GPGPU

Korzystanie z akceleratorów GPGPU w WCSS

Klaster Bem jest wyposażony w węzły obliczeniowe z akceleratorami GPGPU.

Konfiguracja każdego węzła:

• dwa procesory Intel Xeon, architektura Skylake, łącznie 24 rdzenie, taktowanie nominalne 2,60 GHz,
• 128 GB pamięci operacyjnej,
• interfejs InfiniBand FDR 56Gbps,
• jedna lub dwie karty NVIDIA Tesla P100,
• jedna lub dwie karty NVIDIA Tesla V100 PCIe,
• na każdym węźle dostępne są te same systemy plików co na wszystkich pozostałych węzłach klastra Bem.

Zlecanie zadań

Zadania należy zlecać do kolejki "gpu". Dostęp do kolejki zostaje przyznany po złożeniu wniosku w systemie pomocy. Wnioski są analizowane indywidualnie.

Zlecanie zadań wsadowych:

qsub -q gpu -l select=G:mpiprocs=N:ncpus=N:mem=Mgb:ngpus=1 -l walltime=H:0:0 skrypt-zadania.sh

Zlecanie zadań interaktywnych:

qsub -q gpu -l select=G:mpiprocs=N:ncpus=N:mem=Mgb:ngpus=1 -l walltime=H:0:0 -I

gdzie:

• G - liczba kart GPU,
• N - liczba rdzeni w każdym chunku, jeśli G jest większe niż 1, to N nie może być większe niż 8,
• M - wielkość pamięci w GB w każdym chunku, jeśli G jest większe niż 1, to M nie może być większe niż 8000 MB,
• w każdym przypadku należy ustawiać wartość ngpus=1. W przeciwnym razie zadanie nigdy nie wystartuje,
• H - czas zadania w godzinach, maksymalnie 168 (7 dni).