AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 9: | Linia 9: | ||
{| | {| | ||
| − | | [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb|upright|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).]] | + | | [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb|upright=2|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).*]] |
| − | | [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina]] | + | | [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina *]] |
|} | |} | ||
| Linia 33: | Linia 33: | ||
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł. | W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł. | ||
| + | \* Za"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, | ||
| + | efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461" | ||
Wersja z 14:38, 8 sie 2011
AutoDock Vina
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
[ilustracje]
Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
- przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
- przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
- AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
Interpretacja wyników w PyMOL.
Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w : "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł. \* Za"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"