Korzystanie z modułów: Różnice pomiędzy wersjami

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<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small>
  
=== Moduły ===
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=== Moduły - wersja domyślna===
 
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.  
 
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.E.01 '''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.  
  
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}
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{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na ui.wcss.pl lub węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}
  
 
'''Polecenie''':
 
'''Polecenie''':
 
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
 
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
<pre>                                      ---------- /usr/local/Modules ----------
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# wylistuj wszystkie dostępne moduly
abaqus/2017                                              mkl/15.0(default)                                        plgrid/apps/siesta/4.0.2-intel16.0
+
module avail
abaqus/6.14-2(default)                                    mode/7.12.1731(default)                                  plgrid/apps/siesta/4.0-intel16.0
+
 
abinit/7.10.4-intel13.1                                  mode/7.5.387                                              plgrid/apps/turbomole/5.10
+
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:
abinit/8.0.7-intel15.0                                    mode/7.7.758                                              plgrid/apps/turbomole/6.3
+
module avail Python
abinit/8.10.2-intel16.0.3                                molcas/7.9-gcc4.7.4(default)                              plgrid/apps/turbomole/6.6
+
 
abinit/8.2.2-intel15.0                                    molcas/8.0-gcc4.7.4                                      plgrid/apps/turbomole/7.0
+
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:
abinit/8.4.4-intel16.0(default)                          molden/5.2-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/turbomole/7.1.1
+
module avail -i python
abinit/8.8.3-intel16.0                                    molden/5.7-gcc6.2.0(default)                              plgrid/apps/turbomole/7.3
 
adf/2014.01                                              molpro/2010.1.80-intel16.0                                plgrid/apps/xaim/1.0
 
adf/2014.10                                              molpro/2012.1.12-intel13.1(default)                      plgrid/apps/xcrysden/1.5.60
 
adf/2016.108                                              molpro/2012.1.57-intel13.1                                plgrid/libs/blacs/1.1
 
adf/2017.105(default)                                    mopac/2016                                                plgrid/libs/blacs/1.1-intel15.0
 
adf/2017.110.r61742.0.718                                mpc/1.0.3-gcc4.9.2                                        plgrid/libs/boost/1.59.0-gcc4.9.2
 
adf/2018.104                                              mpc/1.1.0-gcc7.4.0(default)                              plgrid/libs/boost/1.62.0-gcc6.2.0
 
allinea-forge/6.1.2                                      mpfr/3.1.3-gcc4.9.2                                      plgrid/libs/boost/1.68.0-gcc6.2.0
 
amber/14-intel15.0(default)                              mpfr/4.0.2-gcc7.4.0(default)                              plgrid/libs/fftw/2.1.5-intel15.0
 
amber/tools18-gcc4.9.2                                    mrbayes/3.2.5-gcc5.1.0(default)                          plgrid/libs/fftw/3.3.4-gcc4.7.4
 
ansys/18.2                                                mrbayes/3.2.6-gcc6.2.0                                    plgrid/libs/fftw/3.3.4-gcc4.9.2
 
ansys/19.0                                                mvapich2/2.1-gcc6.1.0                                    plgrid/libs/fftw/3.3.4-intel15.0
 
argtable2/13-gcc4.9.2                                    mvapich2/2.1-intel15.0                                    plgrid/libs/fftw/3.3.8-gcc7.4.0
 
aster/12.6.0-gcc4.9.2                                    namd/2.11-intel15.0                                      plgrid/libs/fftw2/2.1.5
 
atk/2.18.0-gcc4.9.2                                      namd/2.13-intel16.0(default)                              plgrid/libs/fftw3/3.3.4
 
atk-spi2/2.19.2-gcc4.9.2                                  namd/2.7-intel15.0                                        plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.4-intel15.0
 
autoconf/2.69                                            namd/2.9-intel15.0                                        plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.4-intel_mpi_15.0
 
autodock/4.2.6(default)                                  nbo/6.0                                                  plgrid/libs/fftw-mpi/3.3.8-gcc7.4.0
 
autodock_vina/1.1.2(default)                              nbo/6.0.18a                                              plgrid/libs/gmp/6.0.0-gcc4.9.2
 
avogadro/1.1.1                                            nbo/6.0.18a-g16b01                                        plgrid/libs/gmp/6.1.2-gcc7.4.0
 
bagel/2018.07.04-git                                      nbo/6.0-g09d01                                            plgrid/libs/gsl/2.2.1-gcc6.2.0
 
beagle/2.1.2-gcc5.1.0(default)                            nbo/6.0-g09e01                                            plgrid/libs/lapack/3.6.0
 
beagle/3.0.2-gcc6.2.0                                    nbo/6.0-orca4                                            plgrid/libs/lapack/3.6.0-gcc4.9.2
 
