OpenBabel: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
==Open Babel.==
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < OpenBabel</small>
  
Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą:
+
'''OpenBabel''' - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia:
 
#babel
 
#babel
 
#obchiral
 
#obchiral
Linia 17: Linia 17:
  
 
'''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki
 
'''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki
obchiral filename  
+
  obchiral filename  
  
 
'''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery
 
'''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery
obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename  
+
  obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename  
  
 
'''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki
 
'''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki
Linia 26: Linia 26:
  
 
'''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS
 
'''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS
obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
+
  obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
  
 
'''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.
 
'''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.
obgen filename  
+
  obgen filename  
  
 
'''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych
 
'''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych
obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename  
+
  obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename  
  
 
'''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły
 
'''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły
obminimize [OPTIONS] filename  
+
  obminimize [OPTIONS] filename  
  
'''Obprobe''' -  
+
'''Obprobe''' - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego [[MMFF94]].
 +
  obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename
 +
 +
'''Obprop''' - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.)
 +
 
 +
przykładowy output 
 +
  name [''Name'']
 +
  formula [''Formula'']
 +
  mol_weight [''Molecular Weight'']
 +
  exact_mass [''Isotopic Mass'']
 +
  canonical_SMILES [''String'']
 +
  num_atoms [''Number'']
 +
  num_bonds [''Number'']
 +
  num_residues [''Number'']
 +
  sequence [''Residue Sequence'']
 +
  num_rings [''Number of Rings'' ''(by SSSR)'']
 +
  logP [''Number'' ''(octanol-water partition)'']
 +
  PSA [''Number ''(topological polar surface area)'']
 +
  MR [''Number'' ''(molar refractivity)'']
  
 
'''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów
 
'''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów
obrotamer filename
+
  obrotamer filename
  
 
'''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych.
 
'''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych.
W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły.
+
W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły.
obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
+
  obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
 +
 
 +
=== Dokumentacja ===
 +
# Opis wg [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel].
  
  
Opis wg. [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel]
+
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]

Aktualna wersja na dzień 14:09, 2 wrz 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < OpenBabel

OpenBabel - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia:

  1. babel
  2. obchiral
  3. obconformer
  4. obenergy
  5. obfit
  6. obgen
  7. obgrep
  8. obminimize
  9. obprobe
  10. obrotamer
  11. obrotate

Babel - konwerter plików, lista formatów

Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki

  obchiral filename 

Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery

  obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename 

Obenergy- oblicza energię cząsteczki

  obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename] 

Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS

  obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.

  obgen filename 

Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych

  obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename 

Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły

  obminimize [OPTIONS] filename 

Obprobe - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego MMFF94.

  obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename

Obprop - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.)

przykładowy output

  name [Name]
  formula [Formula]
  mol_weight [Molecular Weight]
  exact_mass [Isotopic Mass]
  canonical_SMILES [String]
  num_atoms [Number]
  num_bonds [Number]
  num_residues [Number]
  sequence [Residue Sequence]
  num_rings [Number of Rings (by SSSR)]
  logP [Number (octanol-water partition)]
  PSA [Number (topological polar surface area)]
  MR [Number (molar refractivity)]

Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów

  obrotamer filename

Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły.

  obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle

Dokumentacja

  1. Opis wg podręcznika OpenBabel.