Molden: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 9 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden </small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden </small>
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}
+
 
 +
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.2 }}
 +
 
 
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.
 
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.
  
Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:
+
;Główne zastosowania:
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]
+
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
# wstawić graficzne zadanie interaktywne  
+
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre>
+
* Animacja ścieżki reakcji.
# załadować moduł molden
+
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.
#:<pre>$ module load molden</pre>
+
 
# uruchomić program poleceniem molden
+
;Uruchomienie programu Molden:
#:<pre>$ molden</pre>
+
 
 +
* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja]
 +
*Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
 +
> molden
 +
 
 +
 
 +
;Praca interaktywna:
 +
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
 +
 
 +
> '''qsub -I -X''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software Molden/5.2
 +
 
 +
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 +
> '''module load molden''' (dla wersji domyślnej)
 +
> molden/5.2-gcc4.9.2
 +
 
 +
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
 +
> molden
 +
 
 +
;Informacje o wykorzystaniu
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
;Molden w sieci
 
;Molden w sieci

Aktualna wersja na dzień 15:06, 23 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molden

Molden
Molden.gif
Serwer Wersja
Bem 5.2
Kontakt
kdm@wcss.pl


Molden - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

Główne zastosowania
  • Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
  • Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
  • Animacja ścieżki reakcji.
  • Zaawansowany edytor Z-Matrix.
Uruchomienie programu Molden
  • Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine Instrukcja
  • Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> molden


Praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software Molden/5.2

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load molden (dla wersji domyślnej)
> molden/5.2-gcc4.9.2

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:

> molden
Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Molden w sieci

Zobacz też : oprogramowanie KDM