beast/2.5.1-with_JRE(default)                            nbo/current                                              plgrid/libs/lapack/3.6.0-intel15.0
 
binutils/2.25(default)                                    ncarg/6.3.0-intel15.0(default)                            plgrid/libs/mkl/10.3
 
binutils/2.28.1                                          nciplot/3.0-intel15.0                                    plgrid/libs/mkl/13.1
 
bison/3.0.4                                              nco/4.4.8-intel15.0(default)                              plgrid/libs/mkl/15.0
 
blacs/1.1                                                nco/4.5.2-intel15.0                                      plgrid/libs/mpfr/3.1.3-gcc4.9.2
 
blacs/1.1-intel15.0                                      nco/4.6.0-beta05-intel15.0                                plgrid/libs/mpfr/4.0.2-gcc7.4.0
 
blas/3.6.0                                                netcdf/4.3.2-intel13.1                                    plgrid/libs/netcdf/4.3.2-intel13.1
 
blas/3.6.0-intel15.0                                      netcdf/4.3.3.1                                            plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1
 
boost/1.59.0-gcc4.9.2                                    netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2                                  plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2
 
boost/1.62.0-gcc6.2.0                                    netcdf/4.3.3.1-intel13.1                                  plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel13.1
 
boost/1.68.0-gcc6.2.0(default)                            netcdf/4.3.3.1-intel15.0                                  plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0
 
cairo/1.14.2                                              netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg                              plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg
 
cairo/1.14.6-gcc4.9.2(default)                            netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1                    plgrid/libs/netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1
 
cairomm/1.12.0-gcc4.9.2                                  netcdf/4.4.1.1-gcc6.2.0                                  plgrid/libs/netcdf/4.4.1.1-gcc6.2.0
 
castep/17.2-parallel                                      netcdf/4.4.1-intel16.0                                    plgrid/libs/netcdf/4.4.1-intel16.0
 
castep/17.2-serial                                        netcdf/4.4.1-pgi16.5                                      plgrid/libs/netcdf/4.4.1-pgi16.5
 
castep/18.1-parallel                                      netcdf/4.6.2-gcc7.4.0(default)                            plgrid/libs/netcdf/4.6.2-gcc7.4.0
 
castep/18.1-serial                                        netcdf-fortran/4.2-intel13.1                              plgrid/libs/openblas/0.2.14-gcc4.9.2
 
cfour/1.0-gcc5.1.0(default)                              netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2                            plgrid/libs/openblas/0.2.14-gcc5.1.0
 
cfx/16.0                                                  netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1                            plgrid/libs/openblas/0.2.15-gcc5.2.0
 
cfx/16.2                                                  netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0                            plgrid/libs/openblas/0.2.20-gcc7.4.0
 
cfx/17.2                                                  netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg                        plgrid/libs/opencv/3.0.0
 
cfx/18.2(default)                                        netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1              plgrid/libs/petsc/3.6.3
 
cfx/19.0                                                  netcdf-fortran/4.4.4-gcc6.2.0                            plgrid/libs/petsc/3.6.3-intel15.0
 
cgal/4.6.2-gcc4.9.2                                      netcdf-fortran/4.4.4-gcc7.4.0(default)                    plgrid/libs/petsc/3.7.2-intel16.0
 
clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2                              netcdf-fortran/4.4.4-intel16.0                            plgrid/libs/pixman/0.34.0-gcc4.9.2
 
clustalw/2.1-intel15.0                                    netcdf-fortran/4.4.4-pgi16.5                              plgrid/libs/scalapack/2.0.2
 
cmake/3.10.2                                              netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2                              plgrid/libs/scalapack/2.0.2-gcc4.9.2
 
cmake/3.13.4-gcc7.4.0(default)                            netcdf-python/1.4.2-gcc7.4.0(default)                    plgrid/libs/scalapack/2.0.2-intel15.0
 
cmake/3.2.1                                              newton-x/2.0-gcc6.2.0                                    plgrid/tools/avogadro/1.1.1
 
cp2k/2.6.1-gcc4.9.2                                      nlopt/2.4.2-intel15.0                                    plgrid/tools/blas/3.6.0
 
cpmd/3.15.3-intel15.0(default)                            nwchem/6.5.26243-intel15.0                                plgrid/tools/blas/3.6.0-intel15.0
 
cpmd/4.1-gcc4.9.2                                        nwchem/6.5-intel15.0(default)                            plgrid/tools/cmake/3.10.2
 
crystal09/2.0.1-intel13.1(default)                        nwchem/6.8-intel15.0                                      plgrid/tools/cmake/3.13.4-gcc7.4.0
 
