NWChem: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 24: Linia 24:
 
<pre>
 
<pre>
 
start n2
 
start n2
title; nitrogen
+
title nitrogen
 
memory total 16 mb
 
memory total 16 mb
 
geometry units angstrom
 
geometry units angstrom

Wersja z 13:09, 4 mar 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Korzystanie z pakietu w WCSS

Obecnie zainstalowaną wersją pakietu NWChem jest ver. 5.1, skompilowana przy użyciu Global Arrays toolkit ver 4.1b.

Obliczenia uruchamia się poleceniem:

> sub-nwchem plik_danych.nw kolejka liczba_procesorow pamięc-w-MB

gdzie:

  • plik_danych.inp - plik z danymi programu
  • kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
  • liczba_procesorow - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, jeśli parametr ten jest podany, jego wartość powinna być wielokrotnością 4.
  • pamiec-w-MB - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.

Przykład uruchomienia (kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe, z pamięcią 7 GB):

> sub-nwchem test.nw parallel 4 7000
Plik wejściowy

Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem. Uruchomione zostaną obliczenia RHF/3-21G dla N2.

start n2
title nitrogen
memory total 16 mb
geometry units angstrom
  n 0.0 0.0 0.0
  n 0.0 0.0 1.1
end
basis
  n library 3-21G
end
task scf

Jeżeli plik wejściowy ma nazwę n2.nw, obliczenia zleci się poleceniem:

> sub-nwchem n2.nw parallel 4 200

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM