Cząsteczka w otoczeniu chemicznym: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 20 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 2: Linia 2:
 
* '''Termin''': 25-27 lutego 2015  godz. 10:00-16:00
 
* '''Termin''': 25-27 lutego 2015  godz. 10:00-16:00
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
−
* '''Prowadzący''': Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski
+
* '''Prowadzący''': Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski, Zakład Chemii Fizycznej i Kwantowej, Politechnika Wrocławska
−
 
+
* '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)
−
Szkolenie przeznaczone jest dla pracowników naukowych oraz doktorantów, będących użytkownikami WCSS. Uczestnicy studiów drugiego stopnia mogą zapisać się na warsztaty po przedłożeniu poparcia opiekuna naukowego.
+
Pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.  
−
 
 
−
Zgłoszenia oraz pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.  
 
  
 
== Tematyka ==
 
== Tematyka ==
Linia 16: Linia 14:
 
* procedura wyznaczania energii oddziaływania międzymolekularnego kompleksów molekularnych znajdujących się w fazach skondensowanych,
 
* procedura wyznaczania energii oddziaływania międzymolekularnego kompleksów molekularnych znajdujących się w fazach skondensowanych,
 
* metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
 
* metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
−
* kwantowa teoria atomów w cząsteczkach (QTAIM) - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.
+
* kwantowa teoria atomów w cząsteczkach ('''QTAIM''') - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.
  
−
== Wymagania ==
+
== Informacje techniczne ==
 
* '''Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 
* '''Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.  
 
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.  
−
* W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD.  W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
 
 
* Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
 
* Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
 
* Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_zosta%C4%87_u%C5%BCytkownikiem_KDM Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS]).
 
* Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_zosta%C4%87_u%C5%BCytkownikiem_KDM Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS]).
 +
*  Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
 +
 +
== Plan warsztatów ==
 +
{| class="wikitable" style="width:95%"
 +
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 +
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Środa, 25 lutego 2015
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''9:00 - 9:50'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Rejestracja uczestników szkolenia
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''10:00 - 11:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych I:
 +
* Koszt energetyczny solwatacji i entalpia swobodna solwatacji
 +
* Klasyczne modele ciągłe rozpuszczalnika
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:00 - 11:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:15 - 12:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych II:
 +
* Model PCM oraz jego warianty
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa obiadowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa - Zastosowanie ciągłych modeli rozpuszczalnika:
 +
* Wyznaczanie entalpii swobodnej solwatacji oraz widm absorpcji i fluorescencji
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:30 - 17:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 +
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 +
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Czwartek, 26 lutego 2015
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''10:00 - 11:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych III:
 +
* Energia oddziaływania miedzycząsteczkowego w modelu PCM
 +
* Inne metody stosowane w teoretycznym opisie efektów rozpuszczalnikowych
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:00 - 11:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:15 - 12:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Fizykochemia ograniczonych przestrzeni:
 +
* Modele teoretyczne stosowane w badaniach układów ograniczonych przestrzennie
 +
* Struktura elektronowa układów molekularnych w ograniczeniu przestrzennym
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa obiadowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 +
* Analiza energii oddziaływań międzycząsteczkowych w ciągłych i dyskretnych modelach rozpuszczalnika
 +
*  Modelowanie wpływu ograniczenia przestrzennego na wybrane właściwości molekuł
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:30 - 17:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 +
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 +
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Piątek, 27 lutego 2015
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''10:00 - 11:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Podstawy i możliwości aplikacyjne kwantowej teorii atomów w cząsteczkach::
 +
* Gęstość elektronowa oraz jej gradient
 +
* Parametry topologiczne punktów krytycznych pola skalarnego gęstości elektronowej
 +
* Ścieżki wiązań, graf molekularny, baseny atomowe
 +
* Przykłady aplikacji formalizmu QTAIM
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:00 - 11:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:15 - 12:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 +
* Przegląd i prezentacja funkcjonowania dostępnego oprogramowania: AIMPAC, AIM2000, AIMAll
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa obiadowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 +
* Lokalizacja punktów krytycznych na powierzchnie gęstości elektronowej modelowych układów
 +
* Analiza parametrów topologicznych punktów krytycznych oraz basenów atomowych
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:30 - 17:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 +
|}
  
 
== Literatura pomocnicza ==
 
== Literatura pomocnicza ==
 
* J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi ''Chem. Rev.'', 2005, '''105''', 2999–3094 ''"Quantum Mechanical Continuum Solvation Models"''
 
* J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi ''Chem. Rev.'', 2005, '''105''', 2999–3094 ''"Quantum Mechanical Continuum Solvation Models"''
 
* L. Piela  ''"Idee chemii kwantowej"'' PWN, Warszawa - rozdział '''12''': ''Molekuła w polu elektrycznym i magnetycznym''
 
* L. Piela  ''"Idee chemii kwantowej"'' PWN, Warszawa - rozdział '''12''': ''Molekuła w polu elektrycznym i magnetycznym''
−
* R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. . Luis, H. Agren, W. Bartkowiak ''J. Chem. Theory Comput.'', 2013, '''9''', 3463–3472  
+
* R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. Luis, H. Agren, W. Bartkowiak ''J. Chem. Theory Comput.'', 2013, '''9''', 3463–3472 ''"Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"''
−
''"Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"''
+
* R. F. W. Bader ''Chem. Rev.'' 1991, '''91''', 893-928 ''"A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"''
−
* R. F. W. Bader '''Chem. Rev.''' 1991, '''91''', 893-928 ''"A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"''
+
 
 +
== Materiały ==
 +
* '''Prezentacja prof. Wojciech Bartkowiak''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:Prezentacja_Profesor_Bartkowiak_czasteczka.pdf Cząsteczka w otoczeniu chemicznym]
 +
* '''Prezentacja dr Paweł Lipkowski ''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:Prezentacja_Doktor_Lipkowski_czasteczka.pdf Kwantowa teoria atomów w cząsteczkach]
 
[[Kategoria:Szkolenia]]
 
[[Kategoria:Szkolenia]]

Aktualna wersja na dzień 13:53, 24 mar 2015

Wrocławskie Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe ma przyjemność zaprosić Państwa do udziału w trzydniowych warsztatach pt. "Cząsteczka w otoczeniu chemicznym"

  • Termin: 25-27 lutego 2015 godz. 10:00-16:00
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Prowadzący: Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski, Zakład Chemii Fizycznej i Kwantowej, Politechnika Wrocławska
  • Warunki uczestnictwa: wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)

Pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.

Tematyka

W ramach warsztatów zaprezentowane zostaną metody teoretyczne stosowane w badaniach właściwości fizykochemicznych molekuł w fazach skondensowanych.

Szkolenie dotyczyć będzie następujących zagadnień:

  • modele rozpuszczalnika stosowane w obliczeniach kwantowo-chemicznych (ze szczególnym uwzględnieniem ciągłych modeli rozpuszczalnika),
  • procedura wyznaczania energii oddziaływania międzymolekularnego kompleksów molekularnych znajdujących się w fazach skondensowanych,
  • metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
  • kwantowa teoria atomów w cząsteczkach (QTAIM) - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.

Informacje techniczne

  • Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).
  • Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
  • Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
  • Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova (Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS).
  • Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.

Plan warsztatów

Środa, 25 lutego 2015
9:00 - 9:50 Rejestracja uczestników szkolenia
10:00 - 11:00 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych I:
  • Koszt energetyczny solwatacji i entalpia swobodna solwatacji
  • Klasyczne modele ciągłe rozpuszczalnika
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych II:
  • Model PCM oraz jego warianty
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa - Zastosowanie ciągłych modeli rozpuszczalnika:
  • Wyznaczanie entalpii swobodnej solwatacji oraz widm absorpcji i fluorescencji
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej
Czwartek, 26 lutego 2015
10:00 - 11:00 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych III:
  • Energia oddziaływania miedzycząsteczkowego w modelu PCM
  • Inne metody stosowane w teoretycznym opisie efektów rozpuszczalnikowych
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Wykład – Fizykochemia ograniczonych przestrzeni:
  • Modele teoretyczne stosowane w badaniach układów ograniczonych przestrzennie
  • Struktura elektronowa układów molekularnych w ograniczeniu przestrzennym
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa:
  • Analiza energii oddziaływań międzycząsteczkowych w ciągłych i dyskretnych modelach rozpuszczalnika
  • Modelowanie wpływu ograniczenia przestrzennego na wybrane właściwości molekuł
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej
Piątek, 27 lutego 2015
10:00 - 11:00 Wykład – Podstawy i możliwości aplikacyjne kwantowej teorii atomów w cząsteczkach::
  • Gęstość elektronowa oraz jej gradient
  • Parametry topologiczne punktów krytycznych pola skalarnego gęstości elektronowej
  • Ścieżki wiązań, graf molekularny, baseny atomowe
  • Przykłady aplikacji formalizmu QTAIM
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Część warsztatowa:
  • Przegląd i prezentacja funkcjonowania dostępnego oprogramowania: AIMPAC, AIM2000, AIMAll
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa:
  • Lokalizacja punktów krytycznych na powierzchnie gęstości elektronowej modelowych układów
  • Analiza parametrów topologicznych punktów krytycznych oraz basenów atomowych
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej

Literatura pomocnicza

  • J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi Chem. Rev., 2005, 105, 2999–3094 "Quantum Mechanical Continuum Solvation Models"
  • L. Piela "Idee chemii kwantowej" PWN, Warszawa - rozdział 12: Molekuła w polu elektrycznym i magnetycznym
  • R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. Luis, H. Agren, W. Bartkowiak J. Chem. Theory Comput., 2013, 9, 3463–3472 "Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"
  • R. F. W. Bader Chem. Rev. 1991, 91, 893-928 "A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"

Materiały

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Cząsteczka_w_otoczeniu_chemicznym&oldid=5155”