Cząsteczka w otoczeniu chemicznym: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 13 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 2: Linia 2:
 
* '''Termin''': 25-27 lutego 2015  godz. 10:00-16:00
 
* '''Termin''': 25-27 lutego 2015  godz. 10:00-16:00
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
* '''Prowadzący''': Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski
+
* '''Prowadzący''': Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski, Zakład Chemii Fizycznej i Kwantowej, Politechnika Wrocławska
 
+
* '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)
Szkolenie przeznaczone jest dla pracowników naukowych oraz doktorantów, będących użytkownikami WCSS. Uczestnicy studiów drugiego stopnia mogą zapisać się na warsztaty po przedłożeniu poparcia opiekuna naukowego.
+
Pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.  
 
 
Zgłoszenia oraz pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.  
 
  
 
== Tematyka ==
 
== Tematyka ==
Linia 17: Linia 15:
 
* metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
 
* metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
 
* kwantowa teoria atomów w cząsteczkach ('''QTAIM''') - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.
 
* kwantowa teoria atomów w cząsteczkach ('''QTAIM''') - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.
 +
 +
== Informacje techniczne ==
 +
* '''Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 +
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
 +
* Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
 +
* Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_zosta%C4%87_u%C5%BCytkownikiem_KDM Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS]).
 +
*  Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
  
 
== Plan warsztatów ==
 
== Plan warsztatów ==
{| class="wikitable" style="width: 80%"
+
{| class="wikitable" style="width:95%"
 
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Środa, 25 lutego 2015
 
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Środa, 25 lutego 2015
Linia 37: Linia 42:
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych II:
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych II:
 
* Model PCM oraz jego warianty
 
* Model PCM oraz jego warianty
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa obiadowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa - Zastosowanie ciągłych modeli rozpuszczalnika:
 +
* Wyznaczanie entalpii swobodnej solwatacji oraz widm absorpcji i fluorescencji
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:30 - 17:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 +
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 +
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Czwartek, 26 lutego 2015
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''10:00 - 11:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych III:
 +
* Energia oddziaływania miedzycząsteczkowego w modelu PCM
 +
* Inne metody stosowane w teoretycznym opisie efektów rozpuszczalnikowych
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:00 - 11:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:15 - 12:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Fizykochemia ograniczonych przestrzeni:
 +
* Modele teoretyczne stosowane w badaniach układów ograniczonych przestrzennie
 +
* Struktura elektronowa układów molekularnych w ograniczeniu przestrzennym
 
|-  align="left"
 
|-  align="left"
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
Linia 43: Linia 76:
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
* Wyznaczanie entalpii swobodnej solwatacji
+
* Analiza energii oddziaływań międzycząsteczkowych w ciągłych i dyskretnych modelach rozpuszczalnika
* Metoda efektywnych potencjałów fragmentów
+
* Modelowanie wpływu ograniczenia przestrzennego na wybrane właściwości molekuł
* Wyznaczanie widm absorpcji oraz fluorescencji molekuł w rozpuszczalniku
+
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:30 - 17:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 +
|- style="background-color:#D8D8D8;"
 +
| colspan="5" align="left" style="font-size: 120%; font-variant: small-caps; font-weight: bold" | Piątek, 27 lutego 2015
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''10:00 - 11:00'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Wykład – Podstawy i możliwości aplikacyjne kwantowej teorii atomów w cząsteczkach::
 +
* Gęstość elektronowa oraz jej gradient
 +
* Parametry topologiczne punktów krytycznych pola skalarnego gęstości elektronowej
 +
* Ścieżki wiązań, graf molekularny, baseny atomowe
 +
* Przykłady aplikacji formalizmu QTAIM
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:00 - 11:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa kawowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''11:15 - 12:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 +
* Przegląd i prezentacja funkcjonowania dostępnego oprogramowania: AIMPAC, AIM2000, AIMAll
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''12:15 - 13:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Przerwa obiadowa
 +
|-  align="left"
 +
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''13:15 - 15:15'''
 +
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Część warsztatowa:
 +
* Lokalizacja punktów krytycznych na powierzchnie gęstości elektronowej modelowych układów
 +
* Analiza parametrów topologicznych punktów krytycznych oraz basenów atomowych
 
|-  align="left"
 
|-  align="left"
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
 
| style="background-color:#F9F9F" width="100px" | '''15:15 - 15:30'''
Linia 53: Linia 115:
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 
| style="background-color:#F9F9F" colspan="4" | Czas pracy własnej
 
|}
 
|}
 
== Wymagania ==
 
* '''Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).'''
 
* Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
 
* W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD.  W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
 
* Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
 
* Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_zosta%C4%87_u%C5%BCytkownikiem_KDM Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS]).
 
  
 
== Literatura pomocnicza ==
 
== Literatura pomocnicza ==
Linia 66: Linia 121:
 
* R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. Luis, H. Agren, W. Bartkowiak ''J. Chem. Theory Comput.'', 2013, '''9''', 3463–3472 ''"Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"''
 
* R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. Luis, H. Agren, W. Bartkowiak ''J. Chem. Theory Comput.'', 2013, '''9''', 3463–3472 ''"Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"''
 
* R. F. W. Bader ''Chem. Rev.'' 1991, '''91''', 893-928 ''"A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"''
 
* R. F. W. Bader ''Chem. Rev.'' 1991, '''91''', 893-928 ''"A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"''
 +
 +
== Materiały ==
 +
* '''Prezentacja prof. Wojciech Bartkowiak''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:Prezentacja_Profesor_Bartkowiak_czasteczka.pdf Cząsteczka w otoczeniu chemicznym]
 +
* '''Prezentacja dr Paweł Lipkowski ''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:Prezentacja_Doktor_Lipkowski_czasteczka.pdf Kwantowa teoria atomów w cząsteczkach]
 
