Korzystanie z modułów
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów
Moduły
Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np.gaussian/g09.E.01 . Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.
| ! | Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych). |
Polecenie:
- module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules ---------- abaqus/6.14-2(default) hdf5/1.8.11-intel13.1 openfoam/2.1.1-gcc4.7.4 abinit/7.10.4-intel13.1(default) hdf5/1.8.14 openmpi/1.10.0-gcc5.2.0 adf/2014.01 hdf5/1.8.14-gcc4.9.2 openmpi/1.10.0-intel15.0 adf/2014.10(default) hdf5/1.8.14-intel13.1 openmpi/1.10.1-intel15.0 amber/14-intel15.0(default) hdf5/1.8.14-intel15.0(default) openmpi/1.8.4-gcc4.7.4 argtable2/13-gcc4.9.2 hdf5/1.8.14-intel15.0dbg openmpi/1.8.4-gcc4.9.2 atk/2.18.0-gcc4.9.2 hdf5/1.8.16-intel15.0 openmpi/1.8.4-gcc5.1.0 atk-spi2/2.19.2-gcc4.9.2 hydra/3.1.4(default) openmpi/1.8.4-intel13.1 beagle/2.1.2-gcc5.1.0(default) impi/5.0.2.044(default) openmpi/1.8.4-intel15.0(default) binutils/2.25(default) intel/12.1 orca/3.0.3-intel13.1(default) blacs/1.1 intel/13.1 pango/1.39.0-gcc4.9.2 blacs/1.1-intel15.0 intel/15.0(default) parmetis/4.0.3-intel15.0 blas/3.6.0 jags/3.4.0-intel15.0(default) pdb2pqr/2.0.0 blas/3.6.0-intel15.0 jags/4.0.1-intel15.0 petsc/3.6.3 boost/1.59.0-gcc4.9.2 jasper/1.900.1-gcc4.9.2 petsc/3.6.3-intel15.0 cairo/1.14.2 jasper/1.900.1-intel15.0(default) pgi/15.3 cairo/1.14.6-gcc4.9.2(default) jdk7/1.7.0_79(default) pixman/0.34.0-gcc4.9.2 cairomm/1.12.0-gcc4.9.2 jdk8/1.8.0_65(default) plgrid/apps/abinit/7.10.4--intel13.1 cfour/1.0-gcc5.1.0(default) lammps/20141209-intel15.0(default) plgrid/apps/adf/2014.01(default) cfx/16.0(default) lapack/3.6.0 plgrid/apps/amber/14-intel15.0 cfx/16.2 lapack/3.6.0-intel15.0 plgrid/apps/cfour/1.0-gcc5.1.0 cgal/4.6.2-gcc4.9.2 libepoxy/1.3.1-gcc4.9.2 plgrid/apps/clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2 clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2 libint/1.1.4-gcc4.9.2 plgrid/apps/clustalw/2.1-intel15.0 clustalw/2.1-intel15.0 libint/1.1.4-intel15.0 plgrid/apps/cpmd/3.15.3--intel15.0 cmake/3.2.1(default) libint/2.0.3-gcc4.9.2 plgrid/apps/cpmd/4.1-gcc4.9.2 cp2k/2.6.1-gcc4.9.2 libint/2.0.3-intel15.0 plgrid/apps/dalton/2015-intel13.1 cpmd/3.15.3-intel15.0(default) libsigc++/2.6.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/fluent/16.0 cpmd/4.1-gcc4.9.2 libxc/2.2.2-gcc4.9.2 plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0 crystal09/2.0.1-intel13.1(default) libxc/2.2.2-intel15.0(default) plgrid/apps/gaussian/g09.B.01 crystal09/2.0.1-intel15.0 llvm/3.3.0-gcc4.9.2 plgrid/apps/gaussian dalton/2015-intel13.1 llvm/3.6.1-gcc4.9.2(default) plgrid/apps/gromacs/4.6.7intel15.0 dbus/1.10.6-gcc4.9.2 make/4.1 plgrid/apps/gromacs/5.0.4-intel15.0 elpa/2013.11.008-gcc4.9.2 mathematica/10.0 plgrid/apps/matlab/R2015a elpa/2015.02.002-gcc4.9.2 mathematica/10.1(default) plgrid/apps/molpro/2012.1.12-intel13.1 elpa/2015.02.002-gcc5.1.0 matlab/R2014b plgrid/apps/mopac/2012 fds-smv/6.3.2 matlab/R2015a(default) plgrid/apps/nwchem/6.5-intel15.0 fftw/2.1.5-intel15.0 mercurial/3.7.1 plgrid/apps/r/3.1.3-intel15.0 fftw/3.3.4-gcc4.7.4 mercurial/3.7.1-gcc4.9.2 plgrid/apps/turbomole/6.6 fftw/3.3.4-gcc4.9.2(default) mkl/10.3 plgrid/tools/intel/15.0 fftw/3.3.4-intel15.0 mkl/13.1 