Amber
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Amber WERSJA ROBOCZA
Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
- pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU
- nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł
- antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek (korzysta z GAFF).
GAFF to zbiór parametrów
- ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|