' / '''vpnc-disconnect'''<br />
* Gentoo - dedykowany initscript vpnc<br />
<!-- Comment --><br />
== Linux Ubuntu w trybie graficznym ==<br />
<br />
Aby skorzystać z połączenia VPN z siecią KDM należy zainstalować pakiet Cisco VPN poleceniem w terminalu:<br />
<br />
''sudo apt-get install network-manager-vpnc''<br />
<br />
Potem należy kliknąć aplet '''Połączeń sieciowych''' lewym klawiszem myszy i wybrać z niego połączenia VPN => Skonfiguruj VPN<br />
<br />
[[Plik:network-connections-ubuntu-icon-cable-connected.png.png]] Ikona '''"Połączeń sieciowych"''' w przypadku kablowego połączenia. <br />
<br />
W oknie, które się pojawi '''"Połączenia sieciowe"''' zakładka VPN nacisnąć klawisz '''"Dodaj"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-network-connections.png]]<br />
<br />
W następnym oknie należy wybrać Typ połączenia '''"Zgodny z Cisco VPN (vpnc)"''' i nacisnąć klawisz '''"Utwórz"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-type-connection-vpnc.png]]<br />
<br />
Pojawi się okno konfiguracyjne połączenia<br />
<br />
[[Plik:vpn-wcss-connection-settings-window.png]]<br />
<br />
W najwyższym polu okna wpisać nazwę połączenia np. '''"Połączenie VPN z siecią WCSS"'''<br />
<br />
W zakładce VPN - ogólne należy wpisać:<br />
<br />
1. Brama:<br />
<br />
'''vpn.kdm.wcss.pl'''<br />
<br />
2. Nazwa użytkownika:<br />
<br />
'''imie.nazwisko'''<br />
<br />
3. Po prawej stronie pola '''"Hasło użytkownika"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
4. Wpisujemy w pole '''"Hasło użytkownika"''' hasło takie jak do poczty<br />
<br />
5. W polu nazwa grupy wpisujemy wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
6. Po prawej stronie pola '''"Hasło grupy"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
7. Wpisujemy w pole '''"Hasło grupy"''' wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
8. Klikamy klawisz '''"Zapisz"'''<br />
<br />
9. Zamykamy okno '''"Połączenia sieciowe"'''<br />
<br />
10. W prawym górnym rogu pulpitu klikamy aplet '''"Połączenia sieciowe"''' lewym klawiszem myszy. <br />
<br />
11. Z rozwiniętego menu wybieramy: '''Połączenia VPN => Połączenie VPN z siecią WCSS'''<br />
<br />
12. Połączenie z VPN WCSS powinno zostać ustanowione<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=6220Korzystanie z VPN2021-09-03T07:50:29Z<p>Pbelzak: /* Instalacja klienta Windows */</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small> <br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkowania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danej usługi).<br />
<br />
Użytkownik musi zainstalować i skonfigurować na swoim komputerze program do obsługi VPN. Przed skorzystaniem z usług WCSS należy uruchomić połączenie VPN, następnie uruchomić właściwą usługę. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z usługi.<br />
__TOC__<br />
== Instalacja klienta Windows==<br />
Aby skorzystać z VPN należy najpierw zainstalować program:<br />
* wejść na stronę [https://vpn.wcss.pl vpn.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Bem,<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg|750px]]<br />
* pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego,<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg|750px]]<br />
* uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji,<br />
* podać adres usługi (Portal) - '''vpn.kdm.wcss.pl''',<br />
*:oraz kliknąć przycisk '''Connect'''.<br /> [[Plik:vpn configuration4.jpg|250px]]<br />
*Ukaże się ekran Sign In. Należy wprowadzić Username i Password jak na klastrze Bem, <br/> [[Plik:vpn signin2.jpg|350px]]<br />
*Po przeładowaniu systemu aplikacja pamięta ustawienia, wystarczy ją uruchomić, kliknąć przycisk '''Connect''' i chwilę poczekać.<br />
<br />
== Zakończenie połączenia ==<br />
W celu zakończenia połączenia z usługa VPN należy:<br />
* uruchomić GlobalProtect, <br />
* wybrać opcję '''Disconnect'''.<br />
<br />
== Linux == <br />
W celu używania VPN na systemie Linux należy zainstalować pakiet vpnc. <br><br />
Dokładna konfiguracja jest zależna od dystrybucji, niemniej jednak plik konfiguracyjny powinien zawierać:<br />
<br />
Interface name tun0<br />
IPSec gateway vpn.kdm.wcss.pl<br />
IPSec ID kdm<br />
IPSec secret kdm<br />
Xauth username username<br />
#Xauth password <password><br />
DPD idle timeout (our side) 0<br />
Local Port 0<br />
<br />
przeważnie jest to plik vpnc.conf lub default.conf w katalogu /etc/vpnc<br><br />