plgrid/tools/irods/4.0.3 fftw2/2.1.5 mkl/15.0(default) plgrid/tools/java7/1.7.0_79 fftw3/3.3.4 mode/7.5.387 plgrid/tools/java8/1.8.0_65 fftw-mpi/3.3.4-intel15.0 mode/7.7.758 povray/3.7.0-gcc4.9.2 flex/2.5.39(default) molcas/7.9-gcc4.7.4(default) prace/1.0 fluent/16.0(default) molcas/8.0-gcc4.7.4 prcc/15.0 fluent/16.2 molden/5.2-gcc4.9.2(default) prcpp/15.0 fontconfig/2.11.94-gcc4.9.2 molpro/2012.1.12-intel13.1(default) prftn/15.0 freetype/2.6.2-gcc4.9.2 mopac/2012 proj/4.9.1-gcc4.9.2 gamess/2014.12.05-R01-intel15.0(default) mpc/1.0.3-gcc4.9.2 proj/4.9.1-intel15.0(default) gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm mpfr/3.1.3-gcc4.9.2 psi4/0.3-intel15.0 gaussian/g03.E.01 namd/2.11-intel15.0 python/2.7.8-gcc4.9.2(default) gaussian/g09.B.01 namd/2.7-intel15.0 qd/2.3.17-gcc4.9.2 gaussian/g09.D.01 namd/2.9-intel15.0(default) qd/2.3.17-intel15.0 gaussian/g09.D.01-justa nbo/6.0 r/3.1.3-gcc4.9.2 gaussian/g09.E.01(default) nbo/6.0-g09d01 r/3.1.3-intel15.0(default) gcc/4.7.4 nbo/6.0-g09e01 r/3.2.3-intel15.0 gcc/4.9.2(default) nbo/current rasdaman/9.0.5-intel15.0(default) gcc/5.1.0 ncarg/6.3.0-intel15.0(default) scalapack/2.0.2 gcc/5.2.0 nco/4.4.8-intel15.0(default) scalapack/2.0.2-gcc4.9.2 gdal/1.11.2-gcc4.9.2 nco/4.5.2-intel15.0 scalapack/2.0.2-intel15.0 gdal/1.11.2-intel15.0(default) netcdf/4.3.2-intel13.1 siesta/3.2-intel15.0 gdk-pixbuf/2.33.2-gcc4.9.2 netcdf/4.3.3.1 spark/1.5.0 geos/3.4.2-gcc4.9.2 netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2 sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2 geos/3.4.2-intel15.0(default) netcdf/4.3.3.1-intel13.1 sqlite/3.7.17 gettext/0.19.7 netcdf/4.3.3.1-intel15.0(default) svn/1.9.3 git/2.7.1 netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg szip/2.1-gcc4.9.2 glib/2.46.2-gcc4.9.2 netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1 szip/2.1-intel13.1 gmp/6.0.0-gcc4.9.2 netcdf-fortran/4.2-intel13.1 szip/2.1-intel15.0(default) grace/5.99 netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2 topmod09-intel15.0 grass/6.4.5-intel15.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1 turbomole/5.10 gromacs/4.6.7-intel15.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0(default) turbomole/6.3 gromacs/5.0.4-intel15.0(default) netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg turbomole/6.6(default) gromacs/5.1.1-intel15.0 netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1 turbomole/7.0 gtk/3.18.7-gcc4.9.2 netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2 udunits/2.2.19-gcc4.9.2 harfbuzz/1.1.3-gcc4.9.2 nwchem/6.5-intel15.0(default) udunits/2.2.19-intel13.1 hdf/4.2.11-gcc4.9.2 openbabel/2.3.2-gcc4.9.2 udunits/2.2.19-intel15.0(default) hdf/4.2.11-intel13.1 openblas/0.2.14-gcc4.9.2 vasp/5.4.1-intel15.0(default) hdf/4.2.11-intel15.0(default) openblas/0.2.14-gcc5.1.0(default)
- module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/12.1 binutils/2.25 load complete. intel/12.1 load complete.
- module list - wyświetla załadowane moduły
$ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) binutils/2.25(default) 2) intel/12.1
- module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł
$ module rm binutils binutils/2.25 unload complete $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/12.1
- module purge - usuwa wszystkie moduły