Amber
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Amber
| Amber | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | AmberTools18 Amber14 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
Licencja
- Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
- AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
- Amber 14 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 14 License Agreement", przy czym biblioteka "ncsu-rmsd.f" jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Funkcjonalności
W skład Amber 14 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu Amber14, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
- pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu
sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU. - nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
- antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
- ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.
Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:
- NAB
- antechamber i MCPB
- tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
- sqm
- pbsa
- 3D-RISM
- ptraj i cpptraj
- MMPBSA.py i amberlite
Korzystanie w WCSS
Amber 14 dostępny jest na klastrze bem w katalogu /usr/local/amber/intel-15.0/14/ w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
Praca w trybie interaktywnym
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:
> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Amber
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load amber/14-intel15.0
Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład:
#!/bin/bash module load amber CURDIR=`pwd` mkdir $TMPDIR/katalog-zadania cd $TMPDIR/katalog-zadania cp $CURDIR/* . # wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł $SANDER_RUN [opcje] cd $TMPDIR tar cvf $TMPDIR/katalog-zadania.tar $TMPDIR/katalog-zadania cp $TMPDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania
Nadać skryptowi prawa wykonywania:
> chmod +x amber.sh
Wstawić skrypt do kolejki PBS:
> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh
Obliczenia równoległe:
> qsub -N amber_01 --q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|