Molpro: Różnice pomiędzy wersjami
(w. 2012.1.5) |
(pamiec) |
||
| Linia 15: | Linia 15: | ||
== MOLPRO w WCSS == | == MOLPRO w WCSS == | ||
| − | === | + | === Zalecenia ogólne === |
| − | |||
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]: | Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]: | ||
| − | qsub -I -l software= | + | qsub -I -l software=Molpro_WERSJA |
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]: | Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]: | ||
| − | module load molpro | + | module load molpro |
Program można wywoływać poleceniem: | Program można wywoływać poleceniem: | ||
| Linia 28: | Linia 27: | ||
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: | Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: | ||
| − | '''sub-molpro | + | '''sub-molpro''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka |
| + | |||
| + | Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny. | ||
| + | |||
| + | Ważne: | ||
| + | * karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO ! | ||
| + | * jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW ! | ||
| + | * interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html | ||
| + | |||
| + | === Molpro 2009.1 === | ||
| + | * system obliczeniowy: [[Supernova]] | ||
| − | + | Wstawianie zadań skryptem '''sub-molpro-2009''' -- jako argument wymagany jest tylko plik danych oraz opcjonalnie [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]. | |
=== Molpro 2010.1 === | === Molpro 2010.1 === | ||
| Linia 53: | Linia 62: | ||
* system obliczeniowy: [[Supernova]] | * system obliczeniowy: [[Supernova]] | ||
| − | + | Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia. | |
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: | Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: | ||
Wersja z 11:14, 13 mar 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro
| Molpro | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2012.1.5 2010.1 2009.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Informacje ogólne
Główne cechy MOLPRO:
- pełny zakres metod ab initio
- moduły
directilocaldla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset - obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.
MOLPRO w WCSS
Zalecenia ogólne
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:
qsub -I -l software=Molpro_WERSJA
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:
module load molpro
Program można wywoływać poleceniem:
molpro [opcje] plik.inp
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
Ważne:
- karta memory specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
- jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
- interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
Molpro 2009.1
- system obliczeniowy: Supernova
Wstawianie zadań skryptem sub-molpro-2009 -- jako argument wymagany jest tylko plik danych oraz opcjonalnie [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka].
Molpro 2010.1
- system obliczeniowy: Supernova
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.
Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
sub-molpro-2010.1 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Molpro 2012.1
- system obliczeniowy: Supernova
Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro-2012.1.5 plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
Można korzystać także z polecenia sub-molpro, które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|