Program vpnc ustawia domyślną trasę poprzez tunel VPN. Jeśli użytkownik nie chce aby cały jego ruch przechodził przez tunel VPN należy trasy ustawić ręcznie lub poprzez skrypt do vpnc.<br><br />
Lista aktualnych tras znajduję się pod adresem: http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt<br><br />
Lokalizacja skryptu dla dystrybucji:<br />
* Debian - /etc/vpnc/vpnc-script-post-connect-action<br />
* Gentoo - /etc/vpnc/scripts.d/vpnc-postup.sh<br />
<br />
<pre><br />
#!/bin/sh<br />
ROUTES=$(curl -s http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt |egrep -o '([[:digit:]]{1,3}\.){3}[[:digit:]]{1,3}(/[[:digit:]]{1,2})?')<br />
DEFAULT_GW=$(ip route get 156.17.19.242 | grep -o -P '(?<=via )(\d{1,3}\.){3}\d{1,3}')<br />
if [ -n "$ROUTES" ]; then<br />
ip r replace default via $DEFAULT_GW<br />
for net in $ROUTES; do<br />
ip r add $net dev tun0<br />
done<br />
fi<br />
</pre><br />
Skrypt musi być wykonywalny (chmod +x)<br><br />
Aby uruchomić/rozłączyć tunel VPN należy:<br><br />
* Debian - w konsoli wpisać polecenia '''vpnc-connect''' / '''vpnc-disconnect'''<br />
* Gentoo - dedykowany initscript vpnc<br />
<!-- Comment --><br />
== Linux Ubuntu w trybie graficznym ==<br />
<br />
Aby skorzystać z połączenia VPN z siecią KDM należy zainstalować pakiet Cisco VPN poleceniem w terminalu:<br />
<br />
''sudo apt-get install network-manager-vpnc''<br />
<br />
Potem należy kliknąć aplet '''Połączeń sieciowych''' lewym klawiszem myszy i wybrać z niego połączenia VPN => Skonfiguruj VPN<br />
<br />
[[Plik:network-connections-ubuntu-icon-cable-connected.png.png]] Ikona '''"Połączeń sieciowych"''' w przypadku kablowego połączenia. <br />
<br />
W oknie, które się pojawi '''"Połączenia sieciowe"''' zakładka VPN nacisnąć klawisz '''"Dodaj"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-network-connections.png]]<br />
<br />
W następnym oknie należy wybrać Typ połączenia '''"Zgodny z Cisco VPN (vpnc)"''' i nacisnąć klawisz '''"Utwórz"'''<br />
<br />
[[Plik:vpn-type-connection-vpnc.png]]<br />
<br />
Pojawi się okno konfiguracyjne połączenia<br />
<br />
[[Plik:vpn-wcss-connection-settings-window.png]]<br />
<br />
W najwyższym polu okna wpisać nazwę połączenia np. '''"Połączenie VPN z siecią WCSS"'''<br />
<br />
W zakładce VPN - ogólne należy wpisać:<br />
<br />
1. Brama:<br />
<br />
'''vpn.kdm.wcss.pl'''<br />
<br />
2. Nazwa użytkownika:<br />
<br />
'''imie.nazwisko'''<br />
<br />
3. Po prawej stronie pola '''"Hasło użytkownika"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
4. Wpisujemy w pole '''"Hasło użytkownika"''' hasło takie jak do poczty<br />
<br />
5. W polu nazwa grupy wpisujemy wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
6. Po prawej stronie pola '''"Hasło grupy"''' wybieramy opcję '''"Zapisane"'''<br />
<br />
7. Wpisujemy w pole '''"Hasło grupy"''' wartość:<br />
<br />
'''kdm'''<br />
<br />
8. Klikamy klawisz '''"Zapisz"'''<br />
<br />
9. Zamykamy okno '''"Połączenia sieciowe"'''<br />
<br />
10. W prawym górnym rogu pulpitu klikamy aplet '''"Połączenia sieciowe"''' lewym klawiszem myszy. <br />
<br />
11. Z rozwiniętego menu wybieramy: '''Połączenia VPN => Połączenie VPN z siecią WCSS'''<br />
<br />
12. Połączenie z VPN WCSS powinno zostać ustanowione<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6211Korzystanie z modułów2021-05-04T11:12:33Z<p>Pbelzak: /* Moduły - wersja domyślna */</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły - wersja domyślna===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:<br />
module avail -i python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
<br />
Loading intel/12.1<br />
Loading requirement: binutils/2.25<br />
<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25 2) intel/12.1 <br />
<br />
Key:<br />
auto-loaded default-version <br />
<br />
Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.<br />
<br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] ===<br />
<br />
Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021. <br />
<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
{{uwaga2|Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`}} <br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
Brak zgłoszonych uwag.<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6210Korzystanie z modułów2021-05-04T11:11:46Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły - wersja domyślna===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:<br />
