CPMD dla niewtajemniczonych: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 +
==Szkolenie==
 +
'''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''
 +
 +
==Termin i lokalizacja:==
 +
16 czerwca (poniedziałek), 10:00-16:00 sala 201 D-21
 +
*[http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS]
 +
 +
==Prowadzący:==
 +
Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek
 +
 +
==Opis:==
 +
Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.
 +
 +
==Wymagania:==
 +
Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.
 +
 +
==Ramowy program:==
 +
W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.
 +
===Część seminaryjna 1:===
 +
• podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
 +
• fale płaskie i pseudopotencjały
 +
• jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
 +
• kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
 +
• czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)
 +
===Część warsztatowa 1:===
 +
• przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
 +
• uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS
 +
===Część seminaryjna 2:===
 +
• zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
 +
• analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
 +
• dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)
 +
===Część warsztatowa 2:===
 +
• analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)
 +
 +
 +
 +
 +
 
'''CPMD dla niewtajemniczonych'''
 
'''CPMD dla niewtajemniczonych'''
  

Wersja z 09:01, 23 maj 2014

Szkolenie

Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych

Termin i lokalizacja:

16 czerwca (poniedziałek), 10:00-16:00 sala 201 D-21

Prowadzący:

Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek

Opis:

Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.

Wymagania:

Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.

Ramowy program:

W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.

Część seminaryjna 1:

• podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej • fale płaskie i pseudopotencjały • jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą? • kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie) • czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)

Część warsztatowa 1:

• przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego • uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS

Część seminaryjna 2:

• zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi • analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne • dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)

Część warsztatowa 2:

• analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)



CPMD dla niewtajemniczonych

Wykładowcy:

  • dr Aneta Jezierska-Mazzarello
  • dr Jarosław Panek

Termin i miejsce:

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CPMD_dla_niewtajemniczonych&oldid=4577”