Kompilacja aplikacji równoległych

< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji na klastrze < Kompilacja aplikacji równoległych

Znakomita większość oprogramowania na klastrze Supernova jest zainstalowana w wersji równoległej tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami (m.in. MPI, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio konfigurując środowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej środowisk równoległych.

Przygotowanie środowiska pracy

Przygotowanie środowiska pracy polega na:

• załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.:

module load intel/12.0 

• załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np.:

module load mvapich2/1.5.1p1

 ! Należy pamiętać, aby biblioteki MPI-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na którą wskazują zmienne środowiskowe

• załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:

module load mkl/12.0.1.107

Proces kompilacji

Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania współdzielonych_bibliotek MPI.

Nazwy kompilatorów w pakiecie Intel Composer XE 2011 i odpowiadających im wraperów z mvapich2-1.5.1b dostępnych na klastrze Supernova.

nazwa kompilatora	polecenie kompilatora	nazwa wrapera
kompilator C	icc	mpicc
kompilator C++	icpc	mpicxx
kompilator FORTRAN77	ifort	mpif77
kompilator FORTRAN90	ifort	mpif90

Czasami, gdy nie można, z różnych powodów użyć wrapera, należy ustawić flagi ręcznie. Jest to rozwiązanie zalecane dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają pełną świadomość ustawianych opcji.