Orca: Różnice pomiędzy wersjami
Linia 16: | Linia 16: | ||
=== Uruchamianie zadań === | === Uruchamianie zadań === | ||
− | Zadanie do kolejki | + | Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem: |
− | sub-orca | + | > '''sub-orca''' plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] |
Gdzie: | Gdzie: | ||
− | * Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne | + | * Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne |
− | * Domyślne wartości: | + | * Domyślne wartości: |
− | ** kolejka = normal | + | ** kolejka = normal |
+ | ** NCPUS = 1 | ||
** pamiec_w_MB = 1800 | ** pamiec_w_MB = 1800 | ||
+ | * Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu. | ||
+ | |||
+ | Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych (z uproszczoną składnią) oraz dla starszej wersji pakietu: | ||
+ | > sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] | ||
+ | > sub-orca-2.8.0.2 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] | ||
=== Środowisko i praca interaktywna === | === Środowisko i praca interaktywna === | ||
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | ||
− | > '''qsub -I''' -q short6h | + | > '''qsub -I''' -q short6h |
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | ||
Linia 37: | Linia 43: | ||
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły. | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły. | ||
− | > orca | + | |
+ | Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku): | ||
+ | > orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out & | ||
+ | |||
+ | === Zadania równoległe === | ||
+ | Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to: | ||
+ | :SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies. | ||
+ | |||
+ | Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni): | ||
+ | |||
+ | ! PAL4 | ||
+ | (dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8) | ||
+ | |||
+ | lub | ||
+ | |||
+ | %pal nprocs 4 | ||
+ | end | ||
+ | |||
+ | Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni: | ||
+ | > sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200 | ||
+ | |||
+ | Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł: | ||
+ | > module load orca | ||
+ | > $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out & | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == |
Wersja z 12:23, 26 kwi 2013
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca
Orca | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Supernova | 2.9.1 2.8.0.2 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.
Licencja
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Uruchamianie zadań
Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:
> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
Gdzie:
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
- Domyślne wartości:
- kolejka = normal
- NCPUS = 1
- pamiec_w_MB = 1800
- Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych (z uproszczoną składnią) oraz dla starszej wersji pakietu:
> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] > sub-orca-2.8.0.2 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -q short6h
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load orca/2.9.1 > module load orca/2.8.0.2
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca
i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Zadania równoległe
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:
- SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
! PAL4 (dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)
lub
%pal nprocs 4 end
Wstawiając zadanie skryptem sub-orca
należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT
ustawianą przez moduł:
> module load orca > $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Dokumentacja
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|