ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.4.3-seq|wersja2=6.6.3}}
 
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.4.3-seq|wersja2=6.6.3}}
−
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
+
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
Linia 24: Linia 24:
  
 
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
−
  > sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
+
  > '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
Linia 34: Linia 34:
  
 
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
−
  > sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
+
  > '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
 
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
 
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
 +
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 +
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 +
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
 +
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
 +
 +
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
 +
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
 +
 +
Gdzie:
 +
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
 
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;

Wersja z 14:25, 30 cze 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ABINIT
Serwer Wersja
Nova 6.4.3-seq
6.6.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:

  • 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
  • 6.6.3 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji): 

> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu): 

> abinit
Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie: 

> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie parallel;
  • liczba_procesorow - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
  • wielkosc pamieci per CPU w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie: 

> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:

  • Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
  • wielkosc pamieci per CPU w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie: 

> sub-optic plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:

  • Program uruchamiany jest na 1 CPU;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
  • wielkosc pamieci per CPU w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Uwagi

Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ABINIT&oldid=1943”