Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 06:12, 25 wrz 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Molpro
Plik:molpro.png
Serwer	Wersja
Supernova	2010.1 2009.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

pełny zakres metod ab initio
moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Molpro 2009.1

system obliczeniowy: Supernova

Program można uruchomić bezpośrednio po wgraniu odpowiedniego modułu:

module load molpro/2009.1

Następnie można wywoływać Molpro 2009.1 w taki sam sposób jak Molpro 2006.1:

molpro [opcje] plik.inp

Zadania do kolejki wstawia się wywołując

sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2010.1

system obliczeniowy: Supernova

Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując:

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując:

sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
-{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:molpro.png]]|serwer2=[[Leo]]|wersja21=2006.1|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.1|wersja2=2009.1}}
+{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.1|wersja2=2009.1}}
 '''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
@@ Linia 14: / Linia 14: @@
 == MOLPRO w WCSS ==
-=== Molpro 2006.1 ===
-* system obliczeniowy [[Leo]]
-;Uruchamianie aplikacji
-Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):
- molpro [opcje] plik.inp
-Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji <code>-o</code>. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia, a rezultaty generuje na standardowe wyjście.
-Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach <code>./molpro.rc/<code> i <code>$HOME/.molprorc</code>. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.
-Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na [[Leo]] w katalogu <code>/usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/</code>.
-;Wstawianie zadań do kolejki
-Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):
- sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]
-Możliwe są obliczenia równoległe. Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.
-Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze [[Leo]] przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: <code>memory,200,m</code>). Wersja dostępna na [[Leo]] umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.
 === Molpro 2009.1 ===
@@ Linia 69: / Linia 48: @@
 == Dokumentacja ==
-Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są na Leo w katalogu <code>/usr/local/doc/molpro/</code> po zalogowaniu się.
-;MOLPRO w sieci:
 * [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO]
 * [http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=Molpro#Parallel_Computations CCMST Wiki]