Kompilacja aplikacji równoległych: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 2: | Linia 2: | ||
Znakomita większość oprogramowania na klastrze [[Supernova]] zainstalowana jest tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami ([[MPI|MPI]], [[OpenMP|OpenMP]], [[PVM|PVM]]). | Znakomita większość oprogramowania na klastrze [[Supernova]] zainstalowana jest tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami ([[MPI|MPI]], [[OpenMP|OpenMP]], [[PVM|PVM]]). | ||
| − | Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio [[korzystanie z modułów |konfigurując środowisko systemowe]], do bibliotek wspomnianych wyżej | + | Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio [[korzystanie z modułów |konfigurując środowisko systemowe]], do bibliotek wspomnianych wyżej środowisk równoległych. |
| − | === | + | === Przygotowanie środowiska pracy === |
| − | * załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np. | + | Przygotowanie środowiska pracy polega na: |
| + | * załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.: | ||
module load intel/12.0 | module load intel/12.0 | ||
| − | + | * załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np.: | |
| − | * załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np. | + | module load mvapich2/1.5.1p1 |
| − | + | {{uwaga2|Należy pamiętać, aby biblioteki MPI-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na którą wskazują zmienne środowiskowe}} | |
| − | |||
| − | |||
* załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych: | * załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych: | ||
module load mkl/12.0.1.107 | module load mkl/12.0.1.107 | ||
| − | |||
| − | ===Proces kompilacji=== | + | === Proces kompilacji === |
| − | Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania [http://pl.wikipedia.org/wiki/Biblioteka_wsp%C3%B3%C5%82dzielona współdzielonych_bibliotek] | + | Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania [http://pl.wikipedia.org/wiki/Biblioteka_wsp%C3%B3%C5%82dzielona współdzielonych_bibliotek] MPI. |
{| class="wikitable" style="text-align:right" | {| class="wikitable" style="text-align:right" | ||
| − | |+ Nazwy kompilatorów w pakiecie [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ Intel Composer XE 2011] i odpowiadających im | + | |+ Nazwy kompilatorów w pakiecie [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ Intel Composer XE 2011] i odpowiadających im wraperów z mvapich2-1.5.1b dostępnych na klastrze [[Supernova]]. |
! nazwa kompilatora | ! nazwa kompilatora | ||
| − | ! | + | ! polecenie kompilatora |
! nazwa wrapera | ! nazwa wrapera | ||
|- | |- | ||
| Linia 42: | Linia 40: | ||
| mpif90 | | mpif90 | ||
|} | |} | ||
| − | Czasami, | + | Czasami, gdy nie można, z różnych powodów użyć wrapera, należy ustawić flagi ręcznie. Jest to rozwiązanie zalecane dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają pełną świadomość ustawianych opcji. |
| − | + | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Wersja z 07:24, 1 wrz 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji równoległych
Znakomita większość oprogramowania na klastrze Supernova zainstalowana jest tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami (MPI, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio konfigurując środowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej środowisk równoległych.
Przygotowanie środowiska pracy
Przygotowanie środowiska pracy polega na:
- załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.:
module load intel/12.0
- załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np.:
module load mvapich2/1.5.1p1
| ! | Należy pamiętać, aby biblioteki MPI-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na którą wskazują zmienne środowiskowe |
- załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:
module load mkl/12.0.1.107
Proces kompilacji
Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania współdzielonych_bibliotek MPI.
| nazwa kompilatora | polecenie kompilatora | nazwa wrapera |
|---|---|---|
| kompilator C | icc | mpicc |
| kompilator C++ | icpc | mpicxx |
| kompilator FORTRAN77 | ifort | mpif77 |
| kompilator FORTRAN90 | ifort | mpif90 |
Czasami, gdy nie można, z różnych powodów użyć wrapera, należy ustawić flagi ręcznie. Jest to rozwiązanie zalecane dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają pełną świadomość ustawianych opcji.