AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 3: | Linia 3: | ||
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. | ||
Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie | Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie | ||
| − | możliwości zrównoleglenia | + | możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości |
uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | ||
Wersja z 13:38, 8 sie 2011
AutoDock Vina
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
[ilustracje]
Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). -przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) -przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
-AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
Interpretacja wyników w PyMOL.
Po szczegóły odsyłam na stronę projektu oraz do publikacji: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.