crystal09/2.0.1-intel15.0                                octave/4.4.1-gcc7.4.0(default)                            plgrid/tools/cmake/3.2.1
 
cuda/8.0                                                  openbabel/2.3.2-gcc4.9.2                                  plgrid/tools/gcc/4.7.4
 
cuda/9.1(default)                                        openbabel/2.4.1                                          plgrid/tools/gcc/4.9.2
 
cuda-software/namd-2.13-intel16.0.3                      openblas/0.2.14-gcc4.9.2                                  plgrid/tools/gcc/5.1.0
 
cuda-software/openblas-0.2.20-pgi18.10                    openblas/0.2.14-gcc5.1.0                                  plgrid/tools/gcc/5.2.0
 
cuda-software/openmpi-3.1.3-gcc7.4.0                      openblas/0.2.15-gcc5.2.0                                  plgrid/tools/gcc/5.4.0
 
cuda-software/openmpi-3.1.3-pgi18.10                      openblas/0.2.20-gcc7.4.0(default)                        plgrid/tools/gcc/6.1.0
 
cuda-software/pgi-18.10                                  opencv/3.0.0                                              plgrid/tools/gcc/6.2.0
 
dalton/2015-intel13.1                                    openfoam/2.1.1-gcc4.7.4                                  plgrid/tools/gcc/7.3.0
 
dalton/2015-intel13.1-MXDIST                              openfoam/v1612+-gcc5.2.0                                  plgrid/tools/gcc/7.4.0
 
dalton/2015-intel13.1-rspvec                              openmolcas/2018.08.29-git-gcc6.2.0                        plgrid/tools/geos/3.4.2-gcc4.9.2
 
darshan/3.1.5                                            openmpi/1.10.0-gcc5.2.0                                  plgrid/tools/geos/3.4.2-intel15.0
 
dbus/1.10.6-gcc4.9.2                                      openmpi/1.10.0-intel15.0                                  plgrid/tools/gnuplot/5.0.5
 
dirac/16.0-gcc4.9.2                                      openmpi/1.10.1-intel15.0                                  plgrid/tools/intel/12.1
 
dirac/17.0-gcc4.9.2-serial                                openmpi/1.10.3-gcc6.1.0                                  plgrid/tools/intel/13.1
 
dirac/18.0-gcc7.4.0(default)                              openmpi/1.10.3-intel16.0                                  plgrid/tools/intel/15.0
 
elk/3.3.17-intel15.0                                      openmpi/1.10.3-pgi16.5                                    plgrid/tools/intel/16.0
 
elk/4.0.15-intel16.0                                      openmpi/1.8.4-gcc4.7.4                                    plgrid/tools/intel/16.0.3.210
 
elpa/2013.11.008-gcc4.9.2                                openmpi/1.8.4-gcc4.9.2                                    plgrid/tools/irods/4.0.3
 
elpa/2015.02.002-gcc4.9.2                                openmpi/1.8.4-gcc5.1.0                                    plgrid/tools/java7/1.7.0_79
 
elpa/2015.02.002-gcc5.1.0                                openmpi/1.8.4-intel13.1                                  plgrid/tools/java8/1.8.0_65
 
espresso/5.4.0-intel16.0                                  openmpi/1.8.4-intel15.0                                  plgrid/tools/make/4.1
 
espresso/5.4.0-yambo-intel16.0                            openmpi/1.8.5-gcc4.9.2                                    plgrid/tools/mercurial/3.7.1
 
espresso/6.2.1                                            openmpi/1.8.8-gcc-x86                                    plgrid/tools/mercurial/3.7.1-gcc4.9.2
 
espresso/6.3(default)                                    openmpi/2.0.1-gcc6.2.0                                    plgrid/tools/ncarg/6.3.0-intel15.0
 
fds-smv/6.3.2-intel15.0                                  openmpi/2.0.1-intel16.0                                  plgrid/tools/nco/4.4.8-intel15.0
 
fds-smv/6.5.1-intel15.0                                  openmpi/2.0.1-intel16.0-i8                                plgrid/tools/nco/4.5.2-intel15.0
 
fds-smv/6.5.3                                            openmpi/2.1.0-gcc6.2.0                                    plgrid/tools/nco/4.6.0-beta05-intel15.0
 
fds-smv/6.5.3_v2-intel16.0.3.210                          openmpi/2.1.0-intel16.0                                  plgrid/tools/netcdf-fortran/4.2-intel13.1
 
fdtd/8.20.1731                                            openmpi/2.1.2-gcc6.2.0                                    plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2
 
fftw/2.1.5-intel15.0                                      openmpi/2.1.3-gcc7.3.0                                    plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1
 
