ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| (Nie pokazano 4 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ProtoMol</small> |
| − | + | ||
'''ProtoMol''' - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (''Particle Mesh Ewald'') i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (''timesteps''), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin. | '''ProtoMol''' - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (''Particle Mesh Ewald'') i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (''timesteps''), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin. | ||
| Linia 16: | Linia 16: | ||
* Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (''incremental parallelism'') wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska; | * Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (''incremental parallelism'') wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska; | ||
* Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych: | * Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych: | ||
| − | ** Enwald summation O(N | + | ** ''Enwald summation'', o złożoności obliczeniowej O(N<sup>3/2</sup>), |
| − | ** Particle Mesh | + | ** ''Particle Mesh Ewald'', o złożoności obliczeniowej O(N log N), |
| − | ** Multi-grid method O(N); | + | ** ''Multi-grid method'', o złożoności obliczeniowej O(N); |
* Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia; | * Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia; | ||
| − | * Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10 | + | * Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10<sup>6</sup>; |
* Wparcie dla platform: | * Wparcie dla platform: | ||
** Sun/Solaris, | ** Sun/Solaris, | ||
| Linia 28: | Linia 28: | ||
** Linux (MPIch lub LAMMPI), | ** Linux (MPIch lub LAMMPI), | ||
** Windows. | ** Windows. | ||
| + | |||
| + | <!-- | ||
| + | === ProtoMol w WCSS === | ||
| + | ProtoMol v. 2.1.1 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]] w wersji równoległej z wykorzystaniem bibliotek MVAPICH 1.0.1. | ||
| + | |||
| + | Program dostępny jest w lokalizacji: | ||
| + | nova> /usr/local/protomol/bin/protomol | ||
| + | --> | ||
=== Dokumentacja === | === Dokumentacja === | ||
| Linia 34: | Linia 42: | ||
| − | + | [[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]] | |
| − | [[Kategoria:Oprogramowanie | ||
| − | |||
Aktualna wersja na dzień 14:08, 2 wrz 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ProtoMol
ProtoMol - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald) i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (timesteps), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.
Nowości w v. 3.0
- Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
- Wsparcie dla Pythona, CNMA.
Cechy główne
- Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
- Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
- Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (incremental parallelism) wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
- Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
- Enwald summation, o złożoności obliczeniowej O(N3/2),
- Particle Mesh Ewald, o złożoności obliczeniowej O(N log N),
- Multi-grid method, o złożoności obliczeniowej O(N);
- Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
- Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 106;
- Wparcie dla platform:
- Sun/Solaris,
- AIX (MPI),
- HP-UX (MPI),
- IRIX (MPI),
- Linux (MPIch lub LAMMPI),
- Windows.