Hmmer: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | == | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> |
| + | {{zasobytab|logo= [[Plik:Hmmer-logo.jpg]]|serwery=[[Nova]]}} | ||
| + | '''HMMER''' - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa. | ||
| − | HMMR | + | W porównaniu do BLAST (''Basic Local Alignment Search Tool''), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (''alligment score''), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym. |
| − | + | Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST. | |
| − | + | HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3. | |
| − | Opis wg | + | === HMMER w WCSS === |
| + | HMMER zainstalowany jest na klastrze [[Nova]] w wersji 2.3.2 i 3.0. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MVAPICH 1.0.1. | ||
| + | |||
| + | Polecenia programu dostępne są w lokalizacjach: | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | nova> ls /usr/local/hmmer-3.0/bin/ | ||
| + | |||
| + | hmmalign* hmmbuild* hmmconvert* hmmemit* | ||
| + | hmmfetch* hmmpress* hmmscan* hmmsearch* | ||
| + | hmmsim* hmmstat* jackhmmer* phmmer* | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | nova> ls /usr/local/hmmer-2.3.2/bin/ | ||
| + | hmmalign* hmmbuild* hmmcalibrate* hmmconvert* | ||
| + | hmmemit* hmmfetch* hmmindex* hmmpfam* hmmsearch* | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | === Dokumentacja === | ||
| + | # Opis wg [http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER]. | ||
| + | # [[:Plik:Hmmer3.0 userguide.pdf|Podręcznik użytkownika v.3.0 (PDF)]]. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | {{oprogramowanie}} | ||
| + | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Wersja z 10:58, 5 sie 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ||
|
HMMER - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.
W porównaniu do BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.
Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST.
HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3.
HMMER w WCSS
HMMER zainstalowany jest na klastrze Nova w wersji 2.3.2 i 3.0. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MVAPICH 1.0.1.
Polecenia programu dostępne są w lokalizacjach:
nova> ls /usr/local/hmmer-3.0/bin/ hmmalign* hmmbuild* hmmconvert* hmmemit* hmmfetch* hmmpress* hmmscan* hmmsearch* hmmsim* hmmstat* jackhmmer* phmmer*
nova> ls /usr/local/hmmer-2.3.2/bin/ hmmalign* hmmbuild* hmmcalibrate* hmmconvert* hmmemit* hmmfetch* hmmindex* hmmpfam* hmmsearch*
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|