fftw/3.3.4-gcc4.7.4                                      openmpi/3.1.3-gcc7.4.0(default)                          plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0
 
fftw/3.3.4-gcc4.9.2                                      openmpi/3.1.3-intel16.0.3                                plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg
 
fftw/3.3.4-intel15.0                                      openmx/3.8.1-intel16.0                                    plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1
 
fftw/3.3.8-gcc7.4.0                                      openmx/3.8.4                                              plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-gcc6.2.0
 
fftw2/2.1.5                                              orca/2.9.1-intel13.1                                      plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-gcc7.4.0
 
fftw3/3.3.4                                              orca/3.0.3-intel13.1(default)                            plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-intel16.0
 
fftw-mpi/3.3.4-intel15.0                                  orca/4.0.0-intel16.0                                      plgrid/tools/netcdf-fortran/4.4.4-pgi16.5
 
fftw-mpi/3.3.4-intel_mpi_15.0                            orca/4.0.1-intel16.0                                      plgrid/tools/netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2
 
fftw-mpi/3.3.8-gcc7.4.0(default)                          orca/4.1.1-openmpi-3.1.3                                  plgrid/tools/netcdf-python/1.4.2-gcc7.4.0
 
fftw-mvapich2/3.3.4-intel15.0                            pango/1.39.0-gcc4.9.2                                    plgrid/tools/openbabel/2.3.2-gcc4.9.2
 
flex/2.5.39(default)                                      parmetis/4.0.3-intel15.0                                  plgrid/tools/openbabel/2.4.1
 
flexpde/6.3.9                                            pdb2pqr/2.0.0                                            plgrid/tools/openmpi/1.10.0-gcc5.2.0
 
flexpde/6.4.0                                            peacemaker/2.5-gcc6.2.0                                  plgrid/tools/openmpi/1.10.0-intel15.0
 
flexpde/6.50                                              petsc/3.6.3                                              plgrid/tools/openmpi/1.10.1-intel15.0
 
fluent/16.0                                              petsc/3.6.3-intel15.0                                    plgrid/tools/openmpi/1.10.3-gcc6.1.0
 
fluent/16.2                                              petsc/3.7.2-intel16.0                                    plgrid/tools/openmpi/1.10.3-intel16.0
 
fluent/17.2                                              pgi/15.3                                                  plgrid/tools/openmpi/1.10.3-pgi16.5
 
fluent/18.2(default)                                      pgi/16.5                                                  plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc4.7.4
 
fluent/19.0                                              photoscan/1.2.6                                          plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc4.9.2
 
fontconfig/2.11.94-gcc4.9.2                              photoscan/1.4.3                                          plgrid/tools/openmpi/1.8.4-gcc5.1.0
 
for_user/kgawar                                          pixman/0.34.0-gcc4.9.2                                    plgrid/tools/openmpi/1.8.4-intel13.1
 
for_user/pblasiak                                        plgrid/apps/abinit/7.10.4-intel13.1                      plgrid/tools/openmpi/1.8.4-intel15.0
 
freetype/2.6.2-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/abinit/8.0.7-intel15.0                        plgrid/tools/openmpi/1.8.5-gcc4.9.2
 
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0(default)                  plgrid/apps/abinit/8.10.2-intel16.0.3                    plgrid/tools/openmpi/1.8.8-gcc-x86
 
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm                      plgrid/apps/abinit/8.2.2-intel15.0                        plgrid/tools/openmpi/2.0.1-gcc6.2.0
 
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_debug                    plgrid/apps/abinit/8.4.4-intel16.0                        plgrid/tools/openmpi/2.0.1-intel16.0
 
gamess/2017.04.20-R01-intel16.0                          plgrid/apps/abinit/8.8.3-intel16.0                        plgrid/tools/openmpi/2.0.1-intel16.0-i8
 
gaussian/g03.E.01                                        plgrid/apps/adf/2014.01                                  plgrid/tools/openmpi/2.1.0-gcc6.2.0
 
gaussian/g09.B.01                                        plgrid/apps/adf/2014.10                                  plgrid/tools/openmpi/2.1.0-intel16.0
 
gaussian/g09.D.01                                        plgrid/apps/adf/2016.108                                  plgrid/tools/openmpi/2.1.2-gcc6.2.0
 
gaussian/g09.D.01-justa                                  plgrid/apps/adf/2017.105                                  plgrid/tools/openmpi/2.1.3-gcc7.3.0
 
gaussian/g09.E.01(default)                                plgrid/apps/adf/2017.110.r61742.0.718                    plgrid/tools/openmpi/3.1.3-gcc7.4.0
 
gaussian/g16.A.03                                        plgrid/apps/adf/2018.104                                  plgrid/tools/openmpi/3.1.3-intel16.0.3
 
