Kompilacja aplikacji równoległych

< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji równoległych

Znakomita większość oprogramowania na klastrze zainstalowana jest tak, aby korzystała z któregoś z protokołów wymiany informacji między procesami (mpi, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji rónoległych aplikacji należy odnieść się, odpowiednio konfigurując srodowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej protokołów.

Na przykład, linkowanie z bibliotekami mvapich2 (jedna z implementacji standardu mpi-2) budowanymi intelowskimi kompilatorami można uczynić na dwa sposoby:

• przy pomocy wrapera na kompilator

module load mvapich2/1.5.1p1
mvapich2/1.5.1p1
echo $PATH
/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/
which mpif90
/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/mpif90

Wraper mpif90 odpowiednio ustawia flagi kopmilatora ifort (standard - fortran90), tak aby aplikacja korzystała z komunikacji międzyprocesowej.

• ręcznie ustawiając odpowiednie flagi

Na klastrze Supernova zainstalowano wiele bibliotek implementujących standardy mpi, mpi-2 oraz OpenMP przy użyciu pakietów kompilatorów opensource`owych (gcc) oraz dostarczonych od intela.

Na przykład.

openmpi/1.4.3
openmpi/1.4.3-intel_10.1
openmpi/1.4.3_gcc412
openmpi/1.4.3_gcc453
mvapich2/1.5.1p1
mvapich2/1.6 
mvapich2/1.6_gcc

Odpowiednie ustawieu środowiska pracy polaga na :

• załadowaniu moduły dla wybranego kompilatora np.

module load intel/12.0 
intel/12.0 load complete