module avail -i python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
<br />
Loading intel/12.1<br />
Loading requirement: binutils/2.25<br />
<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25 2) intel/12.1 <br />
<br />
Key:<br />
auto-loaded default-version <br />
<br />
Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.<br />
<br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] ===<br />
<br />
Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021. <br />
<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
{{uwaga2|Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`}} <br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
Brak zgłoszonych uwag.<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6203Szablon:Nowości2021-04-17T12:52:08Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.04.15 Crystal17<br />
* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2<br />
* 2021.03.17 xTB-6.4.0<br />
* 2021.03.15 .Net-core-3.0.0<br />
* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Logowanie&diff=6200Logowanie2021-04-12T13:40:13Z<p>Pbelzak: /* Połączenie z graficznym zdalnym pulpitem za pomocą klienta NoMachine */</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Logowanie</small><br />
<br />
Do logowania na [[maszyny obliczeniowe|serwery obliczeniowe]] WCSS użytkownik potrzebuje '''klienta SSH''' zainstalowanego na swoim komputerze. Użytkownik może wybrać odpowiadający mu program spośród dostępnych darmowych klientów SSH, w zależności od używanego systemu operacyjnego.<br />
<br />
== SSH z Linuksa ==<br />
W systemach linuksowych klient SSH powinien być dostępny domyślnie. Wystarczy z poziomu powłoki wykonać jedno z poniższych poleceń.<br />
<br />
Logowanie na klaster, np. [[Bem]]:<br />
ssh nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl<br />
<br />
Logowanie z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:<br />
ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl <br />
<br />
Użytkownik zostanie poproszony o podanie hasła dostępowego do klastra.<br />
<br />
== SSH z Windows ==<br />
W pierwszym kroku trzeba zainstalować klienta SSH, np. [http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ PuTTy]. Następnie uruchomić program i skonfigurować połączenie z klastrem w WCSS, zgodnie z poniższą instrukcją.<br />
<br />
=== Konfiguracja połączenia w PuTTy ===<br />
W celu skonfigurowania połączenia należy wykonać następujące kroki:<br />
* Uruchomić PuTTy<br />
* Przejść do '''Session''' -> '''Logging'''<br />
* W polu ''Host Name''' wpisać '''bem.wcss.pl'''<br />
** W sekcji '''Connection type''' zaznaczyć '''SSH'''<br />
[[Plik: putty_bem.jpg |none|left | Konfiguracja połączenia w PuTTy]]<br />
<br />
=== Konfiguracja połączenia w PuTTy z przekierowaniem wyświetlania ===<br />
W celu skonfigurowania połączenia z przekierowaniem wyświetlania z klastra na komputer użytkownika, należy wykonać następujące kroki:<br />
* Pobrać i zainstalować na swoim komputerze serwer X-ów, np. darmowy [http://sourceforge.net/projects/xming/ X-ming]<br />
* Uruchomić serwer X-ów zainstalowany w poprzednim kroku<br />
* Uruchomić PuTTy<br />
* Przejść do '''Session''' -> '''Logging'''<br />
* W polu ''Host Name''' wpisać '''bem.wcss.pl'''<br />
** W sekcji '''Connection type''' zaznaczyć '''SSH'''<br />
* Przejść do '''Connection''' -> '''SSH''' -> '''X11'''<br />
** Zaznaczyć opcję '''Enable X11 forwarding''' <br />
** Kliknąć przycisk '''Open''' w celu nawiązania połączenia.<br />
[[Plik: Putty_2_template.jpg | none|left| Konfiguracja przekierowania wyświetlania w PuTTy]]<br />
<br />
== Połączenie z graficznym zdalnym pulpitem za pomocą klienta NoMachine ==<br />
W celu skonfigurowania połączenia z wyświetlaniem zdalnego pulpitu, należy:<br />
* Pobrać i zainstalować na swoim komputerze lub urządzeniu z Systemem Android oprogramowanie [https://www.nomachine.com/download NoMachine]<br />
* Po pobraniu należy uruchomić instalator<br />
* Zaakceptować licencję i kliknąć przycisk Next i poczekać do końca instalacji<br />
* Uruchomić NoMachine z Menu Programy/Aplikacje<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Welcome.png|860px]]<br />
* Na ekranie powitalnym kliknąć przycisk "Continue"<br />
* Na ekranie "Create New Connection" kliknąć przycisk "Continue"<br />
* Na ekranie "New Conection":"Protocol" pozostawić domyślną opcję protokołu NX i kliknąć przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-wizzard-protocol.png|860px]]<br />