gaussian/g16.B.01                                        plgrid/apps/amber/14-intel15.0                            plgrid/tools/pgi/15.3
 
gcc/4.7.4                                                plgrid/apps/amber/tools18-gcc4.9.2                        plgrid/tools/pgi/16.5
 
gcc/4.9.2                                                plgrid/apps/ansys/18.2                                    plgrid/tools/prcc/15.0
 
gcc/5.1.0                                                plgrid/apps/ansys/19.0                                    plgrid/tools/prcpp/15.0
 
gcc/5.2.0                                                plgrid/apps/aster/12.6.0-gcc4.9.2                        plgrid/tools/prftn/15.0
 
gcc/5.4.0                                                plgrid/apps/autodock/4.2.6                                plgrid/tools/pymol/1.7.6
 
gcc/6.1.0                                                plgrid/apps/autodock_vina/1.1.2                          plgrid/tools/python/2.7.13-gcc6.2.0
 
gcc/6.2.0                                                plgrid/apps/cfour/1.0-gcc5.1.0                            plgrid/tools/python/2.7.15-gcc7.4.0
 
gcc/7.3.0                                                plgrid/apps/cfx/16.0                                      plgrid/tools/python/2.7.15-intel16.0.3
 
gcc/7.4.0(default)                                        plgrid/apps/cfx/16.2                                      plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2
 
gdal/1.11.2-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/cfx/17.2                                      plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-iSpec
 
gdal/1.11.2-intel15.0(default)                            plgrid/apps/cfx/18.2                                      plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-meteo
 
gdal/2.3.1-gcc7.3.0                                      plgrid/apps/cfx/19.0                                      plgrid/tools/python/2.7.8-gcc4.9.2-pyyaml
 
gdk-pixbuf/2.33.2-gcc4.9.2                                plgrid/apps/clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2                  plgrid/tools/python/3.4.4-gcc5.2.0
 
geos/3.4.2-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/clustalw/2.1-intel15.0                        plgrid/tools/python/3.6.2-gcc6.2.0
 
geos/3.4.2-intel15.0(default)                            plgrid/apps/cp2k/2.6.1-gcc4.9.2                          plgrid/tools/python/3.6.8-gcc7.3.0
 
gettext/0.19.7                                            plgrid/apps/cpmd/3.15.3-intel15.0                        plgrid/tools/slepc/3.7.2-intel16.0
 
git/2.7.1                                                plgrid/apps/cpmd/4.1-gcc4.9.2                            plgrid/tools/sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2
 
glib/2.46.2-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/crystal09/2.0.1-intel13.1                    plgrid/tools/sqlite/3.7.17
 
glibc/2.14.1                                              plgrid/apps/crystal09/2.0.1-intel15.0                    plgrid/tools/svn/1.9.3
 
gmp/6.0.0-gcc4.9.2                                        plgrid/apps/dalton/2015-intel13.1                        plgrid/tools/swig/3.0.10-gcc4.9.2
 
gmp/6.1.2-gcc7.4.0(default)                              plgrid/apps/dirac/16.0-gcc4.9.2                          plgrid/tools/szip/2.1.1-gcc7.4.0
 
gnuplot/5.0.5                                            plgrid/apps/dirac/17.0-gcc4.9.2-serial                    plgrid/tools/szip/2.1-gcc4.9.2
 
grace/5.99                                                plgrid/apps/dirac/18.0-gcc7.4.0                          plgrid/tools/szip/2.1-gcc6.2.0
 
grass/6.4.5-intel15.0                                    plgrid/apps/elk/3.3.17-intel15.0                          plgrid/tools/szip/2.1-intel13.1
 
gromacs/2016.3-intel16.0.3.210                            plgrid/apps/elk/4.0.15-intel16.0                          plgrid/tools/szip/2.1-intel15.0
 
gromacs/2016.4.plumed-gcc7.4.0                            plgrid/apps/elpa/2013.11.008-gcc4.9.2                    plgrid/tools/szip/2.1-intel16.0
 
gromacs/2018.4-intel16.0.3.210                            plgrid/apps/elpa/2015.02.002-gcc4.9.2                    plgrid/tools/szip/2.1-pgi15.3
 
gromacs/4.6.7-intel15.0                                  plgrid/apps/elpa/2015.02.002-gcc5.1.0                    plgrid/tools/szip/2.1-pgi16.5
 
gromacs/5.0.4-intel15.0(default)                          plgrid/apps/espresso/5.4.0-intel16.0                      plumed/2.4.beta-gcc7.4.0(default)
 
