Korzystanie z modułów

< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów

Moduły - wersja domyślna

Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np.gaussian/g09.E.01 . Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

!	Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).

Polecenie:

• module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania

# wylistuj wszystkie dostępne moduly
module avail

# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:
module avail Python

• module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]

$ module load intel/12.1
 binutils/2.25 load complete.
 intel/12.1 load complete.

• module list - wyświetla załadowane moduły

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) binutils/2.25(default)   2) intel/12.1       

• module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł

$ module rm binutils
binutils/2.25 unload complete
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel/12.1       

• module purge - usuwa wszystkie moduły

Nowe moduły [4.7] - wersja testowa

Co zmieniają nowe moduły

Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:

• dużo szybsze działanie programu
• jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)
• nowy bardziej szczegółowy help
• program jest bardziej gadatliwy informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem
• domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)
• module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez
• pokolorowany output

Listę zmian można zobaczyć na stronie: https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/

Jak testować?

Jednorazowo

Wystarczy wykonać następujące polecenie:

. /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/profile.sh

Na stałe

Dodajemy na końcu swojego ~/.bashrc:

# use modules v4.7.0
source /usr/local/environmentmodules/4.7.0/init/bash