Cerius2: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < Cerius2 </small> |
| − | {{aplikacja|nazwa=Cerius<sup>2</sup>|serwer=[[Tezro]]|wersja=4.10 }} | + | {{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=Cerius<sup>2</sup>|serwer=[[Tezro]]|wersja=4.10 |kontakt=admin@kdm.wcss.wroc.pl}} |
'''Cerius<sup>2</sup>''' - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]], obecnie funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie tej firmy: [[Materials Studio]]. Razem z pakietem [[Insight II]] przeznaczony był do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składa się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Pakiet dostępny jest tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]]. | '''Cerius<sup>2</sup>''' - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy [[Accelrys]], obecnie funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie tej firmy: [[Materials Studio]]. Razem z pakietem [[Insight II]] przeznaczony był do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składa się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Pakiet dostępny jest tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej [[Przekierowanie wyświetlania|via X11]]. | ||
| − | + | == Licencja == | |
Funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys [[Materials Studio]]. W związku z tym, część modułów Cerius2 została wycofana ze sprzedaży i nie jest już dłużej dostępna z interfejsu, są to: C2.GULP i C2.Sorption. Brak licencji na te moduły powoduje, że polecenia w menu, które je uruchamiają, są nieaktywne. | Funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys [[Materials Studio]]. W związku z tym, część modułów Cerius2 została wycofana ze sprzedaży i nie jest już dłużej dostępna z interfejsu, są to: C2.GULP i C2.Sorption. Brak licencji na te moduły powoduje, że polecenia w menu, które je uruchamiają, są nieaktywne. | ||
| − | ====Uruchamianie aplikacji | + | === Informacje o wykorzystaniu === |
| − | Cerius2 uruchamia się w trybie interaktywnym poleceniem: | + | {{Podziękowanie_WCSS}} |
| + | |||
| + | == Uruchamianie aplikacji == | ||
| + | Cerius2 dostępny jest na [[Tezro]] i uruchamia się go w trybie interaktywnym poleceniem: | ||
> '''cerius2''' | > '''cerius2''' | ||
| − | + | Uruchomiony zostanie interfejs graficzny - należy przygotować dane i wygenerować skrypt, który następnie należy wstawić do systemu kolejkowania [[PBS]]. | |
| − | + | == Dokumentacja == | |
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. | Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. | ||
Wersja z 12:44, 17 lip 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Cerius2
| Cerius2 | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Tezro | 4.10 |
| Kontakt | |
| admin@kdm.wcss.wroc.pl | |
Cerius2 - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys, obecnie funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie tej firmy: Materials Studio. Razem z pakietem Insight II przeznaczony był do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składa się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Pakiet dostępny jest tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej via X11.
Licencja
Funkcjonalności materiałowe produktu Cerius2 rozwijane są w nowym pakiecie firmy Accelrys Materials Studio. W związku z tym, część modułów Cerius2 została wycofana ze sprzedaży i nie jest już dłużej dostępna z interfejsu, są to: C2.GULP i C2.Sorption. Brak licencji na te moduły powoduje, że polecenia w menu, które je uruchamiają, są nieaktywne.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Uruchamianie aplikacji
Cerius2 dostępny jest na Tezro i uruchamia się go w trybie interaktywnym poleceniem:
> cerius2
Uruchomiony zostanie interfejs graficzny - należy przygotować dane i wygenerować skrypt, który następnie należy wstawić do systemu kolejkowania PBS.
Dokumentacja
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.
Cerius2 w sieci:
- Cerius2 - strona niedostępna, produkt został wycofany ze sprzedaży.
Zobacz też : Licencja i żetony
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|