AutoDock Vina

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).

Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.

Przepływ danych

Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

• Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
  • przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
  • przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)

• Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
  • AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem sub-autodock_vina

• Interpretacja wyników w PyMOL, ADT lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.

Korzystanie w WCSS

Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.

sub-autodock_vina 
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]

Przyklad pliku konfiguracyjnego

receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania 
center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
exhaustiveness = 16 # ilość iteracji

Licencja

Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Linki zewnętrzne

• Strona domowa programu Autodock Vina