MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami
m (→Korzystanie w WCSS: w) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:molcas.jpg|120px]]|serwer2=[[Leo]] |wersja21=6.4|wersja22=7.0|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6}} |
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | '''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | ||
| Linia 7: | Linia 7: | ||
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
| − | Na klastrze [[ | + | Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' (sekwencyjna i równoległa) oraz, na serwerze [[Leo]] wersja '''6.4''' oraz '''7.0''' (równoległe). |
| − | |||
| − | |||
;Uruchamianie na Leo | ;Uruchamianie na Leo | ||
| Linia 21: | Linia 19: | ||
$ sub-molcas dane1.inp | $ sub-molcas dane1.inp | ||
| − | ;Uruchamianie na | + | ;Uruchamianie na Supernova |
| − | + | Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas76'''. | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | Zadanie wstawiamy skryptem '''sub- | ||
| − | $ sub- | + | $ sub-molcas76 plik.inp liczba_wezlow liczba_rdzeni_per_wezel pamiec_w_MB_per_wezel kolejka |
| − | plik.inp - plik z danymi | + | plik.inp - plik z danymi wejściowymi, wyniki w plik.log |
Uwagi. | Uwagi. | ||
| − | Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w | + | Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modyfikuje MOLCASMEM. |
| − | systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. | ||
| − | Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 11:21, 4 maj 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Molcas | |
|---|---|
| 120px | |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 7.6 |
| Leo | 6.4 7.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
Licencja
WCSS posiada licencję na pakiet w wersji 6 i 7.
Korzystanie w WCSS
Na klastrze Supernova dostępna jest wersja 7.6 (sekwencyjna i równoległa) oraz, na serwerze Leo wersja 6.4 oraz 7.0 (równoległe).
- Uruchamianie na Leo
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu sub-molcas (dla wersji 6: sub-molcas64):
$ sub-molcas plik_danych.inp [kolejka] [liczba procesorów]
Jeśli zachodzi potrzeba zwiększenia przydzielonej pamięci (domyślnie 256MB), to wcześniej należy ustawić zmienną MOLCASMEM na wymaganą liczbę megabajtów, np. dla powłoki bash:
$ export MOLCASMEM=2000 $ sub-molcas dane1.inp
- Uruchamianie na Supernova
Zadanie wstawiamy skryptem sub-molcas76.
$ sub-molcas76 plik.inp liczba_wezlow liczba_rdzeni_per_wezel pamiec_w_MB_per_wezel kolejka plik.inp - plik z danymi wejściowymi, wyniki w plik.log
Uwagi.
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modyfikuje MOLCASMEM.
Dokumentacja
- Molcas w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|