VMD-J
VMD (Visual Molecular Dynamics) jest darmowym programem zaprojektowanym na potrzeby wizualizacji dynamiki i analizy biocząstek oraz układów biologicznych o rozbudowanej strukturze(kwasy nukleinowe, błony lipidowe, białka itp.). Program wyposażony jest w narzędzia do zaawansowanego zarządzania sposobem wizualizacji i renderowania biomolekuł w bardzo wysokiej jakości. VMD pozwala na tworzenie skomplikowanych animacji i analizę zachowań animowanych układów. Formaty plików obsługiwane przez program znaleźć można na stronie dystrybutora oprogramowania Wpierane formaty plików.