MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 36: | Linia 36: | ||
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w te sposób,że stanowi ok.83% zadeklarowanej wartości w | Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w te sposób,że stanowi ok.83% zadeklarowanej wartości w | ||
systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. | systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. | ||
| − | Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci | + | Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modfikuje MOLCASMEM. |
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 11:04, 13 lip 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| 120px | ||
|
Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
Licencja
WCSS posiada licencję na pakiet w wersji 6 i 7.
Korzystanie w WCSS
Na klastrze Nova dostępna jest wersja 7.4 (sekwenycjna) oraz, na serwerze Leo wersja 6.4 oraz 7.0 (równoległe).
Na klastrze SuperNova uruchomiona została zrónoleglona wersja MOLCAS-a 7.6 (patch 0.74).
- Uruchamianie na Leo
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu sub-molcas (dla wersji 6: sub-molcas64):
> sub-molcas <plik_danych.inp> [kolejka] [liczba procesorów]
Jeśli zachodzi potrzeba zwiększenia przydzielonej pamięci (domyślnie 256MB), to wcześniej należy ustawić zmienną MOLCASMEM na wymaganą liczbę megabajtów, np. dla powłoki bash:
> export MOLCASMEM=2000 > sub-molcas dane1.inp
- Uruchamianie na Nova
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu sub-molcas
> sub-molcas <plik_danych.inp> <kolejka> <pamięć w MB>
- Uruchamianie na SuperNova
Zadanie wstawiamy skryptem sub-MOLCAS76.
> sub-MOLCAS76 plik.inp liczba_rdzeni liczba_wezlow pamiec_w_MB_per_rdzen kolejka plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
Uwagi.
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w te sposób,że stanowi ok.83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modfikuje MOLCASMEM.
Dokumentacja
- Molcas w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|