* Na ekranie "New Connection":"Host" w polu tekstowym Host wpisać: ui.wcss.pl a w polu port pozostawić wartość: 4000, pozostawić zaznaczenie w opcji "Use UDP communication for multimedia data" i kliknąć przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-wizzard-host-name.png|860px]]<br />
* Na ekranie "New Connection":"Authentication" pozostawić metodę "Password" i kliknąć przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-wizzard-authentication.png|860px]]<br />
* Na ekranie "New Connection":"Proxy" pozostawić domyślną opcję "Don't use proxy"i kliknąć przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-wizzard-proxy.png|860px]]<br />
* Na ekranie "New Connection":"Save as" w polu Name wpisać nazwę dla swego połączenia i zaznaczyć opcję "Create a link on the desktop oraz kliknąć przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-wizzard-save-as.png|860px]]<br />
<br />
<br />
Praca z NoMachine pierwsze kroki<br />
* Prawidłowo zainstalowany program uruchamiamy klikając ikonę NoMachine na pulpicie lub wybierając z menu Programy/Aplikacje<br />
* Na ekranie "Recent Connections" zaznaczamy ikonę połączenia, które chcemy nawiązać i klikamy przycisk "Connect"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Recent-connections.png|860px]]<br />
* Na ekranie "Connection to ui.wcss.pl w polach Name i Password wpisujemy swój Login i hasło na węźle dostępowym Bem i zaznaczamy opcję "Save this password in the connection file" oraz klikamy przycisk "OK"<br />
[[Plik:NoMachine-Connection-logging.png|860px]]<br />
* Na ekranie możemy utworzyć wirtualny pulpit klikając na pole "New Desktop"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Select-virtual-desktop.png|860px]]<br />
<br />
* W następnym ekranie zaznaczamy ikonę "Create new virual desktop" i klikamy przycisk "Continue"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Connecting-to-the-server.png|860px]]<br />
<br />
* W następnym ekranie dowiadujemy się, że menu NoMachine możemy uzyskać przemieszczając mysz w prawy górny róg okna wirtualnego pulpitu lub naciskając kombinację klawiszy CTRL+ALT+O i czterokrotnie naciskamy klawisz "OK"<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Acces-display-and-screen-resolution-wizzard.png|860px]]<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Change-hardware-settings-wizzard.png|860px]]<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Menu-Panel-wizzard.png|860px]]<br />
<br />
<br />
* Zwiększenie rozdzielczości wirtualnego pulpitu możemy uzyskać wchodząc w "Applications Menu":"Settings":"Display" wirtualnej maszyny. Minimalna zalecana rozdzielczość to 1024x768 a w zależności od ekranu można użyć większej.<br />
<br />
<br />
[[Plik:NoMachine-Window-change-display.png|860px]]<br />
<br />
<br />
=== Szary pulpit i brak ikon ===<br />
Jeśli zdarzy się, że na naszym pulpicie znikną ikony a tło pulpitu jest szare należy wykonać następujące czynności:<br />
<br />
* Otwórz okno "Session and startup"<br />
[[Plik:nomachine-apllications-settings-session.png]]<br />
<br />
* Wyczyść cache starych sesji<br />
[[Plik:nomachine-session-clear-cache.png]]<br />
<br />
<br />
* Wyloguj się i zaloguj ponownie.<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:nomachine-session-clear-cache.png&diff=6199Plik:nomachine-session-clear-cache.png2021-04-12T13:38:22Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div></div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:nomachine-apllications-settings-session.png&diff=6198Plik:nomachine-apllications-settings-session.png2021-04-12T13:38:07Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div></div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Usuni%C4%99te_aplikacje&diff=6197Usunięte aplikacje2021-04-09T05:34:58Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>W ramach utrzymiana porządku w aplikacjach dostępnych na klastrze Bem sukcesywnie usuwane są aplikacje które nie zostały użyte przez przynajmniej rok. <br />
<br />
Lista aplikacji usuniętych '''08.04.2021''':<br />
biovia-old<br />
cst-2015<br />
cst-2016-old<br />
lumerical-fdtd-8.11.387<br />
lumerical-mode-7.5.387<br />
matlab-R2013a_pwr<br />
matlab-R2014b_pwr<br />
matlab-R2014b<br />
matlab-R2015a<br />
openfoam-2.1.1<br />
orca_2.9.1_intel-13.1<br />
pgi_15.3<br />
pgi_16.5<br />
pgi_2015<br />
pgi_2016<br />
r_3.1.3_gcc-4.9.2<br />
TURBOMOLE510<br />
TURBOMOLE603<br />
<br />
Listę można również zobaczyć wykonując polecenie:<br />
ls /usr/local/ARCHIWUM<br />
<br />
'''Aplikacje zostaną automatycznie usunięte po 90 dniach''' jeśli żaden użytkownik nie zgłosi sprzeciwu na kdm@wcss.pl</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Usuni%C4%99te_aplikacje&diff=6196Usunięte aplikacje2021-04-08T14:20:13Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>W ramach utrzymiana porządku w aplikacjach dostępnych na klastrze Bem sukcesywnie usuwane są aplikacje które nie zostały użyte przez przynajmniej rok. <br />
<br />
Lista aplikacji usuniętych 08.04.2021:<br />
biovia-old<br />
cst-2015<br />
cst-2016-old<br />
lumerical-fdtd-8.11.387<br />
lumerical-mode-7.5.387<br />
matlab-R2013a_pwr<br />
matlab-R2014b_pwr<br />
matlab-R2014b<br />
matlab-R2015a<br />
openfoam-2.1.1<br />
orca_2.9.1_intel-13.1<br />
pgi_15.3<br />
pgi_16.5<br />
pgi_2015<br />
pgi_2016<br />
r_3.1.3_gcc-4.9.2<br />
TURBOMOLE510<br />
TURBOMOLE603<br />
<br />
Listę można również zobaczyć wykonując polecenie:<br />
ls /usr/local/ARCHIWUM<br />
<br />
Aplikacje zostaną automatycznie usunięte po 90 dniach jeśli żaden użytkownik nie zgłosi sprzeciwu na kdm@wcss.pl</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Usuni%C4%99te_aplikacje&diff=6195Usunięte aplikacje2021-04-08T13:28:28Z<p>Pbelzak: Utworzono nową stronę "W ramach utrzymiana porządku w aplikacjach dostępnych na klastrze Bem sukcesywnie usuwane są aplikacje które nie zostały użyte przez przynajmniej rok. Lista apl..."</p>
<hr />
<div>W ramach utrzymiana porządku w aplikacjach dostępnych na klastrze Bem sukcesywnie usuwane są aplikacje które nie zostały użyte przez przynajmniej rok. <br />
<br />
Lista aplikacji usuniętych 08.04.2021:<br />
-rw-r--r-- 1 root root 7267354372 Apr 7 14:19 biovia-old.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 4246523839 Apr 8 08:31 cst-2015.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 4171079546 Apr 8 08:36 cst-2016-old.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 252438522 Apr 8 08:40 lumerical-fdtd-8.11.387.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 222468642 Apr 8 08:41 lumerical-mode-7.5.387.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 3511212995 Apr 8 08:51 matlab-R2013a_pwr.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 4327340903 Apr 8 09:23 matlab-R2014b_pwr.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 4327317009 Apr 8 09:07 matlab-R2014b.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 4838577454 Apr 8 10:22 matlab-R2015a.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 1385413242 Apr 8 08:18 openfoam-2.1.1.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 1248549285 Apr 8 10:35 orca_2.9.1_intel-13.1.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 135341580 Apr 8 10:40 pgi_15.3.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 78583522 Apr 8 10:40 pgi_16.5.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 46591799 Apr 8 10:40 pgi_2015.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 758084673 Apr 8 10:41 pgi_2016.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 38215517 Apr 8 10:43 r_3.1.3_gcc-4.9.2.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 581017991 Apr 8 10:45 TURBOMOLE510.tar.bz2<br />
-rw-r--r-- 1 root root 630949352 Apr 8 10:47 TURBOMOLE603.tar.bz2<br />
<br />
Listę można również zobaczyć wykonując polecenie:<br />
ls /usr/local/ARCHIWUM<br />
<br />
Aplikacje zostaną automatycznie usunięte po 90 dniach jeśli żaden użytkownik nie zgłosi sprzeciwu na kdm@wcss.pl</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6191Szablon:Nowości2021-03-22T11:07:19Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2<br />
* 2021.03.15 .Net-core-3.0.0<br />
* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6190Szablon:Nowości2021-03-15T11:30:37Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.15 .Net-core-3.0.0<br />
* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6186Korzystanie z modułów2021-03-15T07:56:06Z<p>Pbelzak: /* Nowe moduły [4.7] - wersja testowa */</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły - wersja domyślna===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] - wersja testowa ===<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
{{uwaga2|Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`}} <br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
Brak zgłoszonych uwag.<br />