gromacs/5.1.1-intel15.0                                  plgrid/apps/espresso/5.4.0-yambo-intel16.0                povray/3.7.0-gcc4.9.2
 
gsl/2.2.1-gcc6.2.0                                        plgrid/apps/espresso/6.2.1                                prace/1.0
 
gtk/3.18.7-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/espresso/6.3                                  prcc/15.0
 
harfbuzz/1.1.3-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/fds/6.3.2                                    prcpp/15.0
 
hdf/4.2.11-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/fds/6.5.1                                    prftn/15.0
 
hdf/4.2.11-intel13.1                                      plgrid/apps/fds/6.5.3                                    proj/4.9.1-gcc4.9.2
 
hdf/4.2.11-intel15.0(default)                            plgrid/apps/fluent/16.0                                  proj/4.9.1-intel15.0(default)
 
hdf/4.2.12-gcc6.2.0                                      plgrid/apps/fluent/16.2                                  proj/4.9.3-intel16.0.3.210
 
hdf/4.2.12-intel16.0                                      plgrid/apps/fluent/17.2                                  psi4/0.3-intel15.0
 
hdf/4.2.12-pgi16.5                                        plgrid/apps/fluent/18.2                                  pymol/1.7.6
 
hdf5/1.10.4-gcc7.4.0(default)                            plgrid/apps/fluent/19.0                                  python/2.7.13-gcc6.2.0
 
hdf5/1.8.11-intel13.1                                    plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0              python/2.7.15-gcc7.4.0(default)
 
hdf5/1.8.14                                              plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm          python/2.7.15-intel16.0.3
 
hdf5/1.8.14-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_debug        python/2.7.8-gcc4.9.2
 
hdf5/1.8.14-intel13.1                                    plgrid/apps/gamess/2017.04.20-R01-intel16.0              python/2.7.8-gcc4.9.2-iSpec
 
hdf5/1.8.14-intel15.0                                    plgrid/apps/gaussian/g03.E.01                            python/2.7.8-gcc4.9.2-meteo
 
hdf5/1.8.14-intel15.0dbg                                  plgrid/apps/gaussian/g09.B.01                            python/2.7.8-gcc4.9.2-pyyaml
 
hdf5/1.8.16-intel15.0                                    plgrid/apps/gaussian/g09.D.01                            python/3.4.4-gcc5.2.0
 
hdf5/1.8.17-intel16.0                                    plgrid/apps/gaussian/g09.E.01(default)                    python/3.6.2-gcc6.2.0
 
hdf5/1.8.17-pgi16.5                                      plgrid/apps/gaussian/g16.A.03                            python/3.6.8-gcc7.3.0
 
hdf5/1.8.18-gcc6.2.0                                      plgrid/apps/grace/5.99                                    qd/2.3.17-gcc4.9.2
 
hydra/3.1.4(default)                                      plgrid/apps/grass/6.4.5-intel15.0                        qd/2.3.17-intel15.0
 
hypre/2.10.1-intel15.0                                    plgrid/apps/gromacs/2016.3-intel16.0.3.210                r/3.1.3-gcc4.9.2
 
impi/5.0.2.044(default)                                  plgrid/apps/gromacs/2016.4.plumed-gcc7.4.0                r/3.1.3-intel15.0
 
intel/12.1                                                plgrid/apps/gromacs/2018.4-intel16.0.3.210                r/3.2.3-intel15.0(default)
 
intel/13.1                                                plgrid/apps/gromacs/4.6.7-intel15.0                      rasdaman/9.0.5-intel15.0(default)
 
intel/15.0(default)                                      plgrid/apps/gromacs/5.0.4-intel15.0                      raspa/2.0-gcc6.2.0
 
intel/16.0                                                plgrid/apps/gromacs/5.1.1-intel15.0                      scalapack/2.0.2
 
intel/16.0.3.210                                          plgrid/apps/hypre/2.10.1-intel15.0                        scalapack/2.0.2-gcc4.9.2
 
ispec/20161118                                            plgrid/apps/ispec/20161118                                scalapack/2.0.2-intel15.0
 
jags/3.4.0-intel15.0(default)                            plgrid/apps/lammps/20141209-intel15.0                    siesta/3.2-intel16.0
 
jags/4.0.1-intel15.0                                      plgrid/apps/lammps/20160514-intel15.0                    siesta/4.0.2-intel16.0
 
jasper/1.900.1-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/lammps/20170331-intel16.0                    siesta/4.0-intel16.0(default)
 
jasper/1.900.1-intel15.0(default)                        plgrid/apps/lammps/20180316-intel16.0                    slepc/3.7.2-intel16.0
 
jasper/1.900.1-intel16.0                                  plgrid/apps/matlab/R2014b                                spark/1.5.0
 
