Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 30: Linia 30:
 
  nova> module load gromacs
 
  nova> module load gromacs
  
−
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>gromacs, grompp</code> i <code>mdrun</code> aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).
+
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).
  
 
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
 
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
Linia 37: Linia 37:
 
  nova> module load gromacs/4.0.7-s
 
  nova> module load gromacs/4.0.7-s
 
  nova> module load gromacs/4.0.7-d
 
  nova> module load gromacs/4.0.7-d
 +
 +
;Przykładowy skrypt gmx.pbs
 +
 +
#!/bin/bash
 +
#PBS -q normal
 +
#PBS -l nodes=1:ppn=4
 +
#PBS -l mem=7200MB
 +
#PBS -N gmx_test1
 +
 +
# Zaladuj modul gromacs
 +
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 +
module load gromacs/4.0.7-d
 +
 +
# Przejdz do katalogu domowego z plikami wejsciowymi zadania
 +
cd /home/$USER/gmx_test1/
 +
export DIR=`pwd`
 +
 +
# Utworz katalog tymczasowy, przekopiuj pliki wejsciowe
 +
export SCR=$SCRDIR/gmx-$PBS_JOBID
 +
mkdir -p $SCR
 +
cp gmx_test1/* $SCR
 +
cd $SCR
 +
 +
# Uruchom przetwarzanie grompp
 +
'''$GROMPP [opcje]'''
 +
 +
# Uruchom obliczenia mdrun
 +
'''$MDRUN -v -s test1.tpr -o test1.trr > test1.log 2>&1'''
 +
 +
#przekopiuj wyniki do katalogu domowego
 +
cd $DIR
 +
cp -r $SCR . && rm -rf $SCR
 +
 +
 +
Uruchomienie skryptu w kolejce:
 +
 +
nova> qsub gmx.pbs
 +
  
 
;Gromacs w sieci
 
;Gromacs w sieci

Wersja z 12:29, 22 lut 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Gromacs.jpg
Zasoby
Nova

Gromacs - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.


Gromacs w WCSS

Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.

Na klastrze Nova dostępne są dwie wersje Gromacs-a 4.0.7 i 4.5.1. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH) i sieci InfiniBand.

Programy znajdują się w katalogach: 

/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji

/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji

Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.

Inicjalizacja środowiska w powłoce bash: 

nova> source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
nova> module load gromacs

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).

Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń: 

nova> module load gromacs/4.5.1-s
nova> module load gromacs/4.5.1-d
nova> module load gromacs/4.0.7-s
nova> module load gromacs/4.0.7-d
Przykładowy skrypt gmx.pbs
#!/bin/bash
#PBS -q normal
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l mem=7200MB
#PBS -N gmx_test1

# Zaladuj modul gromacs
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load gromacs/4.0.7-d

# Przejdz do katalogu domowego z plikami wejsciowymi zadania
cd /home/$USER/gmx_test1/
export DIR=`pwd`

# Utworz katalog tymczasowy, przekopiuj pliki wejsciowe 
export SCR=$SCRDIR/gmx-$PBS_JOBID
mkdir -p $SCR
cp gmx_test1/* $SCR
cd $SCR

# Uruchom przetwarzanie grompp
$GROMPP [opcje]

# Uruchom obliczenia mdrun
$MDRUN -v -s test1.tpr -o test1.trr > test1.log 2>&1

#przekopiuj wyniki do katalogu domowego
cd $DIR
cp -r $SCR . && rm -rf $SCR


Uruchomienie skryptu w kolejce: 

nova> qsub gmx.pbs


Gromacs w sieci


Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Gromacs&oldid=1517”