Insight II

Z KdmWiki
Wersja z dnia 09:10, 30 wrz 2008 autorstwa JP (dyskusja | edycje)
(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Insight II - oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys. Oba pakiety Insight II i Cerius2 przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliowścią pracy zdalnej via X11 lub GLX.

Funkcjonalność Insight II jest dostępna w Discovery Studio.

Wersje

Wersje zainstalowane i dostępne w WCSS:

  • InsightII 2005
  • InsightII 2000.1
  • Insight 4.00P+

Uruchamianie aplikacji

Apliakcja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):

> insight       (domyślnie wersja 2005)
> insight_2000.1 
> insight_400
Znane problemy
  • InsightII 2005
Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez ssh -X tezro wystarczy uruchomić polecenie insight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem insight_2000.1 -X11. Administratorzy pracują nad rozwiązaniem problemu.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.

Insight II w sieci:

Zobacz też : Licencja i żetony