==== Jak testować? ====<br />
===== Jednorazowo =====<br />
Wystarczy wykonać następujące polecenie:<br />
. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh<br />
===== Na stałe =====<br />
Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:<br />
# use modules v4.7.0<br />
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6185Korzystanie z modułów2021-03-09T06:48:39Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły - wersja domyślna===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] - wersja testowa ===<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
==== Jak testować? ====<br />
===== Jednorazowo =====<br />
Wystarczy wykonać następujące polecenie:<br />
. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh<br />
===== Na stałe =====<br />
Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:<br />
# use modules v4.7.0<br />
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6184Korzystanie z modułów2021-03-09T06:44:33Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły - wersja domyślna===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] - wersja testowa ===<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
==== Jak testować? ====<br />
===== Jednorazowo =====<br />
Wystarczy wykonać następujące polecenie:<br />
. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh<br />
===== Na stałe =====<br />
Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:<br />
# use modules v4.7.0<br />
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6183Psi42021-03-09T06:35:07Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>{{uwaga2|Strona w budowie}} <br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.2.1'''|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
--<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6182Psi42021-03-09T06:34:30Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>{{uwaga2|Strona w budowie}} <br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.2.1|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
--<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6181Szablon:Nowości2021-03-09T06:31:40Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6180Psi42021-03-09T06:30:59Z<p>Pbelzak: Utworzono nową stronę "<small>< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Psi4</small> {{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=Plik:psi4.png|noframe|center..."</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.2.1|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
--<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6179Korzystanie z modułów2021-03-08T18:53:58Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] TESTY ===<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
==== Jak testować? ====<br />
===== Jednorazowo =====<br />
Wystarczy wykonać następujące polecenie:<br />
. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh<br />
===== Na stałe =====<br />
Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:<br />
# use modules v4.7.0<br />
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6178Korzystanie z modułów2021-03-08T13:50:58Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
=== Nowe moduły [4.7] ===<br />
==== Co zmieniają nowe moduły ====<br />
Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. <br />
Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:<br />
* dużo szybsze działanie programu<br />
* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)<br />
* nowy bardziej szczegółowy help<br />
* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)<br />
* pokolorowany output<br />
Listę zmian można zobaczyć na stronie:<br />
https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html<br />
==== Nowe argumenty polecenia module ====<br />
==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====<br />
==== Jak testować? ====<br />
===== Jednorazowo =====<br />
Wystarczy wykonać następujące polecenie:<br />
. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh<br />
===== Na stałe =====<br />
Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:<br />
# use modules v4.7.0<br />
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash<br />
<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Poradniki&diff=6177Szablon:Poradniki2021-03-08T12:31:35Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* [[Podręcznik użytkownika KDM]]<br />
* [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
* [[Korzystanie z modułów]]<br />
