Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 35 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
Szanowni Państwo,
+
Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. ''"Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop"''.
−
 
 
−
poniżej znajdują się najważniejsze informacje organizacyjne na temat organizowanych przez WCSS warsztatów poświęconych modelowaniu liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek pt. "Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop".
 
  
 
* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014  
 
* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014  
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
−
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
+
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
−
* '''Prowadzący''': Doktor Arul Murugan oraz Doktor Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
+
* '''Prowadzący''': doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
 +
* '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)
  
−
'''Wymagania'''
+
== Tematyka ==
−
* Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy.
+
Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek.
−
* Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne).
+
Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).
−
* W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK.
 
  
−
'''Program ramowy'''
+
Szczegóły w załączonym [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:course.pdf programie]
−
Każdy dzień szkolenia składa się z następujących bloków:
 
  
 +
== Informacje techniczne ==
 +
* '''Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 +
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
 +
* W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD.  W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
 +
* Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
 +
* Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
 +
* Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.
 +
 +
== Harmonogram ==
 +
Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:
 
{| class="wikitable" style="width: 80%"
 
{| class="wikitable" style="width: 80%"
 
|- style="background-color:##EFEFEF;"
 
|- style="background-color:##EFEFEF;"
 
|-  align="center"
 
|-  align="center"
−
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | 9:30 - 11:00
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 9:30 - 11:00
−
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" |  11:00 - 11:30
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:00 - 11:30
−
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" |  11:30 - 13:30
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  11:30 - 13:30
−
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" |  13:30 - 15:00
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  13:30 - 15:00
−
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" |  15:00 - 17:00
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" |  15:00 - 17:00
 
|-  align="center"
 
|-  align="center"
−
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Wykład
+
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Wykład
−
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Przerwa kawowa
+
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Przerwa kawowa
−
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Zajęcia praktyczne
+
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Zajęcia praktyczne
−
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Przerwa obiadowa
+
| style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px"| Przerwa obiadowa
−
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="4" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Zajęcia z programowania
+
|style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%" width="260px" | Zajęcia z programowania
 +
|}
 +
 
 +
'''Bloki tematyczne'''
 +
* '''Poniedziałek (23.06.2014):''' The fundamental theories behind the computational methods
 +
* '''Wtorek (24.06.2014):''' Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
 +
* '''Środa (25.06.2014):''' Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
 +
* '''Czwartek (26.06.2014):''' Let there be light: Modeling the light-matter interaction
 +
* '''Piątek (27.06.2014):''' Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light
 +
 
 +
== Materiały ==
 +
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-1.pdf część I]
 +
* '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-2.pdf część II]
 +
 
 +
 
 +
[[Kategoria:Szkolenia]]

Aktualna wersja na dzień 10:38, 26 cze 2014

Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. "Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop".

  • Termin: 23-27 czerwca 2014
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Rejestracja uczestników szkolenia: 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
  • Prowadzący: doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
  • Warunki uczestnictwa: wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)

Tematyka

Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek. Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).

Szczegóły w załączonym programie

Informacje techniczne

  • Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).
  • Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
  • W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD. W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na stronie producenta, zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
  • Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
  • Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
  • Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.

Harmonogram

Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:

9:30 - 11:00 11:00 - 11:30 11:30 - 13:30 13:30 - 15:00 15:00 - 17:00
Wykład Przerwa kawowa Zajęcia praktyczne Przerwa obiadowa Zajęcia z programowania

Bloki tematyczne

  • Poniedziałek (23.06.2014): The fundamental theories behind the computational methods
  • Wtorek (24.06.2014): Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
  • Środa (25.06.2014): Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
  • Czwartek (26.06.2014): Let there be light: Modeling the light-matter interaction
  • Piątek (27.06.2014): Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light

Materiały

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Computational_Approaches_for_Bio-marker_Design:_A_three-levels_learning_workshop&oldid=4731”