Hmmer: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 5: | Linia 5: | ||
W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym. | W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym. | ||
| − | Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST. | + | Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). |
Opis wg.[http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER] | Opis wg.[http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER] | ||
Wersja z 10:38, 4 sie 2010
HMMR 3.0
HMMR - aplikacja do skanowanie bibliotek białek w poszukiwaniu homologów, porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.
W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.
Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
Opis wg.strony domowej HMMER