TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 4: | Linia 4: | ||
== Korzystanie z Turbomole w WCSS == | == Korzystanie z Turbomole w WCSS == | ||
| − | Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[ | + | Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/. |
;Sposób użycia: | ;Sposób użycia: | ||
| − | + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | |
| − | sub-turbomole | + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu) |
| + | |||
| + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
| + | |||
| + | > sub-turbomole | ||
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | -i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters) | ||
Gdzie: | Gdzie: | ||
| − | * <code>< | + | * <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy: |
<pre> | <pre> | ||
aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg | aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg | ||
| Linia 25: | Linia 37: | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | + | Na przykład | |
| − | + | ||
| + | > sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | ||
| + | |||
| + | Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | '''Uwaga''' | ||
| + | |||
| + | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | ||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TM_<nazwa_katalogu>.o*</code> | Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TM_<nazwa_katalogu>.o*</code> | ||
| − | {{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 | + | {{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR |
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 09:21, 1 mar 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbomole
| Turbomole | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 7.0 6.6 6.3 5.10 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
Korzystanie z Turbomole w WCSS
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/turbomole/.
- Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-turbomole Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
Gdzie:
<program_name>to jeden paremetr z listy:
aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg atbandbta escf mpgrad riccprep statpt bsseenergy freeh mpgrad_mpi ridft tm2molden cosmoprep frog mpshift ridft_mpi uff define grad rdgrad rimp2 vibration dscf grad_mpi rdgrad_mpi rimp2prep jobex dscf_mpi intense relax ruecker egrad mdprep ricc2 sammler
Na przykład
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TM_<nazwa_katalogu>.o*
{{uwaga|Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|