Korzystanie z modułów: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 11:12, 4 maj 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów

Moduły - wersja domyślna

Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np.gaussian/g09.E.01 . Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

!	Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).

Polecenie:

module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania

# wylistuj wszystkie dostępne moduly
module avail

# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:
module avail Python

# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:
module avail -i python

module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]

$ module load intel/12.1
binutils/2.25 load complete.
intel/12.1 load complete.

Loading intel/12.1
  Loading requirement: binutils/2.25

module list - wyświetla załadowane moduły

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) binutils/2.25   2) intel/12.1  

Key:
auto-loaded  default-version

Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.

module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł

$ module rm binutils
binutils/2.25 unload complete
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel/12.1

module purge - usuwa wszystkie moduły

Nowe moduły [4.7]

Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021.

Co zmieniają nowe moduły

Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:

dużo szybsze działanie programu
jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)
nowy bardziej szczegółowy help
program jest bardziej gadatliwy informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem
domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)
module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez
pokolorowany output

Listę zmian można zobaczyć na stronie: https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/

Nowe argumenty polecenia module

!	Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`

Zaobserowane wady/zalety nowych modułów

Brak zgłoszonych uwag.

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small>
-=== Moduły ===
+=== Moduły - wersja domyślna===
 '''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.
@@ Linia 13: / Linia 13: @@
   # wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:
   module avail Python
+ # wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:
+ module avail -i python
 * '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
   $ module load intel/12.1
-  binutils/2.25 load complete.
+ binutils/2.25 load complete.
-  intel/12.1 load complete.
+ intel/12.1 load complete.
+ Loading intel/12.1
+   Loading requirement: binutils/2.25
 * '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
   $ module list
   Currently Loaded Modulefiles:
-) binutils/2.25(default)   2) intel/12.1
+) binutils/2.25   2) intel/12.1
+ Key:
+ auto-loaded  default-version
+Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.
 * '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
   $ module rm binutils
@@ Linia 30: / Linia 44: @@
 * '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły
-=== Nowe moduły [4.7] TESTY ===
+=== Nowe moduły [4.7] ===
+Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021.
 ==== Co zmieniają nowe moduły ====
 Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele.
@@ Linia 37: / Linia 54: @@
 * jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)
 * nowy bardziej szczegółowy help
+* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem
 * domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)
+* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez
 * pokolorowany output
 Listę zmian można zobaczyć na stronie:
 https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html
+lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/
 ==== Nowe argumenty polecenia module ====
+{{uwaga2|Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`}}
 ==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====
-==== Jak testować? ====
+Brak zgłoszonych uwag.
-===== Jednorazowo =====
-Wystarczy wykonać następujące polecenie:
- . /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh
-===== Na stałe =====
-Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:
- # use modules v4.7.0
- source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash
 [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]