* [[Przekierowanie wyświetlania]]<br />
* [http://www.molnet.eu Materiały edukacyjne o modelowaniu]<br />
<noinclude><br />
[[Kategoria:Szablony]]<br />
</noinclude></div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6176Korzystanie z modułów2021-03-08T12:30:39Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6175Korzystanie z modułów2021-03-08T12:30:10Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
# wylistuj wszystkie dostępne moduly<br />
module avail<br />
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:<br />
module avail Python<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=6174Korzystanie z modułów2021-03-08T12:27:52Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
<br />
<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/12.1<br />
binutils/2.25 load complete.<br />
intel/12.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm binutils<br />
binutils/2.25 unload complete<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/12.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ABINIT&diff=6173ABINIT2021-03-08T12:22:43Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=9.2.1|wersja2=8.10.3 (z pakietem netcdf) |wersja3='''8.4.4'''|wersja4=8.2.2|wersja5=8.0.7|wersja6=8.6.3 (z pakietem netcdf)|kontakt=}}<br />
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe. <br />
<br />
== Licencja ==<br />
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. <br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:<br />
* 7.10.4 (wersja równoległa)<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-abinit<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)<br />
> module load abinit/7.10.4<br />
<br />
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):<br />
> abinit<br />
<br />
<br />
=== Uwagi ===<br />
; Restartowanie obliczeń<br />
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CP2K&diff=6172CP2K2021-03-08T12:21:22Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small><br />
{{aplikacja|nazwa=CP2K|logo=[[Plik:cp2k-logo.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''8.1'''|wersja2=2.6.1|}}<br />
===Informacje ogólne===<br />
<br />
CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztworów, molekuł i systemów biologicznych.<br />
<br />
CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.:<br />
* QM/MM<br />
* Hartree-Fock<br />
* Rachunek zaburzeń Møllera-Plesseta i metoda MP2<br />
* Teoria funkcjonału gęstości (DFT)<br />
Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method).<br />
<br />
CP2K jest łatwo dostępny, objęty licencją GPL. Może być efektywnie przetwarzany równolegle.<br />
<br />
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===<br />
<br />
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (uruchamia domyślną wersję programu).<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: <br />
<br />
> sub-cp2k<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-cp2k input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-cp2k test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
=== Input===<br />
<br />
Wygląd oraz opis pliku inputowego programu CP2K wraz z dozwolonymi parametrami dostępny jest na stronie : http://manual.cp2k.org/trunk/<br />
<br />
=== CP2K w sieci ===<br />
* [http://www.cp2k.org/ Strona domowa CP2K]<br />
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/cp2k Grupa google ]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6171Szablon:Nowości2021-03-08T12:18:27Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 Psi4-1.2.1<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6170Szablon:Nowości2021-03-08T12:17:09Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 Psi4-1.2.1<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:psi4.png&diff=6169Plik:psi4.png2021-03-08T10:56:35Z<p>Pbelzak: Logo Psi4</p>
<hr />
<div>Logo Psi4</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6168Szablon:Nowości2021-03-04T10:11:26Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6167Orca2021-03-04T06:45:21Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.1|wersja2=4.1.1|wersja3=4.0.1|wersja4=4.0.0|wersja5=3.0.3}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6166Orca2021-03-04T06:42:38Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.1|wersja=4.1.1|wersja2=4.0.1|wersja3=4.0.0|wersja4=3.0.3}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6165Szablon:Nowości2021-03-04T06:41:48Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6164Szablon:Nowości2021-02-26T10:21:48Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6163Szablon:Nowości2021-02-26T10:21:28Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.02.24 [[Python|Python/3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC/10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Python&diff=6162Python2021-02-26T10:20:32Z<p>Pbelzak: /* Uruchamianie Python */</p>
