Hmmer: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 5 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Hmmer</small> | |
| − | + | '''HMMER''' - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa. | |
| − | W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na | + | W porównaniu do BLAST (''Basic Local Alignment Search Tool''), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (''alligment score''), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym. |
| − | Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje | + | Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST. |
| − | Opis wg | + | HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3. |
| + | |||
| + | === Dokumentacja === | ||
| + | # Opis wg [http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER]. | ||
| + | # [[:Plik:Hmmer3.0 userguide.pdf|Podręcznik użytkownika v.3.0 (PDF)]]. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | {{oprogramowanie}} | ||
| + | [[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]] | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 08:23, 15 lis 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Hmmer
HMMER - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.
W porównaniu do BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.
Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST.
HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|