[[Kategoria:Szkolenia]]
 
[[Kategoria:Szkolenia]]

Aktualna wersja na dzień 13:53, 24 mar 2015

Wrocławskie Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe ma przyjemność zaprosić Państwa do udziału w trzydniowych warsztatach pt. "Cząsteczka w otoczeniu chemicznym"

  • Termin: 25-27 lutego 2015 godz. 10:00-16:00
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Prowadzący: Prof. Wojciech Bartkowiak, Dr hab. Robert Góra, Dr Paweł Lipkowski, Zakład Chemii Fizycznej i Kwantowej, Politechnika Wrocławska
  • Warunki uczestnictwa: wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)

Pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.

Tematyka

W ramach warsztatów zaprezentowane zostaną metody teoretyczne stosowane w badaniach właściwości fizykochemicznych molekuł w fazach skondensowanych.

Szkolenie dotyczyć będzie następujących zagadnień:

  • modele rozpuszczalnika stosowane w obliczeniach kwantowo-chemicznych (ze szczególnym uwzględnieniem ciągłych modeli rozpuszczalnika),
  • procedura wyznaczania energii oddziaływania międzymolekularnego kompleksów molekularnych znajdujących się w fazach skondensowanych,
  • metody teoretyczne stosowane w opisie właściwości układów ograniczonych przestrzennie (kompleksy endohedralne, materia w warunkach wysokiego ciśnienia),
  • kwantowa teoria atomów w cząsteczkach (QTAIM) - podstawy teoretyczne i aplikacyjne na przykładzie kompleksów z wiązaniem wodorowym.

Informacje techniczne

  • Do pełnego uczestnictwa w warsztatach niezbędne będą własne laptopy pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).
  • Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
  • Wskazana jest znajomość podstawowych pojęć chemii kwantowej, doświadczenie w prowadzeniu prostych obliczeń kwantowo-chemicznych oraz manipulacji plikami w systemie Linux.
  • Część warsztatowa odbywać się będzie z wykorzystaniem zasobów WCSS. Wobec tego wymagane jest posiadanie konta obliczeniowego na klastrze Supernova (Jak zostać użytkownikiem KDM WCSS).
  • Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.

Plan warsztatów

Środa, 25 lutego 2015
9:00 - 9:50 Rejestracja uczestników szkolenia
10:00 - 11:00 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych I:
  • Koszt energetyczny solwatacji i entalpia swobodna solwatacji
  • Klasyczne modele ciągłe rozpuszczalnika
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych II:
  • Model PCM oraz jego warianty
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa - Zastosowanie ciągłych modeli rozpuszczalnika:
  • Wyznaczanie entalpii swobodnej solwatacji oraz widm absorpcji i fluorescencji
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej
Czwartek, 26 lutego 2015
10:00 - 11:00 Wykład – Modelowanie efektów rozpuszczalnikowych III:
  • Energia oddziaływania miedzycząsteczkowego w modelu PCM
  • Inne metody stosowane w teoretycznym opisie efektów rozpuszczalnikowych
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Wykład – Fizykochemia ograniczonych przestrzeni:
  • Modele teoretyczne stosowane w badaniach układów ograniczonych przestrzennie
  • Struktura elektronowa układów molekularnych w ograniczeniu przestrzennym
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa:
  • Analiza energii oddziaływań międzycząsteczkowych w ciągłych i dyskretnych modelach rozpuszczalnika
  • Modelowanie wpływu ograniczenia przestrzennego na wybrane właściwości molekuł
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej
Piątek, 27 lutego 2015
10:00 - 11:00 Wykład – Podstawy i możliwości aplikacyjne kwantowej teorii atomów w cząsteczkach::
  • Gęstość elektronowa oraz jej gradient
  • Parametry topologiczne punktów krytycznych pola skalarnego gęstości elektronowej
  • Ścieżki wiązań, graf molekularny, baseny atomowe
  • Przykłady aplikacji formalizmu QTAIM
11:00 - 11:15 Przerwa kawowa
11:15 - 12:15 Część warsztatowa:
  • Przegląd i prezentacja funkcjonowania dostępnego oprogramowania: AIMPAC, AIM2000, AIMAll
12:15 - 13:15 Przerwa obiadowa
13:15 - 15:15 Część warsztatowa:
  • Lokalizacja punktów krytycznych na powierzchnie gęstości elektronowej modelowych układów
  • Analiza parametrów topologicznych punktów krytycznych oraz basenów atomowych
15:15 - 15:30 Przerwa kawowa
15:30 - 17:00 Czas pracy własnej

Literatura pomocnicza

  • J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi Chem. Rev., 2005, 105, 2999–3094 "Quantum Mechanical Continuum Solvation Models"
  • L. Piela "Idee chemii kwantowej" PWN, Warszawa - rozdział 12: Molekuła w polu elektrycznym i magnetycznym
  • R. Zaleśny, R. W. Góra, J. Kozłowska, J. M. Luis, H. Agren, W. Bartkowiak J. Chem. Theory Comput., 2013, 9, 3463–3472 "Resonant and non-resonant hyperpolarizabilities of spatially confined molecules: a case study of cyanoacetylene"
  • R. F. W. Bader Chem. Rev. 1991, 91, 893-928 "A Quantum Theory of Molecular Structure and Its Appllcatlons"

Materiały