GAMESS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS

GAMESS
Serwer	Wersja
Bem	2016.08.18-R1 2014.12.05-R1
Kontakt
kdm@wcss.pl

GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

• wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
• wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
• wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
• wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
• szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS

Typ SCF=	RHF	ROHF	UHf	GVB	MCSCF
energia	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
gradienty analityczne	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
numeryczny Hessian	CDP	CDP	CDP	CDP	CDP
analityczny Hessian	CDP	CDP	-	CDP	-
energia CI	CDP	CDP	-	CDP	CDP
gradient CI	CD	-	-	-	-
energia MP2	CDP	CDP	CDP	-	CP
gradient MP2	CDP	-	CD	-	-
energia CC	CD	-	-	-	-
energia DFT	CDP	CDP	CDP	-	-
gradient DFT	CDP	CDP	CDP	-	-
energia MOPAC	tak	tak	tak	tak	-
gradient MOPAC	tak	tak	tak	-	-

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Bem.

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess/WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

• INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
• INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
• TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
• REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
• PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
• IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

• Strona domowa GAMESSa

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM