ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
−
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja2=(7.0.4, 6.12.1, 6.10.3, 6.8.1, 6.6.3, 6.4.3-seq)|wersja='''7.2.1''' |kontakt=}}
+
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja2=(7.2.1)|wersja='''7.6.1''' |kontakt=}}
 
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT zawiera również opcje pozwalające na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
 
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT zawiera również opcje pozwalające na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
  
Linia 12: Linia 12:
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
−
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
+
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
 +
* 7.6.1 (wersja równoległa)
 
* 7.2.1 (wersja równoległa)
 
* 7.2.1 (wersja równoległa)
  
Linia 52: Linia 53:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
  > '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 +
> module load abinit/7.6.1
 
  > module load abinit/7.2.1  
 
  > module load abinit/7.2.1  
 
  > module load abinit/7.0.4
 
  > module load abinit/7.0.4
Linia 62: Linia 64:
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
  > abinit
 
  > abinit
 +
 +
===  Testy ===
 +
W przypadku wersji 7.6.1 błędami zakończyły się następujące testy:
 +
* bigdft_t18 (zadania jednordzeniowe)
 +
* v67mbpt_t11, v67mbpt_t29 (zadania czterordzeniowe)
  
 
===  Uwagi ===
 
===  Uwagi ===

Wersja z 13:28, 4 mar 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ABINIT

ABINIT
Abinit logo.gif
Serwer Wersja
Supernova 7.6.1
(7.2.1)
Kontakt
kdm@wcss.pl

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT zawiera również opcje pozwalające na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. Time -Dependent Density Functional Theory, TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Supernova w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:

  • 7.6.1 (wersja równoległa)
  • 7.2.1 (wersja równoległa)

Dostępne są też starsze wersje, jednak nie są wykorzystywane przez domyślne skrypty: 7.0.4, 6.12.1, 6.10.3, 6.8.1, 6.6.3, 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna).

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie: 

> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję równoległą programu;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie parallel;
  • liczba_rdzeni - liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
  • wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.


Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie: 

> sub-optic plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia narzędzie optic (z najnowszej wersji programu);
  • Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
  • wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: 

> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: 

> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/7.6.1
> module load abinit/7.2.1 
> module load abinit/7.0.4
> module load abinit/6.12.1
> module load abinit/6.10.3
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu): 

> abinit

Testy

W przypadku wersji 7.6.1 błędami zakończyły się następujące testy:

  • bigdft_t18 (zadania jednordzeniowe)
  • v67mbpt_t11, v67mbpt_t29 (zadania czterordzeniowe)

Uwagi

Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ABINIT&oldid=4402”