LAMMPS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS</small>
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=LAMMPS 20140201}}
+
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=LAMMPS 20141209|wersja2=LAMMPS 20140201}}
 
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
 
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.
  
Linia 10: Linia 10:
 
== LAMMPS w WCSS ==
 
== LAMMPS w WCSS ==
 
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
 
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu. Służy do tego polecenie:
+
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:
  
  > '''sub-lammps''' in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
+
'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20140201)
 +
 
 +
  > sub-lammps in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
 +
 
 +
'''sub-lammps20141209''' (uruchamia wersję 20141209)
 +
 
 +
> sub-lammps20141209 in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB
  
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===
Linia 18: Linia 24:
 
  > qsub -I  
 
  > qsub -I  
  
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
+
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez jedno z poleceń (w zależności od wersji programu):
 
  > module load lammps/20140201
 
  > module load lammps/20140201
 +
> module load lammps/20141209
 
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
 
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
 
  > lmp_wcss <in.plik
 
  > lmp_wcss <in.plik

Wersja z 08:01, 16 lut 2015

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < LAMMPS

LAMMPS
Serwer Wersja
Supernova LAMMPS 20141209
LAMMPS 20140201
Kontakt
kdm@wcss.pl

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

Licencja

Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

LAMMPS w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu PBS. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

sub-lammps (uruchamia wersję 20140201)

> sub-lammps in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB

sub-lammps20141209 (uruchamia wersję 20141209)

> sub-lammps20141209 in.plik kolejka liczba_węzłów liczba_rdzeni pamięć_w_MB

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego:

> qsub -I 

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez jedno z poleceń (w zależności od wersji programu):

> module load lammps/20140201
> module load lammps/20141209

Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:

> lmp_wcss <in.plik

lub

> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik

gdzie:

  • x - liczba zrównoleglanych procesów
  • in.plik - plik inputowy


Zobacz też