<hr />
<div>'''Python''' - język programowania wysokiego poziomu o rozbudowanym pakiecie bibliotek standardowych, którego ideą przewodnią jest czytelność i klarowność kodu źródłowego. Jego składnia cechuje się przejrzystością i zwięzłością.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
<br />
Python rozwijany jest jako projekt Open Source zarządzany przez Python Software Foundation<br />
<br />
== Uruchamianie Python ==<br />
<br />
Z języka programowania Python można korzystać po uruchomieniu zadania interaktywnego i załadowaniu pożądanej wersji modułu:<br />
<br />
* Wersja 2.7.x<br />
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python<br />
> module load python/2.7.13-gcc6.2.0<br />
> python<br />
* Wersja 3.x<br />
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python<br />
> module load Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0<br />
> python3<br />
Komendę ładującą moduł można umieścić również w skrypcie uruchamiającym zadanie obliczeniowe wsadowo.<br />
<br />
== Środowisko wirtualne virtualenv ==<br />
<br />
[[Virtualenv]] jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym. <br />
<br />
== Python w sieci ==<br />
* [https://www.python.org/ Oficjalna strona Pythona]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] [[Virtualenv]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6161Szablon:Nowości2021-02-26T10:19:51Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.02.24 [[Python]Python/3.8.6]<br />
* 2021.02.24 [[GCC]GCC/10.2.0]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=%C5%9Arodowisko_testowe&diff=6158Środowisko testowe2021-02-11T10:35:28Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>W 2019 roku zostało wprowadzone środowisko testowe umożliwiające użytkownikom korzystanie z oprogramowania wcześniej nie dostępnego lub niemożliwego do skompilowania na klastrze ze względu na konflikty zależności. <br />
<br />
'''Obecnie środowisko EasyBuild jak i programy w nim skompilowane są uznane za stabilne.''' <br />
<br />
;Zainstalowane oprogramowanie<br />
W środowisku testowym znajdziemy m. in.:<br />
<br />
Anaconda 2<br />
<br />
Anaconda 3<br />
<br />
CUDA<br />
<br />
GDAL<br />
<br />
GROMACS<br />
<br />
HDF5<br />
<br />
NASM<br />
<br />
[[TensorFlow]]<br />
<br />
PyTorch<br />
<br />
Python 3<br />
<br />
Pythin 2<br />
<br />
PyYAML<br />
<br />
R<br />
<br />
Rosetta<br />
<br />
Wannier90<br />
<br />
<br />
;Korzystanie z środowiska<br />
Moduły są ogólnie dostepne.<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TensorFlow&diff=6157TensorFlow2021-02-11T10:32:22Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < TensorFlow</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=TensorFlow|serwer=[[Bem]]|wersja=2.4.1}}<br />
<br />
;'''TensorFlow''' jest dostępny na klastrze w wersjach:<br />
*1.8.0 (kompilacja easybuild)<br />
*1.13.1 (kompilacja easybuild)<br />
*2.4.1 (instalacja w pip)<br />
;Użycie:<br />
module load TensorFlow/''[wersja]''<br />
;Uwagi:<br />
Wersję 2.4.1 zainstalowaną przez pip w wirtualnym środowisku Python należy uważać za testową, uwagi do działania programu proszę zgłaszać na adres kdm@wcss.pl<br />
<br />
;Dokumentacja<br />
*https://www.tensorflow.org/learn<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TensorFlow&diff=6156TensorFlow2021-02-11T10:29:13Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < TensorFlow</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=TensorFlow|serwer=[[Bem]]|wersja=2.4.1}}<br />
<br />
;'''TensorFlow''' jest dostępny na klastrze w wersjach:<br />
*1.8.0 (kompilacja easybuild)<br />
*1.13.1 (kompilacja easybuild)<br />
*2.4.1 (instalacja w pip)<br />
;Użycie:<br />
module load TensorFlow/''[wersja]''<br />
<br />
;Dokumentacja<br />
*https://www.tensorflow.org/learn<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Pbelzakhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6155Szablon:Nowości2021-02-11T10:28:09Z<p>Pbelzak: </p>
<hr />
<div>* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Pbelzak