CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
m (→Literatura: linkfix) |
m |
||
| Linia 28: | Linia 28: | ||
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem: | Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem: | ||
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | <pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre> | ||
| − | Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>. | + | Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>. |
Wersja z 08:29, 14 sty 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP
| CASTEP (Materials Studio) | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova (+ Gateway) | 6.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.
Uruchamiane aplikacji
Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
- Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.
- Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu
/lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f
if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
fi
JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh
Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.
Literatura
- First principles methods using CASTEP (DOI: 10.1524/zkri.220.5.567.65075)
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|