jasper/1.900.1-pgi16.5                                    plgrid/apps/matlab/R2015a                                spark/1.5.2
 
jdk7/1.7.0_79(default)                                    plgrid/apps/matlab/R2015b                                spark/1.6.1
 
jdk8/1.8.0_121                                            plgrid/apps/matlab/R2016a                                spark/2.0.0
 
jdk8/1.8.0_172                                            plgrid/apps/matlab/R2017b                                sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2
 
jdk8/1.8.0_65(default)                                    plgrid/apps/molden/5.2-gcc4.9.2                          sqlite/3.7.17
 
kim-api/1.7.3-intel16.0                                  plgrid/apps/molden/5.7-gcc6.2.0                          svn/1.9.3
 
lammps/20141209-intel15.0(default)                        plgrid/apps/molpro/2010.1.80-intel16.0                    swig/3.0.10-gcc4.9.2
 
lammps/20160514-intel15.0                                plgrid/apps/molpro/2012.1.12-intel13.1                    szip/2.1.1-gcc7.4.0(default)
 
lammps/20170331-intel16.0                                plgrid/apps/molpro/2012.1.57-intel13.1                    szip/2.1-gcc4.9.2
 
lammps/20180316-intel16.0                                plgrid/apps/mopac/2016                                    szip/2.1-gcc6.2.0
 
lapack/3.6.0                                              plgrid/apps/mpc/1.0.3-gcc4.9.2                            szip/2.1-intel13.1
 
lapack/3.6.0-gcc4.9.2                                    plgrid/apps/mpc/1.1.0-gcc7.4.0                            szip/2.1-intel15.0
 
lapack/3.6.0-intel15.0                                    plgrid/apps/namd/2.11-intel15.0                          szip/2.1-intel16.0
 
libepoxy/1.3.1-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/namd/2.13-intel16.0                          szip/2.1-pgi15.3
 
libint/1.1.4-gcc4.9.2                                    plgrid/apps/namd/2.7-intel15.0                            szip/2.1-pgi16.5
 
libint/1.1.4-intel15.0                                    plgrid/apps/namd/2.9-intel15.0                            texinfo/6.5-gcc7.4.0
 
libint/2.0.3-gcc4.9.2                                    plgrid/apps/nciplot/3.0-intel15.0                        topmod09-intel15.0
 
libint/2.0.3-intel15.0(default)                          plgrid/apps/nlopt/2.4.2-intel15.0                        turbomole/5.10
 
libint/2.0.3-intel16.0                                    plgrid/apps/nwchem/6.5.26243-intel15.0                    turbomole/6.3
 
libsigc++/2.6.2-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/nwchem/6.5-intel15.0                          turbomole/6.6(default)
 
libxc/2.2.2-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/nwchem/6.8-intel15.0                          turbomole/7.0
 
libxc/2.2.2-intel15.0(default)                            plgrid/apps/openfoam/2.1.1-gcc4.7.4                      turbomole/7.1.1
 
libxc/3.0.0-intel16.0.3.210                              plgrid/apps/openfoam/v1612+-gcc5.2.0                      turbomole/7.3
 
llvm/3.3.0-gcc4.9.2                                      plgrid/apps/openmx/3.8.1-intel16.0                        udunits/2.2.19-gcc4.9.2
 
llvm/3.6.1-gcc4.9.2(default)                              plgrid/apps/openmx/3.8.4                                  udunits/2.2.19-intel13.1
 
m4/1.4.18                                                plgrid/apps/orca/2.9.1-intel13.1                          udunits/2.2.19-intel15.0(default)
 
make/4.1                                                  plgrid/apps/orca/3.0.3-intel13.1                          udunits/2.2.19-intel16.0
 
mathematica/10.0                                          plgrid/apps/orca/4.0.0-intel16.0                          udunits/2.2.19-pgi15.3
 
mathematica/10.1(default)                                plgrid/apps/orca/4.0.1-intel16.0                          udunits/2.2.19-pgi16.5
 
matlab/R2013a_pwr                                        plgrid/apps/orca/4.1.1-openmpi-3.1.3                      udunits/2.2.20-gcc6.2.0
 
matlab/R2014b                                            plgrid/apps/parmetis/4.0.3-intel15.0                      vasp/5.4.1-24Jun15-intel16.0
 
matlab/R2014b_pwr                                        plgrid/apps/peacemaker/2.5-gcc6.2.0                      vasp/5.4.1-intel15.0
 
matlab/R2015a                                            plgrid/apps/povray/3.7.0-gcc4.9.2                        vasp/5.4.4-gcc4.9.2
 
matlab/R2015b(default)                                    plgrid/apps/psi4/0.3-intel15.0                            vasp/5.4.4-intel16.0(default)
 
