Tekst źródłowy strony CPMD

<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CPMD</small>
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo=[[Plik:cpmd.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja='''3.15.3''', 4.1}}
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

== Informacje ogólne ==
CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu [[MPI]] i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:
* Praca z pseudopotencjałami ''norm-conserving'' oraz ''ultrasoft'',
* przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
* układy periodyczne i aperiodyczne, ''k-points'',
* symetria punktowa i przestrzenna,
* optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
* dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
* dynamika molekularna typu ''path intagral'',
* ''response functions'',
* stany wzbudzone,
* własności elektronowe.

== CPMD w WCSS ==
CPMD dostępny jest na klastrze [[Bem]] w wersjach 3.15.3 (domyślna) oraz 4.1.

;Zalecenia ogólne
* Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych <code>/home</code>. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach '''<code>/scratch</code>'''.
* Prosimy nie używać polecenia '''<code>qdel</code>''' do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie '''EXIT''' i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
 touch EXIT
* Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach '''/usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/'''. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu <code>sub-cpmd</code> (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
 export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

=== Bem ===
wersja: 3.15.3


Wstawianie zadań CPMD do systemu kolejkowego [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu sub-cpmd (lokalizacja: <code>/usr/local/bin//usr/local/bin/sub-cpmd</code>).

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 >sub-cpmd
 Usage: /usr/local/bin/sub-cpmd input_file [parameters]
 Parameters:
 -q queue (default - main)
 -n nodes (default - 1)
 -p cores (per node, default - 1)
 -m memory (per node, in MB, default - 2000)
 -w walltime (in hours, default - 504)
 -s pseudopotentials_path (default /usr/local/cpmd/intel-15.0/3.15.3/PPLIBNEW)
 
Na przykład

 > sub-cpmd test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 -s $HOME/potencjal

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


; Uwagi
*Skrypt uruchamia domyślną wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem <code>.out</code>.
*Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku <code>/lustre/scratch/</code>, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.
*Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.

=== CPMD w sieci ===
* [http://www.cpmd.org Strona główna konsorcjum CPMD]
* [http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/go/cpmd-tutor.html Tutorial]

=== Bibliografia ===
* Jorge Kohanoff: ''Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods''. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

'''Zobacz też:''' 
*[[Teoretyczne podstawy CPMD - wykład]]
*[[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]