ProtoMol

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

ProtoMol - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald) i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (timesteps), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.

Nowości w v. 3.0

• Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
• Wsparcie dla Pythona, CNMA.

Cechy główne

• Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
• Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
• Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (incremental parallelism) wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
• Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
  • Enwald summation, o złożoności obliczeniowej O(N^3/2),
  • Particle Mesh Ewald, o złożoności obliczeniowej O(N log N),
  • Multi-grid method, o złożoności obliczeniowej O(N);
• Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
• Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10⁶;
• Wparcie dla platform:
  • Sun/Solaris,
  • AIX (MPI),
  • HP-UX (MPI),
  • IRIX (MPI),
  • Linux (MPIch lub LAMMPI),
  • Windows.

ProtoMol w WCSS

ProtoMol v. 2.1.1 zainstalowany jest na klastrze Nova w wersji równoległej z wykorzystaniem bibliotek MVAPICH 1.0.1.

Dokumentacja

1. Opis wg strony domowej ProtoMol.
2. Dokumentacja pakietu on-line.