matlab/R2016a                                            plgrid/apps/qd/2.3.17-gcc4.9.2                            vasp/5.4.4-optics
 
matlab/R2017b                                            plgrid/apps/qd/2.3.17-intel15.0                          vasp/5.4.4-vtst
 
matlab/R2017b_pwr                                        plgrid/apps/r/3.1.3-gcc4.9.2                              vmd/1.9.3-gcc6.2.0
 
mercurial/3.7.1                                          plgrid/apps/r/3.1.3-intel15.0                            xaim/1.0
 
mercurial/3.7.1-gcc4.9.2                                  plgrid/apps/r/3.2.3-intel15.0                            xcrysden/1.5.60
 
mkl/10.3                                                  plgrid/apps/raspa/2.0-gcc6.2.0
 
mkl/13.1                                                  plgrid/apps/siesta/3.2-intel16.0</pre>
 
  
 
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
 
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]
 +
 
  $ module load intel/12.1
 
  $ module load intel/12.1
  binutils/2.25 load complete.
+
binutils/2.25 load complete.
  intel/12.1 load complete.
+
intel/12.1 load complete.
 +
 +
Loading intel/12.1
 +
  Loading requirement: binutils/2.25
 +
 
 
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
 
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły
 
  $ module list
 
  $ module list
 
  Currently Loaded Modulefiles:
 
  Currently Loaded Modulefiles:
   1) binutils/2.25(default)   2) intel/12.1      
+
   1) binutils/2.25  2) intel/12.1
 +
 +
Key:
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auto-loaded  default-version
 +
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Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.
 +
   
 
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
 
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł
 
  $ module rm binutils
 
  $ module rm binutils
Linia 259: Linia 43:
 
   1) intel/12.1       
 
   1) intel/12.1       
 
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły
 
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły
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=== Nowe moduły [4.7] ===
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Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021.
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==== Co zmieniają nowe moduły ====
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Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele.
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Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:
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* dużo szybsze działanie programu
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* jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)
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* nowy bardziej szczegółowy help
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* program jest bardziej ''gadatliwy'' informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem
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* domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)
 +
* module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez
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* pokolorowany output
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Listę zmian można zobaczyć na stronie:
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https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html
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lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/
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==== Nowe argumenty polecenia module ====
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{{uwaga2|Zostaną dopisane. Polecamy wykonać `module --help`}}
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==== Zaobserowane wady/zalety nowych modułów ====
 +
Brak zgłoszonych uwag.
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[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 11:12, 4 maj 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów

Moduły - wersja domyślna

Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np.gaussian/g09.E.01 . Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

Polecenie:

  • module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
# wylistuj wszystkie dostępne moduly
module avail
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona:
module avail Python
# wylistuj dostępne moduły zawężając wyniki do Pythona ignorując rozmiar znaków:
module avail -i python
  • module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/12.1
binutils/2.25 load complete.
intel/12.1 load complete.

Loading intel/12.1
  Loading requirement: binutils/2.25
  • module list - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) binutils/2.25   2) intel/12.1  

Key:
auto-loaded  default-version 

Key oznacza klucz wg którego rozróżniane są moduły, w powyższym przykładzie moduł binutils jest oznaczony jako moduł "auto-loaded" czyli załadowany jako zależność a moduł intel jest jako "default-version" czyli ten o który docelowo nam chodziło wykonując polecenie `modue load`.

  • module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł
$ module rm binutils
binutils/2.25 unload complete
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel/12.1       
  • module purge - usuwa wszystkie moduły

Nowe moduły [4.7]

Nowe moduły zostały wprowadzone jako domyślne w dniu 04.05.2021.

Co zmieniają nowe moduły

Zmiana z wersji 3.2 (obecna) na 4.7 jest przeskokiem o kilka generacji programu i w związku z tym zmian jest bardzo wiele. Najbardziej zauważalne z punktu widzenia użytkownika to:

  • dużo szybsze działanie programu
  • jeżeli wynik polecenia nie mieści się na ekranie terminala jest przekierowywany do pagera (less)
  • nowy bardziej szczegółowy help
  • program jest bardziej gadatliwy informuje np. jakie zależności załadował z głównym modułem
  • domyślny moduł jest podkreślony (po wywołaniu komendy `module avail`)
  • module list pokazuje załadowane zależności w z tłem a moduł docelowy bez
  • pokolorowany output

Listę zmian można zobaczyć na stronie: https://modules.readthedocs.io/en/latest/MIGRATING.html lub tu: https://github.com/cea-hpc/modules/releases/

Nowe argumenty polecenia module

Zaobserowane wady/zalety nowych modułów

Brak zgłoszonych uwag.