MVAPICH1
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie systemowe i narzędziowe
|
MVAPICH1 i MVAPICH2 to implementacje standardu MPI z naciskiem na wykorzystanie specjalizowanych sieci obliczeniowych, takich jak InfiniBand.
MVAPICH w WCSS
Na klastrze Nova MVAPICH1 jest zainstalowany w drzewie /usr/mpi/intel/mvapich-0.9.9/. Kompilację oprogramowania należy prowadzić z użyciem standardowych skryptów mpiXYZ, które wywołują kompilator z odpowiednimi opcjami i poprawnie dołączają biblioteki MPI:
- kompilator C: mpicc
- kompilator C++: mpicxx
- kompilator F77: mpif77
- kompilator F90: mpif90
- linker: ten sam co kompilator
Uruchamianie programu MPI nastepuje poprzez program mpiexec. Instalacja MVAPICH1 na klastrze Nova jest ściśle powiązana z systemem kolejkowanie zadań PBS. Zadanie należy wstawiać do kolejki tak, aby każdy proces liczył się na innym węźle (qsub -l nodes=N:ppn=1). Zapewni to lepsze wykorzystanie sieci IB. Jako argumenty dla mpiexec wystarczy podać jedynie liczbę procesorów ( -n N ) i opcje dla programu. Przykładowy skrypt dla systemu kolejkowego:
#!/bin/bash mkdir /scratch/$USER/katalog-zadania cp /home/$USER/dane/* /scratch/$USER/katalog-zadania cd /scratch/$USER/katalog-zadania export VIADEV_USE_AFFINITY=0 mpiexec -n 4 /home/$USER/bin/program.mpi plik.danych >& plik.wynikow rm -rf /scratch/$USER/katalog-zadania
Zapisjujemy skrypt pod wybrana nazwa, nadajemy mu prawa wykonywania :
chmod +x skrypt1.sh
i wstawiamy do kolejki:
qsub -N mpi_skrypt1 -q parallel -l nodes=4:ppn=1 ./skrypt1.sh
MVAPICH w sieci
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS