OpenBabel

OpenBabel

Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą:

1. babel
2. obchiral
3. obconformer
4. obenergy
5. obfit
6. obgen
7. obgrep
8. obminimize
9. obprobe
10. obrotamer
11. obrotate

Babel - konwerter plików, lista formatów

Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki

  obchiral filename 

Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery

  obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename 

Obenergy- oblicza energię cząsteczki

  obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename] 

Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS

  obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.

  obgen filename 

Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych

  obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename 

Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły

  obminimize [OPTIONS] filename 

Obprobe - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem pola powierzchnii molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego MMFF94.

  obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename 

Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów

  obrotamer filename

Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły.

  obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle

Opis wg. podręcznika OpenBabel